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Introdução: O exame anatomopatológico é feito rotineiramente em cirurgias orificiais e é importante para diagnosticar doenças anais concomitantes, lesões malignas e doenças sexualmente transmissíveis não previstas anteriormente no exame clínico. O gasto com estes exames é bastante significativo para o serviço público o que evidencia a necessidade de avaliar o custo/benefício da sua utilização rotineira. Objetivos: Avaliar o tempo decorrido entre a entrega do material e a emissão do laudo, o nível de concordância entre a impressão diagnóstica e a conclusão do anatomopatológico, a importância clínica das patologias diagnosticadas secundariamente, o custo de realização dos exames e a relação custo/benefício dos mesmos. Metodologia: Estudo descritivo e retrospectivo de 173 exames anatomopatológicos de pacientes do Hospital Universitário de Aracaju realizados de 2005 a 2007, que foram submetidos à cirurgias orificiais. Resultados: O nível de concordância entre a impressão diagnóstica e a conclusão do anatomopatológico foi elevada e, dos laudos discordantes, poucos apresentaram relevância clínica, havendo somente um caso de neoplasia anorretal. Houve um atraso significativo na emissão dos laudos, sugerindo sobrecarga do serviço e o custo/benefício para realização dos exames foi desfavorável. Conclusão: Sugerimos triagem para um uso racional e criterioso do exame anatomopatológico em cirurgias orificiais baseada na história clínica e fatores de risco do paciente. Introduction: The histopathologic examination is repeatedly done in orificial surgeries and it's important to diagnose anal diseases associated, malign lesions and sexually transmitted diseases that weren't previously predicted on the clinic examination. The cost of the histopathologic examinations is very significant to the public health service, which shows the need to do a cost-benefit analysis of their routine use. Objectives: Evaluate the time between the surgical specimen's delivery and the emission of the histopathologic examination's report, the concordance level between the clinic impression and the histopathologic examination's report, the clinical relevance of the diseases secondarily diagnosed, the cost of the histopathologic examinations and the cost-benefit analysis of them. Methods: Descriptive and retrospective study of 173 histopathologic examinations from patients of the Hospital Universitário de Aracaju made from 2005 to 2007, that were submitted to orificial surgeries. Results: High concordance level between the clinic impression and the histopathologic examination's report; from the discordants reports, a few had clinical relevance and was only one case of anal cancer. There was a significant delay on the reports' emission, which suggests that the pathology service is overloaded; and the cost-benefit analysis was unfavorable. Conclusions: We suggest screening to a rational and judicious use of the histopathologic examination in orificial surgeries based on the patient's clinical history and risk factors.