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Contextualización: La semilla de zapallo es rica en extracto etéreo con alta calidad de ácidos grasos polinsaturados de cadena larga. Vacío de conocimiento: se desconoce, como influye la endocria con respecto al carácter extracto etéreo en semillas de zapallo. Propósito: El objetivo fue evaluar el comportamiento del contenido de extracto etéreo y sus caracteres asociados a la semilla de genotipos de zapallo C. moschata en tres generaciones de endocría S0, S1 y S2 e identificar los ácidos grasos predominantes. Metodología: Se empleo un diseño de bloques completos al azar en seis (6) genotipos, cuatro (4) tratamientos y cinco (5) plantas por unidad experimental, se valuó la depresión por endocria (DE) entre generaciones para las variables extracto etéreo (EE), peso de semilla por fruto (PSPF), peso unidad de semilla (PUS) y número de semillas por fruto (NSPF); para la identificación de los ácidos grasos presente en el EE se empleó la técnica de cromatografía de gases acoplada a espectrometría de masas (GC/MC). Resultados y conclusiones: En los genotipos 129 y 160 al pasar de la generación S0 a S1, no presentaron DE en el carácter EE y al pasar de la generación S1 a la generación S2, solo el genotipo 129 presentó -DE, los demás genotipos aumentaron el contenido de EE. Se presentaron fluctuaciones entre genotipos para las variables PSPF, PUS y NSPF en las cuales no se identificó un factor diferenciador entre generaciones. Al analizar el EE se identificó que el 66.98% corresponde a ácidos grasos monoinsaturados y poliinsaturados donde el 60.15% corresponde al ácido oleico, y se encontró dentro de los componentes el compuesto escualeno de escasa presencia en semillas oleaginosas.