Las amenazas sobre las poblaciones naturales de musgos y líquenes se evaluaron con base en particularidades de sus rasgos corológicos, en la calidad del hábitat y en las posibilidades de transformación y aún de desaparición de porciones considerables del espacio físico en las regiones naturales de Colombia. En la categorización del riesgo-amenaza, se siguieron parcialmente los lineamientos metodológicos de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN) incluyendo las categorías en peligro crítico (CR), en alto riesgo de extinción (EN), vulnerable (VU) y casi amenazado (NT). Los resultados de esta aproximación inicial permitieron calificar bajo algún tipo de amenaza en sus poblaciones naturales a 388 especies de 145 géneros y 46 familias de musgos; Pottiaceae y Pilotrichaceae son las familias que tienen especies amenazadas en la mayoría de las regiones naturales y en los ramales cordilleranos. Según categorías de amenaza, en peligro crítico (CR) se calificaron a 125 especies; en peligro (EN) a 21, como vulnerables (VU) se calificaron a 173 especies y en la condición casi amenazado (NT) a 69 especies. Sphagnaceae, Pilotrichaceae, Orthotrichaceae y Pottiaceae presentaron especies en todas las categorías de amenaza. En la Amazonia hay 24 especies de musgos con algún tipo de amenazas y la categoría con mayor representación es vulnerable (VU) con doce especies; en el Chocó biogeográfico 15 especies sufren algún tipo de amenaza y la categoría con mayor significancia es vulnerable (VU) con siete especies. En la región Caribe, en el macizo montañoso de la Sierra Nevada de Santa Marta 15 especies figuraron como amenazadas y la condición más frecuente fue en estado crítico (CR) con ocho especies. En el sistema montañoso (gradiente cordillerano) se calificaron a 285 especies bajo algún tipo de amenaza; Pottiaceae, Pilotrichaceae, Sematophyllaceae e Hypnaceae presentaron especies amenazadas a lo largo del gradiente altitudinal. En Colombia bajo algún tipo de amenaza en sus poblaciones naturales se calificaron a 841 especies de líquenes de 201 géneros y 64 familias, Parmeliaceae es la única familia con especies amenazadas en la mayoría de las regiones naturales y en los ramales cordilleranos. Según categorías de amenazas se calificaron a 432 especies en peligro crítico (CR); en peligro (EN) a 180, como vulnerables (VU) a 159 especies y en la condición casi amenazado (NT) figuran 69 especies. Parmeliaceae, Graphidaceae, Physciaceae y Thelotremataceae presentaron especies en todas las categorías de amenazas. En la Amazonia se calificaron a 112 especies de líquenes bajo algún tipo de amenaza; en la categoría en peligro (EN) se encontraron a 41 especies; en el Chocó biogeográfico aparecen 44especies con algún tipo de amenaza y la categoría con mayor significancia es en peligro (EN) con 19 especies. En el Caribe en la zona de planicies se presentaron 15 especies amenazadas y en la Sierra Nevada de Santa Marta 14, la categoría con mayor significancia es crítico (CR) con 13 especies. En el sistema andino (gradiente cordillerano) se calificaron 541 especies bajo algún tipo de amenaza; las familias Parmeliaceae, Thelotremataceae, Pyrenulaceae, Lecideaceae y Lobariaceae tienen especies amenazadas a lo largo del gradiente altitudinal. Threats to natural populations of mosses and lichens from Colombia were measured on the basis of particularities of geographical distribution (chorology), habitat quality and, especially, the possibilities of land transformation and in some cases of missing of large surfaces of land in natural regions of Colombia. In the process to assignment a degree of threat the methodological approach from IUCN was followed, which included the categories: Critically endangered (CR), Endangered (EN), and Vulnerable (VU) and near threatened (NT). The preliminary evaluation shows the following results: Mosses: There are 388 species of 145 genera and 46 families under some kind of threat; Pottiaceae and Pilotrichaceae are the families with threatened species in almost all natural regions and also in the mountainous system. 125 species were qualified as Critically endangered (CR), 21 as Endangered (EN), 173 species as Vulnerable (VU) and 69 as Near threatened (NT). Families such as Sphagnaceae, Pilotrichaceae, Orthotrichaceae and Pottiaceae presented species in all categories of threat. In the Amazonian region, there were 24 species of mosses under some kind of threat, and the category with the higher value was Vulnerable (VU) with twelve species. In the Chocó biogeographical region of Colombia there were 15 species under some kind of threat, and the category with the higher value was Vulnerable (VU) with seven species. In the Caribbean region, specially in the massif of Sierra Nevada de Santa Marta, 15 species were qualified as threatened and the more common condition founded was Critically endangered (CR) with eight species. In the mountainous system, 285 species were qualified as threatened, the families Pottiaceae, Pilotrichaceae, Sematophyllaceae and Hypnaceae showed threatened species along the altitudinal (topographic) gradient. Lichens: There are 841 species of 201 genera and 64 families under some kind of threat in Colombia, only Parmeliaceae was the family with threatened species in almost all natural regions and also in the mountainous system. According the category of threat, 432 species were qualified as Critically endangered (CR), 180 as Endangered (EN), 159 species as Vulnerable (VU) and 69 as Near threatened (NT). Families such as Parmeliaceae, Graphidaceae, Physciaceae and Thelotremataceae presented species in all categories of threat. In the Amazonian region 112 species of lichens were under some kind of threat. In the category Endangered (EN) were qualified 41 species. In the Chocó biogeographical region of Colombia, there were 44 species under some kind of threat, and the category with the higher value was Endangered (EN) with 19 species. In the Caribbean lowlands, 15 threatened species were found and in the massif of Sierra Nevada of Santa Marta 14, the category with more species was Critically endangered (CR) with 13 species. In the mountainous system, 541 species were qualified as threatened, the families Parmeliaceae, Thelotremataceae, Pyrenulaceae, Lecideaceae and Lobariaceae showed threatened species along the altitudinal (topographic) gradient.