Cécile Amblard, Christophe Portelli, M. Charpin, H. M. Cauchie, Télesphore Sime-Ngando, Jonathan Colombet, Agnès Robin, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Chimie Et Interdisciplinarité : Synthèse, Analyse, Modélisation (CEISAM), Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), TIMB, Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Centre de Recherche Public - Gabriel Lippmann (LUXEMBOURG), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
International audience; This study presents a depth-related survey of virioplankton abundance in Lake Pavin (Massif Central, France), in relation to the abundances of heterotrophic prokaryotes, picocyanobacteria (Pcy), autotrophic picoeukaryotes (Peu), and of autotrophic (ANF) and heterotrophic (HNF) nanoflagellates. The sampling strategy was designed to be representative of the physico-chemical gradients of the whole water column of the lake, and the seasonal variability as well. In mixolimnic surface waters, all communities were present and viral abundance peaked in summer and autumn. Viral abundance was significantly correlated (p < 0.001) with Pcy, Peu, and ANF, indicating that cyanophages and perhaps other phytoplankton viruses represent a significant pool of viral standing stocks in the mixolimnion of Lake Pavin. Microautotrophs were absent in the deep monimolimnic water masses, where viruses and heterotrophic prokaryotes exhibited highest seasonal abundances in summer and/or autumn and were significantly correlated (p < 0.001) to each other. This indicates that the anoxic monimolimnion of Lake Pavin is an exclusive habitat for viruses and heterotrophic prokaryotes. We conclude that in this habitat, host availability is prevalent over other factors (temperature, oxygen, nutrients, grazers) in favoring viral proliferation.