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RESUMEN Objetivo. Determinar los factores higiénico-sanitarios asociados a la contaminación microbiológica de la carne de pollo comercializada en los mercados municipales de El Salvador. Materiales y métodos. Se realizó un estudio transversal analítico en los 33 mercados municipales de las cabeceras departamentales de El Salvador. La muestra se calculó a partir de 456 puestos de venta, obteniendo un total de 256 puestos. Por cada puesto se obtuvo una muestra de carne de pollo. El análisis microbiológico se realizó en el Laboratorio Nacional de Salud Pública. Se calcularon frecuencias, porcentajes, medidas de tendencia central y de asociación utilizando SPSS versión 21. Resultados. En el 74% de las muestras se encontró Escherichia coli, en el 24%, Staphylococcus aureus y en el 16%, Salmonela spp. La presencia de Salmonella spp, estuvo asociada con el no uso de desinfectante para las manos y no utilizar toalla para secarse las manos. La presencia de E. coli estuvo asociada al uso de accesorios personales y la inadecuada temperatura de almacenamiento. Mientras que la presencia de S. aureus, estuvo asociada a la falta de lavado de manos, no utilizar toalla para secarse las manos y no utilizar delantal. Conclusión. Las condiciones higiénico-sanitarias de los manipuladores y de los puestos de venta están asociadas a la contaminación microbiológica en la carne de pollo comercializada en El Salvador. ABSTRACT Objective. To determine the hygienic-sanitary factors associated with the microbiological contamination of chicken meat sold at the municipal markets of El Salvador. Materials and methods. An analytical cross-sectional study was conducted in 33 municipal markets of the 14 departmental capitals of El Salvador. The sample consisted of 256 out of 456 possible market stalls. A sample of chicken meat was obtained from each market stall. The microbiological analysis was conducted at the National Public Health Laboratory. Frequencies, percentages, measures of central tendency and association were calculated with SPSS version 21. Results. Escherichia coli was found in 74% of the samples, Staphylococcus aureus in 24% and Salmonella spp. in 1%. The presence of Salmonella spp. was associated with not using hand sanitizer and not using towels for drying the hands. S. aureus was associated with the use of personal accessories and improper storage. The presence of S. aureus was associated with the lack of hand washing, not using a towel to dry the hands and not wearing an apron. Conclusion. The hygienic-sanitary conditions of the handlers and the market stalls were associated with microbiological contamination of chicken meat marketed in El Salvador.