Hugo Roume, Gwen Falony, Jean-Daniel Zucker, Sothea Touch, Lars Køber, Sofia K. Forslund, Fabrizio Andreelli, Stanislav Dusko Ehrlich, Luis Pedro Coelho, Peer Bork, Jens Nielsen, Karen E. Assmann, Marc-Emmanuel Dumas, Thi Thuy Duyen Nguyen, Christine Rouault, Sara Vieira-Silva, Helle Krogh Pedersen, Torben Hansen, Eugeni Belda, Sebastian Proost, Nathalie Galleron, Mireia Valles-Colomer, Christian Lewinter, Trine Nielsen, Jens Peter Gøtze, Michael Stumvoll, Pilar Galan, Jean-Michel Oppert, Judith Aron-Wisnewsky, Jean-Sébastien Hulot, Ivica Letunic, Nadja B Søndertoft, Benoit Quinquis, Joe-Elie Salem, Karine Clément, Tue H. Hansen, Rima Chakaroun, Fredrik Bäckhed, Nicolas Pons, Jens J. Holst, Henrik Vestergaard, Edi Prifti, Jean-Phillippe Bastard, Jeroen Raes, Oluf Pedersen, Valentina Tremaroli, Rega Institute for Medical Research [Leuven, België], Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Dept Biol Struct, Flanders Institute for Biotechnology, Integromics [Paris], Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Institute of cardiometabolism and nutrition (ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université-Sorbonne Université (SU), Service de nutrition [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université, Medical Department III – Endocrinology, Nephrology, Rheumatology, Universität Leipzig [Leipzig], Charité - Universitätsmedizin Berlin / Charite - University Medicine Berlin, Nutrition et obésités: approches systémiques (nutriomics) (UMR-S 1269 INSERM - Sorbonne Université), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Department of Microbiology and Immunology, Rega Institute for Medical Research, Laboratory of Molecular Bacteriology, Université Catholique de Louvain (UCL), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), Nutrition et obésités: approches systémiques (UMR-S 1269) (Nutriomics), Novo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic Research (CBMR), Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Universität Leipzig, Charité - UniversitätsMedizin = Charité - University Hospital [Berlin], European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg] (EMBL), Max Delbrück Center for Molecular Medicine [Berlin] (MDC), Helmholtz-Gemeinschaft = Helmholtz Association, German Center for Cardiovascular Research (DZHK), Berlin Institute of Health (BIH), VIB-KU Leuven Center for Microbiology [Leuven, Belgium], Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases (ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Cardiométabolisme et Nutrition = Institute of Cardiometabolism and Nutrition [CHU Pitié Salpêtrière] (IHU ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), University of Gothenburg (GU), MetaGenoPolis (MGP (US 1367)), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CHU Tenon [AP-HP], Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Fudan University [Shanghai], CIC - HEGP (CIC 1418), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Centre d'investigation clinique Paris Est [CHU Pitié Salpêtrière] (CIC Paris-Est), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Rigshospitalet [Copenhagen], Copenhagen University Hospital, Department of Metabolism, Digestion and Reproduction, Imperial College London, National Heart and Lung Institute [London] (NHLI), Imperial College London-Royal Brompton and Harefield NHS Foundation Trust, Equipe 3: EREN- Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (CRESS - U1153), Université Sorbonne Paris Nord-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biobyte Solution, Department of Biology and Biological Engineering, Chalmers University of Technology, Chalmers University of Technology [Gothenburg, Sweden], European Molecular Biology Laboratory (EMBL), University of Heidelberg, Medical Faculty, University of Würzburg, Wallenberg Laboratory, Göteborgs Universitet (GU), The promotor of the clinical study was the Assistance Publique Hôpitaux de Paris (APHP). S.V.-S. was supported by a post-doctoral fellowship from the Research Foundation Flanders (FWO Vlaanderen). The Raes laboratory is supported by the VIB Grand Challenges programme, KU Leuven, the Rega Institute for Medical Research, and the FWO EOS program (30770923). The Novo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic Research., ANR-11-DPBS-0001,MGP,MetaGenoPolis(2011), ANR-10-IAHU-0005,ICAN,Institut de Cardiologie-Métabolisme-Nutrition(2010), European Project: 305312,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2012-INNOVATION-1,METACARDIS(2012), Service de Diabétologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de biochimie et hormonologie [CHU Tenon], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Tenon [AP-HP], Centre d'investigation clinique pluridisciplinaire [CHU Pitié Salpêtrière] (CIC-P 1421), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Service de Nutrition [CHU Pitié-Salpétrière], Institut E3M [CHU Pitié-Salpêtrière], LE CHATELIER, Emmanuelle, Démonstrateurs - MetaGenoPolis - - MGP2011 - ANR-11-DPBS-0001 - DPBS - VALID, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut de Cardiologie-Métabolisme-Nutrition - - ICAN2010 - ANR-10-IAHU-0005 - IAHU - VALID, Metagenomics in Cardiometabolic Diseases - METACARDIS - - EC:FP7:HEALTH2012-11-01 - 2017-10-31 - 305312 - VALID, University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), VIB-KU Leuven Center for Microbiology [Belgium], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU), Service de diabétologie [CHU Pitié-Salpétrière], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de Recherche Saint-Antoine (CR Saint-Antoine), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), CIC Paris Est, Royal Brompton and Harefield NHS Foundation Trust-Imperial College London, Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)