A organização é um componente da Arquitetura da Informação que trata da classificação do conteúdo de um sistema. Em revistas científicas eletrônicas, a organização impacta a interação do usuário com o conteúdo e a visibilidade dos artigos publicados. Assim, o objetivo deste artigo é verificar como funcionam os sistemas de organização das revistas científicas eletrônicas. Para análise, foram selecionadas três revistas de relevância para ciência e com elevados fatores de impacto na área multidisciplinar, que são as seguintes: Nature, Science e PLOS Biology. O método escolhido foi a inspeção por lista de verificação, realizada a partir de sentenças teste, descritas com base em autores de referência na área. A análise considerou se, quando empregados nas revistas, os esquemas de organização dividem a informação em seções bem definidas e exclusivas e se suportam um processo de aprendizagem associativa que possibilita ao usuário fazer novas conexões. Verificou-se, também, se as estruturas empregadas nas revistas organizam o conteúdo em agrupamentos lógicos e beneficiam a pesquisa, a navegação, a filtragem e a vinculação da informação. Além dos tradicionais esquemas e estruturas de organização, o estudo verifica se as revistas apresentam maneiras alternativas de classificar informações digitais baseadas na organização colaborativa do conteúdo e geradas a partir de marcações dos usuários (tags). Como resultados, a pesquisa apresenta os mapeamentos dos sistemas de organização das revistas analisadas. A análise ainda valida indicadores que podem ser aplicados para a avaliação e para o aprimoramento dos sistemas de organização de revistas científicas., Organization is a component of Information Architecture that deals with system content classification. In electronic journals, organization impacts user interaction with the content and the visibility of published articles. Thus, the objective of this article is to verify how the organization systems of electronic scientific journals work. For the analysis, three journals of relevance to science and with high impact factors in the multidisciplinary area were selected: Nature, Science and PLOS Biology. The method chosen was the inspection by checklist, which was performed through the test sentences, described with basis on reference authors in the area. The analysis considered if organizational schemas divide information into defined and unique sections when used in journals, and if they support an associative learning process that enables the user to make new connections. It was also verified if the structures used in journals organize the content into logical groupings and benefit the research, navigation, filtering and linking of the information. In addition to the traditional schema and organizational structures, the study also verifies if journals present alternative ways of classifying digital information based on the collaborative content organization generated from user tags. As results, the research presents the mapping of the organization systems of the journals that were analyzed. These results can be applied to improve other scientific journals and their systems.