CONTEXTUALIZAÇÃO: A dor crônica e difusa encontra-se presente tanto nas Lesões por Esforços Repetitivos (LER)/Distúrbios Osteomusculares Relacionados ao Trabalho (DORT) como na Fibromialgia, trazendo dificuldades diagnósticas, preventivas e terapêuticas para profissionais da saúde envolvidos no tratamento de acometidos. OBJETIVOS: Analisar os aspectos relevantes na emissão dos diagnósticos de DORT e Fibromialgia na percepção de médicos assistenciais e peritos. MÉTODOS: Neste estudo, 75 médicos (36 assistenciais e 39 peritos) responderam a questões estruturadas e abertas sobre aspectos considerados relevantes na emissão de diagnóstico destas síndromes. RESULTADOS: As respostas dos dois grupos foram correlacionadas pelo teste de Spearman (α=0,05) e submetidos ao método de Discurso do Sujeito Coletivo (DSC). Os médicos assistenciais tenderam a valorizar o fator "quadro clínico e tempo de evolução", enquanto os médicos peritos tenderam a apontar "história ocupacional" na definição do diagnóstico de LER/DORT. Já para o diagnóstico de Fibromialgia, os peritos tenderam a apontar o fator "quantidade de tender points", enquanto os médicos assistenciais indicaram mais frequentemente "característica da dor". Apesar dessas discretas discrepâncias, alta correlação (r=0,85, ρ=0,01) foi identificada entre os grupos quando apontaram aspectos comuns e distintos no estabelecimento do diagnóstico para as duas síndromes. Os relatos também enfatizaram a necessidade da investigação de riscos presentes no trabalho para a definição de um diagnóstico mais preciso. CONCLUSÕES: Nesse sentido, objetivando uniformizar condutas avaliativas, preventivas e terapêuticas para médicos, fisioterapeutas e demais profissionais envolvidos no atendimento dessas síndromes, seria recomendável maior divulgação dos critérios utilizados por entidades internacionais no diagnóstico da Fibromialgia e a inclusão de treinamento para identificação de efeitos adversos de condições inadequadas do trabalho na formação desses profissionais. BACKGROUND: Chronic and diffuse pain is present either in Repetitive Strain Injuries (RSI)/Work-related Musculoskeletal Disorders (WMSD) and Fibromyalgia, leading to difficulties in determining preventive and therapeutic measures by health professionals who deals with patients presenting these disorders. OBJECTIVES: Analyze the relevant aspects in the emission of the diagnosis of WMSD and Fibromyalgia in the perception of physicians assistants and experts. METHODS: In this study 75 physicians (36 assistants and 39 experts) answered structured and open questions about aspects that they consider relevant to the establishment of diagnosis. RESULTS: Results were correlated by Spearman's test (α=0.05) and submitted to the Collective Subject's Speech method. Assistant physicians tended to emphasize the factor "clinical conditions and time elapsed", whilst expert tended to indicate "occupational history" for definition of the WMSD diagnosis. For the diagnosis of Fibromyalgia, experts physicians tended to emphasize the factor "amount of tender points", whilst the assistant physicians indicated "pain characteristics". Despite of these slight discrepancies, the results from both groups were highly correlated (r=0.85; p=0.01) when participants were asked to indicate common and different relevant aspects for the diagnosis of both syndromes. Furthermore, the physicians agreed about the necessity of risk investigation at work for a more accurate diagnosis. CONCLUSIONS: In order to standardize preventative and therapeutic measures adopted by physicians, physiotherapist and other professional evolved with these syndromes it would be advisable to make the international criteria for Fibromyalgia diagnosis better know, and also to provide better training on the identification of the adverse effects of inadequate work conditions on the musculoskeletal system to health professional.