Search

X-linked ornithine transcarbamylase deficiency (OTCD) is the most common urea cycle defect. The disease severity ranges from asymptomatic carrier state to severe neonatal presentation with hyperammonaemic encephalopathy. We audited the diagnosis and management of OTCD, using an online 12-question-survey that was sent to 75 metabolic centres in Turkey, France and the UK. Thirty-nine centres responded and 495 patients were reported in total. A total of 208 French patients were reported, including 71 (34%) males, 86 (41%) symptomatic and 51 (25%) asymptomatic females. Eighty-five Turkish patients included 32 (38%) males, 39 (46%) symptomatic and 14 (16%) asymptomatic females. Out of the 202 UK patients, 66 (33%) were male, 83 (41%) asymptomatic and 53 (26%) symptomatic females. A total of 19%, 12% and 7% of the patients presented with a neonatal-onset phenotype in France, Turkey and the UK, respectively. Vomiting, altered mental status and encephalopathy were the most common initial symptoms in all three countries. While 69% in France and 79% in Turkey were receiving protein restriction, 42% were on a protein-restricted diet in the UK. A total of 76%, 47% and 33% of patients were treated with ammonia scavengers in Turkey, France and the UK, respectively. The findings of our audit emphasize the differences and similarities in manifestations and management practices in three countries., Medical Research Council [MR/S019111/1]; National Institute of Health Research Senior Investigator Award [NIHR202370]; Medical Research Council Clinician Scientist Fellowship [MR/T008024/1]; NIHR Great Ormond Street Hospital Biomedical Research Centre, This work was supported by the Medical Research Council grant, reference: MR/S019111/1. PG is supported by a National Institute of Health Research Senior Investigator Award (Reference NIHR202370). J.B. is supported by Medical Research Council Clinician Scientist Fellowship MR/T008024/1 and NIHR Great Ormond Street Hospital Biomedical Research Centre. The views expressed are those of the author(s) and not necessarily those of the NHS, the NIHR or the Department of Health.

© 2022, Turkish Pharmacists Association. All rights reserved.Objectives: Interferons (IFNs) are one of the most important components of innate immunity against viruses, especially those carrying the RNA genomes such as influenza viruses. Upon viral infection, the IFNs are rapidly secreted, inducing the expression of several genes in the target cells and establishing an antiviral state. In this study, the effects of proteins encoded by some IFN-related genes on influenza A virus RNA-dependent RNA polymerase enzyme were investigated. We evaluated the importance of these proteins in the pathogenesis of different influenza A virus types. Materials and Methods: The IFN-related genes were amplified by polymerase chain reaction from the HEK293 cDNA library and cloned into pCHA expression vector. The expression of genes and subcellular localizations of the proteins were determined by Western blotting and immunofluorescence staining, respectively. The effects of IFNs-related proteins on virus RdRP enzyme were determined by influenza A virus mini-replicons. Results: The study revealed that the influenza A virus infections significantly altered the transcript level of the IFN-related CCL5, IFIT1, IFIT3, IFITM3, and OAS1 genes in HEK293 cells. It was determined that the alteration of the gene expression was also related to the virus type. The mini-replicon assays showed that the transient expression of CCL5, IFI27, OAS1, IFITM3, IFIT1, and IFIT3 have inhibitory effects on WSN and/or DkPen type virus RdRP enzymes. We observed that the proteins except OAS1 inhibited WSN type RdRP enzyme at a higher level than that of DkPen enzyme. Conclusion: It was concluded that influenza A virus infection significantly alters the IFN-related gene expression in the cells. Most of the proteins encoded from these genes showed an inhibitory effect on the virus RdRP enzymes in the HEK293 cells. The inhibition of the influenza virus RdRP with IFN-related proteins may be the result of direct or indirect interactions between the host proteins and the viral enzyme subunits.

Background/Aim: The frequency and severity of respiratory tract infections increase with aging. The aim of this study was to determine the bacterial profile of respiratory tract samples in geriatric patients and evaluate the antibiotic susceptibility patterns of the pathogens. Methods: In this cross-sectional study, a total of 509 clinical samples which were obtained from 302 geriatric patients over 65 years of age and sent to the microbiology laboratory between June 2019-January 2021 were investigated retrospectively. The identification and antibiotic susceptibilities of strains were evaluated with BD-Phoenix-100 fully automated microbiology system. Results: Of the 302 geriatric patients, 166 (%55) were males and 136 (%45) were females. The most isolated pathogens were Klebsiella pneumoniae (25.3%) Pseudomonas aeruginosa (22.5%) and Acinetobacter baumannii (10.2%), Corynebacterium striatum (7.3%), Escherichia coli (6.4%), Staphylococcus aureus (6.4%) and coagulase-negative staphylococci (4.2%). The production of ESBL in Klebsiella pneumoniae strains (52.3%) was higher than in Escherichia coli (41%) strains. All Corynebacterium striatum samples were resistant to ciprofloxacin, tetracycline, rifampin, and penicillin. Methicillin resistance among Staphylococcus aureus (MRSA) isolates was 22.7% and they were 100% susceptible to vancomycin and teicoplanin. Above 90% of K. pneumoniae, P. aeruginosa and A. baumannii positive patients were hospitalized in intensive care units (P

C. testosteroni gram negatif, glikozu fermente etmeyen, oksidaz pozitif, hareketli bir basildir. Düşük virülanslı bir mikroorganizma olarak kabul edilir ve insanlarda nadiren enfeksiyona neden olur. Zorlu besin koşullarında hayatta kalma, direnç genlerini edinme yeteneği ve içerdiği virülans faktörleri, C. testosteroni'yi, özellikle predispozan faktörleri olan hastalarda, tehlikeli bir enfeksiyöz ajanı olmak için, potansiyel bir aday yapar. Bu raporda, bir erkek erişkin hastada, C. testosteroni’nin neden olduğu bakteriyemi olgusunu sunuyoruz., Comamonas testosteroni is a gram-negative, non-glucose fermenting, oxidase positive, motile bacillus. It is accepted as a low-virulent microorganism and rarely causes infections in humans. Survival at low nutrient conditions, ability to acquire resistance genes and already found virulence factors make C. testosteroni a potential candidate to be a dangerous infectious agent, especially in patients with predisposing factors. We report a rare case of a bacteriemia due to a rarely isolated microorganism, C. testosteroni, in a male adult patient.

Background/Aim: Helicobacter pylori (HP) is a gram-negative bacillus, with a prevalence of 50% throughout the world. HP infection is considered the strongest etiological factor for gastric cancer (GC). Therefore, early diagnosis and treatment of HP can be considered as the primary prevention strategy for the development of GC. This study aimed to reveal the antimicrobial effect of commonly used local anesthetics (LAs) on HP. The literature review in English has revealed no study on this subject. Methods: This in vitro laboratory study was conducted in a University laboratory between 25 October 2019 and 1 November 2019. In the study, antimicrobial effect of 1 mL sterile saline, 20 mg/mL lidocaine, 1 mg/mL adrenaline, 10 mg/mL prilocaine, 50 mg/mL bupivacaine, and 20 mg+0.0125 mg/mL lidocaine plus adrenaline against H. pylori strain NCTC 11637 obtained from National Collection of Type Cultures (NCTC) were tested in vitro. The groups were designated as follows: Group C (Control), Group B (Bupivacaine), Group L (Lidocaine), Group A (Adrenaline), Group P (Prilocaine), and Group LA (Lidocaine plus adrenaline). HP strain NCTC 11637 was cultured in Mueller Hinton agar (Oxoid, UK) supplemented with 5% sheep blood plates at 37°C under microaerophilic conditions (5% oxygen, 10% carbon dioxide, and 85% nitrogen gas combination) for 72 hours. Results: Antimicrobial activity was observed in Group L and Group LA. No antimicrobial action against HP was observed in other groups. The comparison of groups in terms of inhibition zone diameters showed that there was a statistically significant inhibiting effect in Group L and Group LA compared to Group C (P=0.002 and P

Background/Aim: In recent years, the consumption of broad-spectrum antibiotics used in hospitals and the number of multidrug-resistant pathogens are increasing. Coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic could also affect consumption of antibiotics used in the treatment of hospital-acquired infections and cause a difference antibiotic resistance rate. There is no study on whether there was a change in this trend during the COVID-19 pandemic in Turkey. Our study was conducted to determine antibiotic consumption, the distribution of bacterial agents in culture samples and changes in their antimicrobial resistance rates in our hospital during the COVID-19 pandemic. Methods: In this retrospective cohort study, January and February 2020 were defined as the pre-pandemic period (PPP), and March and April, as the pandemic period (PP). The bacterial agents isolated from blood, urine, and respiratory samples and the rates of antibiotic consumption during these periods were compared using statistical methods. Results: A total of 3,384 samples were analyzed during the PPP and 2,170 samples, during the PP. While the total bacterial agents isolated in PPP was 469, this number was 394 in PP. The isolation of Escherichia coli, Acinetobacter baumannii complex was significantly lower in the PP (P

Amaç: Sığır yetiştiriciliğinde Pasteurella multocida ve Mannheimia haemolytica’nın sebep olduğu pnömoniler yol açtıkları ekonomik kayıplar nedeniyle oldukça önemlidir. Bu çalışmada mikrobiyolojik yöntemler ve real time PCR ile P. multocida ve M. haemolytica'nın neden olduğu belirlenen pnömonili sığır akciğerlerinde ve nasal swaplarda belirlenen sitolojik bulguların ortaya konulması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada sığır pnömonik akciğerlerinde bakteriyolojik kültür, histopatolojik, sitolojik ve real time PCR teknikleri kullanıldı. Real time PCR ile M.haemolytica ve P.multocida belirlenen pnömoni olgularında sitolojik bulgular değerlendirilerek diğer pnömoni tipleri ile karşılaştırıldı. Bulgular: Burun swap ve akciğer örneklerinden hazırlanan smear örneklerinde sitolojik bulgular kaydedildi. Pnömoni belirtisi görülen 233 sığırın 23’ünde (%9.87) P.multocida ve M. haemolytica’ya bağlı pnömoni belirlendi. Fibrinli bronkopnömonili hayvanlar içerisinde yaklaşık % 51,11’inde P.multocida ve M.haemolytica olduğu belirlendi. Bu olguların sitolojik incelemelerinde diğer pnömonilere kıyasla nötrofil lökosit sayısının arttığı tespit edildi. Nötrofillere ilave olarak; P.multocida ve M.haemolytica belirlenemeyen diğer fibrinli bronkopnömoni olgularıyla karşılaştırıldığında bu olgularda lenfosit ve silialı epitel hücrelerin sayısının önemli derecede arttığı belirlendi. Öneri: Çalışmanın sonuçları Pasteurella multocida ve Mannheimia haemolytica’nın sebep olduğu pnömonilerin sığır solunum sistemi enfeksiyonlarının önemli bir bölümünü oluşturduğunu ve fibrinli pnömoniye neden olduğunu göstermiştir. Elde edilen sitoloji sonuçları pnömonilerin tiplendirilmesinde klinik olarak değerlendirilebilir., Aim: In cattle breeding, pneumonia caused by Pasteurella multocida and Mannheimia haemolytica is very important due to the economic losses caused. In this study, it was aimed to reveal cytological findings in pneumonic bovine lungs and nasal swaps due to P. multocida and M. haemolytica determined by microbiological methods and real time PCR. Materials and Methods: In this study, bacteriological culture, histopathological, cytological and real time PCR techniques were used in pneumonic bovine lungs. Cytological findings were evaluated in cases of pneumonia whose etiological agent was identified as M.haemolytica and P.multocida by real time PCR and were compared with other pneumonia types Results: Cytological findings were recorded in smear samples prepared from nasal swaps and lung samples. Pneumonia caused by P. multocida and M. haemolytica was detected in 23 cases (9.87%) out of 233 cattle with signs of pneumonia. P.multocida and M.haemolytica were determined to occur in about 51.11% of the animals with fibrinous pneumonia. During the cytological examination of these cases, neutrophils were seen increased in number compared to the other types of pneumonia. In addition to neutrophils, the number of lymphocytes and ciliated epithelial cells was also significantly increased in these cases compared to the other fibrinous pneumonia cases in which P.multocida ve M.haemolytica was not detected. Conclusion: The results of this study showed that P. multocida and M. haemolytica cause a fibrinous type of pneumonia and constitute an important portion of cattle respiratory diseases. Clinically, cytology results may be evaluated for the typing of pneumonia.

Aim: Autism spectrum disorders are lifelong neurodevelopmental disorders whose pathogeneses are not fully understood. Borna disease virus is a neurotropic virus that affects the central nervous system. Considering the neuropsychiatric and behavioral effects of the virus, it can be suggested that it may play a role in autism spectrum disorder. However, there are insufficient evidence to support this. In this study, we aimed to investigate the presence of Borna disease virus in patients with autism spectrum disorders and healthy controls. Methods: This case-control study, performed in children with autism spectrum disorders and a control group, included patients with autism who visited the Child and Adolescent Psychiatry outpatient clinic between December 2017 - December 2018. Borna virus positivity was assayed with the ELISA method in serum samples. Data was analyzed using SPSS version 22.Results: The study included 63 children diagnosed with autism spectrum disorder and 31 healthy controls. The age range of autism patients was 3-14 years, their mean age was 7.83 (1.96) years, and The Childhood Autism Rating Scale score was 51.09 (5.71). The seropositivity rate for Borna disease virus in the autism and healthy control groups were 25.39% and 25.80%, respectively (P=0.966). For all patients, seropositivity rate was 25.53%.Conclusion: No relationship was found between autism spectrum disorders and Borna disease virus. The clinical significance of Borna disease virus positivity in society is unknown. We conclude that Borna disease virus is not involved in the pathogenesis of autism spectrum disorders., Amaç: Otizm spektrum bozuklukları yaşam boyu nörogelişimsel bozukluklardır ve patogenezi günümüzde tam olarak anlaşılamamıştır. Borna hastalığı virüsü, merkezi sinir sistemini etkileyen nörotropik bir virüstür. Virüsün nöropsikiyatrik ve davranışsal etkileri göz önüne alındığında, otizm spektrum bozukluğunda rol oynayabileceği ileri sürülebilir. Ancak, bunu destekleyecek yeterli kanıt yoktur. Bu çalışmada otizm spektrum bozukluğuna sahip hastalarda ve sağlıklı kontrol grubunda Borna hastalığı virüsü varlığının araştırılması amaçlanmıştır.Yöntemler: Bu çalışma otizm spektrum bozukluğu tanısı almış ve kontrol grubundaki çocuklarda yapılan bir vaka kontrol çalışmasıdır. Çalışmaya Aralık 2017 - Aralık 2018 tarihleri arasında Çocuk ve Ergen Psikiyatri polikliniğine başvuran otizmli çocuklar dahil edilmiştir. Serum örneklerinde ELISA yöntemi ile Borna virüsü pozitifliği değerlendirilmiştir. Veriler SPSS sürüm 22 kullanılarak analiz edilmiştir.Bulgular: Çalışmaya otizm spektrum bozukluğu tanısı almış 63 çocuk ve 31 sağlıklı kontrol grubu dahil edildi. Otizm hastalarının yaş aralığı 3-14 yıl, ortalama yaş 7,83 (1,96) ve Çocukluk Otizmini Derecelendirme Ölçeği skoru ortalama 51,09 (5,71) olarak saptandı. Otizm grubunda ve sağlıklı kontrol grubunda Borna hastalığı virüsü seropozitiflik oranı sırasıyla %25,39 ve %25,80 idi (P=0,966). Tüm hastalar için seropozitiflik oranı %25,53 saptandı.Sonuç: Otizm spektrum bozukluğu ile Borna hastalığı virüsü arasında ilişki saptanmadı. Borna hastalığı virüsünün toplumdaki pozitifliğinin klinik önemi bilinmemektedir. Sonuç olarak Borna hastalığı virüsünün, otizm spektrum bozukluğunun patogenezinde rol oynadığını düşünmüyoruz.

Objective: The aim of this study was to investigate the virulence factors such as in vitro biofilm production, hemolytic and coagulase activity of Candida parapsilosis isolates and to compare these factors with antifungal susceptibilities. Methods: Twenty six isolates from Kocaeli University and 14 isolates from Mersin University were included into this study. Haemolytic activity was tested by sheep blood agar with 3% glucose. Coagulase activity was tested by tube test method. Biofilm production was determined by modified Christensen macrotube method and scored as weak, intermediate or strong positive. The MIC values of the strains against fluconazole, caspofungin, micafungin, voriconazole and amphotericin B were measured with the automated system VITEK-2.Results: Study isolates were from peripheral blood 23, blood catheter 7, urine 3, periton 3, nail samples 2, pleura and sputum samples each one. Of 40 isolates, biofilm production was detected in 32 (80%) and scored as 13 (32.5%) weak, 12 (30%) intermediate and 7 (17.5%) strong positive. In 50% of isolates alpha hemolysis and in 32.5% beta hemolysis was detected and 17.5% were nonhemolytic. Coagulase activity was negative in all isolates. All isolates were susceptible to voriconazole and amphotericin B. Fluconazole resistance was determined in two isolates having weak biofilm production. Caspofungin resistance was determined in 10 of isolates and 4 of them were also resistant to micafungin; 7 of them had haemolytic activity and 7 of them produced biofilm as well. Of these resistant 10 isolates 7 were from peripheral blood, 2 were from periton and one was from urine. Conclusion: Biofilm production and haemolytic activity were the main virulence factors of C. parapsilosis and due to these factors it causes candidemia and intravenous catheter related infections. The treatment protocols of these infections may alter in parallel with changing epidemiology or antifungal susceptibility profiles. Studies included more isolates are needed., Amaç: Candida parapsilosis suşlarının in vitro biyofilm oluşturma, hemoliz ve koagülaz aktiviteleri gibi virülans faktörlerinin araştırılması ve antifungal duyarlılıklarıyla karşılaştırılması amaçlanmıştır. Yöntem: Kocaeli Üniversitesi’nden 26, Mersin Üniversitesi’nden 14 suş çalışmaya alınmıştır. Hemolitik aktivite %3 glikozlu koyun kanlı agarda 37oC’de 48 saatlik, koagülaz aktivite tüp test metodu ile 37oC’de 4 saatlik, biyofilm oluşumu ise modifiye Christensen makro tüp metodu ile %8 glikozlu Sabouraud Dekstroz sıvı besiyerinde 37oC’de 48-72 saatlik inkübasyon sonrasında değerlendirilerek belirlenmiştir. Flukonazol, kaspofungin, mikafungin, vorikonazol ve amfoterisin B’ye karşı MIK değerleri VİTEK-2 otomatize sistem ile belirlenmiştir.Bulgular: Suşların 23’ü periferik kandan, 7’si damar içi kateterden, 3’er adet periton ve idrardan, 2 adet tırnak örneğinden, 1’er adet plevra ve balgam örneklerinden izole edilmiştir. Biyofilm aktivitesi tüm suşların 32’sinde (%80) saptamış olup, 13’ü (%32,5) zayıf, 12’si (%30) orta, 7’si (%17,5) ise güçlü pozitif olarak skorlanmıştır. Suşların yarısı alfa hemoliz, 13’ü (%32,5) beta hemoliz gösterirken, 7’sinde (%17,5) hemoliz saptanmamıştır. Koagülaz aktivitesi tüm suşlarda negatif bulunmuştur. Tüm suşlar vorikonazol ve amfoterisin B’ye duyarlı saptanmıştır. Biyofilm aktivitesi zayıf olan iki suşta flukonazol direncine rastlanmıştır. Periferik kandan izole edilmiş 7 suş ile 2’si periton ve biri idrar suşu olmak üzere toplam 10 suşta (%25) kaspofungin direnci saptanmıştır. Bu suşların 4’ünde aynı zamanda mikafungin direnci, 7’sinde hemolitik aktivite ve biyofilm oluşumu gözlenmiştir. Antifungal direnci ile virülans faktörleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunamamıştır. Sonuç: Biyofilm oluşturma ve hemolitik aktivite C. parapsilosis’in başlıca virülans faktörleridir ve sıklıkla bu faktörlere bağlı olarak kandidemi ve kateter enfeksiyonları oluşabilmektedir. Bu enfeksiyonların tedavi protokolleri epidemiyolojik ve antifungal duyarlılık paterni verilerine göre değişim gösterebilir. Daha fazla C. parapsilosis suşu kullanarak ileri çalışmalar yapılması önerilmektedir.

Equisetum L. is the only genus of the Equisetaceae family, which commonly known as horsetails, in English and atkuyruğu or kırkkilit in Turkish. In traditional medicine, Equisetum telmateia Ehrh. is used in diseases of the urinary system, such as pyelonephritis, prostatic hypertrophy, and cystitis. Besides, this species is known to be used by humans to treat kidney stones or kidney sand. The extracts were obtained from the aerial parts of the E. telmateia using three different extraction methods (maceration, Soxhlet, ultrasonic bath) and their antioxidant (ABTS, CUPRAC), anti-urease and anticholinesterase activities were examined. Also, calcium oxalate anti-crystallization activity of Soxhlet methanol extract showing strong antioxidant activity was determined. Soxhlet methanol extract exhibited stronger ABTS radical scavenging (0.0676 mM Trolox/mg extract) and cupric ion reducing/antioxidant (4.351 mM Trolox/mg extract) activity than other extracts. Soxhlet methanol (65.528%) and maceration methanol (61.965%) extracts showed the strongest anticholinesterase activity. In the anti-urease assay, it was found that Soxhlet petroleum ether extract (15.302%) had the highest anti-urease activity. Furthermore, the data obtained showed that the Soxhlet methanol extract had high efficacy in the nucleation and aggregation phase of calcium oxalate crystals. These results prove that Soxhlet methanol extract has antioxidant, anticholinesterase and anti-crystallization capabilities. Therefore, this extract can be used in the future as an antioxidant and anticholinesterase agent as well as the treatment and / or prevention of stone formation.

Introduction: Although Streptococcus agalactiae is a member of human normal body flora, it can cause serious infections, especially in the newborn and in the presence of certain predisposing factors. The aim of this study wasto evaluate the susceptibility and clinical properties of S.agalactiae isolates isolated from various clinical specimens.Methods: Antibiotic susceptibilities of 494 S. agalactiae isolates isolated from clinical specimens sent to Sakarya University Medical Faculty Training and Research Hospital between 2017-2019 were analyzed retrospectively. All isolated bacteria were identified by conventional methods and mass spectrophotometry (VITEK-MS®, bioMérieux, France). Antibiotic susceptibility tests were performed with VITEK 2® (bioMérieux, France) system according to EUCAST recommendations.Results: When the demographic characteristics of the patients were examined; 364 (73.6 %) were female and 130 (26.3 %) were male. The average age; 48.6 ± 18.5 in female patients and 60.4 ± 17.0 in male patients. Sample distribution of isolates (n = 494); 349 (70 %) urine were 95 (19.2 %) wounds, 14 (2.8 %) vagen, 13 (2.6 %) blood, 10 (2 %) sterile body fluid, 4 (0.8 %) tracheal aspirate, 2 (0.4 %) sputum, 2 (0.4 %) aspiration specimens, 2 (0.4 %) urethral culture. Antimicrobial susceptibility analysis revealed that all strains were susceptible to penisiline, ampicilin, vancomycin, daptomycin, teicoplanin and linezolid; erythromycin, trimethoprim/sulfamethoxazole, tigecycline and tetracycline susceptibilities were 334 (67.6 %), 442 (89.5 %), 482 (97.5 %), 154 (31.2 %) respectively.. In 47 (9.5 %) of the isolates, inducible type MLSb phenotype was determined.Conclusion: S. agalactia strains were most frequently isolated from urine specimens and female patients. Increasing resistance to bacillin and erythromycin, an alternative to penicillin, which causes serious infections in pregnant women and immunosuppressive individuals should not be ignored and treatment should be directed according to antibiotic susceptibility test results., Giriş: Streptococcus agalactiae, insan normal vücut florası üyesi olmasına rağmen özellikle yenidoğanda ve bazı predispozan faktörlerin varlığında ciddi enfeksiyonlara sebep olabilmektedir. Bu çalışmada, çeşitli klinik örneklerden izole edilen S. agalactiae izolatlarının antibiyotiklere duyarlılıklarının ve klinik özelliklerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.Yöntem: 2017-2019 yılları arasında Sakarya Üniversitesi Tıp Fakültesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi’ne gönderilen klinik örneklerden izole edilen 494 S. agalactiae izolatının antibiyotik duyarlılıkları retrospektif olarak incelenmiştir. İzole edilen tüm bakterilerin identifikasyonu konvansiyonel yöntemler ve kütle spektrofotometresi ile (VITEK-MS®, bioMérieux, Fransa) yapılmıştır. Antibiyotik duyarlılık testleri VITEK 2® (bioMérieux, Fransa) sistemi ile EUCAST önerilerine göre gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Hastaların demografik özellikleri incelendiğinde; 364’’ünün (% 73,6) kadın, 130’nun (% 26.3) erkek olduğu görülmüştür. Yaş ortalaması; kadın hastalarda 48,6 ±18,5, erkek hastalarda 60,4 ±17, bulunmuştur. İzolatların (n=494) örnek dağılımı; 349 (% 70) idrar, 95 (% 19,2) yara, 14 (% 2,8) vagen, 13 (% 2,6) kan, 10 (% 2) steril vücut sıvısı, 4 (% 0,8) trakeal aspirat, 2 (% 0,4) balgam, 2 (% 0,4) aspirasyon, 2 (% 0,4) üretral kültür örneği şeklindedir. Antibiyotik duyarlılıkları incelendiğinde tüm suşların penisilin, ampisilin, vankomisin, daptomisin, teikoplanin ve linezolide duyarlı olduğu; eritromisin, trimetoprim/sülfametoksazol tigesiklin ve tetrasiklin duyarlılıklarının ise sırasıyla; 334 (% 67,6), 442 (% 89,5), 482 (% 97,5), 154 (% 31,2) olduğu saptanmıştır. Çalışmaya alınan izolatların 47’sinde (% 9,5) indüklenebilir tipte MLSB fenotipi belirlenmiştir.Sonuç: S. agalactiae suşları, en sık idrar örneklerinden ve kadın hastalardan izole edilmiştir. Bakterinin gebelerde ve immun supresif kişilerde ciddi enfeksiyonlara neden olduğu, penisiline alternatif olan klindamisin ve eritromisine karşı direncin giderek artış göstermesi göz ardı edilmemeli ve tedavi antibiyotik duyarlılık test sonuçlarına göre yönlendirilmelidir.

Aim: In 2013-2018, it was aimed to determine the anti-Echinococcus granulosus (E. granulosus) Ig G seropositivity rate from serum samples sent to Bolu Abant İzzet Baysal University, Izzet Baysal Training and Research Hospital Medical Microbiology Laboratory with suspicion of cystic echinococcosis (CE). Material ve Method:Blood samples sent from the clinics from a total of 644 patients were carried out using the indirect hemagglutination (IHA) (Echinococcosis Fumouze, Fumouze Diagnostics, France) method, according to the manufacturer’s instructions, anti-E Granulosus IgG antibodies were investigated. Serum titers ≥1/160 were considered positive in the IHA test. Test results were analyzed retrospectively. Results: 86 of the patients were female (59.9%) and 258 were male (40.1%). Patient samples were sent mostly from the general surgery clinic (51.5%). Seropositivity was found in 68 (10.6%) of 644 patients. Of 68 patients with seropositivity, 42 (61.8%) were female and 26 (38.2%) were male. CE seropositivity rate was 11.8% in the ≤20 age group, 27.9% in the 21-40 age group, 26.5% in the 41-60 age group, and 33.8% in the> 61 age group. Conclusion: In our study, seropositivity was found to be 10.6% in patients with suspected CE. There was no difference in CE seropositivity between 2013-2018 according to years, age groups and gender., Amaç: 2013-2018 tarihlerinde Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi, İzzet Baysal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına kliniklerden kistik ekinokokkozis (KE) şüphesi ile gönderilen serum örneklerinden anti-Echinococcus granulosus (E. granulosus) Ig G seropozitiflik oranının saptanması amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntemler: Toplam 644 hastadan kliniklerden gönderilen kan örnekleri İndirekt hemaglutinasyon (IHA) (Echinococcosis Fumouze, Fumouze Diagnostics, Fransa) yöntemiyle üretici firmanın talimatlarına uygun olarak anti-E. granulosus IgG antikorları araştırılmıştır. IHA testinde ≥1/160 serum titreleri pozitif olarak kabul edilmiştir. Test sonuçları retrospektif olarak incelenmiştir.Bulgular: Hastaların 386’ sı kadın (%59,9), 258’ i erkek (%40,1) olup hasta örnekleri en çok genel cerrahi (%51,5) kliniğinden gönderilmiştir. 644 hastanın 68 (%10,6)’ inde seropozitiflik saptanmıştır. Seropozitiflik saptanan 68 hastanın 42’ si (%61,8) kadın, 26’sı (%38,2) erkekti. KE seropozitifliği, ≤20 yaş grubunda %11,8, 21-40 yaş grubunda %27,9, 41-60 yaş grubunda %26,5 ve >61 yaş grubunda %33,8 oranında saptanmıştır.Sonuç: Çalışmamızda KE şüpheli hastalarda seropozitiflik %10,6 oranında saptanmıştır. 2013-2018 tarihlerinde yıllara göre görülme sıklığı, yaş grupları ve cinsiyete göre KE seropozitifliğinde istatistiksel olarak fark saptanmamıştır.

Objectives: In this study, we evaluated a rapid and simple protocol for direct identification of microorganisms with Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight, Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) after a short incubation in solid medium (3 to 5h). Methods: We have examined a total of 1101 positive blood culture bottles from 782 patients. Results: We obtained a correct identification in 1037 (94.18%); 190 (98.44%) were Staphylococcus aureus, and 386 (98.44%) Enterobacteriaceae. Both are the most frequent etiological agents of sepsis. A total of 1004 bottles were monomicrobial (96.81%) and 33 (3.18%), polimicrobial. In the latter we identified at least one species. Two hundred eighty (27.00%) organism isolated were considered skin contaminant. Carbapenemase tests were performed with Blue-Carba test in 140 patinas from Gram negative bacilli, we have detected earlier 27 of 29 positive (93.10%). Conclusions: Mass spectrometry by MALDI-TOF MS is very useful to quickly identify the microbial agent and Blue-Carba contribute to adapt the antibiotic therapy to obtain a correct clinical management of the patient with bacteremia.

Chlorococcum novae-angliae is a terrestrial green microalgae species with remarkable potential to synthesize omega-3 (ω-3) and omega-6 (ω-6) fatty acids. In this study, Chlorococcum novae-angliae has been subjected to varying growth conditions (light, nitrogen, salinity, and temperature) to investigate the accumulation of ω-3 and ω-6 fatty acids. Among tested growth conditions, eicosapentaenoic acid, α-linoleic acid, γ-linoleic acid, and arachidonic acid were enhanced by nitrogen limitation. Significant increases were observed in concentration of linoleic acid, an essential precursor molecule for the production ω-6 fatty acids under decreased nitrogen concentrations. Despite the lowest biomass growth, monounsaturated fatty acids and docosahexaenoic acid were increased by 14.4% and 8.7% under low light intensities, respectively. Meanwhile, the highest concentrations of palmitic acid (C16:0), stearic acid (C18:0), and oleic acid (18:1cis-9) were also detected under nitrogen limitation. Total lowest fatty acid concentrations were obtained under increased salinity while low temperature conditions heavily inhibited cellular growth.

Background/Aim: C. albicans remains the most common pathogen responsible for invasive candidiasis. On the other hand, increased rates of candidiasis have been reported worldwide, caused by other Candida species (such as K. marxianus and C. lusitaniae). Considering these uncommon yeasts may be crucial pathogens in the future, it is preferable to describe the in-vitro activities of antifungal agents as potential options for their treatments. This study aimed to evaluate the in-vitro activity of nine different antifungal agents that are routinely used to contribute to the treatment of the infections caused by K. marxianus and C. lusitaniae. Methods: The study included 21 K. marxianus and eight C.lusitaniae strains isolated from various clinical specimens of patients with suspected invasive fungal infection. Conventional identification was confirmed using the molecular methodology of DNA sequencing analysis. Antifungal susceptibilities of the isolates were tested using the Sensititer Yeast One Test Panel Y06 kit, a colorimetric microdilution test.Results: For K. marxianus, amphotericin B had the highest geometric mean MIC (1 μg/mL) and voriconazole had the lowest geometric mean MIC (0.010 μg/mL). For C. lusitaniae, flucytosine had the highest geometric mean MIC (8 μg/mL) and voriconazole had the lowest geometric mean MIC (0.011 μg/mL). Conclusion: Considering that these two species, rare causes of invasive candidiasis nowadays, may become important pathogens in the future, it is reasonable to investigate the in-vitro activities of antifungal agents that can be used in their treatment.

Objectives: Biofilms are defined as communities of organisms attached to a surface and producing an extracellular matrix, in which the bacteria are imbedded. Infections with Salmonella species represent a major health problem and a significant burden on food industry. Biofilm formation is one of the causes of pathogenicity of Salmonella species, especially in the food industry, which allows bacteria to bind to different levels. Many outbreaks have been associated with biofilms, because they quickly resist anti-microbial and cleansing agents. The aim of this research was to study the capability of biofilm formation by Salmonella species isolated from food. Methods: A total of 8 Salmonella species were isolated from 400 samples of red meat, chicken, eggs, and vegetables. Identification was carried out by conventional biochemical tests and serotyping. The capability of biofilm production was measured by titration in Crystal Violet microplate. Results: In the phenotypic study of Salmonella isolates with turbidity method at 550 nm without acetic acid, only 2 (25%) of isolates were able to produce biofilm. both of isolates belonged to the group D of Salmonella. Conclusions: The capability of the isolates to form biofilm reveals the potential ability to resist antimicrobial chemotherapy, therefore higher levels of hygiene in production, packaging, and supply are necessary.

Aim: Enterococci are present as a part of the normal gut flora which can cause many community- and hospital-acquired infections. It is essential to determine the antibiotic resistance profile in treatment of Enterococcus spp. In this study we aimed to determine the sub-species of Enterococcus spp and their antibiotic resistance profiles isolated from a tertiary hospital in a five-year period.Methods: The antibiotic resistance profiles of 2995 Enterococcus spp isolated from various clinical specimens of patients between January 2014 and December 2018 were reviewed in this retrospective cohort study. Results: Ampicillin resistance was very low (5.6%) in E. faecalis, but it was very high in E. faecium (91.8%). High level gentamycin, high level streptomycin and levofloxacin resistances were very high in all Enterococcus species and especially in E. faecium. Linezolid, tigecycline or daptomycin resistance was not determined in any Enterococcus isolates. Nitrofurantoin resistance (61.9%) and parenteral penicillin resistance (82.4%) were also very high in E. faecium isolates. Teicoplanin resistance was very low in E.faecalis (1.5%) isolates but approximately half (44.9%) of the E. faecium isolates were resistant to Teicoplanin. Vancomycin resistance was determined in 1.5% of E.faecalis isolates and in 45.5% of E. faecium isolates. Conclusion: In conclusion, we determined high resistance rates to many antibiotics in both E. faecalis and E. faecium isolates. Tigecyclin, linezolid and daptomycin resistance was not determined in any Enteroccus isolates. Vancomycin resistance was determined in 1.5% of E. faecalis isolates and in 45.5% of E. faecium isolates. This high rate of vancomycin resistance should be taken into account and studies should be conducted to eliminate this resistance., Amaç: Enterokoklar, normal bağırsak florasının bir üyesi olup, birçok toplum- ve hastane- kökenli enfeksiyona neden olabilmektedirler. Enterococcus spp. tedavisinde antibiyotik direnç profilinin belirlenmesi son derece önemlidir. Bu çalışmanın amacı, beş yıllık bir süre içerisinde üçüncü basamak bir hastaneden izole edilen Enterococcus spp. alt tiplerini ve antibiyotik direnç profillerini belirlemektir.Yöntemler: Ocak 2014-Aralık 2018 tarihleri arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen 2995 Enterococcus spp. nin antibiyotik direnç profilleri bu retrospektif kohort çalışmada incelendi.Bulgular: E. faecalis 'te ampisilin direnci çok düşük (%5,6) iken E. faecium 'da (%91,8) çok yüksekti. Yüksek düzey gentamisin, yüksek düzey streptomisin ve levofloksasin dirençleri tüm Enterococcus türlerinde ve özellikle E. faecium 'da çok yüksekdi. Enterococcus izolatlarında linezolid, tigesiklin veya daptomisin direnci saptanmadı. E. faecium izolatlarında nitrofurantoin (%61,9) ve parenteral penisilin direnci (%82,4) de yüksekti. E. faecalis'te (%1,5) teicoplanin direnci çok düşüktü, ancak E. faecium izolatlarının yaklaşık yarısı (%44,9) teicoplanine dirençliydi. Vankomisin direnci, E. faecalis izolatlarının %1,5'inde, ancak E. faecium izolatlarının %45.5'inde belirlenmiştir.Sonuç: Sonuç olarak, hem E. faecalis hem de E. faecium izolatlarında birçok antibiyotiğe yüksek direnç oranları belirledik. Enteroccus izolatlarında tigesiklin, linezolid ve daptomisin direnci yoktu. Vankomisin direnci, E. faecalis izolatlarının %1,5'inde, ancak E. faecium izolatlarının %45,5'inde belirlenmiştir. Bu yüksek vankomisin direnci oranı göz önünde bulundurularak bu direnci ortadan kaldırmak için çalışmalar yapılmalıdır.

Nowadays, combination therapy has become one of the most effective clinical practices in treating infections due to the emergence of multi-resistant microorganisms. In this study, minimum inhibitory concentrations (MICs) of six selected antibiotics; ampicillin, gentamicin, tetracycline, rifampicin, chloramphenicol, and ciprofloxacin were screened towards five Bacillus cereus isolates; KS2, E2, F2, F6, and K2W2 isolated from aquaculture sources and river in Kukup, Johor, Malaysia. Determination of MICs on tested antibiotics showed that all B. cereus isolates were resistant towards ampicillin and rifampicin but most sensitive to chloramphenicol, ciprofloxacin, and gentamicin. Apart from that, this investigation also provides the synergistic effect of ampicillin and chloramphenicol against the B. cereus isolates. On contrary, K2W2 resulted as an antagonism while F6 resulted as indifference. In particular, synergy or double therapy of antibiotics may be required to treat multi-resistant organisms. Furthermore, the observed synergy between ampicillin and chloramphenicol opens a new window of using bacteriocins and antibiotics in combination therapy of infections.

Bakteriyel mikrobiyom analiz ve araştırmaları, mantar mikrobiyomu kavramı ve çalışmalarının önüne geçmiştir. Tüm insanlar ve laboratuvar hayvanları, sağlıklı olduklarında doğal mantar topluluklarını taşırlar. Mantar mikrobiyomu, bakteriyel mikrobiyomdan önemli ölçüde daha küçüktür. Hastalıkta kofaktör olarak mantar mikrobiyomunun rolü de belirgindir ancak bunca zamanda hafife alınmıştır. Sağlıklı bir derinin fungal mikrobiyomunda yer alan başlıca türler Malassezia ve Candida türleridir. Sağlıklı deride daha fazla maya formu görülürken, etkilenen bölgelerde daha çok hifal formda görülmektedir. Ağız mikrobiyomunun fungi içerdiği kabaca Candida, Aspergillus, Fusarium ve Cryptococcus sp den oluşmaktadır. Sağlıklı akciğerlerin steril olduğu savı da son yıllarda yapılan sekans çalışmaları ile değişmiş, fungal topluluklardan Aspergillus fumigatus başta olmak üzere Ceriporia lacerata, Saccharomyces cerevicae ve Penicillium brevicompactum’un bulunduğunu gösterilmiştir. İnflamatuar bağırsak hastalıklarında belirgin fungal mikrobiyal disbiyoz bulunmuş, Basidiomycota / Ascomycota oranı ve C. albicans’ın arttığı, Saccharomyces cerevisiae oranının ise azalmış olduğu belirlenmiştir. Sonuçta; Bu tür karmaşık ve birbirine bağlı mikrobiyal sistemlerde, mikobiyom, bir dizi hastalığa ve bunların patogenezine katkıda bulunan bir faktör olabilir. İleri çalışmalar kısa sürede bu tür konulara açılım getirecektir., Fungal microbiome concept and studies are dominated by bacterial microbiome analysis and researches. All humans and laboratory animals carry natural fungalcommunities when they are healthy. " e fungal microbiome is significantly smaller than the bacterial microbiome. " e role of the fungal microbiome as a cofactorin disease is also apparent, but has been underestimated in this time. " e main species in the fungal microbiome of a healthy skin are Malassezia and Candidaspecies. While more yeast forms are seen in healthy skin, it is mostly seen in hyphae form in the a# ected areas. " e oral microbiome consists roughly of Candida,Aspergillus, Fusarium and Cryptococcus sp. " e argument that healthy lungs are sterile has also changed with the sequence studies carried out in recent years, and ithas been shown that there are fungal communities such as Aspergillus fumigatus, Ceriporia lacerata, Saccharomyces cerevicae and Penicillium brevicompactum. Itwas found that significant fungal microbial dysbiosis was found in in$ ammatory bowel diseases, Basidiomycota / Ascomycota ratio and C. albicans increased, andSaccharomyces cerevisiae ratio decreased. A% er all; In such complex and interconnected microbial systems, the mycobiome can be a contributing factor to a numberof diseases and their pathogenesis. Further studies will open up such issues in a short time.

The intestinal tract has developed various strategies that allow a symbiotic relationship with the microbiota and restrict the invasion of microorganisms. Toll-like receptors (TLRs) are expressed in a variety of cell types, including macrophages, dendritic cells (DCs), T lymphocytes, and intestinal epithelial cells. TLRs act as pathogen recognition receptors (PRRs) that recognize pathogen-associated molecular patterns (MAMP) specific to pathogens and essential for their survival. Interactions between intestinal microbiota in humans and TLRs on intestinal epithelial cells and immune cells support the maintenance of the homeostasis of the immune system. TLR-related pathways regulate intrinsic metabolism in immune cells to allocate energy to immune response. Commensal bacteria are recognized as "non-pathogenic" after anti-inflammatory response with TLR2 activation. TLR4 expression is increased in adipose tissue, peripheral blood or muscle tissue samples of obese or type 2 diabetes patients and in adipose tissues of obese mice and is associated with insulin resistance. TLR5-deficient mice have been reported to be prone to developing the metabolic syndrome including insulin resistance and increased adiposity, which is associated with changes in microbiota composition. In addition, the beneficial effects of immunosuppression with the use of TLR antagonists continue to be investigated for metabolic and cardiovascular diseases. The intestinal microbiota changes due to genetics and environmental influences can cause host immune response problems and certain microbiota manipulations and reprogramming of microbiota in patients can offer accessible and promising treatment options. Therefore, it is important to understand how the relationship between the microbiota and the immune system will regulate metabolic parameters which could lead to advances in the treatment of metabolic diseases., İntestinal kanal, mikrobiyota ile simbiyotik bir ilişkinin oluşmasına izin veren ve mikroorganizmaların invazyonunu kısıtlayan çeşitli stratejiler geliştirmiştir. Toll benzeri reseptörler (TLR), makrofajlar, dendritik hücreler (DC'ler), T lenfositler ve bağırsak epitel hücreleri dahil olmak üzere çeşitli hücre tiplerinde ifade edilen reseptörlerdir. Patojenlere özgü ve hayatta kalmaları için gerekli olan patojen ilişkili moleküler modelleri (MAMP) tanıyan patojen tanıma reseptörleri (PRR'ler) olarak görev yapmaktadırlar. İnsanda bağırsak mikrobiyotası ile bağırsak epitel hücreleri ve bağışıklık hücreleri üzerindeki TLR'ler arasındaki etkileşimler, bağışıklık sisteminin homeostazının korunmasına destek olmaktadırlar. TLR ilişkili yolaklar enerjiyi bağışıklık yanıtına ayırmak için bağışıklık hücrelerindeki içsel metabolizmayı düzenlemektedir. TLR2 aktivasyonu ile anti-inflamatuar yanıt sonrası kommensal bakteriler “patojenik olmayan” olarak tanınmaktadır. TLR4 gen ifadesi, obez veya tip 2 diyabet hastalarının adipoz doku, periferik kan veya kas dokusu örneklerinde ve obez farelerin adipoz dokularında artmakta ve insülin direnci ile ilişkili olmaktadır. TLR5 yoksun farelerin mikrobiyota kompozisyonlarındaki değişikliklerle ilişkili olan insülin direnci ve artan adipozite dahil olmak üzere metabolik sendrom geliştirmeye eğilimli oldukları bildirilmiştir. Ayrıca TLR antagonistlerinin kullanımı ile immünosupresyonun sağladığı faydalı etkiler metabolik ve kardiyovasküler hastalıklar için araştırılmaya devam etmektedir. Genetik ve çevre etkisiyle bağırsak mikrobiyotasındaki değişiklikler, sorunlu konak bağışıklık tepkisine neden olabilmekte ve mikrobiyota manipülasyonları ile hastalarda mikrobiyotanın yeniden programlanması erişilebilir ve ümit verici tedavi şekilleri sunabilmektedir. Bu nedenle, mikrobiyota ve bağışıklık sistemi arasındaki ilişkinin metabolik parametreleri nasıl düzenleyeceğini anlamak, metabolik hastalıkların tedavisinde ilerlemeler sağlayabilecektir.

A total of 127 stool samples (rectal swab) from diarrheic calves, up to one mouth of age, were collected during one year period (2014-16) from three cities (Sivas, Malatya and Elazığ) located central Turkey. 432 bp partial sequence of Nsp1ab gene were amplified. The PCR amplicons were purified and sequenced and deposited to GenBank. Sequence alignment and phylogenetic analysis being based on partial nucleotide sequences of Nsp1ab gene was constructed. As a result of RT-PCR study, we found that the 3.15% of fecal samples (4/127) were positive for diarrhea calves from Turkey. The neighbor-joinning tree of partial sequence of Nsp1ab gene (ORF1a) indicated that strains were substituted under three distinct lineage. None of our strains belonged to the Neuro1 lineage (lineage 3) of Bovine astrovirus which was isolated from bovine with neurological symptoms. On the other hand, while BAstVHT1-TUR strain was substituted under lineage 1a, the other novel starts were lineage 2. While the identity of analyzed sequences varies from 51.1 to 100%, novel strains were calculated between 75.8 to 100 % each other. As a result, we report the first detection and phylogenetic analysis of Bovine astrovirus from Turkey., Orta Anadolu’da yer alan üç ilden (Sivas, Malatya ve Elazığ), 2014-16 yılları arasında toplam 127 dışkı örneği toplandı. Bovine astrovirus’un Nsp1ab geninin 432 bp kısmi bölgesi çoğaltıldı, dizi analizi yapıldı ve GenBank’a yüklendi. Sekans hizalaması ve filogenetik analizler yapılarak moleküler karakterizasyonu gerçekleştirildi. RT-PCR çalışmasının sonucuna göre örneklerin %3,15’i (4/127) pozitif olarak tespit edildi. Kısmi Nsp1ab gen (ORF1a) bölgesinin neighbour-joinning yöntemiyle filogeni ağacı oluşturuldu. Buna göre izolatlarımızın hiçbiri sinirsel belirti gösteren sığırlardan izole edilen Neuro1 hattında (hat 3) yer almazken BAstV-HT1-TUR suşumuz hat 1a altında ve diğer suşlarımız ise hat 2 altında konumlandı. Analiz edilen sekansların benzerliği %51,1’den %100’e varan oranlarda gerçekleşirken yeni suşların kendi arasındaki benzerlik oranının %75,8’den %100’e vardığı ortaya konuldu. Sonuç olarak, Bovine astrovirusun Türkiye’de ilk teşhisi ve filogenetik analizi rapor edilmiştir.

Chemical composition and fumigant insecticidal activities of essential oils obtained from oregano ( Origanum syriacum L.), lavender ( Lavandula angustifolia L.), sage ( Salvia officinalis L.,), fennel ( Foeniculum vulgare Mill.) and laurel ( Laurus nobilis L.) plants were investigated against the adults of cowpea weevil, Callosobruchus maculatus (F.) (Coleoptera: Bruchidae). Based on GC-MS analysis, total number of compounds determined in oregano, lavender, sage, fennel and laurel essential oils were 25, 33, 23, 23, 42, respectively. Carvacrol (66.66%), trans -anethol (79.17%), 1,8- cineole (50.0%), camphor (30.46%) and linalyl acetate (35.66%) were found as the most abundant compounds, respectively. Bioassay results revealed that essential oils, at 30.0 or 40.0 ?g ml -1 air, resulted in 100% adult mortality of C. maculatus . Insecticidal activity was increased in response to increased concentration of essential oil. Among the essential oils tested, oregano showed the highest fumigant toxicity at relatively lower concentration (30.0 ?g ml -1 ). Complete adult mortality (100%) caused by fennel, laurel, sage and lavender essential oils at the concentrations of 40.0 ?g ml -1 air. The LC 50 and LC 90 values for each essential oil were estimated by using probit analysis. The lowest LC 50 value was estimated for sage essential oil (8.79 ?g ml -1 ) followed by oregano (11.17 ?g ml -1 ), lavender (11.64 ?g ml -1 ), laurel (13.59 ?g ml -1 ) and fennel (17.46 ?g ml -1 ), respectively. The results revealed that plant essential oils might be used in research aiming the development of new environmental friendly control agents against stored-product pests such as cowpea weevil., Origanum ( Origanum syriacum L.), lavanta ( Lavandula angustifolia L.), adaçayı ( Salvia officinalis L.), rezene ( Foeniculum vulgare Mill.) ve defne ( Laurus nobilis L.) bitkilerinden elde edilen uçucu yağların kimyasal bileşenleri ve fümigant insektisit etkinliği bakla tohum böceği Callosobruchus maculatus (F.) (Coleoptera: Bruchidae) erginlerine karşı araştırılmıştır. GC-MS analiz sonucuna göre, origanum, lavanta, adaçayı, rezene ve defne bitki uçucu yağlarında sırasıyla 25, 33, 23, 23, 42 adet bileşen belirlenmiştir. Carvacrol (%66.66), trans -anethol (%79.17), 1,8- cineole (%50.0), camphor (%30.46) ve linalyl acetate (%35.66) bu bitkilerin uçucu yağlarında ana bileşenler olarak belirlenmiştir. Biyolojik etkinlik çalışmaları tüm uçucu yağların 30.0 ve 40.0 ?g ml - 1 hava konsantrasyonları C. maculans erginleri üzerinde %100 ölümlere neden olduğunu göstermiştir. Uçucu yağların insektisit etkinliği artan konsantrasyonlara bağlı olarak artış göstermiştir. Test edilen uçucu yağlar arasında, origanum uçucu yağı daha düşük konsantrasyonda (30.0 ?g ml -1 hava) en yüksek etkinlik göstermiştir. Rezene, defne, adaçayı ve lavanta uçucu yağları ise 40.0 ?gml -1 hava konsantrasyonunda %100 ergin ölümlerine neden olmuştur. Her bir uçucu yağın LC 50 ve LC 90 değerleri probit analizi ile belirlenmiştir. En düşük LC 50 değeri adaçayı (8.79 ?g ml -1 ) için belirlenmiş olup, bunu sırasıyla origanum (11.17 ?g ml -1 ), lavanta (11.64 ?g ml -1 ), defne (13.59 ?g ml -1 ) ve rezene (17.46 ?g ml -1 ) uçucu yağları takip etmiştir. Elde edilen sonuçlar bitki uçucu yağlarının börülce tohum böceği gibi depolanmış ürün zararlılarının kontrolünde yeni çevre dostu aktif maddelerin araştırıldığı çalışmalarda kullanılabileceğini göstermiştir.

In this study, it was aimed tocharacterize the feeding and diet composition of the most common pelagicchaetognath Flaccisagitta enflata.Zooplankton samples were collected using a WP-2 zooplankton net (200 µm) atthree stations in the İskenderun Bay in October 2016, December 2016 and March2017. F. enflata was the mostabundant chaetognath in all samples and its proportion varied from 42 to 94%.Younger stages (I and II) dominated the population of F. enflata. Intotal, 1663 specimens were examined, but only 185 contained prey in their guts.The total food-containing ratio and the number of prey items for this chaetognath specieswere 11% and 0.1, respectively. These values varied for different maturitystages. Most food items were unidentified due to digestion. Copepods were the main food resource (36.8%) forthe species. Cannibalism was also observed.Thisstudy is the first to describe F. enflatafeeding behaviour in the coastal area of İskenderun Bay. The preliminaryresults show that the feeding ratios were within the ranges reported for otherregions in the eastern Mediterranean Sea., Mevcut çalışmada, en yaygın pelajik ketognat olan Flaccisagitta enflata’nın beslenmesi ve besin kompozisyonukarakterize edilmeye çalışılmıştır. Zooplankton örnekleri, İskenderunKörfezi’nde Ekim ve Aralık 2016, Mart, 2017 periyotlarında 3 istasyonda WP-2zooplankton kepçesi (200 µm) ile toplanmıştır. Ketognatlar içinde, F. enflata,tüm periyotlarda baskın tür olarak gözlenmiş olup, oranı %42–94 arasındadeğişim göstermiştir. Erken olgunluk aşamaları (I ve II) F. enflata populasyonunda baskın olarak gözlenmiştir. Toplam 1663birey incelenmiş olup, bunlardan sadece 185 bireyin bağırsağında besinerastlanmıştır. Bu tür için toplam besin içerme oranı (FCR) ve ketognat başınadüşen besin miktarı (NPC) sırasıyla %11 ve 0.1 olarak bulunmuştur. Bu değerlerolgunluk aşamalarına göre farklılık göstermiştir. Çoğu besin sindirilmiş olduğundandolayı tanımlanamamıştır. Tanımlanan besin canlılar arasında kopepodlar anabesin kaynağını oluşturmuştur (%36.8). Bununla birlikte kannibalizm’degözlenmiştir.Bu çalışmada ilk kezİskenderun Körfezi’nin kıyısal alanında F.enflata’nın beslenmesi ile ilgili bilgiler elde edilmiş ve ilk gözlemlerbeslenme oranlarının Doğu Akdeniz’in diğer alanlarından elde edilen sonuçlarile benzer olduğunu göstermiştir.

Bu çalışmada, gökkuşağı alabalıklarının bağırsaklarından izole edilen bakterilerin, Lactococcus garvieae’ye karşı in vitro antagonsitik etkileri, hidrofobisiteleri, safra tuzlarına ve düşük pH şartlarına töleransları araştırıldı. Bu amaçla sağlıklı 20 adet gökkuşağı alabalığının (250 g) bağırsaklarından bakterilerilerin izolasyonu yapıldı. İzole edilen 157 adet bakterinin Agar Kuyu Difüzyon yöntemi kullanılarak L. garvieae’ya karşı antagonistik aktiviteleri belirlendi. Dört izolat L. garviea’ye karşı in vitro antagonistik etki gösterdi. Antagonistik suşların fenotipik özelliklerinin saptanmasında geleneksel testler, API 20 NE ve API STREP test kitleri; moleküler identifiksyon için, L. garvieae spesifik PCR ve 16S rRNA gen sekans analizi kullanıldı. Çalışmanın sonucunda, aday probiyotik suşlar, Aeromonas sobria (TUB/2013/L63), Bacillus sp. (TUB/2013/L97) ve L.garvieae (TUB/2013/L32) hidrofobik (bağırsak epitel hücrelerine tutunma kabiliyetinde), safra tuzlarına ve düşük pH şartlarına(balığın sindirim sisteminde hayatta kalma özelliğinde) töleranslı bulundu. In this study, bacterial isolates from the intestines of rainbow trout were investigated for in vitro antagonistic effects against Lactococcus garvieae, hydrophobicity, bile salts and low pH conditions. For this purpose, bacteria were isolated from the intestines of 20 healthy rainbow trout (250g). Antagonistic activities of 157 bacterial isolates against L. garvieae by Agar Well Diffusion method. Four isolates showed antagonistic effect against L. garviea in vitro. Phenotypic characteristics of antagonistic strains were determined by conventional tests, API 20 NE and API STREP test kits. For molecular identification, L. garvieae specific PCR and 16S rRNA gene sequence analysis were used. As a result of the study, candidate probiotic strains, Aeromonas sobria (TUB / 2013 / L63), Bacillus sp. (TUB / 2013 / L97) and L. garvieae (TUB / 2013 / L32) were found hydrophobic (ability to bind to intestinal epithelial cells), bile salts and low pH conditions (ability of the fish to survive in the digestive system).

Dermanyssus gallinae kümes hayvanları, kafes kuşları, güvercinler ve yabani kanatlılardan hematofajik olarak beslenen önemli ektoparazit türlerinden biridir. Esas konaklarında yaşama olanağı bulamayan nimf veya erişkin formundaki bu ektoparazitler memeli hayvanlardan hatta insanlardan da beslenmektedir. Bu nedenle halk sağlığı açısından önemli kabul edilmektedirler. Evlerinde hayvan besleyenlerde, ahır, kümes ve barınakların yakınında yaşayanlarda, tavuk çiftliği çalışanlarında, bu ektoparazitin oluşturduğu gamazoidozis adlı klinik tablo görülebilmektedir. Pruritus dermatitis insanlarda D.gallinae ile de oluşmakta ve hatalı tanılara neden olabilmektedir. Bu raporda, insanda saçlı deride şiddetli kaşıntıya yol açan bir D.gallinae olgusu sunulmaktadır. Üniversite Hastanesine başvuran 66 yaşında kadın hasta, yaklaşık bir aydır "saçlarında böcekler ve saçlı deride akşamları artan kaşıntı" şikayeti olduğunu belirtmiştir. Hastanın dermatolojik muayenesinde saçlı deri ve saçlar olağan görünüm olarak belirlenmiştir. Rutin laboratuvar sonuçları normal olarak saptanmıştır. Bununla birlikte, yanında getirdiği yazmasında çok sayıda akar örneği saptanmıştır. Hastanın yaşadığı köy evinde bahçe içinde tavuk beslediği öğrenilmiştir. Toplanan örnekler gliserin-alkol içeren cam şişeler içine konulmuş ve ışık mikroskobunda 10x, 20x ve 40x objektifler kullanılarak incelenmiştir. Akarlar morfolojik incelemede D.gallinae (Takım: Mesostigmata; Yerel adı: kanatlı kırmızı akar, tünek akarı, tavuk akarı) olarak tanımlanmıştır. Hastanın üzerindeki akarları uzaklaştırmak için %1 uzun etkili permetrin şampuan, kontrollerinde ise %5 permetrin ve %10 krotamiton losyon tedavisi uygulanmıştır. Hastaya ev ve yaşam alanı olarak kullanılan yerlerin temizlenmesi, ortamın havalandırılması, kullanılan eşyaların yıkanıp deterjanla temizlenmesi anlatılmıştır. D.gallinae ile çevresel mücadelede; etraftaki konakçı canlıların barınaklarının karbamatlar (karbolin, triklorfon, malatyon ve tetraklorvinfos vb.), organik fosforlu ve piretroitli akarisit insektisitlerle püskürtme veya toz halinde ilaçlama önerilmiştir.Barınak içinde parazitin saklanacağı yarık ve çatlakların ilaçlanarak onarılması önerilmiştir. Hasta (i) duyarlı akarisitler ile ev içindeki eşyaların temizliği, (ii) kullanılmayan enfekte hayvan barınak, kafes ve yuvalarının insan yaşam alanından uzaklaştırılması, (iii) ortam sıcaklığının 45°C'nin üzerine çıkarılabileceği, (iv) yaşam alanlarının havalandırılması ve (v) deterjanlar ile kıyafetlerinin temizlenmesi konularında bilgilendirilmiştir. Bu parazitin enfestasyonundan ve bulaştırma riski taşıdığı enfeksiyon etkenlerinden korunmak için taşıyıcı konak ile enfekte odaktan uzak durulması, hijyen kuralına uyulması, konakların ve barınaklarının ilaçlanması önem taşımaktadır. Hastadan iyi öykü alınması, kanatlılarla temasının sorgulanması, tedavi ve korunmada kolaylaştırıcı rol oynayacaktır

Klebsiella pneumoniae insan normal mikrobiyotasında yer alan, fırsatçı patojen olarak özellikle hastane enfeksiyonu yapan Enterobacteriaceae familyası üyesidir. Özellikle karbapenem grubu antibiyotiklere dirençli K.pneumoniae izolatlarının ortaya çıkması nedeniyle hastanede yatış süreleri, mortalite ve morbidite artışları gözlenmektedir. Ülkeler, bölgeler hatta sağlık kuruluşları arasında bile farklı direnç oranları gözlenmekle birlikte, son 10 yıllık dönemde karbapenem dirençli suşların oranlarında hızlı bir artış görülmektedir. Karbapenem dirençli suşların hızlı ve doğru tespiti, etken oldukları enfeksiyonların tedavisinde, uygun antibiyotik ve kombinasyonların belirlenebilmesi, başarı oranının artırılması açısından oldukça önem taşımaktadır. Bu çalışmanın amacı, karbapenem dirençli K.pneumoniae izolatlarındaki karbapenemaz varlığı ve tiplerini araştırarak, bu amaçla kullanılabilecek ticari bir ürün olan "MASTDISCS(TM) ID carbapenemase detection disc set'' ve görece yeni bir yöntem olan "Carbapenem Inactivation Method (CIM)" yöntemlerinden elde edilecek sonuçların polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle karşılaştırmasının yapılmasıdır. Bu amaçla, ertapenem, meropenem ve imipenem antibiyotiklerinden herhangi birine dirençli olduğu saptanan 2015-2016 yılları arasında izole edilen 54 K.pneumoniae izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. İzolatların tür düzeyinde tanımlanması VITEK MS ile yapılırken, antibiyotik duyarlılık testleri ise VITEK 2 Compact® otomatize sistemi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Otomatize sistemde karbapenem dirençli olduğu saptanan izolatlarda gradiyent test yöntemiyle "The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST)" önerileri doğrultusunda minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK) değerleri belirlenmiştir. Bu izolatlarda blabla "MASTDISCS(TM) ID carbapenemase detection disc set" ve "Carbapenem Inactivation Method (CIM)" yöntemleriyle araştırılmış ve izolatların klonal ilişkisini saptamak için REP-PCR uygulanmıştır. Elli dört K.pneumoniae izolatı karbapenem dirençli olarak belirlenirken, imipenem, meropenem ve ertapenem MİK ve MİK değerleri 32 µg/ml olarak belirlenmiştir. İzolatların 33'ünde yalnız blayalnız blabla klon gözlenmiştir. "MASTDISCS(TM) ID carbapenemase detection disc set" karbapenemaz üreten izolatların tamamını saptayabilirken, metallo beta-laktamaz (MBL) ve OXA-48 enzim birlikteliği olan izolatlarda OXA-48 ayrımını yapmada yetersiz kaldığı gözlenmiştir. CIM yöntemi OXA-48 içeren izolatlarda oldukça düşük oranda (%46.15) pozitif sonuç verirken, blabaşarılı olarak bulunmuştur. Çalışmamız kapsamında, Mastdiscs-ID yönteminin, ülkemizde prevalansı yüksek olan bla, bla , bla , bla genleri PCR ile araştırılmıştır. Karbapenem dirençli izolatlarda fenotipik olarak enzim tiplendirilmesi belirlenirken, 19 izolatta her iki genin birlikte bulunduğu saptanmıştır. İzolatların hiçbirinde, , bla , bla , ikisinde genlerine rastlanmamıştır. İzolatlar REP-PCR yöntemiyle değerlendirildiğinde, altı ana içeren izolatlarda saptama oranı (%85.71) daha varlığını saptamada başarıyla kullanılabileceği sonucuna varılmıştır, Being a member of the Enterobacteriaceae family, Klebsiella pneumoniae is an opportunistic pathogen that inhabits normal human microbiota and causes predominantly hospital-acquired infections. The emergence of K.pneumoniae isolates which are resistant particularly to the carbapenem group of antibiotics has led to an increase in hospitalization period, mortality and morbidity. Although different rates of resistance are observed between countries, regions and even healthcare facilities, there has been a rapid increase in the prevalence of carbapenem-resistant strains in the last 10 years. Fast and correct identification of carbapenem-resistant strains is important for the successful treatment of infections caused by these resistant bacteria. The objective of this study was to investigate the presence and the types of carbapenemases in carbapenem-resistant K.pneumoniae strains using “MASTDISCS™ ID carbapenemase detection disc set”, a commercial product that can be used for this purpose, and “Carbapenem Inactivation Method (CIM)”, a relatively new method, and compare the results of these methods by polymerase chain reaction (PCR). For this purpose, we used 54 K.pneumoniae strains isolated in 2015-2016, that were resistant to any of the ertapenem, meropenem or imipenem antibiotics. The identification of the strains was performed using VITEK MS and their antibiotic susceptibility tests were carried out using the VITEK 2 Compact® automated system. For the strains that were found resistant to carbapenems in the automated system, the minimum inhibitor concentration (MIC) values were determined by the gradient testing method according to the recommendations of “The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST)”. The blaOXA-48, blaIMP, blaNDM, blaVIM, and blaSIM genes were investigated with PCR among these isolates. Phenotypic enzyme typing was performed in the carbapenem-resistant strains using the “MASTDISCS™ ID carbapenemase detection disc set” and “Carbapenem Inactivation Method (CIM)”. REP-PCR was used to reveal clonal relationship of the isolates. The 54 K.pneumoniae isolates were found as resistant to carbapenem and the MIC50 and MIC90 values of imipenem, meropenem and ertapenem were 32 µg/ml. Only 33 of the strains had blaOXA-48 and two of them had only blaNDM, the remaining 19 strains had both of these two genes. The blaIMP, blaVIM and blaSIM genes were not encountered in any of the isolates. When the isolates were assessed by the REPPCR method, six main clones were detected. The “MASTDISCS™ ID carbapenemase detection disc set” was able to detect all the carbapenemase producing strains and it remained incapable of distinguishing OXA-48 in the strains which had both OXA-48 and metallo beta lactamase (MBL) enzymes. The CIM method showed a low rate of positivity (46.15%) in the strains containing blaOXA-48, but was found much more successful in the strains containing blaNDM with a detection rate of 85.71%. In this study, it was concluded that the Mastdiscs-ID method could be successfully used to detect the presence of blaOXA-48 which has a high prevalence in our country.

Bakteriyel enfeksiyonların tedavisinde kontrolsüz antibiyotik kullanımı, çoklu ilaç dirençli suşların ortaya çıkmasına sebep olmaktadır. Bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların çoğu biyofilm yapısı ile ilişkilidir ve bu yapının oluşmasına quorum sensing (QS) adı verilen mekanizma aracılık etmektedir. Bu çalışmada, nisin ve p-coumaric asitin (pCA) tek başlarına ve kombine halde uygulanmasının fırsatçı bir patojen olan Enterococcus faecalis türündeki 3 suşta (74, 114 ve OG1RF) AI-2 aracılıklı QS mekanizmasına ve çeşitli virülans faktörlere etkileri belirlenmiştir. Böylece, bu organizma ile mücadelede antibiyotik kullanımına alternatif olabilecek AI-2' yi hedef alan yeni bir stratejinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bunun için öncelikle test edilen ajanların MİK değerleri belirlenmiştir. Ardından, her suşun eksponansiyel fazdaki planktonik formlarından izole edilen süpernatantlarına MİK dozlarında nisin (OG1RF için 0,5 mg/ml; 74 ve 144 için ise 0,25 mg/ml), pCA (üç suş için de 1 mg/ml) ve nisin+pCA kombinasyonu uygulanmıştır. AI-2 aktivitesindeki değişimlerin hesaplanmasında raportör suş Vibrio harveyi'den yararlanılmıştır. AI-2 aktivitesi üzerinde en yüksek inhibisyon etkisini tek başına pCA gösterirken (%60-66), nisinin tek başına istatistiki olarak anlamlı bir etkisi belirlenmemiştir. İki ajanın birlikte uygulanması sonucunda ise, etkinlikte bir artış gözlenmemiştir. Ajanların E. faecalis biyofilm oluşumu üzerine etkilerinin belirlenmesi amacıyla, E. faecalis gelişme ortamlarına ajanlar MİK dozlarında (0,25 veya 0,5mg/ml nisin ve 1 mg/ml pCA) hem tek başlarına hem de kombine halde ilave edilmiştir. 24 h ve 48 h'lik inkübasyon sonrasında biyofilm oluşum düzeylerindeki farklılıklar canlı hücre sayısı belirlenmek suretiyle incelenmiştir. Nisin tek başına uygulandığında tüm suşların biyofilm oluşumunu ≤%11 oranında azaltırken, pCA uygulamasıyla biyofilm oluşumunda % 10-17 arasında azalma tespit edilmiştir. İki ajanın birlikte uygulanmasının, 24 h ve 48 h'lik inkübasyon sonucunda OG1RF suşunun biyofilm oluşumunu tamamen engellediği, 114 ve 74 suşunda 24 h' te sırasıyla inhibisyon oranın %30 ve %15; 48 h' te ise %26 ve %16 oranında olduğu belirlenmiştir. Ajanların virülans genlerin ifadesi üzerine etkilerinin araştırıldığı çalışmalar sonucunda, nisin ve nisin+pCA kombinasyonunun sprE geni üzerinde 30-40 kat düzeyinde inhibisyon etkisi gösterdiği belirlenmiştir. Yalnızca pCA ajanının ise sprE geninin ifadesinde değişime neden olmadığı bulunmuştur. Bununla birlikte test edilen koşullarda ace ve gelE genlerinin suşlarda ifade edilmediği belirlenmiştir. Denemelerimiz ile nisin ve pCA' nın E. faecalis AI-2 sinyal molekülü inhibisyonu hem de biyofilm oluşumu üzerindeki etkileri lirteratürde ilk kez araştırılmıştır. pCA tek başına AI-2 inhibisyonu üzerinde anlamlı düzeyde etkili bulunurken, nisin ve pCA'nın birlikte kullanılması halinde E. faecalis suşlarının biyofilm oluşumu anlamlı düzeyde azalmış/engellenmiştir. Elde ettiğimiz bulgular, bu iki ajanın fırsatçı patojen E. faecalis ile mücadelede önemli ajanlar olabileceğini ortaya koymaktadır. Uncontrolled use of antibiotics in the treatment of bacterial infections leads to the emergence of multi-drug resistant strains. Most of the infections caused by bacteria are related to the structure of the biofilm and this structure occurs as a result of the communication of bacteria through the mechanism called quorum sensing (QS). In this study, determination of the effects of nisin and p-coumaric acid and the combination of these two agents on AI-2 QS mechanism and various virulence factors in 3 strains (74, 114 and OG1RF) of Enterococcus faecalis, an opportunistic pathogen, were investigated. Thus, it is aimed to determine a new strategy targeting AI-2 which may be an alternative to antibiotic use in the fight against this organism. For this, the MIC values of the tested agents were determined first. Subsequently, to the supernatants, isolated from planktonic forms of each strain in the exponential phase, at MIC doses of nisin (0.5 mg / ml for OG1RF; 0.25 mg / ml for 74 and 144), pCA (1 mg / ml for all three strains) and nisin + pCA combination was applied. Reporter strain Vibrio herveyi was used to calculate the changes in AI-2 activity. While pCA alone (60-66 %) showed the highest inhibition effect on AI-2 activity, it was not determined that nisin had a statistically significant effect alone. As a result of the application of the two agents together, no increase in effectiveness was observed. In order to determine the effects of agents on E. faecalis biofilm formation, agents were added to E. faecalis growth media both at the MIC doses (0.25 or 0.5mg / ml nisin and 1 mg / ml pCA) individually and in combination. After 24h and 48h incubation, the differences in biofilm formation levels were examined by determining the number of live cells. When nisin was applied alone, all strains reduced biofilm formation by ≤11%, whereas pCA application reduced biofilm formation by 10-17 %. In combination with the two agents, the OG1RF strain completely prevented the formation of biofilms as a result of the incubation of 24h and 48h, 114 and 74 strains, the rate of inhibition at 24h was 30 % and 15 %; at 48h, 26 % and 16 % inhibition was observed respectively. As a result of studies investigating the effects of agents on the expression of virulence genes, nisin and the combination of nisin + pCA showed an inhibition effect of 30-40 times on the sprE gene. The pCA agent was found to cause no change in the expression of the sprE gene. However, it was determined that ace and gelE genes were not expressed in strains under the tested conditions. With our experiments, the effects of nisin and pCA on E. faecalis AI-2 signal molecule inhibition and biofilm formation were investigated for the first time in the literature. While pCA was found to have a significant effect on AI-2 inhibition alone, biofilm formation of E. faecalis strains was significantly reduced / inhibited when nisin and pCA were used together. Our findings reveal that these two agents may be important agents in the fight against opportunistic pathogen E. faecalis. 91

Streptomyces'ler Gram-pozitif, filamentli, DNA'larında yüksek G-C oranına sahip toprak bakterileridir. Yakın zamanlı çalışmalar genomlarındaki kriptik biyosentetik gen kümeleri sayesinde çok daha çeşitli ikincil metabolit üretme potansiyeline sahip olduklarını göstermiştir. Laboratuvarımızda yürütülen bir çalışmada, genomdan polifosfat üretiminden sorumlu olan polifosfat kinaz (ppk) geninin silinmesiyle hem Streptomyces coelicolor'te aktinorhodin antibiyotiğinin üretiminin arttığı gösterilmiştir. Böylece ppk geninin silinmesi, güçlü bir endojen antibiyotik üreticisi olan bir S. coelicolor mutant suşu oluşturmuştur. Çalışmamız kapsamında, S. coelicolor Δppk suşunun birincil metabolitleri de daha çok üretip üretmeyeceğini veya heterolog ifade konağı olarak olası bir prototip olup olmayacağını araştırdık. Bu nedenle, birincil metabolizmayı test etmek için kolesterol oksidazı, S. coelicolor yaban tip ve Δppk'daki heterolog ifadeyi test etmek ve karşılaştırmak için de bir anti-tümör ajanı olan 8-demetil tetrasenomisini (8-DMTC) seçtik. Deneylerin sonucunda, S. coelicolor'ın olası kolesterol oksidaz geni başarıyla klonlandı ancak besiyerine eklenmesi gereken substrat (kolesterol) olmadığından polifosfat eksikliğinin enzim üretimine etkisi belirlenemedi. Heterolog ekspresyon deneylerinde, S. coelicolor Δppk rekombinant suşun yaban tip rekombinantına göre 8-DMTC'yi biraz daha fazla ürettiği gözlendi. Bunun yanında, rekombinantların koloni formasyonunda 8-DMTC üretiminden kaynaklanan morfolojik değişiklikler olduğu tespit edildi. Rekombinant S. coelicolor yaban tip ve Δppk suşlarının koloni, pelet ya da topak oluşturmadıkları, ayrıca yaban tip ve Δppk suşun aksine pigmentli antibiyotikleri üretmedikleri ve sporlanamadıkları gözlendi. 8-DMTC'nin üretilmesi sebebiyle S. coelicolor kolonilerindeki ilginç morfolojik değişiklikler daha önce rapor edilmemiş olduğundan çalışmamız literatüre değerli bilgiler sağlamıştır. Streptomycetes are Gram-positive, filamentous soil-dwelling bacteria with high G-C content. Recent studies indicated that they have a high potential to produce more variety of secondary metabolites thanks to their cryptic biosynthetic gene clusters in their genomes. A previous study carried out in our laboratory showed that the deletion of polyphosphate kinase gene (ppk), responsible for polyphosphate biosynthesis, increased the production of actinorhodin in both Streptomyces coelicolor strains. So, the deletion of the ppk gene created S. coelicolor mutant strain with a strong endogenous antibiotic production capacity. In the scope of the present study, we investigated whether the S. coelicolor Δppk strain could also produce primary metabolites in high amounts or be a possible prototype as a heterologous expression host. For that reason, we have selected cholesterol oxidase to determine the effect of ppk deletion on primary metabolism and the 8-demethyl-tetracenomycin (8-DMTC), an anti-tumor agent, to study the potential of Δppk strain as a host for the heterologous expression. We have successfully cloned the putative cholesterol oxidase gene of S. coelicolor, but the effect of polyphosphate deficiency on enzyme production couldn't be determined because of the lack of substrate (cholesterol) that must be supplemented into the medium. In the case of heterologous expression experiments, the 8-DMTC expressing recombinant S. coelicolor Δppk strain produced slightly more 8-DMTC than the recombinant wild type. Besides, we have noticed morphological changes in the colony formation of the recombinants caused by the production of 8-DMTC. The recombinant S. coelicolor wild type and Δppk strains can not form colonies, pellets or clumps. Moreover, they can not produce pigmented antibiotics and do not sporulate, unlike wild type and Δppk. Our study provided valuable information to the literature since the interesting morphological changes of the S. coelicolor colonies caused by the expression of 8-DMTC have not been reported before. 72

Bu çalışmada; lignoselülozik atıkların P. pulmonarius'nun kültüründe değerlendirilebilme imkanları araştırılmıştır. Ana kültürün çoğaltılmasında patates dekstroz agar, tohumluk misel (spawn) üretiminde ise arpa taneleri kullanılmıştır. Bazidiokarp eldesi için ise kompost ortamı olarak üçgül samanı (Trifolium repens L.) (ÜS), buğday samanı (BS) ve kağıt atıkları (KA) kullanılmıştır. Bu amaçla; kompost ortamı ÜS, ÜS-BS (1:1) ve ÜS-KA (1:1) olarak hazırlanmıştır. Misel gelişim süresi 8.6-11.4 gün, primordium oluşum süresi 19.0-23.4 gün, ilk hasat süresi 23.4-27.2 gün, toplam hasat süresi 59.8-64.8 gün ve toplam verim miktarı ise 33.8-41.8 g/100 g olarak elde edilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre; 4 hasat sonunda elde edilen en yüksek verim % 41.8 ile ÜS-BS (1:1) ortamında gözlenmiştir. Sonuç olarak; P. pulmonarius yetiştiriciliği için en fazla 2 aylık bir kültür periyodunun yeterli olduğu, bu sürelerde 4 hasat evresinin uygulanabileceği ve yetiştirme koşullarının (sıcaklık, gece-gündüz periyodu, havalandırma, sulama vb.) homojen tutulması ile üreticilerin kısa sürede bol kazançlar elde edebileceği görülmüştür. In this study; the possibility of using lignocellulosic wastes in the culture of P. pulmonarius was investigated. Potato dextrose agar was used for the propagation of the main culture and barley grains were used for spawn production. For the production of bazidiocarp, Trifolium repens L. (TR), wheat straw (WS) and paper wastes (PW) were used as compost medium. Three types of compost were prepared: a mixture of TR-WS (1:1), TR-PW (1:1) and TR. The mycelium growing period was 8.6-11.4 d, primordia initiation days was 19.0-23.4 d, first harvest days was 23.4-27.2 d, total harvest period was 59.8-64.8 d and total yield was 33.8-41.8 g per 100 g of material (70% moisture). Based on the results obtained, it was observed that the average yield of 41.8% was obtained by using 1:1 ratio of mixture of TR-WS. As a result, it was determined that a culture period of maximum 2 months was sufficient for the cultivation of P. pulmonarius, and 4 harvest stages were considered reasonable during these periods. In the case of that the cultivation conditions (temperature, day-night period, ventilation, irrigation, etc.) are kept homogeneous in the incubation room, producers will be able to gain abundant gains in a short time. 62

Bitkiler birçok biyomolekülü üretme potansiyelleri nedeniyle ilgiyi üzerine çeken organizmalardır. Bu bileşiklerin birçok alanda önemli kullanımı söz konusudur. Yapılan çalışmalar bitkilerle yakın ilişki halinde yaşayan organizmalar olan fungusların ve bakterilerin hem birlikte hem de bitkilerden bağımsız olarak birçok önemli biyomolekülü üretebildiğini de gösterilmiştir. Son yıllarda giderek artan çevre kirliliği ve artan kirliliğin bertarafı için yapılması gerekenler sürdürebilirlik konusundaki tartışmaların gündeme taşımıştır. Bu bağlamda bitkiler ve onların yakın dostu olan funguslar ve bakteriler çok önemli bir kapasiteyi barındırmaktadır. Bitki ve fungusların birlikte faaliyeti toprağın iyileştirilmesi sürecine önemli katkılar sağlamaktadır. Bu bakımdan sürdürebilirlik açısından önemlidirler. Çevreyle dost teknolojiler (organik tarım, biyoremediasyon, biyoleaching, biyoprosessing, biyomining ve biyogübre vd.) geliştirmek açısından da söz konusu kapasite giderek önem kazanmaktadır. Bu çalışmada, Ondokuz Mayıs Üniversitesi kampüs alanı ve çevresinden toplanan Hypericum perforatum bitkilerin kök bölgesinden endofitik ve rizosfer florasına ait funguslar izole edilmiştir. Gruplandırılan örneklerden seçim yapılarak bazılarının rDNA-ITS gen filogenisi ile grupların hangi organizmalar ile ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Hypericum perforatum'dan izole edilen 19 endofitik funguslarının morfolojik, moleküler karakterizasyonu yapılmıştır. 13'ü Fusarium cinsine ait olan endofitik fungusa, 5'inin Diaporthe cinsine ait endofitik fungusa ve 1'inin Ilyonectria torresensis türü ile ilişkili olduğu tespit edilmiştir.Bitkilerle birlikte toplanan tohumlar kullanılarak söz konusu organizmaların çimlenme ve gelişmeye olan etkileri belirlenmeye çalışılmıştır. H. perforatum tohumları kullanılarak in vitro çoğaltımı için, bitkinin tohum çimlenmesi ve fide gelişimi üzerine etkili parametreler belirlenmiştir. Uygun bir yöntem yardımıyla tohum çimlenmesi ve fide gelişmesi gerçekleştirilmiştir. Anahtar kelimeler: Hypericum perforatum, endofitik mikroorganizmalar, in vitro çoğaltımı Plants are the organisms that attract attention because of their potential to produce many biomolecules. These compounds are of considerable use in many areas. Studies have shown that fungi and bacteria, organisms living in close relationship with plants, can produce many important biomolecules both together and independently of plants. In recent years, increasing environmental pollution and the need to be done for the elimination of increasing pollution have led to discussions on sustainability. In this context, plants and their close friend fungi and bacteria have a very important capacity. The joint activities of plants and fungi make significant contributions to the soil improvement process. In this respect, they are important in terms of sustainability. This capacity is also gaining importance in terms of developing environmentally friendly technologies (organic farming, bioremediation, bioleaching, bioprocessing, biomining and biofuels etc.).In this study, the fungi of endophytic and rhizospheric flora were isolated from the root area of Hypericum perforatum plants collected from the campus area of Ondokuz Mayıs University. By selecting from the grouped samples, some organisms were found the groups to be related according to rDNA-ITS gene phylogeny morphological, molecular characterization of 19 endophytic fungi isolated from Hypericum perforatum was performed. 13 of them were found to be related to endophytic fungus belonging to genus Fusarium, 5 to belonging to genus Diaporthe and 1 to species Ilyonectria torresensis.The effects of these organisms on germination and growth were determined by using the seeds collected with plants. For in vitro propagation using H. perforatum seeds, effective parameters on seed germination and seedling growth of the plant were determined. Seed germination and seedling growth was carried out with a suitable method.Key words: Hypericum perforatum, endophytic microorganisms, in vitro propagation 119

Mağaralar besin bakımından fakirdir ve canlıların yaşamı için zorlu koşullara sahiptir. Bu koşullar altında yaşayan mikroorganizmaların hayatta nasıl kaldıkları merak uyandırmakta ve araştırmaya değer görülmektedir.Mağaraların canlı çeşitliliği ile ilgili çalışmalar uzun yıllardır sürdürülmektedir. Son yıllarda bakterilerin mağara oluşumlarına katkı sağladığı yönünde çalışmalar ilgi çekici hale gelmiştir.Bu çalışmada Dupnisa Mağarası yüzey örneklerinden izole edilecek kültüre edilebilir bakterilerin kalsiyum karbonat (CaCO3) üretme yeteneklerinin araştırılması ve bu bakterilerin moleküler yöntemler ile tanımlanması amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında su, toprak ve yüzey örneklerinden elde edilen bakterilerin morfolojileri ve Gram özellikleri kaydedilmiştir. Mağara yüzey oluşumlarından elde edilen tüm bakterilerin CaCO3 kristali üretme yetenekleri B4 besiyerine ekim yapılarak ışık mikroskobu altında incelenmiş ve ilk kristal oluşumunun görüldüğü günler ve kristal şekilleri kaydedilmiştir. Ayrıca yüzeyden elde edilen bakterilerin üreaz enzimi yetenekleri araştırılmış ve bu yeteneklerin mağara yüzeyleri oluşumuna katkısı konusunda yorum yapılmıştır.Yüzeyden izole edilen bakterilerin %68.2'sinin Gram (+) olduğu, %52.4'ünün B4 besiyeri üzerinde kristal üretebildiği ve kristal oluşturabilen bakterilerin %59.6'sının üreaz negatif olduğu belirlenmiştir.Dupnisa Mağarası yüzey örneklerinden izole edilen ve besiyerinde kristal oluşturduğu görülen 149 farklı izolatın Proteobacteria (%53.3), Firmicutes (%32.7) ve Actinobacteria (%4.7) filumlarına ait olduğu belirlenmiştir.Bacillus mycoides, Bacillus zhangzhouensis ve Bacillus cereus türlerinin bulundukları her bir yüzeyde farklı günlerde kristal yapıları oluşturmaya başladıkları belirlenmiştir. Ayrıca Stenotrophomonas rhizophila'nın aynı yüzeyde birbirinden farklı günlerde farklı şekillerde kristal ürettiği görülmüştür.Elde edilen verilere göre, besiyerinde ilk günlerde kristal üreten bakterilerin çoğunluğunun üreaz negatif özellik gösterdiği görülmüş, üreaz mekanizması haricinde CaCO3 oluşumunu sağlayan diğer mekanizmaların da araştırılması gerektiği vurgulanmıştır. Çalışmamız kapsamında tanımlaması yapılan bakterilerin dünya literatüründe gerek mağara duvarlarını aşındırarak gerekse kristal oluşturarark mağara yüzey oluşumlarına katkılarının olduğu görülmüştür. Caves are poor in nutrients and have difficult conditions for the life of living things. The survival of microorganisms living under these conditions arouses curiosity and is considered worth researching.Studies on the diversity of the caves have been going on for many years. In recent years, studies have become interesting that bacteria contribute to cave formation.In this study, it was aimed to investigate the ability of cultured bacteria to be isolated from Dupnisa Cave surface samples to produce calcium carbonate (CaCO3) and to identify these bacteria by molecular methods. Morphology and Gram characteristics of bacteria obtained from water, soil and surface samples were recorded in the study. The ability of all bacteria obtained from the cave surface formations to produce CaCO3 crystals was cultivated on the B4 medium and examined under light microscope and the days and crystal shapes of the first crystal formation were recorded. In addition, the urease enzyme capabilities of the bacteria obtained from the surface were investigated and comments were made on the contribution of these capabilities to the formation of cave surfaces.It has been determined that 68.2% of the bacteria isolated from the surface are Gram (+), 52.4% of them can produce crystals on the B4 medium and 59.6% of the bacteria that can form crystals are urease negative.It was determined that 149 different isolates isolated from Dupnisa Cave surface samples and seen to form crystals on the medium belong to Proteobacteria (53.3%), Firmicutes (32.7%) and Actinobacteria (4.7%) phyla.It was determined that Bacillus mycoides, Bacillus zhangzhouensis and Bacillus cereus species started to form crystal structures on different days on each surface. In addition, Stenotrophomonas rhizophila has been found to produce crystals of different shapes on different days on the same surface.According to the data obtained, the majority of crystal-producing bacteria in the media in the first days show urease negative characteristics. It has been emphasized that other mechanisms enabling the formation of CaCO3 besides the urease mechanism should also be investigated. In the context of our study, it has been observed that the bacteria identified in the world literature both by eroding the cave walls and by forming crystals have contributed to cave surface formations. 158

Sideroforlar, hücre dışına salgılanan düşük moleküler ağırlıklı ribozomal olmayan peptidlerdir. Günümüzde bu peptidler sağlık, kozmetik, tarım ilaçları gibi birçok endüstriyel ürünlerde değerlendirilebilecek bir metabolit olarak oldukça dikkat çekicidir. Bu nedenle son yıllarda sideroforların analizi, biyosentez yolları, transportu ve ürün içinde kullanılabilirliğine yönelik birçok araştırma mevcuttur. Demir elementi insan, bitki, hayvan ve mikroorganizmalarda büyüme, gelişme gibi pek çok fizyolojik olaylarda gereklidir. Noksanlığı ve fazlalığı canlılarda hastalıklara sebep olmaktadır. Sideroforlar, bilinen en büyük Fe+3 bağlayıcılarıdır, mikroorganizmaların yaşamlarının sürdürülmesinde, ekosistemin iyileştirilmesinde, tıpta bazı klinik uygulamalarda önemli rol almaktadır. Bu araştırmanın amacı, mikrobiyal kökenli sideroforun yüksek verimlilikte eldesine yönelik olarak tarımsal uygulamaların yapıldığı topraklardan izole edilen ve tanımlanan, siderofor ürettiği tespit edilen Bacillus subtilis DY3 , Bacillus subtilis DY5 , Bacillus pumilus 44/ 1 bakterilerinde siderofor üretim optimizasyonunu gerçekleştirmektir. Kontrol amaçlı olarak Escherichia coli KKÜ ve Pseudomonas aeruginosa ATCC 9027 bakterileri kullanılmıştır. Optimizasyona yönelik olarak incelenen farklı sıcaklık, pH, biyomas miktarı, karbon kaynağı ve zaman parametreleri değerlendirilmiştir. Bu sonuçlara göre en yüksek siderofor miktarı Bacillus pumilus 44/1'de % 47,8 olarak tespit edilmiştir. Bacillus pumilus 44/1 için optimum siderofor üretimi 30°C'de, pH 5.2'de 1 M melas varlığında, 1.5/100 oranında inoküle edildiğinde 48 saat olarak belirlenmiştir. Siderophores are low molecular weight non-ribosomal peptides secreted out of the cell. Today, these peptides are remarkable as a metabolite that can be evaluated in many industrial products such as health, cosmetics and pesticides. For this reason, in recent years there has been a lot of research into the analysis, biosynthesis pathways, transport and availability of siderophores within the product. Iron is a necessary trace element in many physiological events such as a growth and development in human, plant, animal and microorganisms. Deficiency and excess of iron cause diseases in living things. Siderophores, known the largest Fe + 3 binders, play an important role in the survival of microorganisms, improvement of the ecosystem, and some clinical applications in medicine. The aim of this research is to perform siderophore production optimization in Bacillus subtilis DY3, Bacillus subtilis DY5, Bacillus pumilus 44/1 bacteria, which are isolated and identified from the soil where agricultural applications are made, for the high efficiency of microbial origin siderophore. Escherichia coli KKÜ and Pseudomonas aeruginosa ATCC 9027 bacteria were used for control purposes. Different temperature, pH, biomass amount, carbon source and time parameters examined for optimization were evaluated. According to these results, the highest siderophore amount was determined as 47.8% in Bacillus pumilus 44/1. Optimum siderophore production for Bacillus pumilus 44/1 was determined as 48 hours at 30 °C, pH 5.2 in the presence of 1 M molasses, when inoculated at a rate of 1.5/100. İÇİNDEKİLER DİZİNİ Sayfa ÖZET.......................................................................................................... …..….. i ABSTRACT........................................................................................................... iii TEŞEKKÜR .......................................................................................................... v İÇİNDEKİLER DİZİNİ....................................................................................... vi ŞEKİLLER DİZİNİ …………………………………………………………...... viii ÇİZELGELER DİZİNİ....................................................................................... x KISALTMALAR DİZİNİ .................................................................................... xi 1. GİRİŞ ............................................................................................................... 1 1.1. Siderofor ve Önemi ................................................................................... 3 1.2. Mikrobiyal sideroforların uygulama alanları ……………….…………. 6 1.3. Siderofor üreten mikroorganizmalar...... …………………………………. 7 2. MATERYAL VE YÖNTEM ........................................................................... 8 2.1. Materyal ………………………………………………………………….... 8 2.1.1. Kullanılan Kimyasal Maddeler ……………………………………... 8 2.1.2. Kullanılan Besiyerleri …………………………………………........ 10 2.1.3. Kullanılan Test Bakterileri ……………………………………….... 14 2.2. Metod…………………………………………………………………....... 14 2.2.1. Test Bakterilerinin Aktifleştirilmesi……………………………….. 14 2.2.2. Siderofor Üretiminin Tespiti………………………………………. 14 a. Chrome Azurol Sulfonate Agar Deneyi………………………........ 15 b. Chrome Azurol Sulfonate Sıvı Deneyi………………………......... 15 2.2.3. Üretim yüzdesinin Belirlenmesi…………………………………... 16 2.2.4. Maksimum Üretim Zamanının Belirlenmesi………………………. 16 2.2.5. Siderofor Üretiminin Optimizasyonu……………………………… 17 vii a. Sıcaklığın Etkisi………………………………………………………. 17 b. pH'ın Etkisi………………………………………………………….... 18 c. Farklı Karbon Kaynaklarının Etkisi…………………………………... 18 d. Biyomas Etkisi………………………………………………………... 19 3. ARAŞTIRMA BULGULARI ……………………………………………….. 20 4. SONUÇLAR VE TARTIŞMA………………………………………………. 36 KAYNAKLAR .................................................................................................. .. 45

Bor, birçok açıdan stratejik ve enigmatik bir elementtir. Borik asit ve bor bileşiklerinin birçoğu çeşitli bakteri hücrelerini öldürmekte veya üremesini inhibe etmektedir. Ancak bunu, hücredeki hangi molekülleri etkileyerek yaptıkları ve bu bileşiklere karşı kullanılan hücresel cevap mekanizmaları yeterince bilinmemektedir. Bundan dolayı, uygun model organizmalar kullanılarak, bor ile ilgili biyomoleküller, özellikle genler, proteinler ve metabolitler bulunmalıdır. Bu hedeflere ulaşabilmek için bu tez çalışmasında, genomik, proteomik, metabolomik ve gen ekspresyon analizlerini içeren yaklaşımlar kullanılmıştır.Bu tez çalışmasının ilk basamağında genomik yaklaşımı esas alınmıştır. Escherichia coli ASKA klon setinde yer alan 4123 adet suş, artan borik asit ortamında, genom boyu tarama deneylerine tabii tutulmuştur. Plazmitlerdeki genlerin ekspresyonunu indüklemek için 100 µM ve 33 µM IPTG kullanılmıştır. Kontrol suşuna kıyasla göreceli olarak yüksek borik asit konsantrasyonlarında yaşayan suşlar seçilmiştir. 100 µM IPTG kullanılarak yapılan genom boyu taramalardan 17 adet suşun göreceli olarak yüksek borik asit ortamında üreme gösterdiği bulunmuş ve sonuçlar çeşitli ek tekniklerle onaylanmıştır. 33 µM IPTG kullanılarak yapılan taramalardan bulunan ve onaylanan suşlar ise 52 adet olup, bu suşların içerdikleri genlerin fazla ifadesiyle, göreceli olarak yüksek borik asit konsantrasyonlarında üreyebildikleri belirlenmiştir. Göreceli olarak yüksek bor toleransına sahip suşlar, aceK, rfaQ, yjcF, ymdE, bdm, yeeY, yddV, recQ, ygcU, ptsA, ydeE, lacI, lacA, cobT, gatD, paaE, ugpC, prfH, yaiB, nusB, cbpM, malI, ydhD, yeaC, yeeT, yfjL, hcaD, ,elaB, hypC, yfjU, yqeK, yhiJ, rep, thiC, yifB, aceA, sgbE, fre, ytfG, sgcQ, rpsJ, yhcE, yhdL, tnaC, ytfA, ulaB, yjgX, yjhX, sgcA, chpS, yceP, yjhD, yrbB, gatR, yoeF, arpB, hybF, ygeM, ymfP, yicR, hpt, frlC, menD, yadI, ydiA, yfcT, arsB, yeiQ ve yddK genlerini taşımaktadır.Çalışmanın ikinci basamağında, 4123 gen klonunu içeren, `ASKA klon genomik kütüphane havuzu` elde edilmiş ve yüksek borik asit içeren ortamlarda zenginleştirme yöntemiyle seleksiyon yapılmıştır. Ayrıca, ASKA klon genomik kütüphane havuzunun, 'in vitro' plazmid kütüphanesi oluşturulmuştur. Plazmitler DH10b suşuna transforme edildikten sonra, yine zenginleştirme yöntemi ile seleksiyona tabii tutulmuş ve tolerant koloniler seçilmiştir. Her iki çalışmadan elde edilen tolerant klonların rekombinant plazmidlerinde yer alan genler Sanger sekanslama yöntemi ile belirlenmiş ve 9 adet gen bilgisine ulaşılmıştır. Bu genlerin isimleri dtd, yedL, yjbO, elfC, yfjK, yfiC, sufD, yecF, idnR'dir.Üçünçü aşamada proteomik teknolojisine başvurulmuştur. 2-DE (iki boyutlu jel elektroforezi) analizleri için, göreceli olarak yüksek borik asit ortamında üreme gösteren AG1(pCA24N Boron (B) is a strategic and enigmatic element in many aspects. Boric acid and most boron compounds cause death or inhibit the growth of various bacterial cells. However, it is not well understood which biomolecules are targeted in the cell and response mechanisms are used against these boron compounds. Consequently, boron-related biomolecules, particularly genes, proteins and metabolites should be investigated using appropriate model organisms. Towards reaching these goals, the approaches of genomics, proteomics, metabolomics and gene expression analyzes were applied. In the first part of this thesis, genomic approach was used and a number of 4123 strains of the ASKA clone set belonging to Escherichia coli were subjected to genome-wide screening experiments in the presence of increasing boric acid concentrations. In order to induce the expression of the genes contained in the plasmids, 100 µM and 33 µM IPTG were used. Comparing to the control, the strains surviving at relatively high boric acid concentrations were selected. As a result of genome-wide screens using 100 µM IPTG, a number of 17 strains were found to grow in relatively higher levels of boric acid and the results were confirmed by various additional methods. The number of strains that were selected using 33 µM IPTG was 52, which were shown to grow in the presence of relatively higher boric acid concentrations owing to the over-expressed genes that they contain. The strains that have relatively higher boron tolerance possess the following cloned genes: aceK, rfaQ, yjcF, ymdE, bdm, yeeY, yddV, recQ, ygcU, ptsA, ydeE, lacI, lacA, cobT, gatD, paaE, ugpC, prfH, yaiB, nusB, cbpM, malI, ydhD, yeaC, yeeT, yfjL, hcaD, ,elaB, hypC, yfjU, yqeK, yhiJ, rep, thiC, yifB, aceA, sgbE, fre, ytfG, sgcQ, rpsJ, yhcE, yhdL, tnaC, ytfA, ulaB, yjgX, yjhX, sgcA, chpS, yceP, yjhD, yrbB, gatR, yoeF, arpB, hybF, ygeM, ymfP, yicR, hpt, frlC, menD, yadI, ydiA, yfcT, arsB, yeiQ ve yddK.In the second part of the study, `ASKA clone genomic library pool` containing 4123 gene clones was generated and selection was carried out by the enrichment method under the conditions of high boric acid levels. In addition, the `in vitro` plasmid library of the ASKA clone genomic library pool was obtained. After the plasmids were transformed into strain DH10b, the enrichment method was used again for selection and the tolerant colonies were chosen. The genes in the recombinant plasmids of the tolerant clones obtained from both studies were identified by the Sanger sequencing method. A number of 9 genes were found namely dtd, yedL, yjbO, elfC, yfjK, yfiC, sufD, yecF and idnR.In the third part, proteomic technology was applied. For 2-DE (two-dimensional gel electrophoresis), the strains AG1(pCA24N 286

Mikrobiyal proteazlar en önemli hidrolitik enzimler arasındadır, ticari değere sahiptirler ve çeşitli endüstrilerde uygulama alanları vardır. Dünya genelinde ticari proteazların üçte ikilik kısmı mikroorganizma kaynaklıdır. Alkalin proteazların önemli üreticileri bakteriler, özellikle de Bacillus türleridir. Bu çalışmanın amacı B. halodurans C-125 suşunda bulunan bir alkalin serin proteaz kodlayan BH0855 genini klonlamak, hücre dışı sekiz proteaz geni silinmiş B. subtilis WB800 konak hücresinde üretimini artırmak ve fiziko-kimyasal özelliklerini karakterize etmektir. BH0855 geni 1083 nükleotit olup, 361 amino asit uzunluğunda bir pre-pro-protein enzimi (24-aa sinyal peptit, 69-aa propeptit ve 268-aa olgun peptit) kodlamaktadır. Tahmini moleküler ağırlığı 27,67 kDa ve izoelektrik noktası 9.47'dir. Rekombinant gen bölgesi cat promotoru ve lipA sinyal peptidi içeren pMA0911 mekik vektörüne başarılı şekilde klonlandı ve Bacillus subtilis WB800 suşunda hücre dışı olarak ekspres edildi. Çalışılan gene ait amino asit sekansının en fazla %65,4 oranı ile B. lentus proteazına (PDB ID: 1GCI) benzediği belirlendi. Enzim pH 12 ve 60 °C'de optimum aktivite gösterdi ve geniş bir pH ve sıcaklık aralığında aktifti. Enzim, 60 ° C'de 1 saat ön inkübasyondan sonra başlangıç aktivitesinin yaklaşık %60'ını korudu. Enzim, pH 12'de, 37 °C'de 24 saat'lik ön inkübasyondan sonra başlangıç aktivitesinin %93'ünden fazlasını koruyarak yüksek pH'ta iyi bir stabilite gösterdi. Enzimin Km ve Vm değerleri sırasıyla 0,2899 mg/mL ve 76,12 U/ml olarak hesaplandı. Üretilen proteazın sahip olduğu ekstrem özellikler sebebiyle çeşitli alanlarda özellikle de deterjan endüstrisinde kullanılabilirliği gösterildi. Microbial proteases are among the most important hydrolytic enzymes and have commercial value and multiple applications in various industries. Two-thirds of commercial proteases worldwide originate from microorganisms. The major producers of commercial alkaline proteases are bacteria, especially Bacillus species. The purpose of this study was to clone BH0855 gene encoding alkaline serine protease (BHASP) from B. halodurans C-125 strain, to enhance its production in B. subtilis WB800, which is deficient in eight extracellular proteases, and characterize its physicochemical properties. BH0855 gene is 1083 nucleotides, encoding a 361 amino acid pre-pro-protein enzyme (24-aa pre-signal peptide, 69-aa pro-peptide and 268-aa mature protein). It has a predicted molecular mass of 27.67 kDa and pI 9.47). The recombinant gene was successfully cloned into a shuttle vector PMA091 under the control of cat promoter and signal peptide LipA and extracellularly expressed in Bacillus subtilis WB800 strain. The deduced amino acid sequence has the highest homology of 65.4% with B. lentus protease (PDB ID:1GCI). The enzyme showed activity in a broad range of pH values and temperatures, with an optimum pH of 12 and a temperature of 60 °C. This enzyme retained nearly 60% of its initial activity after preincubation for 1h at 60 °C. The enzyme showed good stability at high pH, maintaining more than 93% of the initial activity after 24 hours pre-incubation at 37 ° C and pH 12. The Km and Vm values of the enzyme were calculated as 0,2899 mg/mL and 76.12 U/ml, respectively. Due to the extreme properties of the protease, its usability has been demonstrated in various fields, especially in the detergent industry. 97

YÖK Tez ID: 609532 Bu çalışma, model organizma olarak seçilenScenedesmus regularis ve Scenedesmus obliquus mikroalg türlerinin, azot elementinin farklı konsantrasyonlarıyla hazırlanmış BBM (Basal Bold Medium) besiyerindeki 20 günlük inkübasyonları süresince, biyodizel hammaddesiolan nötral lipid değişikliklerinin izlenmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda; hücre büyümesi (biyomas), nötral lipid ve TAG (Triaçilgliserit) ölçümleri gerçekleştirilerek türlerin biyoyakıt potansiyelleri hakkında değerlendirmeler yapılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, Scenedesmus regularis ve Scenedesmus obliquustürlerinin her birinde azot açlığı ve azot tokluğu uygulamalarının büyüme üzerinde stres faktörü olduğu belirlenmiştir. Büyüme, her iki türde de kontrol grubuna göre belirgin bir şekilde düşük bulunmuştur. Büyümedeki azalma azot açlığı uygulanan grupta daha belirgin iken azot tokluğu uygulanan grupta da büyümenin az miktarda baskılandığı gözlemlenmiştir. Alg türlerinin yağ asidi profilleri, büyüme durağan faza geçtiğinde inkübasyonun sonlandırılması ve elde edilen alg biyomasının Gaz Kromotografisi (GC) analizi ile belirlenmiştir. Kontrol grubuna göre, azot açlığı ve azot tokluğu gruplarında SFA ve MUFA miktarları yüksek iken PUFA miktarları ise daha düşüktür. Her iki türün tüm manüplasyon gruplarında, SFA, MUFA ve PUFA değerleri, Avrupa birliği EN 14214 standartlarını karşılayacak aralıkta bulunmuştur. Scenedesmus regularis'de SFA ve MUFA oranı toplamı kontrol grubunda yaklaşık %90,62 iken açlık grubunda %98,77, tokluk grubunda ise %95,51, Scenedesmus obliquus'ta ise kontrol grubunda %100 iken açlık grubunda %97,38 ve tokluk grubunda %95,69 olarak bulunmuştur. FTIR analizleri sonucunda, azot açlığına cevap olarak mikroalglerin TAG miktarlarında önemli artışlar olduğu, azot tokluğunda ise kontrol ile yaklaşık değerlerde TAG miktarı gözlemlenmiştir. Çalışmada kullanılan her iki türünde azot açlığı grubunda TAG miktarını karbohidrat ve protein gibi makro bileşikleri dönüştürmek suretiyle depolama yoluna gittiği sonucuna varılmıştır. Flow ve Floresans cihazları ile mikroalglerin nötral yağ miktarları ve değişimleri gözlemlenmiştir. Nil-red ile nötral yağlar boyanarak yapılan ölçümler ışığında Scenedesmus regularis türünün nötral lipid miktarı kontrolde %27,2, açlık grubunda %77,4ve tokluk grubunda %32,2 iken, Scenedesmus obliquus türünün nötral lipid miktarı kontrolde %10,4,açlık grubunda %44,1, tokluk grubunda %3 olarak saptanmıştır. In this thesis, changes on neutral lipids of microalgal species, Scenedesmus regularis and Scenedesmus obliquus, selected as model organisms for biodiesel feedstock, were aimed to be monitored within a 20 days of incubation period performed under different nitrogen concentrations of Basal Bold Medium (BBM). Within this scope, biomass, neutral lipids and Triacylglycerol measurements were carried out to evaluate the biofuel potentials of each species. Our results revealed that a priori set for both N-starvation and N-enrichment were stress factors was confirmed; the growth was found to be markedly lower in N-manipulated groups compared to control. Decline on growth was pronounced much more in N-starved group than that in N-enriched group. GC analysis was used to determine the fatty acid profiles of microalg species, using the biomasses harvested at the stationary phase that was being the end of the incubation period. While the total amounts SFA and MUFA increased, the amount of PUFA decreased on manipulated groups compared to control. The ratios of SFA, MUFA and PUFA recorded during the study met the requirements for biodiesel production validated by the Europen Union standards (EN 14214) for both species. In Scenedesmus regularis, the total of SFA and MUFA 90,62% in control group, 98,77% in N-starved and 95,51% in N-enriched group. Corresponding values for Scenedesmus obliquus were found to be 100%, 97,38% and 95,69%, respectively. FTIR analysis revealed that both microalg species responded to the N-starved conditions as to increase their TAG contents whereas N-enriched conditions resulted in TAG contents closely similar to the control group. The conversion of carbohydrates and proteins to the lipids during starvation was suggested to be the cause in lipid increments. Both fluorescence spectrophotometry and flow cytometry were applied to determine changes in neutral lipids of microalg cells dyed with nile red. In Scenedesmus regularis, the ratios of neutral lipids were found to be 27,2%, 77,4%, 32,2% in control, N-starved and N-enriched groups, respectively. Corresponding values for Scenedesmus obliquus were 10,4%, 44,1%, 3%, respectively.

Bu çalışmada ülkemizde yetişen tıbbi aromatik bir bitki olan Melissa officinalis'in laboratuvar ortamında Gümüş Nanopartiküller sentezlenerek antimikrobiyal aktive etkilerini, UV-vis spektrum sonuçları ve antioksidan aktivitelerini tespit etmek amaçlandı. Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuarında Antimikrobiyal aktivite, Agar Kuyucuk Difüzyon Yöntemi ile 18 bakteriyel izolat üzerinde yapıldı. Aseton, metanol, saf su ve kaynatılmış saf su'da M. officinalis AgNO3'lerinin çeşitli bakterilerde antimikrobiyal aktiviteleri, UV-vis spektrumlari antioksidan aktiviteleri incelendi. M. officinalis bitki ekstraktı kullanılarak AgNP'lerin biyosentezini değerlendirilerek in vitro ortamda gümüş nano partikül elde edilerek, M.officinalis'in antimikrobiyal aktivitesi araştırıldı. M. Officinalis ekstraktı kullanılarak AgNP'lerin biyosentezi yapıldı ve Ag'nin oluşumu UV-vis spektroskopisi yapıldı. Antimikrobiyal AgNP'lerin aktivitesi, agar kuyucuk difüzyon yöntemi ile araştırıldı. Bitki ektraktı, AgNP'lerin oluşumundan sonra özüde sarıdan kahverengiye kadar renk değişikliği gösterdi. 450 nm'de bulunan yüzey Plazmon rezonansı, AgNP'lerin oluşumunu doğruladı. Gram pozitif ve Gram negatif bakterilere karşı iyi inhibe edici aktivite gösterdi. M. officinalis L. 'in protein ve fenolik madde içeriği de tespit edildi. Toplam fenolik madde içeriği Folin Ciocalteu metodu kullanılarak 100 g taze bitki için 280 mg olarak bulundı. M.officinalis L. subsp. officinalis'in protein içeriği Bradford metodu kullanılarak 230 µg/mL olarak tespit edildi. Elde edilen nanopartiküller, Gram pozitif ve Gram negatif bakterilere karşı iyi inhibe edici aktivite gösterildi. In this study, it was aimed to identify the antimicrobial activating effects, UV-vis spectrum results and antioxidant activities by synthesizing Silver Nanoparticles in a laboratory environment of Melissa officinalis, a medicinal aromatic plant grown in our country. Antimicrobial activity was performed on 18 bacterial isolates with Agar Kuyucuk Diffusion Method in Kırşehir Ahi Evran University Faculty of Science and Letters Microbiology Laboratory. Antimicrobial activities, UV-vis spectra antioxidant activities of M. officinalis AgNO3 in various bacteria were investigated in acetone, methanol, purified water and boiled pure water. Antimicrobial activity of M. officinalis was investigated by obtaining silver nanoparticles in vitro by evaluating the biosynthesis of AgNPs using M. officinalis plant extract. AgNPs were biosynthesized using M. Officinalis extract, and the formation of Ag was performed by UV-vis spectroscopy. The activity of antimicrobial AgNPs was investigated by agar well diffusion method. The plant extract varied in essence from yellow to brown after the formation of AgNPs. Surface Plasmon resonance at 450 nm confirmed the formation of AgNPs. It showed good inhibitory activity against Gram positive and Gram negative bacteria. Protein and phenolic content of M. officinalis L. were also determined. Total phenolic substance content was found as 280 mg for 100 g of fresh plants using Folin Ciocalteu method. M.officinalis L. subsp. The protein content of officinalis was determined as 230 µg / mL using Bradford method. Nanoparticles obtained, good inhibitory activity against Gram positive and Gram negative bacteria were shown. 71

Bitki büyümesini teşvik edici rizobakterlerin (BBTER), sürdürülebilir tarım sistemlerinin gelişimine ciddi bir katkı sağlama potansiyelleri bulunmaktadır. Genellikle BBTER'ler; bitkiler için belirli bileşiklerin sentezlenmesi, bazı besin maddelerinin topraktan alınmasını kolaylaştırmak ve bitkileri hastalıklardan korumak gibi, üç farklı şekilde işlev görmektedirler. Bu çalışmanın amacı; Ankara ilinden farklı bitki rizosferlerinden bitki büyümesini teşvik edici bakterleri izole etmek, genetik çeşitliliklerini ortaya koymak ve bitki büyümesini teşvik edici özelliklerini belirlemektir. İzolatların tanımlanması 16S rDNA sekans sonuçlarına göre yapılmış ve aynı zamanda AluI, HeaIII ve MspI enzimleri kullanarak ARDRA analizleri gerçekleştirilmiştir. Çalışmada kullanılan 11 farklı cinse dahil (30 Pseudomonas, 15 Arthorobacter, 7 Bacillus, 4 Phyllobacter, 4 Variovorax, 3 Olivibacter, 3 Enterobacter, 1 Strenotrophomonas, 1 Flavobacterium, 1 Caulobacter, 1 Paenibacillus) dahil 70 bakteri suşunun in vitro şartlarda azot fiksasyon, fosfat ve potasyum çözme kapasiteleri, IAA (ındol-3-asetik asit), siderofor üretme kapasiteleri ve bitki patojenlerine karşı antagonastik etkileri değerlendirilmiştir. 56 bakterinin azot fiksasyon kapasitelerinin mikro kjeldahl yöntemine göre 2,29-46,11 µg/mL arasında değiştiği belirlenmşiştir. Çalışılan bakterilerden sadece Paenibacillus polymxa H8/2 suşunda nifH geni tespit edilmiştir. Tüm bakterilerde fosfor çözme kapasitesi 3,15-186,52 µg/mL arasında bulunmuştur. Triptofan eklenmiş besi ortamında IAA üretimleri 0,02-50,05 µg/mL arasında değişirken, bunlardan 32 adetinin siderofor üretebildiği saptanmıştır. Araştırmamızda kullandığımız bakterilerden 11 tanesi, denenen her iki fungusa karşı etkili olurken, 17 tanesi sadece Fusarium culmorum'a, 1 tanesi sadece Sclerotium rolfsii'a karşı etkili bulunmuştur. Bakterilerin azot fikse etme ve fosfor çözme kapasitelerinin bitki gelişimi üzerine etkisinin tespiti için sera denemeleri kurulmuş ve buğday bitkisi üzerine olumlu etkilere sahip oldukları tespit edilmiştir. Plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR) have the potential to make a significant contribution to the development of sustainable agricultural systems. Generally, BBTERs function in three different ways, such as the synthesis of certain compounds for plants, facilitating the uptake of certain nutrients from the soil and protecting plants from diseases. The aim of this study is to isolate plant growth promoting bacteria from different plant rhizospheres from Ankara province, to reveal their genetic diversity and to determine their properties that promote plant growth. The identification of the isolates was made according to the 16S rDNA sequence results and ARDRA analyzes were also performed using AluI, HeaIII and MspI enzymes. Nitrogen fixation, phosphate and potassium dissolving, IAA (indole-3-acetic acid) and siderophore production capacities of 70 bacterial strains including 11 different genera (30 Pseudomonas, 15 Arthorobacter, 7 Bacillus, 4 Phyllobacter, 4 Variovorax, 3 Olivibacter, 3 Enterobacter, 1 Strenotrophomonas, 1 Flavobacterium, 1 Caulobacter, 1 Paenibacillus) used in this study were evaluated in in-vitro conditions. Nitrogen fixation capacities of 56 isolates were found to vary between 2,29-46,11 µg / mL according to micro kjeldahl method. Among the bacteria studied, nifH gene was detected only in Paenibacillus polymxa H8 / 2 strain. Phosphorus dissolving capacity of all bacteria was found between 3,15-186,52 µg / mL. IAA production in tryptophan added medium varied between 0.02-50.05 µg / mL and 32 of them were found to be able to produce siderophore. While 11 of the bacteria used in our study were effective against both fungi tested, 17 were found to be effective only against Fusarium culmorum and 1 against Sclerotium rolfsii. In order to determine the effect of nitrogen fixation and phosphorus dissolving capacities of the bacteria on plant growth, greenhouse experiments have been established and it has been found that they have positive effects on wheat plant. 132

Bakteriyorodopsin (BR), halofilik mikroorganizmalardan Halobacterium salinarum'da bulunan bir transmembran proteindir. Proton pompası olarak görev yapan bu protein ışık ile aktive olarak güneş enerjisinden enerji eldesini sağlamaktadır. Ayrıca farklı fiziksel koşullara dayanıklılık göstermesi BR'i ilgi çekici kılmaktadır. Birçok uygulama alanında önemli yere sahip olan BR yenilenebilir enerji alanında da kullanılmaktadır. Çalışmamızda Bakteriyorodopsin Temelli Biyomolekül Duyarlı Güneş Hücresi (BR-BSSC) elde etmek amacıyla Halobacterium salinarum DSM 671 suşu kullanılmıştır. H.salinarum DSM 671'den BR üretimi gerçekleştirilmiş ve üretim koşullarının optimizasyonu için Deney Tasarım programından yararlanılmıştır. Ardışık olarak deney tasarımı programlarının (Plackett-Burman, Central Composite Design) kullanımı sonucunda 95.3 mgL-1 olacak şekilde BR eldesi sağlanmıştır. Sulu ikili faz sistemi ile saflaştırılan BR kullanılarak Cam/FTO/TiO2/BR/MoO3/Au (D1) ve Cam/FTO/ZnO/BR/MoO3/Au (D2) olacak şekilde iki farklı cihaz elde edilmiştir. Bu cihazlardan D1'in verimliliği 0.8989, D2'nin verimliliği 0.8429 olarak hesaplanmıştır. Bacteriorhodopsin (BR) is a transmembrane protein that found in Halobacterium salinarum which is a halophilic bacterium. BR, after being activated by solar energy, acts as a proton pump and creates energy. Besides this property, BR, also shows resistance to various physical conditions and hence makes it more interesting. Among many important implementations, BR also takes part in renewable energy applications. In this research, H. salinarum DSM 671strain was used to obtain Bacteriorhodopsin Based Biomolecule Sensitized Solar Cell (BR-BSSC). For this purpose, BR was synthesized by H. salinarum DSM 671 and for optimization of growth conditions, an experimental design program was used. After sequential application of Plackett-Burman and Central Composite Design. BR was obtained in proportion of 95.3 mgL-1. Following aqueous-two-phase system purification, BR was used to produce two different devices named as Glass/FTO/TiO2/BR/MoO3/Au (D1) and Glass/FTO/ZnO/BR/MoO3/Au (D2). The efficiency of these devices were 0.8989 and 0.8429 respectively. 79

Aim: Urinary tract infection (UTI) is a major cause of mortality and morbidity in elderly patients. In this cross-sectional study, we aimed to determine the frequency and antibiotic resistance profile of the bacteria causing UTI and contribute to the empirical treatment options in elderly patients.Methods: This study included urine culture results from 347 elderly outpatients who were referred to Karabuk Training and Research Hospital between January 2018 and June 2019. The identification and antibiotic susceptibilities of microorganisms were determined using the BD-Phoenix 100 fully automated system, and the extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) positivity was analyzed using the combined disk diffusion method. The results were retrospectively analyzed. Results: The most common pathogens were Escherichia coli (58%), Enterococcus spp. (18%) and Klebsiella pneumoniae (11%). The rate of resistance to ampicillin, amoxicillin-clavulanic acid, trimethoprim-sulfamethoxazole (TMP-SMX), cefixime, and ciprofloxacin, which are oral antibiotics used in the treatment of UTI, was between 30% and 70%. The rate of resistance to nitrofurantoin was 3%. The gentamicin and piperacillin-tazobactam resistance were 12% and 9%, respectively. The ESBL positivity for E. coli and K. pneumoniae were 29% and 49%, respectively (P=0.03).Conclusion: The rates of resistance to oral antibiotics such as ampicillin, amoxicillin-clavulanic acid, TMP-SMX, cefixime, and ciprofloxacin, which are used treatment of UTI, were more than 20%. Therefore, these antibiotics should not be used in the empirical treatment of UTI. Instead, nitrofurantoin may be preferred in the empirical treatment of uncomplicated UTI, or gentamicin and piperacillin-tazobactam, which are parenteral antibiotics that may be used depending on the patient’s clinical condition., Amaç: Üriner sistem infeksiyonları (ÜSİ) yaşlı hastalarda önemli bir mortalite ve morbidite nedenidir. Bu kesitsel çalışmada yaşlı hastalarda toplum kaynaklı ÜSİ etkenlerinin sıklığını ve antibiyotik direnç profilini belirleyerek ampirik tedavi seçimine katkıda bulunmayı amaçladık.Yöntemler: Ocak 2018 - Haziran 2019 tarihleri arasında Karabük Eğitim ve Araştırma Hastanesi’ne ayaktan başvuran 347 yaşlı hastanın idrar kültür sonuçları çalışmaya dahil edilmiştir. Mikroorganizmaların identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılıkları BD-Phoenix (Becton-Dickinson, MD,USA) tam otomatize sistem ile, genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz varlığı (GSBL) ise kombine disk difüzyon yöntemi ile araştırılmıştır. Sonuçlar retrospektif olarak incelenmiştir. Bulgular: En sık izole edilen patojenler Escherichia coli (%58), Enterococcus spp (%18) ve Klebsiella pneumoniae (%11) idi. Üriner infeksiyon tedavisinde kullanılan oral antibiyotiklerden ampisilin, amoksisilin-klavulanik asit, trimethoprim-sulfametoksazol (TMP-SMX), sefiksim ve siprofloksasine direnç %30-70 arasında idi. Nitrofurantoin direnci ise %3 idi. Gentamisine %12 ve piperasilin-tazobaktama ise %9 oranında direnç saptandı. GSBL pozitifliği ise E.coli‘de % 29 iken, K. pneumoniae suşlarında %49 idi (P=0.03).Sonuç: Üriner sistem infeksiyonlarının tedavisinde kullanılan oral antibiyotiklerden ampisilin, amoksisilin-klavulanik asit, TMP-SMX, sefiksim ve siprofloksasine %20’nin üzerinde direnç saptanmıştır. Bu nedenle ÜSİ’ nın ampirik tedavisinde bu antibiyotikler kullanılmamalıdır. Onun yerine komplike olmayan ÜSİ’ da nitrofurantoin, parenteral antibiyotiklerden ise gentamisin ve piperasilin-tazobaktam hastanın klinik durumuna göre tercih edilebilir.

Fungi contamination of agricultural products had been one of the major concerns to human due to their possibility of causing spoilage and the potential of producing potent toxins that could constitute health problems. Therefore, this study evaluates the effect of heat treatment on aflatoxin contents of tomatoes samples in some selected market in Ilorin, Kwara State, Nigeria. The spoilt and fresh tomatoes samples were randomly purchased from nine vendors for analysis. Fungi were isolated on Sabroud dextrose agar and identified using colonial and morphological characteristics. The levels of aflatoxin in the samples were determined using ELISA techniques and effects of heat treatments on aflatoxin levels of the samples were determined before and after 5, 15, 25 and 35 minutes of heat treatments at 100 oC. The results revealed the presence of fungi contaminants in all the analysed samples irrespective of their quality status. Furthermore, the aflatoxins contaminants were not detected in all the evaluated fresh samples; whereas the presence of aflatoxin in the spoilt samples was observed. The average aflatoxin contents of spoilt samples were 7.83, 8.17 and 8.62 µg/kg respectively, with no significant differences among the values. The effect heat treatments on the aflatoxin contaminated samples were observed to be time dependent. About 7.5 % non-significant reductions (p > 0.05) in aflatoxin contents of the samples were observed after 5 min of heat treatment. While, significant reduction of about 45.0 %, 53.1 % and 71.5 % were observed after 15, 25 and 35 minutes of heat treatments respectively. This is an indication that proper cooking at 100 oC, over a period of time could significantly reduce aflatoxin level in some food products that are usually subjected to cooking prior to consumption.

Aim: Hammams, also known as Turkish Hammams or Turkish Baths, have preserved their traditional importance and popularity in various countries, namely, Turkey, Morocco, Yemen, and Algeria. In this study, we aimed to evaluate the fungal flora in hammams and its effects on public health.Methods: This cross-sectional study was performed by collecting two hundred forty samples from different areas of the baths and the tools used. Collected samples were inoculated on Sabouraund dextrose agar and Potato dextrose agar for mycological evaluation. Agar plates were incubated at 25 °C and 37 °C for four weeks and fungal growth was observed every day. For identification of isolated fungi, micro and macro morphology was evaluated; germ tube test, biochemical tests and VITEK®2 Compact (Biomerieux, France) equipment were used. Results: We determined that molds are the most common fungi in Turkish hammams. Aspergillus spp. (n=20), Scedosporium apiospermum/boydii (n=5), Alternaria ulocladium (n=1), Rhizomucor spp. (n=1) and Penicillium spp. (n=1) were isolated in collected samples. Isolated yeasts were Trichosporon spp. (n=6), Candida albicans (n=1) and Candida tropicalis (n=1). Trichophyton tonsurans, the dermatophyte, was isolated in two samples. Fungus was most commonly isolated from slippers, and not at all isolated from towels or peshtemals. Conclusion: In our study, the most isolated molds were fungi, found in the nature, and the isolation rate was exceptionally low. Dermatophytes are the most common culprit of fungal transmission in public places such as baths. Compared to previous studies conducted in swimming pools, wrestling cushions, mosque carpets and slippers, our study showed that Turkish baths with high humidity and temperatures are not rich in fungal flora and that the risk of fungal contamination is low., Amaç: Türk hamamı veya Türk banyosu olarak da bilinen hamamlar, günümüzde Türkiye, Fas, Yemen ve Cezayir gibi bazı ülkelerde geleneksel önemini ve popülerliğini korumaktadır. Bu çalışmada hamamlardaki fungal floranın ve halk sağlığına etkilerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Yöntemler: Bu kesitsel çalışma, hamamın farklı alanlarından ve kullanılan aletlerden iki yüz kırk örnek toplanarak gerçekleştirildi. Toplanan örnekler mikolojik değerlendirme için Sabouraund dekstroz agar ve Patates dekstroz agara inoküle edildi. Agar plakları dört hafta boyunca 25°C ve 37°C'de inkübe edildi ve her gün fungal büyümeleri gözlendi. İzole edilen fungilerin identifikasyonu için; mikro ve makro morfoloji, germ tüp testi, biyokimyasal testler ve VITEK®2 Compact (Biomerieux, France) cihazı kullanıldı. Bulgular: Çalışmamızın sonunda, Türk hamamlarında küflerin en yaygın funguslar olduğu belirlendi. Toplanan örneklerden izole edilen küfler, Aspergillus spp. (n=20), Scedosporium apiospermum/boydii (n=5), Alternaria ulocladium (n=1), Rhizomucor spp. (n=1) ve Penicillium spp. (n=1) idi. İzole edilen mayalar Trichosporon spp. (n=6), Candida albicans (n=1) ve Candida tropicalis (n=1) idi. Dermatofit olarak iki örnekte Trichophyton tonsurans izole edildi. En sık fungal izolasyon terliklerde görülürken, havlu ve peştemallerde fungal izolasyon görülmedi.Sonuç: Çalışmamızda en fazla izole edilen küfler doğada ve çevrede oldukça yaygın bulunan fungilerdir ve çalışmamızda izolasyon oranı oldukça düşük bulunmuştur. Hamam gibi ortak kullanılan yerlerde fungal bulaş için en önemli grup dermatofitlerdir. Yüzme havuzları, güreş minderleri, cami halı ve terliklerinde önceki çalışmalar ile karşılaştırıldığında, bizim çalışmamız, yüksek nem ve sıcaklığa sahip Türk hamamlarının fungal flora açısından zengin olmadığını ve fungal kontaminasyon riskinin düşük olduğunu göstermiştir.

Objectives: In the present study, it was reported the effects of some nutritional (amino acid, carbon, nitrogen and metal sources) and physical factors (pH and temperature) on antibacterial substance activity of Brevibacillus laterosporus EA62. Methods: The agar well diffusion assay was performed to evaluate the antibacterial activity of the substance. The antibacterial activity of the new substance was examined against four pathogenic bacteria under different nutritional and physical conditions. Results: The best antibacterial activity was obtained in modified medium consists of the 5% glucose, 0.1% tryptone, 0.05% MgSO4+CaCO3 and 0.5% glutamic acid. For physical parameters, maximal activity was observed after 72 h when incubated at 37°C, pH 7.0. Conclusions: This study indicates that Brevibacillus laterosporus EA62 could be an important source of antibacterial substances under this medium optimization.

Bu çalışmada, 341 Bacillus sp. suşundan 141'i hücre dışı lipaz üreticisi olarak bulunmuştur. En iyi lipaz üreten suş 16S rRNA ile tanımlandı ve Bacillus cereus ATA179 olarak adlandırıldı. Fiziksel parametreler arasında en iyi sonuçlar 45 ° C, pH 7.0, çalkalama hızı 50 rpm, aşılama miktarı %7 ve aşılama yaşı 24 saat idi. En iyi karbon kaynağı olarak sükroz, en iyi nitrojen kaynağı olarak (NH4) 2HP04, en iyi metal iyonu olarak CaCl2 elde edildi. Fiziksel parametreler arasında en iyi sonuçlar 45 ° C, pH 7.0, çalkalama hızı 50 rpm, aşılama miktarı %7 ve aşılama yaşı 24 saat olarak belirlenmiştir. ATA179 suşu, besinsel ve fiziksel koşulları optimize ederek yaratılan modifiye ortamda enzim üretiminde %51,1 artış göstermiştir. Kısmen saflaştırılmış enzimin optimum sıcaklığı ve pH değeri, sırasıyla 55 ° C ve 6.0 idi. Termostabilite ve pH stabilite çalışmaları, enzimin termostabil ve asidofilik olduğunu göstermiştir. CaCl2, Tween 20, Triton X-100, enzim aktivitesi üzerinde aktifleştirici bir etkiye sahipti. Vmax ve Km kinetik değerleri sırasıyla 18,28 U / ml ve 0,11 mM olarak bulunmuştur. Moleküler ağırlık yaklaşık 47 kDa olarak belirlenmiştir. Enzim aktivitesinin -20ºC'de 75 güne kadar stabil kaldığı bulunmuştur. Enzimin deterjan sanayiinde potansiyel gücü araştırılmış ve enzimin deterjan katkı maddelerinden etkilenmediği ayrıca yağlı maddelerle kirletilmiş kumaşlarda yağın çıkarılmasında etkili olduğu saptanmıştır. ATA179 bakterilerinin lipazı deterjan endüstrisinde kullanılma potansiyeline sahip olabilir. In this study, 141 out of 341 Bacillus sp. strains were found as extracellular lipase producers. The best lipase producing strain was identified by 16S rRNA and named as Bacillus cereus ATA179. The best results among the physical parameters were 45 ° C, pH 7.0, shaking speed 50 rpm, inoculation amount 7% and inoculum age 24 hours. Sucrose as the best carbon source, (NH4)2HPO4 as the best nitrogen source, CaCl2 as the best metal ion were obtained. The best results among the physical parameters were determined at 45°C, pH 7.0, shaking rate 50 rpm, inoculation amount 7% and inoculum age 24 hours. ATA179 strain showed a 51,1% increase in enzyme production in the modified medium created by optimizing nutritional and physical conditions. Optimum temperature and pH of the partially purified enzyme were 55° C and 6.0, respectivelly. Thermostability and pH stability studies showed that the enzyme is thermostable and acidophilic. CaCl2, Tween 20, Triton X-100 had an activating effect on enzyme activity. Vmax and Km kinetic values were found as 18,28 U/ml and 0,11 mM, respectively. The molecular weight was determined as about 47 kDa. The activity of enzyme was found to be stable up to 75 days at -20ºC. The potential strength of the enzyme in the detergent industry was investigated and it was found that the enzyme was not affected by detergent additives; and effective in removing fat in fabrics contaminated with oily substances. The lipase of ATA179 bacteria may have the potential to be used in detergent industry. Yurtdışı Türkler ve Akraba Topluluklar Başkanlığı

Ketencik (Camelina sativa L. Crantz), Brassicaceae familyası içinde yer alan ve yaygın olarak bilinen 7 Camelina türünden birisi olup, Camelina cinsi içinde ekonomik önemi olan tek türdür. Camelina sativa, Türkiye'de zorlu alanları değerlendirebilmek için alternatif olabilecek bir yağ bitkisidir. Camelina sativa uzun yıllardır Avrupa'da yağ kaynağı olarak ve çiftlik hayvanlarında da yem olarak kullanılmasının yanı sıra; yağ (%28-45) içeriğinden ötürü biyodizel kaynağı olarak da son yıllarda popülaritesini artırmıştır. Ayrıca ketencik bitkisinin üretmiş olduğu fitokimyasal maddeler birçok hastalık ve zararlılara karşı bitkinin dayanıklı olmasını sağlamaktadır. Bu çalışmada Camelina sativa L. Crantz (ketencik)'ın tohumundan elde edilen yağ ekstraktlarının, disk difüzyon metodu kullanılarak antimikrobiyal ve antibiyofilm aktiviteleri Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus aureus, Proteus vulgaris, Escherichia coli CFAI, Serratia marrescens, Staphylococcus epidermidis, Alfa Streptococcus haemolyticus, Enterococcus faecium, Pseudomonas aeruginosa, Listeria monocytogenes, Enterococcus durans, Salmonella kentucky, Enterobacter aerogenes, Salmonella infantis, Pseudomonas fluorescens, Enterococcus faecalis, Listeria innocua, Salmonella enteritidis, Salmonella typhimurium, Bacillus subtilis bakterileri ve Candida albicans mantarı üzerinde test edildi. Ayrıca, antimikrobiyal aktivitelerini belirlemek amacıyla kullanılan disk difüzyon yöntemi, minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK) ve minimum bakteriyosidal konsantrasyonu (MBK) yöntemleri ile desteklendi. Bitki ekstrelerinin biyofilm oluşumunu engelleme (antibiyofilm) aktivitelerinin değerlendirmesinde kristal viyole bağlanma metodu kullanıldı. Tohum yağı ekstraktlarının antioksidan aktivitelerini incelemek için DPPH (2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl) radikali giderme metodu kullanıldı. Ayrıca ketencik tohumunun morfoloji özelliklerinin belirlenmesi amacıyla stereo mikroskop ve taramalı elektron mikroskop (SEM) kullanıldı.Sonuç olarak, antimikrobiyal aktivitenin belirlenmesi amacıyla yapılan çalışmada Tohum yağı ekstraktlarına karşı en duyarlı bakterinin Staphylococcus epidermidis olduğu belirlendi. Ketencik tohum yağı ekstraktlarının genel olarak bakterilerden Enterobacter aerogenes, mantar türü olarak ise Candida albicans üzerinde çok az etkili olduğu hatta bazı konsantrasyonlarda zon çaplarının olmadığı belirlendi. Antioksidan çalışmasında tohumdan elde edilen yağdan hazırlanan farklı konsantrasyonlardaki ekstrelerin sonuçları standart madde ile kıyaslandığında; yağ ekstrelerinin yüksek aktiviteye sahip olmadıkları görüldü. Ayrıca tohum yağı ektraktının 40 µl/ml konsantrasyonun diğer konsantrasyonlara göre daha yüksek antioksidan etki gösterdiği belirlendi. Camelina sativa tohum yağı ekstraktları Salmonella infantis'e karşı en yüksek antibiyofilm aktivitesini göstermiş olup 80 µl/ml konsantrasyonda biyofilm oluşumunu %47,45 oranında inhibe ettiği gözlendi. Tohum yağı ekstraktının konsantrasyonlarından hiçbirinin Bacillus subtilis mikroorganizmasına karşı antibiyofilm aktivite göstermediği belirlendi. Ketencik (Camelina sativa L. Crantz) is one of the 7 widely known species of Camelina in the Brassicaceae family and is the only species of economic importance in the genus Camelina. Camelina sativa, is an oil plant that may be difficult to evaluate alternative field in Turkey. Camelina sativa has been used as a source of oil in Europe for many years and as a feed for livestock; has increased its popularity in recent years as a source of biodiesel due to its fat (%28-45) content. In addition, phytochemicals produced by the ketencik plant ensure that the plant is resistant to many diseases and pests. In this study, oil extracts obtained from Camelina sativa L. Crantz (ketencik) seed, antimicrobial and antibiotics activities by using disk diffusion method Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus aureus, Proteus vulgaris, Escherichia coli CFAI, Serratia marrescens, Staphylococcus epidermidis, Alfa Streptokok haemolyticus, Enterococcus faecium, Pseudomonas aeruginosa, Listeria monocytogenes, Enterococcus durans, Salmonella kentucky, Enterobacter aerogenes, Salmonella infantis, Pseudomonas fluorescens, Enterococcus faecalis, Listeria innocua, Salmonella enteritidis, Salmonella typhimurium, It was tested on Bacillus subtilis bacteria and Candida albicans fungus. In addition, disc diffusion method used to determine antimicrobial activity was supported by minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum bactericidal concentration (MBC) methods. In the evaluation of biofilm formation (antibiotics) activities of plant extracts, crystal violet binding method was used. To investigate the antioxidant activity of seed oil extracts, DPPH (2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl) radical removal method was used. In addition, stereomicroscope and scanning electron microscope (SEM) were used to determine morphology characteristics of ketencik seed. As a result, in order to determine antimicrobial activity, Staphylococcus epidermidis was found to be the most sensitive bacterium against seed oil extracts. Ketencik seed oil extracts have been found to be less effective in bacteria than Enterobacter aerogenes and fungal species in Candida albicans. In the antioxidant study, the results of the extracts obtained from the seed obtained from the seed were compared to the standard substance; fat extracts did not show high activity. Also, the seed oil extract had a higher antioxidant effect than the other concentrations of 40 µl/ml. Camelina sativa seed oil extracts showed the highest antibiotic activity against Salmonella infantis and inhibited biofilm formation by %47,45 at a concentration of 80 µl/ml. None of the concentrations of seed oil extracts showed antibiotic activity against Bacillus subtilis microorganism. 94

Dünyada yaygın olarak bulunan Acanthamoeba türleri, serbest yaşayan amipler olup, özellikle kontakt lens kullananlarda ve minör kornea travmalarında Acanthamoeba keratiti (AK) olarak bilinen ve körlüğe yol açabilen enfeksiyonlara neden olmaktadır. Günümüzde AK olgularının tedavisinde antifungaller ve antiseptiklerden yararlanılmakta, ancak tedavi süresinin uzun olması ve buna bağlı yan etkilerin ortaya çıkışı, kronik enfeksiyonlarda gözlenen kist formlarının ilaçlara dirençli oluşu gibi sorunların ortadan kaldırılması için alternatif ilaçlara ihtiyaç duyulmaktadır. Yapılan çalışmalar, bazı bitkisel ekstrelerin ve bitkisel kaynaklı uçucu yağların Acanthamoeba spp. üzerine etkili olabileceğini göstermektedir. Bu çalışmanın amacı, Lamiaceae ailesinde yer alan Mentha x piperita L. (nane), Melissa officinalis L. (oğulotu) ve Ocimum basilicum L. (fesleğen) bitkilerine ait uçucu yağların Acanthamoeba castellanii kist ve trofozoitleri üzerindeki etkilerinin in vitro olarak araştırılmasıdır. Çalışmada kullanılan A.castellanii T4 genotipi, çevreden en sık izole edilen, AK ve granülomatöz amibik ensefalite neden olabilen bir türdür. Amibisidal aktivitenin belirlenmesinde, Neo-Clevenger tipi distilasyon düzeneği ile elde edilen Mentha x priperita L., Melissa officinalis L. ve Ocimum basilicum L. uçucu yağları kullanılmıştır. İn vitro deneyler 96 çukurlu mikroplaklarda gerçekleştirilmiş; uçucu yağ dilüsyonlarının üzerine kist ve trofozoit solüsyonu eklenerek, kistler için 40, 20, 10, 5, 2.5 ve 1.25 µg/ml'lik, trofozoitler için ise 10, 5, 2.5, 1.25, 0.625 ve 0.313 µg/ml'lik son konsantrasyonlar elde edilmiştir. Plaklar, 30oC'de 1, 6, 24, 48 ve 72 saat boyunca inkübe edilmiş ve bu süreler sonunda amip formlarının canlılığı, tripan mavisi ile boyanarak ışık mikroskobu ile değerlendirilmiştir. Çalışmada, kontrol grubuyla karşılaştırıldığında, her bir uçucu yağın A.castellanii kist ve trofozoitleri üzerinde doza ve süreye bağımlı olarak artan amibisidal etki gösterdiği belirlenmiştir. Kullanılan uçucu yağların etkinliği değerlendirildiğinde, kist ve trofozoit formları için en yüksek letal etkinin Melissa officinalis ile oluştuğu, bunu Mentha x piperita ve Ocimum basilicum'un izlediği belirlenmiştir. Çalışmamızda, A.castellanii kistlerinin uçucu yağlara karşı duyarlılığı, beklendiği üzere trofozoitlerden daha düşük bulunmuştur. Melissa officinalis ve Mentha x piperita uçucu yağları için en yüksek konsantrasyonda (40 µg/ml) %100 öldürücü etkinin görüldüğü, buna karşın Ocimum basilicum uçucu yağının 72 saat sonunda ve en yüksek konsantrasyonda (40 µg/ml) bile kistlerin ancak %63.3'ünü öldürebildiği saptanmıştır. Sonuç olarak, Acanthamoeba spp. kist ve trofozoitlerine karşı Mentha x piperita, Melissa officinalis ve Ocimum basilicum bitkilerinden elde edilen uçucu yağ aktivitelerinin incelendiği bu ilk çalışmanın verileri, bu bitkilere ait uçucu yağların Acanthamoeba spp. enfeksiyonlarının tedavisinde geliştirilebilecek yeni ve alternatif doğal ürünler olabileceğini düşündürmektedir., Acanthamoeba species are free living amoeba found widely all over the world. They are responsible for Acanthamoeba keratitis (AK), an infection which is especially seen in contact lens users and after minor corneal traumas, that may lead blindness. At present, antifungals and antiseptics are used for the treatment of AK cases, however, some problems such as long treatment periods and the occurrence of side effects, resistance of cyst forms against drugs, emphasize the need for new drugs. There are some published studies that pointed out the effectiveness of plant extracts and essential oils on Acanthamoeba spp. The aim of this study was to investigate the in vitro effects of essential oils of Mentha x piperita L. (peppermint), Melissa officinalis L. (lemon balm) and Ocimum basilicum L. (basil) belonging to Lamiaceae family, on the cysts and trophozoites of Acanthamoeba castellanii. The strain used in our study, namely A. castellanii T4 genotype, is the most frequently isolated amoeba from environment and also the causative agent of AK and granulomatous amebic encephalitis. For the determination of amebicidal activity, essential oils obtained from Mentha x priperita L., Melissa officinalis L. and Ocimum basilicum L. by Neo-Clevenger type of distillation apparatus have been used. In vitro experiments were performed by using 96-well microplates. Cyst and trophozoite solutions were added on the essential oil dilutions to obtain the last concentrations of 40, 20, 10, 5, 2.5 and 1.25 µg/ml for the cysts, and 10, 5, 2.5, 1.25, 0.625 and 0.313 µg/ml for the trophozoites. After the incubation of microplates at 30oC for 1, 6, 24, 48 and 72 hours, the viability of parasitic forms were evaluated under the light microscope followed by staining trypan blue. It was found that, each essential oil showed amebicidal effect on A.castellani cysts and trophozoites dependent on dosage and time, when compared with the control group, The maximum lethal effect occured with Melissa officinalis followed by Mentha x piperita and Ocimum basilicum, respectively. In our study, susceptibility of A.castellanii trophozoites to essential oils were more than the cysts, as expected. The essential oils of Melissa officinalis and Mentha x piperita showed 100% lethal effect at their highest concentrations whereas the essential oil of Ocimum basilicum showed only 63.3% lethal effect on cysts after 72 hours at the highest concentration (40 µg/mL). The results of this first study investigating the activities of essential oils extracted from Mentha x piperita, Melissa officinalis and Ocimum basilicum against Acanthamoeba spp. cysts and trophozoites, have suggested that, these essential oils could be potential novel and alternative natural products for the treatment of Acanthamoeba spp. infections.

Q humması dünyada birçok ülkede görülen, Gram negatif, zorunlu hücre içi, bir bakteri olan Coxiellaburnetii’nin neden olduğu zoonotik bulaşıcı bir enfeksiyon hastalığıdır. Bu çalışmanın amacı, Kahramanmaraş ilinde risk gruplarında C.burnetii ve Q ateşi seropozitifliğininaraştırılmasıdır. Çalışmaya, Kahramanmaraş ilinde çalışan veteriner hekim,celep ve mezbaha kasabı gibi meslek gruplarından toplam 40 gönüllü birey (20-60yaş aralığında; 34’ü erkek, 6’sı kadın) katılmıştır. Çalışma grubuna ait serumlarda,ELISAyöntemiyle C.burnetii FazII IgG antikorları araştırılmıştır. Sonuç olarak, örneklerin 4 (%10 )’ünde C.burnetii seropozitifliği belirlenmiştir. C.burnetii seropozitifbireylerin tamamı (n:4) erkek (bir veteriner hekim, üç celep) idi. Buaraştırmanın sonuçları, ilimizde C.burnetii ve Q ateşi seroprevalansınındüşük olduğunu göstermiştir. Enfekte hayvanlardan insanlara bulaşabilenC.burnetii, insanlarda zatürre,hepatit ve endokardite yol açabildiği için halk sağlığı açısından büyük önemtaşımaktadır., Q fever which is seen in most countries throughout the world, is a zoonotic diseasecaused by Coxiella burnetii a bacteria of Gram negative, obligate intracellular. The purpose ofthis study was to search the seroprevalence of C.burnetii and Q fever in risk groups inKahramanmaraş city, Turkey. A total of 40 voluntary individuals (34 male, 6 female;age range, 20-60years) including veterinarians, cattle-dealers, and butchers workingin Kahramanmaraş city were included in the study. C.burnetii phase IIImmunoglobulin G (lgG) antibodies were investigated by, Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay method in the sera samples of the study group. As a result, C.burnetiiseropositivity was determined in four (10%) of the samples. All positive samples (n=4)are male (one veterinarian, three cattle-dealers). These results of the study showed thatthe seroprevalence of C.burnetii and Q fever was low in the city. C.burnetii, which canbe transmitted from infected animals to humans, is of great importance for publichealth as it can cause pneumonia, hepatitis and endocarditis in humans.

Pseudomonas aeruginosa fırsatçı patojeninin antibiyotiklere karşı geliştirdikleri dirençler, insan sağlığına ciddi tehdit oluşturmaktadır (Donlan, 2001; Middleton ve ark., 2018). Oluşturdukları biyofilm sayesinde antibiyotiklere karşı direnç kazanabilmekte ve kronik enfeksyonlara sebep olarak ölümcül zararlar verebilmektedir (Dingemans ve ark., 2019). Biyofilm oluşumunu ve virulans faktörlerin salınımını quorum sensing (QS) mekanizmasını aktive ederek kontrol edebildiği bilinmektedir. Ayrıca, P. aeruginosa üzerinde ölüm stresi yaratmadan hücreler arasındaki iletişimin ve QS bağlantılı biyofilm formunun doğal kaynaklardan elde edilebilen metabolitlere inhibe edilebileceği literatürde yer almaktır (Asfour ve ark., 2018).Bu bağlamda çalışmamızda, özgün sekonder metabolitleri ürettiği ve bunlardan bazılarının antimikrobiyal etki gösterdiği tespit edilen liken ve endolikenik bakteri (ELB) özütlerinin quorum sensing inhibitörü (QSI) potansiyelleri araştırılmıştır. Bursa, Bolu ve Kastamonu bölgelerinden toplanan likenlerin aseton ve likenlerin talluslarından izole edilen ELB'lerin etil asetat özütlerinin QS mekanizması ve biyofilm formu üzerine etkileri incelenmiştir. Çalışmamızda, Pseudevernia furfuracea, Platismatia glauca ve Parmelia sulcata likenlerinin morfolojik tür tayinleri yapılmış ve talluslarından ELB'ler izole edilmiştir. ELB'lerin moleküler tür tayinleri yapılmış ve çoğunluğu Bacillus cinsi bakteriler ile benzerlik göstermiştir. Moleküler tanımlama sonrası, likenlerin ve ELB'lerin özütleri elde edilmiştir. Özütlerin antibakteriyel ve antibiyofilm etkilerinin belirlenebilmesi için P. aeruginosa PAO1 suşu üzerinde, QS inhibisyonu oranlarının belirlenebilmesi için lasB-gfp, rhlA-gfp ve pqsA-gfp suşları üzerinde testler yapılmıştır. Elde edilen verilere göre, liken ve ELB özütlerinin potansiyel QSI özellikte olabilecekleri ve bu tez çalışmasının literatüre katkı sağlayarak gelecekteki çalışmalara ışık tutacağı düşünülmektedir. The antibiotic resistance of oppurtunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa poses a serious threat to human health (Donlan, 2001; Middleton ve ark., 2018). Due to their biofilm form, they can gain resistance to antibiotics and cause fatal damage via chronic infections (Dingemans ve ark., 2019). Regulation of its biofilm formation and virulence factors are regulated by quorum sensing (QS) mechanism. In addition, it has been reported that, communication between cells and QS-linked biofilm form can be inhibited by metabolites from natural sources, without causing death stress on P. aeruginosa (Asfour ve ark., 2018).In this context, our study investigates the quorum sensing inhibitor (QSI) potentials of lichen and endolicenic bacteria (ELB) extracts, which were determined to produce antimicrobial effects. The effects of acetone extracts of lichens collected from Bursa, Bolu and Kastamonu regions, and ethyl acetate extracts of ELBs isolated from lichenic thallus were investigated.In our study, morphological identification of Pseudevernia furfuracea, Platismatia glauca and Parmelia sulcata lichens were performed and ELBs were isolated from lichen thallus. Molecular identification of ELBs were also performed and most of them showed similarities to Bacillus species. After molecular identification, acetone extracts of lichens and ethyl acetate extracts of ELBs were obtained. In order to determine the antibacterial and antibiofilm effects of the extracts, tests were performed on P. aeruginosa PAO1 strain. In addition, extracts were applied on P. aeruginosa lasB-gfp, rhlA-gfp and pqsA-gfp strains in order to determine the QS inhibition rates. According to results, it is thought that lichen and ELB extracts have potential QSI properties and this thesis study will contribute to the literature and guide future studies. 186

Yüksek tuz konsantrasyonlarında (%10 ve üzeri) optimum büyüyebilen mikroorganizmalar, halofiller grubuna girmektedir. Halofiller, yaşamın ana domainleri Arkea ve Bakterileri de kapsayan, yüksek tuzlu koşullarda hayatta kalma kabiliyetine sahip çeşitli mikroorganizmaları içerir. Halofillerin bazı önemli biyoteknolojik ve ekolojik özellikleri, halofilik biyolojiyi daha derinden incelemek için bilim adamlarının dikkatini çekmektedir. Bu çalışma, bazı biyoteknolojik açıdan önemli enzimlere odaklanarak Ayvalık Tuzlasından halofilik bakterilerin izolasyonunu ve tanımlanmasını kapsamaktadır.Farklı zaman aralıklarında Ayvalık tuzlasından su ve sediment örneklemeleri yapılarak çeşitli ortamlarda kültüre edilebilir halofilik bakteri izolasyonları gerçekleştirilmiştir. Tuzlu su numunelerinin iyon kromatografisi ile bazı iyonları (Florür, klorür, nitrit, bromür, sülfat vb.) ve ICP-OES metal analizi ile bazı metalleri (Na, Ca, Mg, Cd, Cu, Fe, Mn vb.) belirlenerek halofilik bakterilerin sayısı ve tipleri arasında ilişki olup olmadığı tespit edilmeye çalışılmıştır. İzolasyonlar sonucunda tuzladan alınan su örneklerinde yaklaşık olarak 1.2 x 103 kob/mL kültüre edilebilir halofilik bakteri tespit edilmiştir. İzole edilen mikroorganizmaları temsilen 55 farklı Halofilik bakteri seçilerek hem katı hem de sıvı ortamda farklı enzimleri (Ksilanaz, amilaz, selülaz, pektinaz, proteaz ve lipaz) üretim kabiliyetleri belirlenmiştir. Katı ortamda yapılan testler 55 halofilik bakterinin 34 tanesinin araştırılan enzimlerden en az birini üretme kapasitesine sahip olduğunu 14 bakterinin ise yüksek miktarlarda enzim ürettiğini göstermiştir. Seçilen halofilik bakterilerin sıvı besiyerleriyle yapılan fermentasyonları sonucunda elde edilen enzim üretimleri ksilanaz için 2-21.9, selülaz için 2.2-22.2, amilaz için 2.4-18.2 ve pektinaz için 1.2-9.8 U/mL arasında farklılık göstermektedir. Üretilen enzimlerin ısıya karşı toleransları 40 oC civarında olmasına karşın yüksek (alkali) pH'larda aktiviteleri çok daha stabil ve yüksek bulunmuştur. Seçilen 14 farklı bakterinin 11'i morfolojik, kültürel karakteristikleri ve 16S rRNA sekans verileri aracılığıyla tanımlanmışlardır. Belirlenen türler sırasıyla, Halobacillus karajensis, Halobacillus alkaliphilus, Salegentibacter salarius, Halomonas alimentaria, Halomonas denitrificans, Actinopolyspora erythraea, Chromohalobacter beijerinckii, Marinobacter algicola'dır. Ayrıca enzim ürettiği belirlenen 3 halofilik bakteri ise cins bazında (2 adet Haloferax sp. ve 1 adet Saccharopolyspora sp.) tespit edilebilmiştir.Çalışmada tanımlanan Halofilik bakterilerin literatürde yer alan bazı halofilik bakterilerden çok daha yüksek miktarlarda farklı enzimleri üretebildikleri belirlenmiştir. Ancak daha sonraki çalışmalarda enzim üretimi optimizasyonu, saflaştırılması gibi bazı ileri testlerin tamamlanması ve bu enzimlerin biyoteknolojik olarak farklı alanlarda kullanılabilirliğinin belirlenmesi önem arz etmektedir. Microorganisms that grow at high salt concentrations (10% and above) are included in halophiles group. Halophiles include a diverse microorganisms with ability to survive in highly saline conditions, including major life domains Archaea as well as Bacteria. Some important biotechnological and ecological features of halophiles grabbing the the attention of scientists to further examine the halophilic biology. This study presents isolation and identification of halophilic bacteria from Ayvalık Saltern by focusing on some biotechnologically important enzymes.Water and sediment samples were be sampled at different time intervals, and halophilic bacteria were isolated. Determination of some ions (fluoride, chloride, nitrite, bromide, sulphate etc.) by ion chromatography and some metals (Na, Ca, Mg, Cd, Cu, Fe, Mn etc.) by ICP-OES metal analyses of saline samples, it is tried to determine whether there is a relationship between the frequency and the types of halophilic bacteria. As a result of isolations, approximately 1.2 x 103 cfu/mL culturable halophilic bacteria were determined in the water samples taken from the saltern. Representative 55 different halophilic bacteria for isolated microorganisms were selected and ability of the producing different enzymes (xylanase, amylase, cellulase, pectinase, protease and lipase) were determined in both solid and liquid medium. Tests in solid media showed that 34 of the 55 halophilic bacteria had the capacity to produce at least one of the enzymes investigated, while 14 of the bacteria produced high amounts of enzyme. As a result of liquid medium fermentation, the enzyme yields of the selected halophilic bacteria were 2-21.9 for xylanase, 2.2-22.2 for cellulase, 2.4-18.2 for amylase and 1.2-9.8 U/mL for pectinase. Although the temperature tolerance of the produced enzymes is around 40 oC, their activity at higher (alkaline) pHs is much more stable and higher.11 of the 14 selected bacteria were identified by morphological, cultural characteristics and 16S rRNA sequence data. The species identified are Halobacillus karajensis, Halobacillus alkaliphilus, Salegentibacter salarius, Halomonas alimentaria, Halomonas denitrificans, Actinopolyspora erythraea, Chromohalobacter beijerinckii and Marinobacter algicola. In addition, 3 halophilic bacteria producing the enzymes were determined on genus level (2 Haloferax sp. and 1 Saccharopolyspora sp.).Halophilic bacteria identified in this study were able to produce much higher amounts of different enzymes than some halophilic bacteria studied in the literature. However, in later studies, to determine the usability of these enzymes in different fields of biotechnology, it is important to complete some more tests such as optimization of enzyme production and purification. 108

Clostridium difficile insanlarda antibiyotiğe bağlı ishal ve psödomembranöz enterokolit etmeni olan anaerob bir patojendir. Dünya genelinde antibiyotiğe bağlı ishal vakalarının %15-30'u C. difficile kaynaklıdır. C. difficile enfeksiyonundan korunmak için hâlihazırda herhangi bir aşı ya da tedavi bulunmamaktadır. Bağırsak epitel hücreleri, slpA proteinleri ile uyarıldığında buna karşı anti-slpA antikorlarını üretmektedir. Böylece konakçı hücrelere C. difficile'nin yapışmasının engellediği son yıllardaki çalışmalarda gösterilmiştir.Çalışmamız, bitkinin üreteceği Yüzey-Katman Proteinleri (Surface-Layer Proteins- slpA) ile C. difficile'nin insan bağırsağında kolonizasyonunu engelleyip bu etkene bağlı enfeksiyonların önlenmesini sağlamak üzerine oluşturulmuştur. Aynı zamanda yenilebilir aşı olarak kullanılabilecek transgenik bitkilerin üretilmesinde, indirekt gen aktarım etmeni olarak rekombinant Agrobacterium tumefaciens bakterisi elde edilmiştir. Bu amaçla çalışmanın birinci aşamasında, vektör olarak kullanılan A. tumefaciens'e öncül proteini sentezleyen LMW_slpA geni klonlanmıştır. Transgenik başarı, LMW_slpA geninin PZR ve sonrasında yapılan elektroforez sonucu agaroz jelde 947 baz çifti bölgede bantlar görülmüştür. Clostridium difficile is an anaerobic bacteria that causes antibiotic-induced diarrhea and pseudomembranous enterocolitis in humans. It is responsible for 15-30 % of antibiotic-related diarrhea cases worldwide. There is currently no vaccine or treatment to prevent C. difficile infection. Recent studies have shown that anti-slpA antibodies are produced against the human intestinal epithelial cells when stimulated with slpA proteins and inhibits the adhesion of C. difficile to host cells.With the present study we aim to generate the plants that expressing slpA which prevents binding of C. difficile to intestinal epithelial cells of human. Therefore, C. difficile causing infection is obscured. Recombinant Agrobacterium tumefaciens bacteria were obtained as indirect gene transfer agent that generate transgenic plants which can be used as edible vaccines.For this purpose, in the beginning on this study, the LMW_slpA gene that synthesized the precursor protein was cloned to the cloning vector of A. tumefaciens. Transgenic success was achieved by electrophoresis of the LMW_slpA gene. 73

Bu araştırmada, Verbascum pinnatifidum Vahl. ve Verbascum antinori Boiss. & Hedr. bitki türlerinden elde edilen etanol, metanol, aseton ve etil asetat ektraktlarının bazı test mikroorganizmalarına karşı (Escherichia coli NRRL B-3704, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Proteus vulgaris ATCC 13315, Acinetobacter baumanii ATCC 19606, Bacillus subtilis ATCC 6633, Staphylococcus aureus ATCC 25923, Staphylococcus haemolyticus ATCC 43252, Candida albicans ATCC 10231) antimikrobiyal ve antibiyofilm aktiviteleri araştırılmıştır. Bulgularımıza göre V. pinnatifidum bitkisinin P. aeruginosa ATCC 27853 test bakterisine, V. antinori bitkisinin ise P. aeruginosa ATCC 27853 ve A. baumanii ATCC 19606 bakterilerine karşı yüksek antibakteriyel aktiviteye sahip olduğu tespit edilmiştir. Bununla birlikte her iki bitki türünden elde edilen ekstraktların B. subtilis ATCC 6633, P. aeruginosa ATCC 27853, P. vulgaris ATCC 13315, S. aureus ATCC 25923 ve S. haemolyticus ATCC 43252 bakterilerine karşı önemli bir biyofilm giderici özellik taşıdıklarıda belirlenmiştir. In this study, antimicrobial and antibiofilm activities of ethanol, methanol, acetone and ethyl acetate extracts from Verbascum pinnatifidum Vahl. and Verbascum antinori Boiss. & Hedr.plant species were investigated against some test microorganisms (Escherichia coli NRRL B-3704, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Proteus vulgaris ATCC 13315, Acinetobacter baumanii ATCC 19606, Bacillus subtilis ATCC 6633, Staphylococcus aureus ATCC 25923, Staphylococcus haemolyticus ATCC 43252, Candida albicans ATCC 10231). According to our findings, it wasdetermined that V. pinnatifidum has high antibacterial activity against P. aeruginosa ATCC 27853 and V. antinori has high antibacterial activity against P. aeruginosa ATCC 27853 and P. aeruginosa ATCC 27853 and A. baumanii ATCC 19606 bacteria. However, extracts from both plant species were determined to be an important biofilm inhibitor against B. subtilis ATCC 6633, P. aeruginosa ATCC 27853, P. vulgaris ATCC 13315, S. aureus ATCC 25923 and S. haemolyticus ATCC 43252 bacteria. 56