1. Impact of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Minority Variants on the Virus Response to a Rilpivirine-Based First-line Regimen
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Raymond, E, Nicot, F., Morand-Joubert, A, Rodallec, D, Mourez, M, Beby-Defaux, D, Lambert-Niclot, P, Charpentier, E, Malvé, B., Le Guillou-Guillemette, A, Si-Mohamed, D, Avettand Fenoel, A, Roussel, A., Calvez, P, Saune, E, Rodriguez, M, Descamps, E, Izopet, E, Lagier, E, Roussel, C, Le Guillou-Guillemette, G, Alloui, A., Bettinger, D., Pallier, P, Fleury, Frédéric, Reigadas, R, Bellecave, P., Recordon-Pinson, P, Payan, P, Vallet, S., Vabret, A., Dina, D, Henquell, C., Mirand, A., Bouvier-Alias, A, de Rougemont, A, Dos Santos, D, Morand, P, Signori-Schmuck, A., Bocket, B, Rogez, R, Andre, A, Tardy, C, Trabaud, A, Tamalet, C., Delamare, D, Montes, B, SCHVOERER, Evelyne, Ferré, F., André-Garnier, E., Cottalorda, C, Guinard, G, Guiguon, A, Descamps, D., Brun-Vézinet, B, Charpentier, c, Visseaux, B, Peytavin, G., Krivine, A., Si-Mohamed, A, Avettand-Fenoel, Véronique, Marcelin, A, Calvez, C, Lambert-Niclot, L, Soulié, C., Wirden, M., Morand-Joubert, M, Delaugerre, D, Chaix, M, Amiel, A, Schneider, S., Giraudeau, G, Beby- Defaux, D, Brodard, B, Maillard, A., Plantier, P, Chaplain, C, Bourlet, B, Fafi-Kremer, F, Stoll-Keller, F., Schmit, P, Barth, B, Yerly, S, Poggi, P., Izopet, I, Raymond, R, Barin, B, Chaillon, A, Marque-Juillet, M, Roque-Afonso, A, Haïm-Boukobza, B, Flandre, P., Grudé, G, Assoumou, A, Costagliola, D, Allegre, A, Schmit, J, Chennebault, M, Bouchaud, B, Magy-Bertrand, B, Delfraissy, D, Dupon, D, Morlat, P, Neau, D, Ansart, A., Jaffuel, J, Verdon, R, Jacomet, C, Lévy, L, Dominguez, D, Chavanet, P., Piroth, P, Cabié, A., Leclercq, P, Ajana, A, Cheret, A, Weinbreck, P, Cotte, C, Poizot-Martin, P, Ravaud, R., Christian, B, Truchetet, F, Grandidier, G, Rey, R., May, M, Goehringer, G, Raffi, F., Dellamonica, D, Prazuck, P, Hocqueloux, L, Landman, R, Yazdanpanah, Y., Launay, L, WEISS, L, Viard, P, Katlama, C., Simon, A., Girard, G, Meynard, M, Molina, M, Pialoux, G, Hoen, B., Goeger-Sow, G, Lamaury, I, Beaucaire, G, Le Moal, G., Jaussaud, R., Rouger, C, Michelet, M., Borsa-Lebas, B, Caron, F, Khuong, A., Lucht, F., Rey, D., Calmy, A, Lafeuillade, A, Marchou, B, Delobel, D, Gras, G, Greder-Belan, A, Vittecoq, D, Teiche, E, Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Laboratoire de virologie [CHU Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Hôpital Paul Brousse, CHU Bordeaux [Bordeaux], Laboratoire de Virologie [Rennes] = Virology [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Hospices Civils de Lyon (HCL), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre Hospitalier Universiatire Hôtel-Dieu de Nantes (CHU Hôtel-Dieu), CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Universitaire de Rouen, Centre Hospitalier Universitaire de Lille (CHU de Lille), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Hôpital Henri Mondor, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), INSERM UMR-S 606, Hôpital Lariboisière, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, PRES Sorbonne Paris-Cité, and Université Paris Denis Diderot, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Laboratoire de Virologie [AP-HP Hôpital Bichat-Claude-Bernard], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Universitaire de Nancy (CHU Nancy), CHU Clermont-Ferrand, Service de Virologie [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Centre de Référence des Maladies Auto-Inflammatoires et des Amyloses [CH Versailles] (CeRéMAIA - Hôpital André Mignot), Centre Hospitalier de Versailles André Mignot (CHV), Centre hospitalier universitaire de Grenoble (CHU de Grenoble), CHU Grenoble, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Hôpital Necker, Centre Hospitalier Universitaire d'Amiens, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), AP-HP, Hôpital Henri-Mondor Albert-Chenevier, Service d'Immunologie Clinique et Maladies Infectieuses 94000 Créteil, France, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Agence Nationale de Recherches sur le SIDA et les hepatites virales (French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis, ANRS), Janssen-Cilag SAS, Erosion torrentielle neige et avalanches (UR ETGR (ETNA)), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Service de Virologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Laboratoire de Pharmacologie Médicale, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Faculté de Médecine/CHU, CHU Besançon, Université de Franche-Comté (UFC), Génétique et évolution des interactions hôtes-parasites, Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE] (GINSENG), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité (MCMP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Laboratoire de Virologie Humaine et Moléculaire [Caen], Laboratoire de biologie structurale des interactions entre virus et cellule hôte, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l'Environnement (LCPME), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique et épigénétique des pathologies placentaires (Inserm U709), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôtel-Dieu de Nantes, Centre d'Etudes Lasers Intenses et Applications (CELIA), Université de Bordeaux (UB)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), AP-HP - Hôpital Cochin Broca Hôtel Dieu [Paris], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Laboratoire de Virologie [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Service de Virologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), AgroParisTech, T1, Laboratoire Matériaux Optiques, Photonique et Systèmes (LMOPS), CentraleSupélec-Université de Lorraine (UL)-CentraleSupélec-Université de Lorraine (UL), Interaction virus-hôte et maladies du foie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Sciences pour l'environnement (SPE), Université Pascal Paoli (UPP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département d'infectiologie (CHU de Dijon), Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Laboratoire d'Acoustique de l'Université du Mans (LAUM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Le Mans Université (UM), ONERA - The French Aerospace Lab [Toulouse], ONERA, Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), UMR CNRS 8179, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies, Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Service de Médecine Interne, Maladies Infectieuses et Tropicales (POTIERS - Mal Inf), Service de Médecine interne, Maladies Infectieuses et Immunologie Clinique [Reims], Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherches sur la Cognition Animale (CRCA), Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University Hospital and University Jean Monnet, Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Biologie structurale des interactions entre virus et cellule hôte (UVHCI), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Bordeaux (UB), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pascal Paoli (UPP), CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG), Université de Lille, Sciences et Technologies-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Service de Médecine Interne, Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Poitiers], Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA ), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Hôpital de la Pitié-Salpêtrière, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC)
- Subjects
0301 basic medicine ,Male ,Drug Resistance ,HIV Infections ,Drug resistance ,Medical and Health Sciences ,chemistry.chemical_compound ,[SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases ,2.1 Biological and endogenous factors ,Viral ,Aetiology ,Articles and Commentaries ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS ,minority resistant variants ,Viral Load ,Biological Sciences ,first-line antiretroviral therapy ,3. Good health ,Infectious Diseases ,Rilpivirine ,[SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology ,HIV/AIDS ,Female ,Infection ,Viral hepatitis ,Viral load ,Microbiology (medical) ,Adult ,ultra-deep sequencing ,Microbiology ,Virus ,rilpivirine ,03 medical and health sciences ,Acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) ,Clinical Research ,Drug Resistance, Viral ,Genetics ,medicine ,Humans ,business.industry ,Genetic Variation ,medicine.disease ,Virology ,Reverse transcriptase ,Regimen ,Good Health and Well Being ,030104 developmental biology ,chemistry ,Mutation ,HIV-1 ,French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS) AC11 Resistance Study Group ,Antimicrobial Resistance ,business - Abstract
Background Minority resistant variants of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) could influence the virological response to treatment based on nonnucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs). Data on minority rilpivirine-resistant variants are scarce. This study used next-generation sequencing (NGS) to identify patients harboring minority resistant variants to nucleos(t)ide reverse transcriptase inhibitors and NNRTIs and to assess their influence on the virological response (VR). Methods All the subjects, 541 HIV-1–infected patients started a first-line regimen containing rilpivirine. VR was defined as a HIV-1 RNA load Results NGS revealed resistance-associated mutations accounting for 1% to 20% in 29% of samples. We identified 43 (8.8%) and 36 (7.4%) patients who harbored rilpivirine-resistant variants with a 1% sensitivity threshold according to the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis and Stanford algorithms, respectively. The VR was 96.9% at month 12. Detection of minority rilpivirine resistant variants was not associated with virological failure (VF). Multivariate analysis indicated that VF at month 12 was associated with a CD4 count Conclusions Minority resistant variants had no impact on the VR of treatment-naive patients to a rilpivirine-based regimen.
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- 2018
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