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Las semillas de pinos durante su almacenamiento pueden presentar hongos que deterioran su calidad. El objetivo de la presente investigación consistió en identificar los géneros fúngicos que se asocian a las semillas de Pinus montezumae y P. greggii en dos humedades relativas (HR). Se les almacenó a 60 y 80 % de HR a 5 °C. Los muestreos se hicieron durante 180 días. Se evaluó el contenido de humedad de semilla (HS), las semillas libres de hongos (SLH); y se identificaron los géneros de los hongos (GH) por la morfología de sus colonias. En HS y SLH se aplicó un diseño experimental completamente al azar y se hizo una comparación de medias. Todas las fuentes de variación fueron significativas. La HS media por especie fue de 9.59 y de 12.37 %; la SLH de 64.52 y 69.28 % para P. greggii y P. montezumae, respectivamente. En la semilla de P. greggii almacenada a 60 HR, la HS fue de 7.97 %, con 66.19 % en SLH y a 80 HR, de 11.21 % y 62.85 % en SLH. Para P. montezumae a 60 HR, la HS fue de 10.21 % y de 71.42 % en SLH; a 80 HR, la HS fue de 14.53 % y 67.14 % en SLH. Los GH identificados que promueven el deterioro de las semillas fueron: Alternaria sp, que en P. greggii a 60 HR no se observó; Penicillium sp incrementó y predominó a partir de los 120 días; Fusarium sp. fue constante; de forma esporádica se presentaron Aspergillus sp y Rizhopus sp.