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Submitted by JULIANA BELTRAMIN DE BIASI (jubbiasi@gmail.com) on 2018-09-21T21:41:08Z No. of bitstreams: 1 Tese_-Juliana-Beltramin-De-Biasi_FINAL.pdf: 1476738 bytes, checksum: 33b9188b4140ef9f9884ff60b466c05b (MD5) Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2018-09-25T16:10:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 biasi_jb_dr_bot_par.pdf: 925540 bytes, checksum: d7f64f52383d98e0a4866413df83e95e (MD5) Made available in DSpace on 2018-09-25T16:10:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 biasi_jb_dr_bot_par.pdf: 925540 bytes, checksum: d7f64f52383d98e0a4866413df83e95e (MD5) Previous issue date: 2018-07-26 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Tubarões são organismos amplamente reconhecidos como predadores de topo de cadeia e sua distribuição geográfica associada à capacidade migratória em diversas espécies, principalmente pelágicas, tornam as avaliações e monitorias de suas populações uma tarefa complexa. O tubarão-azul, Prionace glauca, é uma espécie globalmente distribuída e altamente migradora, classificado como “Quase Ameaçado” na Lista Vermelha de Espécies Ameaçadas da IUCN. No entanto, ao longo de sua história, P. glauca vem sendo frequentemente associado a capturas da pesca industrial e, seus registros recentes, apontam declínios relevantes em suas populações em algumas localidades. Dentre o conhecimento necessário para a gestão adequada e conservação de espécies amplamente exploradas, podemos ressaltar que as informações sobre a variabilidade genética e dinâmica populacional são de grande valia, principalmente quando se trata de uma espécie de elevada capacidade de dispersão. Assim, este estudo é o primeiro a caracterizar a biodiversidade molecular e a estrutura populacional desta espécie globalmente, a partir de 534 indivíduos provenientes de diferentes localidades nos oceanos Atlântico, Índico e Pacífico. Utilizando a região controle de DNA mitocondrial (CR), encontramos 43 haplótipos com diversidade Hd=0,778, diversidade de nucleotídeos de π=0,005 e índice de estrutura populacional global de ΦST=0,054 (P=0,0001). Estes resultados indicam que P. glauca está entre as espécies de tubarões com os maiores índices de variabilidade genética e um alto fluxo gênico entre todos os oceanos, com baixa delimitação geográfica e moderada estrutura populacional. Para fins de conservação e aplicação na gestão pesqueira, os índices de diversidade genética e o conhecimento da estruturação populacional, podem ser utilizados como parâmetro em avaliações periódicas, visando a manutenção e o auxílio na caracterização de áreas prioritárias para a espécie Sharks are organisms widely recognised as top-chain predators and their geographic distribution associated with migratory capacity in several species, mainly pelagic, make evaluations and monitoring of their populations a complex task. The blue shark (Prionace glauca) is a globally distributed and highly migratory species, classified as "Near Threatened" on the IUCN Red List of Threatened Species. However, throughout its history, P. glauca has been frequently associated with industrial fisheries catches, and its recent records indicate relative declines in their populations in some localities. Among the knowledge necessary for the proper management and conservation of widely exploited species, we can highlight the information about genetic variability and population dynamics are of great value, especially when it is a species of high dispersion capacity. Thus, this study is the first to characterise the molecular biodiversity and population structure of this species globally, from 534 individuals from different locations in the Atlantic, Indian and Pacific Oceans. Using the mitochondrial DNA control region (CR), we found 43 haplotypes with diversity Hd = 0.778, nucleotide diversity of π = 0.005 and a global population structure index of ΦST = 0.054 (P = 0.0001). These results indicate that P. glauca is among the species of sharks with the highest indexes of genetic variability and high gene flow among the oceans, with low geographic delimitation and moderate population structure. For purposes of conservation and application in fisheries management, the indexes of genetic diversity can be used as a parameter in periodic evaluations aiming their maintenance, and the knowledge of the population structure can help in the characterisation of priority areas for the species.

Submitted by MILLKE JASMINE ARMININI MORALES null (millke.jasmine@gmail.com) on 2016-12-28T01:56:17Z No. of bitstreams: 1 Tese_Millke_out2016.pdf: 1617534 bytes, checksum: 6dc57275243c5927af2876a010a7806e (MD5) Rejected by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido está sem a ficha catalográfica. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Orientamos que seja indicado nos agradecimentos o número do processo de financiamento FAPESP. Corrija estas informações e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-01-03T15:29:10Z (GMT) Submitted by MILLKE JASMINE ARMININI MORALES null (millke.jasmine@gmail.com) on 2017-02-14T16:29:34Z No. of bitstreams: 1 Tese_Millke_out2016.pdf: 1624373 bytes, checksum: 8ec6975f41563bfdba4ba57aea95dd0e (MD5) Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-02-16T17:00:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 morales_mja_dr_bot_parc.pdf: 975862 bytes, checksum: 6a80bdfe1e1120647a32d8827ae83eac (MD5) Made available in DSpace on 2017-02-16T17:00:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 morales_mja_dr_bot_parc.pdf: 975862 bytes, checksum: 6a80bdfe1e1120647a32d8827ae83eac (MD5) Previous issue date: 2016-10-27 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Populações de elasmobrânquios têm sofrido declínios severos nas últimas décadas devido à massiva pressão pesqueira. Com características de vida que tornam a espécie mais suscetível à pesca, o tubarão-raposa Alopias superciliosus está classificado atualmente como vulnerável na lista vermelha de espécies ameaçadas da IUCN. A espécie apresenta maturação sexual tardia e somente dois (raramente quatro) filhotes a cada gestação, que dura aproximadamente 12 meses. Estas características evidenciam a necessidade de sistemas de manejo pesqueiro adequados à estruturação populacional da espécie, que se apresenta como um instrumento fundamental para sua conservação. Com o advento de novas tecnologias atualmente é viável utilizar ferramentas moleculares para elucidar questões evolutivas e genético-populacionais em organismos não modelos, gerando informações que podem auxiliar na elaboração de planos de manejo. Tendo em vista à escassez de informações sobre a dinâmica populacional do tubarão-raposa, o presente estudo teve como objetivo o desenvolvimento e aplicação de marcadores moleculares em amostras de A. superciliosus provenientes de diferentes localidades dos oceanos Atlântico e Índico. Um total de 12 marcadores moleculares do tipo microssatélite, sendo 11 polimórficos e 1 monomórfico, foram identificados e, a partir desta identificação, primers espécie-específicos foram desenvolvidos e padronizados. Para acessar a diversidade genética e populacional de A. superciliosus foram genotipados quatro destes marcadores, além da realização do sequenciamento da região controle do DNA mitocondrial, em cerca de 200 amostras de tubarão-raposa coletados ao longo de todo o Oceano Atlântico e parte do Oceano Índico. Os índices de diversidade nucleotídica e haplotípica encontrados nas sequências do DNAmt foram baixos, sendo π=0.0012 ± 0.0009 e h=0.127 ± 0.030, respectivamente. Duas linhagens mitocondriais distintas foram identificadas, porém o DNAmt não demonstrou evidencias de ocorrência de estruturação populacional, com valores de ՓST negativos e não significativos. Já com a utilização de microssatélites foi possível identificar diferenciação genética entre algumas populações, com um FST global de 0,072 (p-valor < 0,001), sendo identificada uma estruturação forte entre as populações do centro-sudoeste do Atlântico e as demais populações, bem como uma moderada estruturação entre a população do sudeste desta bacia oceânica e os indivíduos coletados na parte centro-nordeste. Mesmo não sendo incomum em elasmobrânquios a identificação de baixos valores de diversidade genética entre populações, os resultados aqui obtidos evidenciaram valores que estão entre os mais baixos já registrados para elasmobrânquios. A complexa dinâmica populacional do tubarão-raposa identificada no presente estudo pode ser explicada devido a uma baixa variabilidade causada provavelmente pela ação de efeito fundador, migrações inter-oceânicas recentes e uma forte estruturação populacional no Atlântico sul. Neste contexto, dois clados distintos foram identificados, estando separados por um mínimo de 8 passos mutacionais, sendo que o clado menos frequente é composto por apenas cerca de 4% dos indivíduos analisados e encontrado somente no Atlântico leste. Fatores como indícios de endogamia, estruturação populacional evidenciada principalmente na região centro sudoeste do Oceano Atlântico e a identificação de um clado aparentemente raro e com distribuição limitada impõem a necessidade de maiores esforços nas estratégias de conservação, sobretudo na região leste do Oceano Atlântico, onde a diversidade genética ainda é menos reduzida. Elasmobranch populations have suffered severe declines during the last decades due to massive fisheries pressure. The bigeye thresher shark Alopias superciliosus is currently classified as vulnerable according to the IUCN Red List since its life characteristics make this fish prone to fisheries. This species shows late sexual maturity and only two (rarely four) young born per gestation, which lasts approximately 12 months. Due to the natural vulnerability of this shark, elaborating a fisheries management system adequate to the species population structure is fundamental to its conservation. New technologies enable the usage of molecular tools to answer evolutionary questions in non-model organisms. Considering the lack of information about the population genetics of this species, the aim of this study was to develop and apply molecular markers for samples of A. superciliosus from the Indian and Atlantic oceans. Species-specific primers have been developed and standardized from 12 microsatellite markers, being 11 polymorphic and one monomorphic. Four of these microsatellite markers were genotyped and the mitochondrial DNA control region was sequenced, for approximately 200 samples of bigeye thresher shark from the Atlantic Ocean and part of the Indian Ocean, to understand the population dynamics and the genetic diversity of this species. Low values of nucleotide and haplotype diversity were found in the mtDNA (π=0.0012 ± 0.0009 e h=0.127 ± 0.030, respectively). Although the mtDNA has not demonstrated a significant population structure (negative and non-significant values of ՓST) two distinct mitochondrial lineages were found. On the contrary, the microsatellite markers showed a significant population structure (FST = 0.072, p-value