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Olivier Hermine, Felipe Suarez, Bénédicte Neven, Olivier Lortholary, Capucine Picard, Olivier Paccoud, Alain Fischer, Stéphane Blanche, Marc Lecuit, Claire Aguilar, Nizar Mahlaoui, Despina Moshous, and Fanny Lanternier

Sylvain Levallois, Olivier Disson, Claire Maudet, Marc Lecuit, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Paris (UP), Centre National de Référence Listeria - National Reference Center Listeria (CNRL), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Research in the Biology of Infection Unit is supported financially by Institut Pasteur, Inserm, ANR and ERC, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)

Alexandra Moura, Ángel Gómez-Martín, Guillaume Vales, Nathalie Tessaud-Rita, Ángel García-Muñoz, Marc Lecuit, Juan J. Quereda, Alexandre Leclercq, Hélène Bracq-Dieye, Pierre Thouvenot, Universidad Cardenal Herrera-CEU (CEU-UCH), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence Listeria - National Reference Center Listeria (CNRL), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This work was supported by Generalitat Valenciana (Project reference GV/2018/A/183) and by the Spanish Ministry of Science and Innovation (Project reference PID2019-110764RA-I00), Institut Pasteur, Inserm and Santé Publique France. J.J. Quereda is supported by a ‘Ramón y Cajal’ contract of the Spanish Ministry of Science, Innovation and Universities (RYC-2018–024985-I)., DIAKITE, andrée, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO)

Olivier Disson, Alexandra Moura, Marc Lecuit, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence Listeria - National Reference Center Listeria (CNRL), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Research in the Biology of Infection Unit is supported financially by Institut Pasteur, Inserm, ANR and ERC. Marc Lecuit is a senior member of Institut Universitaire de France., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), DIAKITE, andrée, and Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID

Pierre Thouvenot, Guillaume Vales, Juan J. Quereda, Empar García-Roselló, María L. Mocé, Ángel Gómez-Martín, Nathalie Tessaud-Rita, Alexandre Leclercq, E. Jiménez-Trigos, Marc Lecuit, Hélène Bracq-Dieye, Ángel García-Muñoz, Alexandra Moura, Jesús Gomis, and Carla Palacios-Gorba

Cécile Doyen, Thérèse Couderc, Alexis Brugier, R. Juntas-Morales, Philippe Roingeard, Rabah Ben Yaou, Julien Burlaud-Gaillard, Etienne Simon-Loriere, Mohamed Lamine Hafirassou, Sophia Rafasse, Vasiliya Kril, Pierre-Olivier Vidalain, Laura Pezzi, Gisèle Bonne, Lucie Gueneau, Xavier de Lamballerie, Marc Lecuit, Laurent Meertens, Anne Bertrand-Legout, Beate M. Kümmerer, Ali Amara, Lucie Bonnet-Madin, Thibaud Goupil, Constance Delaugerre, Athena Labeau, Monsef Benkirane, Génomes, biologie cellulaire et thérapeutiques (GenCellDi (UMR_S_944)), Collège de France (CdF (institution))-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Saint-Louis, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institute of Virology [Bonn, Germany], University of Bonn Medical Centre, Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut Pasteur [Paris] (IP), Morphogénèse et antigénicité du VIH et du virus des Hépatites (MAVIVH - U1259 Inserm - CHRU Tours ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de génétique humaine (IGH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Chimie et de Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques (LCBPT - UMR 8601), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe Chimie et Biologie, Modélisation et Immunologie pour la Thérapie (CBMIT), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Génomique virale et vaccination, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en Myologie – U974 SU-INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Département de neurologie [Montpellier], Université Montpellier 1 (UM1)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Gui de Chauliac [CHU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Université de Montpellier (UM), Laboratoire de Virologie [CHU Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de maladies infectieuses et tropicales [Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This study received funding from the French Government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoire d’Excellence ‘Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases’ (ANR-10-LABX-62-IBEID), the ‘Investissements d’Avenir’ program (ANR-10-IHUB-0002, ANR-15-CE15-00029 ZIKAHOST and the INCEPTION program ANR-16-CONV-0005), Institut Pasteur, Inserm and European Research Council. Viruses were provided by the Europe and Virus Archive, which has received funding from the EU Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement 653316. The authors thank the EA7310, Laboratoire de Virologie, Université de Corse-Inserm for funding the doctoral position of L.P., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-17-CE15-0029,ZIKAHOST,LES FACTEURS DE L'HÔTE ASSOCIÉS À LA NEUROPATHOGÉNICITÉ DU VIRUS ZIKA(2017), ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Collège de France (CdF (institution))-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris], Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Myologie, Université Montpellier 1 (UM1)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Gui de Chauliac [Montpellier]-Université de Montpellier (UM), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Hôpital Gui de Chauliac [Montpellier]-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM), BUISINE, Soline, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, LES FACTEURS DE L'HÔTE ASSOCIÉS À LA NEUROPATHOGÉNICITÉ DU VIRUS ZIKA - - ZIKAHOST2017 - ANR-17-CE15-0029 - AAPG2017 - VALID, and Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs - - INCEPTION2016 - ANR-16-CONV-0005 - CONV - VALID

Marc Lecuit, Srinand Sreevatsan, Douglas R. Call, Alexandra Moura, Joshua J. Woodward, Adelle P. McFarland, Johannetsy J. Avillan, Nicole Herman, Luís Augusto Nero, Anderson Carlos Camargo, Universidade Federal de Vicosa (UFV), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Paul G. Allen School for Global Animal Health [WSU, USA], Washington State University (WSU), University of Minnesota [Twin Cities] (UMN), University of Minnesota System, University of Washington [Seattle], Michigan State University [East Lansing], Michigan State University System, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), The present material is based upon work supported by Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) and Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG)., The authors express their gratitude to Deyse Vallim and Ernesto Hofer from the Laboratory of Bacterial Zoonoses (FioCruz, Brazil) for provision of bacterial strains from CLIST collection., Universidade Federal de Viçosa = Federal University of Viçosa (UFV), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), and DIAKITE, andrée

Lukas Hafner, Alessio Andronico, Marc Lecuit, Mariana Alonso, Simon Cauchemez, Pierre-Marie Lledo, Laetitia Travier, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Perception et Mémoire / Perception and Memory, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modélisation mathématique des maladies infectieuses - Mathematical modelling of Infectious Diseases, Université Paris Cité (UPCité), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This work was supported financially by Institut Pasteur, the Microbes and Brain incentive program of Institut Pasteur, the Labex IBEID program, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale. LH is supported by the Pasteur-Paris University (PPU) International PhD Program, funded by the European Union's Horizon 2020 research and innovation program under the Marie Sklodowska-Curie grant agreement No 665807, and the 'Ecole Doctorale FIRE-Programme Bettencourt' of the CRI Paris., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 665807,H2020,H2020-MSCA-COFUND-2014,PASTEURDOC(2015), Travier, Laetitia, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Institut Pasteur International Docotal Program - PASTEURDOC - - H20202015-10-01 - 2020-10-01 - 665807 - VALID, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Paris (UP), and Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO)

Sylvain Levallois, Guillaume Duménil, Stéphane Rigaud, Françoise Lazarini, Olivier Gorgette, Lisa A. Chakrabarti, Rémy Robinot, Guilherme D. Melo, Julien Fernandes, Céline Trébeau, Pierre-Marie Lledo, Hervé Bourhy, Raphaël Etournay, Olivier Schwartz, Stacy Gellenoncourt, Samy Gobaa, Timothée Bruel, Florence Larrous, Mathieu Hubert, Marc Lecuit, Nikaïa Smith, Catherine Thouvenot, Darragh Duffy, Adeline Mallet, Vincent Michel, Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lyssavirus, épidémiologie et neuropathologie - Lyssavirus Epidemiology and Neuropathology, Institut Pasteur [Paris] (IP), Perception et Mémoire / Perception and Memory, Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), BioImagerie Photonique – Photonic BioImaging (UTechS PBI), Hub d'analyse d'images - Image Analysis Hub (Platform) (IAH), Plateforme BioImagerie Ultrastructurale – Ultrastructural BioImaging Platform (UTechS UBI), Institut de l'Audition [Paris] (IDA), Plateforme technologique Biomatériaux et Microfluidique - Biomaterials and Microfluidics technologic Platform, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), This work was supported by : Institut Pasteur TASK FORCE SARS COV2 (Tropicoro project), DIM ELICIT Region Ile-de-France, and ANRS (L.A.C.), the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), ANRS, Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), 'TIMTAMDEN' ANR-14-CE14-0029, 'CHIKV-Viro-Immuno' ANR-14-CE14- 0015-01, the Gilead HIV cure program, ANR/FRM Flash Covid PROTEO-SARS-CoV-2 and IDISCOVR (O.S.), Institut Pasteur TASK FORCE SARS COV2 and ANR Flash Covid CoVarImm (D.D.), Institut Pasteur TASK FORCE SARS COV2 (Neuro-Covid project) (H.B.). The Lledo’s lab is supported by the life insurance company 'AG2R-La-Mondiale'. The UtechS Photonic BioImaging (Imagopole) and the UtechS Ultrastructural BioImaging (UBI) are supported by the French National Research Agency (France BioImaging, ANR-10–INSB–04, Investments for the Future). R.R. is the recipient of a Sidaction fellowship, N.S. of a Pasteur-Roux Cantarini fellowship, and St.G. of a MESR/Ecole Doctorale B3MI, Paris 7 University fellowship. S.L. is supported by FRM (fellowship ECO201906009119) and by 'Ecole Doctorale FIRE – Programme Bettencourt'., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-14-CE14-0029,TIMTAMDEN,Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue(2014), ANR-14-CE14-0015,CHIKV-Viro-Immuno,Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya(2014), ANR-20-COVI-0059,PROTEO-SARS-CoV-2,Protéomique du SARS-CoV-2(2020), ANR-20-COVI-0053,CoVarImm,Variation de la réponse immune systémique et muqueuse pendant l'infection par le SRAS-CoV-2 et la convalescence(2020), Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Vaccine Research Institute (VRI), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]

Cindy Fevre, Marc Lecuit, Minhee Kim, Olivier Disson, Morgane Lavina, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), Minhee Kim received a long-term postdoctoral fellowship from the European Molecular Biology Organization (EMBO), ALTF 1192-2017. Institut Pasteur, Inserm, LabEx IBEID, the European Research Council (ERC) Invadis and ANR Organolist provided financial support., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-15-CE15-0007,OrganoList,Interactions entre Listeria monocytogenes et la barrière intestinale(2015), European Project: 681829,ERC-CoG-2015,INVADIS(2016), and Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Carla Palacios-Gorba, Juan J. Quereda, Marc Lecuit, Jesús Gomis, María L. Mocé, Ángel Gómez-Martín, Alexandre Leclercq, E. Jiménez-Trigos, Alexandra Moura, Universidad Cardenal Herrera-CEU (CEU-UCH), Centre National de Référence Listeria - National Reference Center Listeria (CNRL), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported by Generalitat Valenciana (project reference GV/2018/A/183) and by the Spanish Ministry of Science and Innovation (project reference PID2019-110764RA-I00) (J.J.Q.), Institut Pasteur, Inserm, and Santé Publique France. J. J. Quereda is supported by a 'Ramón y Cajal' contract of the Spanish Ministry of Science, Innovation and Universities (RYC-2018-024985-I). C. Palacios-Gorba is supported by a predoctoral contract from the Universidad Cardenal Herrera-CEU., We thank Hélène Bracq-Dieye, Nathalie Tessaud-Rita, Pierre Thouvenot, and Guillaume Vales (Institut Pasteur, Paris, France) for DNA extraction and the P2M platform (Institut Pasteur, Paris, France) for genome sequencing., DIAKITE, andrée, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)

Marija Trkov, Ivo Van Walle, Sven Halbedel, Joël Mossong, Raquel Abad, Vítor Borges, Marc Lecuit, Werner Ruppitsch, Alexandre Leclercq, Alicja Kuch, Alexandra Moura, European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC), Statens Serum Institut [Copenhagen], National University of Ireland [Galway] (NUI Galway), Public Health England [London], Laboratoire National de Santé [Luxembourg] (LNS), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Austrian Agency for Health and Food Safety (AGES), Timothy Dallman (Public Health England (PHE), United Kingdom): The research in the United Kingdom was funded by the National Institute for Health Research Health Protection Research Unit (NIHR HPRU) in Gastrointestinal Infections at University of Liverpool in partnership with Public Health England, in collaboration with University of East Anglia, University of Oxford and the Institute of Food Research.The views expressed are those of the author(s) and not necessarily those of the National Health Service (NHS), the NIHR, the Department of Health or PHE.Alexandra Moura, Alexandre Leclercq and Marc Lecuit: The research in France was supported by Institut Pasteur, Inserm and Santé Publique France., We thank Alfonsina Fiore (Istituto Superiore di Sanità, Italy), Jani Halkilahti (National Institute for Health and Welfare, Finland) and Judit Pászti (Országos Epidemiológia Központ, Hungary) for technical support. Daniel Palm (ECDC, Sweden), Joana Revez (ECDC), Marc Struelens (ECDC), Max Heck (Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu, Netherlands), Mike Catchpole (ECDC) and Saara Kotila (ECDC) for critical review. Marc Struelens (ECDC) and Sylvain Brisse (Institut Pasteur, France) for advice and guidance., European Listeria WGS typing group : comprend pour l'Institut Pasteur : Marc Lecuit (Institut Pasteur, National Reference Center and WHO Collaborating Center Listeria, Biology of Infection Unit, Inserm U1117, and Paris Descartes University, Paris, France), Alexandre Leclercq (Institut Pasteur, National Reference Center and WHO Collaborating Center Listeria, Paris, France), European Centre for Disease Prevention and Control [Stockholm, Sweden] (ECDC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO)

Marc Garcia-Garcera, Maxime Pichon, Christophe Burucoa, Lukas Hafner, Alexandra Moura, and Marc Lecuit

Lukas Hafner, Marc Garcia-Garcera, Christophe Burucoa, Marc Lecuit, Sophie H A Nusser, Maxime Pichon, Alexandra Moura, Frasca, Guillaume, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Institut Pasteur International Docotal Program - PASTEURDOC - - H20202015-10-01 - 2020-10-01 - 665807 - VALID, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Pharmacologie des anti-infectieux (PHAR), Université de Poitiers-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence Listeria - National Reference Center Listeria (CNRL), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO)-Université Paris Cité (UPCité), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), L.H. is supported by the Pasteur-Paris University (PPU) International Ph.D. Programme, funded by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under the Marie Sklodowska-Curie grant agreement No 665807, the ‘Ecole Doctorale FIRE-Programme Bettencourt’ of the CRI Paris and the Fondation Pasteur Suisse. M.L. laboratory is funded by Institut Pasteur, Inserm, the European Research Council and Laboratoire d’Excellence Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases. M.L. is a member of Institut Universitaire de France., We thank Hélène Bracq-Dieye for technical help, Georges Michel Haustant, Cédric Fund, Elodie Turc, Laure Lemée, Biomics Platform, C2RT, Institut Pasteur, Paris, France, supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09-09) and IBISA for 16S sequencing, Auguste Fourneau and Amandine Brunet for PCR assays and Sandrine Isaac, Henrik Salje and Olivier Disson for critical reading., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 665807,H2020,H2020-MSCA-COFUND-2014,PASTEURDOC(2015), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire Inflammation, Tissus épithéliaux et Cytokines (LITEC), Université de Poitiers, Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Université de Lausanne (UNIL), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), and Centre National de Référence Listeria - National Reference Center Listeria (CNR)

Lei Huang, Claire Maudet, Charlotte Gaultier, Marc Lecuit, Sylvain Levallois, Yu-Huan Tsai, Julien Gaillard, Marouane Kheloufi, Olivier Disson, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence Listeria - National Reference Center Listeria (CNRL), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Work in ML laboratory is funded by Institut Pasteur, Inserm, ERC, ANR and Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID). CM was a recipient of the Roux-Cantarini fellowship of Institut Pasteur. LH, CG and JG were supported by Université Paris Descartes, YHT by the Pasteur -Paris University (PPU) International PhD Program, under the European Union's Horizon 2020 research and innovation program, Marie Sklodowska-Curie grant agreement No 665807, and SL by FRM (ECO201906009119) and 'Ecole Doctorale FIRE–Programme Bettencourt'., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 665807,H2020,H2020-MSCA-COFUND-2014,PASTEURDOC(2015), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), DIAKITE, andrée, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, and Institut Pasteur International Docotal Program - PASTEURDOC - - H20202015-10-01 - 2020-10-01 - 665807 - VALID

Olivier Lortholary, Julia Dina, Marc Lecuit, Astrid Vabret, Denise Antona, Caroline Charlier, François Freymuth, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Centre National de Référence des virus de la Rougeole, Rubéole et Oreillons = National Reference Center for Measles Mumps and Rubella [Caen] (CNR), CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], DIAKITE, andrée, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Université de Caen Normandie (UNICAEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN)

Monika Kurpas, Jacek Osek, Alexandra Moura, Alexandre Leclercq, Marc Lecuit, Kinga Wieczorek, National Veterinary Research Institute [Pulawy, Pologne] (NVRI), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), The research was funded by KNOW (Leading National Research Centre) Scientific Consortium Healthy Animal Safe Foodallocated on the basis of the decision of the Ministry of Science and Higher Education No. 05-1/KNOW2/2015, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Moura, Alexandra

Marc Lecuit, Caroline Charlier, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence Listeria - National Reference Center Listeria (CNRL), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), and DIAKITE, andrée

Marc Lecuit, Caroline Charlier, Olivier Disson, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence Listeria - National Reference Center Listeria (CNRL), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This work was supported by the Institut Pasteur, Santé Publique France., DIAKITE, andrée, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO)

Marc Lecuit, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence Listeria - National Reference Center Listeria (CNRL), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Université de Paris (UP), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Agence Nationale de la RechercheH2020 European Research CouncilInsermInstitut Pasteur, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Université Paris Cité (UPCité), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)

Alexandra Moura, Alexandre Leclercq, Caroline Charlier, Pierre Thouvenot, Mylène M. Maury, Guillaume Vales, Marc Lecuit, Benoit Pilmis, Hélène Bracq-Dieye, Centre National de Référence Listeria - National Reference Center Listeria (CNRL), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Biologie des Infections - Biology of Infection, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), and DIAKITE, andrée

Agnès Ferroni, Laure Béven, Sabine Pereyre, Olivier Lortholary, Fanny Lanternier, Marc Lecuit, Hervé Lécuyer, Josquin Moraly, Laurent Bret, Nicolas Etienne, Cécile Le Brun, Olivier Hermine, Université Paris Descartes - Faculté de Médecine (UPD5 Médecine), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHR), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Institut Pasteur [Paris], Université de Bordeaux (UB), We thank Anne Laurence Thomi Georgelin, who referred the patient to the Necker-Pasteur Center for Infectious Diseases and Tropical Medicine, Valérie Zeller for the management of septic polyarthritis, and Philippe Lanotte and Marie-Pierre Dubrana, who participated in molecular analysis., Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHRO), and Institut Pasteur [Paris] (IP)

Marc Thiry, Christian Alfano, Férechté Encha-Razavi, Marine Driessen, Tania Attié-Bitach, Michel Vekemans, Marianne Leruez-Ville, Laurent Nguyen, Yves Ville, Thérèse Couderc, Marc Lecuit, Aurélie Beaufrère, Nicolas Thelen, Maryse Bonnière, Bettina Bessières, Laboratoire Histologie Embryologie Cytogénétique [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Gynécologie Obstétrique [CHU Necker], GIGA-Neurosciences [Université Liège], GIGA [Université Liège], Université de Liège-Université de Liège, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker], Institut Pasteur [Paris] (IP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Virologie [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This project was funded in part by the European Union's Horizon 2020 Research and Innovation Program under ZIKAlliance Grant Agreement N° 734548 (to L.N. and M.L.) and by the LabEx IBEID, Institut Pasteur, and INSERM., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 734548,ZIKAlliance(2016), DIAKITE, andrée, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, A global alliance for Zika virus control and prevention - ZIKAlliance - 2016-10-01 - 2019-09-30 - 734548 - VALID, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut Pasteur [Paris]-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]

Matthew T. Aliota, Nikos Vasilakis, Edward McSweegan, Leda Bassit, Michael J. Ricciardi, Thomas C. Friedrich, Guilherme S. Ribeiro, Natalia Mercer, Geraldine Schott-Lerner, George R. Saade, Thaddeus G. Golos, Shelton S. Bradrick, Diane E. Griffin, Mariano A. Garcia-Blanco, Lisa F. P. Ng, Pei Yong Shi, Diogo M. Magnani, Bryan Cox, Christina Gavegnano, Marc Lecuit, Chao Shan, Caroline Marrs, Andrew D. Haddow, David I. Watkins, Jorge E. Osorio, Scott C. Weaver, Raymond F. Schinazi, David H. O’Connor, Esper G. Kallas, Shannan L. Rossi, Uriel Kitron, University of Wisconsin-Madison, Emory University [Atlanta, GA], The University of Texas Medical Branch (UTMB), Global Virus Network, University of South Florida [Tampa] (USF), Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health [Baltimore], Johns Hopkins University (JHU), U.S. Army Medical Research Institute of Infectious Diseases (USAMRIID), Universidade de São Paulo = University of São Paulo (USP), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), University of Miami Leonard M. Miller School of Medicine (UMMSM), Agency for science, technology and research [Singapore] (A*STAR), Universidade Federal da Bahia (UFBA), Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Work from the authors’ laboratories was funded by in part by U.S. National Institutes of Health grants: R01NS087539-S1 (to DEG), R21AI129607 (to RFS), and R24AI120942, R01AI121452 (to SCW) R01 AI107157-01A1 (to TGG), R01AI116382-01A1S1 (to DHO), U01AI115577 (to NV) and P51 OD011106 (to the WNPRC)., U.S. Army Medical Research Institute of Infectious Diseases, University of São Paulo (USP), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris], Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)

Kum Thong Wong, Kien Chai Ong, Marc Lecuit, Thérèse Couderc, University of Malaya = Universiti Malaya [Kuala Lumpur, Malaisie] (UM), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Cité (UPCité), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), This study was supported in part, by the University of Malaya/Ministry of Education High Impact Research Grant (H‐20001‐00‐E000004), Fundamental Research Grant Scheme (FP19/2016, FP038/2015A), Pasteur Institute, Inserm and LabEx IBEID., Fabrice Chrétien, Kum Thong Wong, Leroy R. Sharer, Catherine (Katy) Keohane, Françoise Gray, ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), DIAKITE, andrée, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, and Fabrice Chrétien, Kum Thong Wong, Leroy R. Sharer, Catherine (Katy) Keohane, Françoise Gray

Beate M. Kümmerer, Laura Pezzi, Mohamed Lamine Hafirassou, Lucie Gueneau, Constance Delaugerre, Gisèle Bonne, Thibaud Goupil, Vasiliya Kril, Monsef Benkirane, Julien Burlaud-Gaillard, Lucie Bonnet-Madin, R. Juntas-Morales, Anne Bertrand Legout, Thérèse Couderc, Laurent Meertens, Etienne Simon-Loriere, Philippe Roingeard, Ali Amara, Marc Lecuit, Rabah Ben Yaou, Sophia Rafasse, Alexis Brugier, Xavier de Lamballerie, Pierre-Olivier Vidalain, Cécile Doyen, Athena Labeau, Génomes, biologie cellulaire et thérapeutiques (GenCellDi (U944 / UMR7212)), Collège de France (CdF (institution))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Universität Bonn = University of Bonn, Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut Pasteur [Paris] (IP), Morphogénèse et antigénicité du VIH et du virus des Hépatites (MAVIVH - U1259 Inserm - CHRU Tours ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de génétique humaine (IGH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Modélisation et Immunologie pour la Thérapie (CBMIT), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre de recherche en Myologie – U974 SU-INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Cité (UPCité), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Génomes, biologie cellulaire et thérapeutiques (GenCellDi (UMR_S_944)), Collège de France (CdF (institution))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Bonn, Institut Pasteur [Paris], Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Paris (UP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), DIAKITE, andrée, Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), and Centre de Recherche en Myologie

Thomas Jaenisch, Anubis Vega-Rúa, Patrícia Brasil, M. G. Rosa-Freitas, Michael A. Drebot, P. Gallian, Sébastien Boyer, Maria Rios, Amadou A. Sall, Laura Pezzi, Anna-Bella Failloux, Angelle Desiree LaBeaud, Lisa F. P. Ng, Michael S. Diamond, Ricardo Lourenço-de-Oliveira, Guilherme S. Ribeiro, Scott C. Weaver, Mariama Dalanda Diallo, Nikos Vasilakis, A. J. Rodriguez-Morales, Alain Kohl, François Simon, Michael P. Busch, André Siqueira, Chantal Reusken, Jan Felix Drexler, Johan Neyts, Graham Simmons, X. de Lamballerie, Marc Lecuit, Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), EA Bioscope Corse Méditerranée : Dynamique des infections virales en milieu insulaire, Université Pascal Paoli (UPP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur de Dakar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Institut Pasteur de la Guadeloupe, Agency for science, technology and research [Singapore] (A*STAR), Institut Pasteur du Cambodge, Charité - UniversitätsMedizin = Charité - University Hospital [Berlin], German Centre for Infection Research (DZIF), The University of Texas Medical Branch (UTMB), MRC - University of Glasgow Centre for Virus Research, Arbovirus et Insectes Vecteurs - Arboviruses and Insect Vectors, Institut Pasteur [Paris] (IP), University of California [San Francisco] (UC San Francisco), University of California (UC), Washington University School of Medicine in St. Louis, Washington University in Saint Louis (WUSTL), Public Health Agency of Canada, Etablissement Français du Sang - Alpes-Méditerranée (EFS - Alpes-Méditerranée), Etablissement Français du Sang, Heidelberg University Hospital [Heidelberg], Stanford School of Medicine [Stanford], Stanford Medicine, Stanford University-Stanford University, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Rega Institute for Medical Research [Leuven, België], National Institute for Public Health and the Environment [Bilthoven] (RIVM), Erasmus University Medical Center [Rotterdam] (Erasmus MC), Universidade Federal da Bahia (UFBA), Instituto Gonçalo Moniz / Gonçalo Moniz Research Centre - Fiocruz Bahia [Salvador, Brésil] (IGM), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), U.S. Food and Drug Administration (FDA), Universidad Tecnológica de Pereira [Colombie] (UTP), Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées, BUISINE, Soline, Virology, Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pascal Paoli (UPP), Institut Pasteur [Paris], University of California [San Francisco] (UCSF), University of California, and Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Morgane Lavina, Mylène M. Maury, Pierre Thouvenot, Olivier Disson, Guillaume Vales, Alexandre Leclercq, Marc Lecuit, Sylvain Brisse, Hélène Bracq-Dieye, and Lei Huang

Thierry Fournier, Caroline Manet, Kenzo-Hugo Hillion, Thérèse Couderc, Emeline Perthame, Julian Buchrieser, Françoise Porrot, Séverine A. Degrelle, Marc Lecuit, Olivier Schwartz, Daniel A. Donahue, Quentin Nevers, Anne Dupressoir, Sylvie Souquere, Olivier Disson, Thierry Heidmann, Marlene V. Arroyo, Katinka Ruigrok, Xavier Montagutelli, Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiopathologie et pharmacotoxicologie placentaire humaine : Microbiote pré & post natal (3PHM - UMR-S 1139), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Inovarion [Paris], Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génétique fonctionnelle de la Souris, Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse (AMMICa), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virologie Structurale - Structural Virology, Rétrovirus endogènes et éléments rétroïdes des eucaryotes supérieurs (UMR 9196), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Work in the laboratory of O.S. is funded by Institut Pasteur, ANRS, Sidaction, the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), 'TIMTAMDEN' ANR-14-CE14-0029, 'CHIKV-Viro-Immuno' ANR-14-CE14-0015-01, CNRS and the Gilead HIV cure program. Work in the laboratory of M.L. is funded by Institut Pasteur, INSERM, ERC, Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), Institut Convergence, and Université Paris Descartes. C.M. was supported by a fellowship from grant no. ANR-10-LABX-62-IBEID. M.V.A. was supported by NSF GRFP grant no. 1644869., We thank members of the Virus and Immunity Unit for discussions and help, M. Maaran Rajah for critical reading of the manuscript. We thank patients who participated in the study. We also thank members of Embryology and Core Breeding teams (DTPS-C2RA-Central Animal Facility platform) for technical support with strain revivification, M. Cohen-Tannoudji for hosting mouse experiments. We thank the Cellular and Molecular Imaging facility of the Faculty of Pharmacy of Paris (UMS3612 CNRS/US25 INSERM), and the UtechS Photonic BioImaging (Imagopole)., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-14-CE14-0029,TIMTAMDEN,Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue(2014), ANR-14-CE14-0015,CHIKV-Viro-Immuno,Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya(2014), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Virus et Immunité, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Howard Hughes Medical Institute [New York], New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC)-Rockefeller University [New York], Virologie Structurale, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]-Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris], Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris], ANR-10-LABX-0077/10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)

Hannah Fehlner-Peach, Massimo Marzorati, Dan R. Littman, Jana De Bodt, Tom Van de Wiele, Marion Bérard, Marc Lecuit, Pascale Cossart, Marie-Anne Nahori, Benoit Chassaing, Alexandra Moura, Olivier Dussurget, Nathalie Rolhion, and Andrew T. Gewirtz

A. J. Rodriguez-Morales, M. G. Rosa-Freitas, Guilherme S. Ribeiro, Nikos Vasilakis, Lisa F. P. Ng, Mariama Dalanda Diallo, Scott C. Weaver, Patrícia Brasil, Jan Felix Drexler, Johan Neyts, Anna-Bella Failloux, François Simon, Alain Kohl, A. Vega Rua, Maria Rios, Michael P. Busch, Michael S. Diamond, André Siqueira, Michael A. Drebot, P. Gallian, Sébastien Boyer, Ricardo Lourenço-de-Oliveira, Chantal Reusken, Angelle Desiree LaBeaud, Thomas Jaenisch, Marc Lecuit, Laura Pezzi, X. de Lamballerie, Graham Simmons, Amadou A. Sall, Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Virologie [UNIV Corse-Inserm] (EA7310), Université Pascal Paoli (UPP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), National Institute for Public Health and the Environment [Bilthoven] (RIVM), Erasmus University Medical Center [Rotterdam] (Erasmus MC), The University of Texas Medical Branch (UTMB), Charité - UniversitätsMedizin = Charité - University Hospital [Berlin], Humboldt University Of Berlin, Berlin Institute of Health (BIH), German Centre for Infection Research (DZIF), University of California [San Francisco] (UC San Francisco), University of California (UC), Stanford School of Medicine [Stanford], Stanford Medicine, Stanford University-Stanford University, Washington University in Saint Louis (WUSTL), Public Health Agency of Canada, Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Universidade Federal da Bahia (UFBA), University of Glasgow, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Agency for science, technology and research [Singapore] (A*STAR), Etablissement Français du Sang - Alpes-Méditerranée (EFS - Alpes-Méditerranée), Etablissement Français du Sang, Institut Pasteur du Cambodge, Institut Pasteur de Dakar, Arbovirus et Insectes Vecteurs - Arboviruses and Insect Vectors, Institut Pasteur [Paris] (IP), Heidelberg University Hospital [Heidelberg], Rega Institute for Medical Research [Leuven, België], Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), U.S. Food and Drug Administration (FDA), Universidad Tecnológica de Pereira [Colombie] (UTP), Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées, Institut Pasteur de la Guadeloupe, Publication fees were covered by the Global Research Collaboration for Infectious Disease Preparedness (GloPID-R)., Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pascal Paoli (UPP), Humboldt-Universität zu Berlin, University of California [San Francisco] (UCSF), University of California, Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris], Virology, Charité - Universitätsmedizin Berlin / Charite - University Medicine Berlin, Humboldt Universität zu Berlin, Stanford University School of Medicine [Stanford], Stanford University [Stanford], Washington University in St Louis, Federal University of Bahia, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Arbovirus et Insectes Vecteurs, and Rega Institute for Medical Research

Alexandra Moura, Alexandre Leclercq, Morgane Lavina, Olivier Disson, Athmanya K. Eshwar, Marc Lecuit, Maria Fredriksson-Ahomaa, Pierre Thouvenot, Lei Huang, Roger Stephan, Centre National de Référence Listeria - Biologie des Infections (CNRL), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre collaborateur de l'OMS Listeria - Biologie des Infections (CCOMS), Biologie des Infections - Biology of Infection, Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris, France, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), University of Helsinki, Institute for Food Safety and Hygiene, University of Zürich [Zürich] (UZH), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]-Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris], Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris], Centre National de Référence Listeria - National Reference Center Listeria (CNRL), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki, Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), University of Zurich, Freitag, Nancy E, and Lecuit, Marc

Christian Alfano, Ivan Gladwyn-Ng, Thérèse Couderc, Marc Lecuit, Laurent Nguyen, Université de Liège, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), This work was supported by the European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under ZIKAlliance Grant Agreement N° 734548 (to LN and ML) and by the European Virus Archives goes Global (EVAg) project under grant agreement N° 653316. ML was also funded by Institut Pasteur, INSERM, and LabEx IBEID. LN was funded by F.R.S.-F.N.R.S., the Fonds Léon Fredericq, the Fondation Médicale Reine Elisabeth, the Fondation Simone et Pierre Clerdent, the Belgian Science Policy (IAP-VII network P7/20), the ARC (ARC11/16-01), the EU H2020 ZIKAlliance (#734548), the ERANET Neuron STEM-MCD, and NeuroTalk. LN and IG-N are, respectively senior research associate and postdoctoral fellows from F.R.S- F.N.R.S., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 734548,ZIKAlliance(2016), European Project: 653316,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,EVAg(2015), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), DIAKITE, andrée, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, A global alliance for Zika virus control and prevention - ZIKAlliance - 2016-10-01 - 2019-09-30 - 734548 - VALID, and European Virus Archive goes global - EVAg - - H20202015-04-01 - 2019-03-31 - 653316 - VALID

Géraldine Piorkowski, X. de Lamballerie, Jeremy A. Garson, Christopher Gorman, Sayaphet Rattanavong, Paul N. Newton, Tehmina Bharucha, Manivanh Vongsouvath, Audrey Dubot-Pérès, Marc Lecuit, Malee Seephonelee, Onanong Sengvilaipaseuth, and Pommier J-D.

Kristoffer Kiil, Corinne Amar, Francisco J. Pérez-Reche, Timothy J. Dallman, Anaïs Painset, Sylvain Brisse, Eva Møller-Nielsen, Jonas T. Björkman, Ovidiu Rotariu, Laurent Guillier, Jean-François Mariet, Kathie Grant, Ken J. Forbes, Benjamin Félix, Norval J. C. Strachan, Alexandra Moura, Marc Lecuit, Sophie Roussel, Public Health England Gastrointestinal Bacteria Reference Unit [London], University of Liverpool, Statens Serum Institut [Copenhagen], Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort (LSAl), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), University of Aberdeen, Institute for Complex Systems and Mathematical Biology [Aberdeen] (ICSMB), Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries pathogènes - Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens, Institut Pasteur [Paris], This work was funded by EFSA, contract number OC/EFSA/BIOCONTAM/2014/01-CT 1 on 'Closing gaps for performing a risk assessment on Listeria monocytogenes in ready‐to‐eat (RTE) foods: activity 3, the comparison of isolates from different compartments along the food chain, and from humans using whole genome sequencing (WGS) analysis’, EFSA‐Q‐2014‐00 026., and Institut Pasteur [Paris] (IP)

Hannah Fehlner-Peach, Andrew T. Gewirtz, Massimo Marzorati, Marie-Anne Nahori, Benoit Chassaing, Alexandra Moura, Marion Bérard, Olivier Dussurget, Dan R. Littman, Nathalie Rolhion, Tom Van de Wiele, Pascale Cossart, Marc Lecuit, Jana De Bodt, DIAKITE, andrée, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, ERA-NET Infect-ERA - Subversive pro- and anti-inflammation trade-offs promote infection by Listeria monocytogenes - - PROANTILIS2013 - ANR-13-IFEC-0004 - IFEC - VALID, Bacterial, cellular and epigenetic factors that control enteropathogenicity - BacCellEpi - - H20202015-10-01 - 2018-09-30 - 670823 - VALID, Interactions Bactéries-Cellules (UIBC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Georgia State University, University System of Georgia (USG), Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Animalerie centrale (Plate-forme), Institut Pasteur [Paris] (IP), New York University School of Medicine, NYU System (NYU), Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), This work was supported by grants to P.C.: ERC Advanced Grant BacCellEpi (670823), ANR (Investissement d’Avenir Programme 10-LABX-62-IBEID), ERANET Infect-ERA PROANTILIS (13-IFEC-0004-02), and the Fondation le Roch., We thank the CDTA (Orléans) and the Institut Pasteur Animalerie Centrale staff, especially K. Sébastien, T. Angélique, M.G. Lopez Dieguez, M. Jacob, and E. Maranghi. We thank G. Jouvion and M. Tichit for technical help and the Centre Ressources Biologiques de l’Institut Pasteur for providing strains. We thank L. Maranghi, J. Blondou, and A. Lavelle for technical support and C. Bécavin, A. Hryckowian, B. Martinez, G. Eberl, G. Hansson, and H. Sokol for helpful discussion. N.R. was supported by an EMBO short-term fellowship (ASTF 399-2015), B.C. by a Career Development Award from the CCFA, an Innovator Award from the Kenneth Rainin Foundation, and a Seed Grant from the GSU’s Brain & Behavior program, H.F.-P. by an NYU-HCC CTSI grant (1TL1TR001447), and D.R.L. by the Howard Hughes Medical Institute and the Colton Center for Autoimmunity., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-13-IFEC-0004,PROANTILIS,Subversive pro- and anti-inflammation trade-offs promote infection by Listeria monocytogenes(2013), European Project: 670823,H2020,ERC-2014-ADG,BacCellEpi(2015), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ghent University [Belgium] (UGENT), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]-Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris], Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris], Institut Pasteur [Paris], Howard Hughes Medical Institute [New York], NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC)-Rockefeller University [New York], ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC)-New York University School of Medicine, and NYU System (NYU)-NYU System (NYU)

Nathalie Tessaud-Rita, Alexandre Leclercq, Marc Lecuit, Christine Aguilhon, Guillaume Vales, Alexandra Moura, DIAKITE, andrée, Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), BIOMERIEUX, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported by Institut Pasteur and Inserm., We thank the P2M platform (Institut Pasteur, Paris, France) for genome sequencing. We also thank the Leibniz Institute DSMZ-German Collection for Microorganisms and Cell Cultures GmbH (Braunschweig, Germany) and the Collection of Institut Pasteur (Paris, France) for the deposit of the type strain in their collections., Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)

Bart Ferwerda, Mylène M. Maury, Mathijs C. Brouwer, Lukas Hafner, Arie van der Ende, Stephen Bentley, Marc Lecuit, Diederik van de Beek, Epidemiology and Data Science, Neurology, AII - Infectious diseases, Amsterdam Neuroscience - Neuroinfection & -inflammation, Medical Microbiology and Infection Prevention, Amsterdam UMC - Amsterdam University Medical Center, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), National Institute for Public Health and the Environment [Bilthoven] (RIVM), The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge], Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This work was supported by grants from the European Research Council (ERC Starting Grant, proposal/contract 281156, NWO-Vidi and NWO-Vici grants proposal/contract 016.116.358 and 918.196.27 to DvdB, NWO-Veni Grant NWO-Vidi grant 2017 proposal/contract 916.13.078 to MB, ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 281156,EC:FP7:ERC,ERC-2011-StG_20101109,MENINGENE(2012), DIAKITE, andrée, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Nationwide prospective study on community-acquired bacterial meningitis: from genetics to therapy - MENINGENE - - EC:FP7:ERC2012-02-01 - 2017-01-31 - 281156 - VALID, Amsterdam UMC, and Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Marc Lecuit, Josef D. Järhult, Mohamed E. El Zowalaty, Oliver T. Zishiri, Rachel A. Hickman, Alexandra Moura, Noelle R. Noyes, DIAKITE, andrée, St Jude Children's Research Hospital, University of KwaZulu-Natal [Durban, Afrique du Sud] (UKZN), University of Sharjah (UoS), Uppsala University, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), University of Minnesota System, The whole-genome sequencing work is supported by the National Institutes of Health/Food and Drug Administration under award number 1U18FD006780-01., We thank the South African National Research Foundation for supporting this research through the Thuthuka Funding Instrument (grant number TTK170411226583) and the Swedish Research Council (VR) through grant number 2016-02606. We thank Lyndy Harden and Siddhartha Thakur from Population Health and Pathobiology, College of Veterinary Medicine, North Carolina State University (Raleigh, NC). We thank the Genome Trakr Network and the Whole Genome Sequencing Program for foodborne pathogen traceback and the Center for Food Safety and Applied Nutrition (CFSAN), U.S. Food and Drug Administration (FDA), for support in the whole-genome sequencing (WGS) of the strain MEZLIS26 as part of the US Food and Drug Administration's WGS surveillance effort., University of KwaZulu-Natal (UKZN), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)

Yee Sin Leo, Marc Lecuit, Thérèse Couderc, Angela Chow, Zhisheng Her, Yiu-Wing Kam, Bing Shao Chia, Ruo-Yan Ong, Fok-Moon Lum, Laurent Rénia, Lisa F. P. Ng, Yong Loo Lin School of Medicine, Agency for science, technology and research [Singapore] (A*STAR), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institute of Infectious Diseases and Epidemiology [Singapore, Singapore], Tan Tock Seng Hospital [Singapore, Singapore], Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris], University of Liverpool, This project was funded in part by the EU project FP7-ICRES (grant no. 261202), and LabEx IBEID, Institut Pasteur and Inserm. Lastly, we are grateful to Kai-Er Eng for editing of the manuscript, We acknowledge the study participants and healthy volunteers for providing the plasma and blood samples. We would also like to express our gratitude to the research staffs and clinical staffs from CDC/TTSH for patient enrolment, study coordination, and collection of patient samples. We would also want to thank Martial Jaume (Hong Kong University Pasteur Research Center) for providing the transformed ST486 cell lines. We would also like to thank Andres Merits for providing the Zs-Green tagged CHIKV infectious clone and the rabbit anti-CHIKV nsP2 polyclonal antibodies. In addition, we express our gratitude to the SIgN Flow Cytometry core and to Kenneth Low and Adeline Lin for their technical assistance. We thank P. Bergeat, Director of the Laboratoire Français du Fractionnement et des Biotechnologies, for his support., ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010), European Project: 261202,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2010-single-stage,ICRES(2010), Yong Loo Lin School of Medicine [Singapore], Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Tan Tock Seng Hospital, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)

Mariela Scortti, Alexandra Moura, Alexandre Leclercq, Lei Han, Marc Lecuit, Sonsiray Alvarez, and José A. Vázquez-Boland

Marc Lecuit, Laurent Nguyen, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), GIGA-Neurosciences [Université Liège], GIGA [Université Liège], Université de Liège-Université de Liège, This work was supported by the European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under ZIKAlliance Grant Agreement No. 734548 (to L.N. and M.L.). L.N. is senior research associate from F.R.S-F.N.R.S. and his research is also supported by F.R.S.-F.N.R.S. (J.0163.16 and J.0028.18 — CDR), the Fonds Léon Fredericq, the Fondation Médicale Reine Elisabeth, the Fondation Simone et Pierre Clerdent, the Belgian Science Policy (IAP-VII network P7/20), the ARC (ARC11/16-01), and the ERANET Neuron STEM-MCD, M.L. is also funded by Institut Pasteur, Inserm and LabEx IBEID., ANR-15-NEUR-0006,STEM-MCD,Stem cells and mechanisms contributing to human cortical malformations(2015), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 734548,ZIKAlliance(2016), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]-Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris], and ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010)

Guillaume Vales, Kattia Núñez-Montero, Marc Lecuit, Javier Pizarro-Cerda, Johnny Peraza, Alexandra Moura, Alexandre Leclercq, Costa Rica Institute of Technology [Cartago] (TEC), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Interactions Bactéries-Cellules (UIBC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported by Institut Pasteur, INSERM and the Vicerrectoría de Investigación y Extensión-Instituto Tecnológico de Costa Rica (Research Project VIE-1510068)., We thank the P2M platform (Institut Pasteur, Paris, France) for genome sequencing and the Leibniz Institute DSMZ – German Collection for Microorganisms and Cell Cultures GmbH (Braunschweig, Germany) and the Collection of Institut Pasteur (Paris, France) for the deposit of the type strain in their collections., Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), DIAKITE, andrée, Centre collaborateur de l'OMS Listeria - Biologie des Infections (CCOMS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]-Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris], and Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris]

Olivier Disson, Carolina Varela-Chavez, Jordi Molgó, Alain Vandewalle, Georges Michel Haustant, Chloé Connan, Christelle Mazuet, Marc Lecuit, and Michel R. Popoff

Alexandre Leclercq, Vanessa J. Hüls, Marcel R. Eugster, Laurent S. Morax, Martin J. Loessner, Simona G. Huwiler, and Marc Lecuit

Scott C. Weaver, Caroline Charlier, Nikos Vasilakis, Marc Lecuit, The University of Texas Medical Branch (UTMB), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)

Hélène Bracq-Dieye, Marc Lecuit, José Miguel Soriano, Mohammed El Maadoudi, Jamal Abrini, Nadia Skalli Senhaji, Alexandre Leclercq, Ayoub Kounnoun, Alexandra Moura, Nadia Amajoud, Université Abdelmalek Essaâdi (UAE), Centre National de Référence Listeria - Biologie des Infections (CNRL), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre collaborateur de l'OMS Listeria - Biologie des Infections (CCOMS), Biologie des Infections - Biology of Infection, Universitat de València (UV), Office National de Sécurité Sanitaire des Produits Alimentaires [Maroc] (ONSSA), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]-Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris], Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Centre National de Référence Listeria - National Reference Center Listeria (CNRL), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO)

Nicolas Thelen, Christian Alfano, Pierre Vanderhaeghen, Thérèse Couderc, Maryse Bonnière, Michelle America, Giovanni Morelli, Ikuo K. Suzuki, Catherine Creppe, Bettina Bessières, Lluís Cordón-Barris, Laurent Nguyen, Marc Lecuit, Marie Flamand, Marc Thiry, Férechté Encha-Razavi, Ivan Gladwyn-Ng, GIGA-Neurosciences, Interdisciplinary Cluster for Applied Genoproteomics (GIGA-R) [Liège], Université de Liège-C.H.U. Sart Tilman [Liège], Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], BIOMED [Hasselt], Hasselt University (UHasselt), Département d’Histologie-Embryologie-Cytogénétique, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche Interdisciplinaire en Biologie Humaine et Moléculaire (IRIBHM), Université libre de Bruxelles (ULB), Virologie Structurale, Institut Pasteur [Paris], Walloon Excellence in Life sciences and BIOtechnology [Liège] (WELBIO), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), The authors are thankful for technical help from the GIGA-Imaging Platform of ULg, M. Leruez-Ville for human sample collection, P.V. Drion, E.D. Valentin and C. Grignet for the flaviviral facility, C. d’Alessandro, M. Sambon and M. Lavina for technical assistance, E. Simon-Loriere for sharing ZIKV quantification protocol, and E. Peyre for graphical assistance. L.N., I.G.-N. and C.C. receive financial support from F.R.S.-F.N.R.S. This work was supported by the European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under ZIKAlliance Grant Agreement N° 734548 (to L.N. and M.L.) and by the European Virus Archives goes Global (EVAg) project under grant agreement N° 653316. M.L. is also funded by Institut Pasteur, Inserm and LabEx IBEID. L.N. and P.V. are funded by F.R.S.-F.N.R.S., the Fonds Léon Fredericq, the Fondation Médicale Reine Elisabeth, the Fondation Simone et Pierre Clerdent and the Belgian Science Policy (IAP-VII network P7/20). L.N. is funded by ARC (ARC11/16-01) and the ERANET Neuron STEM-MCD, P.V. is funded by the WELBIO Program of the Walloon Region, the AXA Research Fund, the Fondation ULB, ERANET Neuron Microkin, ERANET E-rare Euromicro and ERC-2013 ERC-2013-AG-340020., European Project: 734548,ZIKAlliance(2016), European Project: 653316,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,EVAg(2015), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hasselt University, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), Welbio, and Free University of Brussels (BELGIUM)

Guillaume Vales, Mylène M. Maury, Pierre Thouvenot, Marc Lecuit, Alexandra Moura, Hélène Bracq-Dieye, Nathalie Tessaud-Rita, Alexandre Leclercq, Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported by Institut Pasteur and Public Health France., We thank Dr. Martin Wiedmann (Cornell University, USA) for providing type strains of L. marthii, L. grandensis, L. aquatica, L. cornellensis, L. riparia and L. floridensis, Dr. Leo Meile (Swiss Federal Institute of Technology Zurich, Switzerland) for L. fleischmannii, Dr. C. Bizet (Collection de l'Institut Pasteur, France) for providing type strains of L. weihenstephanensis, L. booriae, L. newyorkensis and the access to the Bruker Daltonics MALDI-TOF MS system. We are also thankful to the P2M platform (Institut Pasteur, Paris, France) for genome sequencing., Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), and DIAKITE, andrée

Mariela Scortti, Alexandra Moura, Lei Han, Guillaume Vales, Alexandre Leclercq, Olivier Disson, Marc Lecuit, Hélène Bracq-Dieye, Mylène M. Maury, Edith Gouin, José A. Vázquez-Boland, Viviane Chenal-Francisque, Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Centre National de Référence Listeria - National Reference Center Listeria (CNRL), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Edinburgh, Biologie des Infections - Biology of Infection, Interactions Bactéries-Cellules (UIBC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Work in M.L.'s laboratory was supported by Institut Pasteur, Inserm, LabEx IBEID, the European Research Council, and Santé Publique France. Work in J.A.V.-B.'s laboratory was supported by the Wellcome Trust (program grant WT074020MA) and partially by core Roslin Institute funding from BBSRC (BB/J004227/1), We acknowledge Anne Morvan, Thomas Cantinelli, Nathalie Tessaud-Rita and Laetitia Bellon for their help in strain collection and isolation at the National Reference Centre for Listeria. We thank Pascale Cossart for providing antibodies against LLO and the Institut Pasteur P2M platform for genome sequencing., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), DIAKITE, andrée, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Centre collaborateur de l'OMS Listeria - Biologie des Infections (CCOMS), Centre National de Référence Listeria - Biologie des Infections (CNRL), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris], and ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010)