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Cyril Planchais, David Rey, Aurélie Velay, Ludivine Grzelak, Yoann Madec, Yves Hansmann, Isabelle Staropoli, Marie-Josée Wendling, Samira Fafi-Kremer, Arnaud Fontanet, Catherine Schmidt-Mutter, Timothée Bruel, Hugo Mouquet, Nathalie Reix, Ludovic Glady, Floriane Gallais, Olivier Schwartz, María González, Nicolas Meyer, Jérôme De Seze, Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Cité (UPCité), Immuno-Rhumatologie Moléculaire, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), CIC Strasbourg (Centre d’Investigation Clinique Plurithématique (CIC - P) ), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], CHU Strasbourg, Groupe Méthodes en Recherche Clinique [Strasbourg] (GMRC), Nouvel Hôpital Civil [Strasbourg], CHU Strasbourg-CHU Strasbourg, Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), S. F. K.’s laboratory is funded by Strasbourg University Hospitals (Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, PRI 7782), Agence Nationale de la Recherche (ANR-18-CE17-0028), Laboratoire d’Excellence TRANSPLANTEX (ANR-11-LABX-0070_TRANSPLANTEX), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (UMR_S 1109). O. S.’s laboratory is funded by Institut Pasteur, Urgence COVID-19 Fundraising Campaign of Institut Pasteur, Agence Nationale de recherches sur le sida, Sidaction, the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), 'TIMTAMDEN' Agence Nationale de la Recherche ANR-14-CE14-0029, 'CHIKV-Viro-Immuno' ANR-14-CE14-0015-01, the Gilead HIV cure program, and ANR/Fondation Pour la Recherche Médicale Flash COVID. L. Gr., is supported by the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation., ANR-18-CE17-0028,HuMABK,Les anticorps monoclonaux humains : une Nouvelle approche thérapeutique contre l'infection par le virus BK et les maladies associées(2018), ANR-11-LABX-0070,TRANSPLANTEX,Nouveaux loci d'histocompatibilité/biomarqueurs en transplantation humaine: de la découverte à l'app(2011), ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-14-CE14-0029,TIMTAMDEN,Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue(2014), ANR-14-CE14-0015,CHIKV-Viro-Immuno,Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya(2014), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), univOAK, Archive ouverte, APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Les anticorps monoclonaux humains : une Nouvelle approche thérapeutique contre l'infection par le virus BK et les maladies associées - - HuMABK2018 - ANR-18-CE17-0028 - AAPG2018 - VALID, Nouveaux loci d'histocompatibilité/biomarqueurs en transplantation humaine: de la découverte à l'app - - TRANSPLANTEX2011 - ANR-11-LABX-0070 - LABX - VALID, Laboratoires d'excellence - Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute - - VRI2010 - ANR-10-LABX-0077 - LABX - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Appel à projets générique - Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue - - TIMTAMDEN2014 - ANR-14-CE14-0029 - Appel à projets générique - VALID, and Appel à projets générique - Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya - - CHIKV-Viro-Immuno2014 - ANR-14-CE14-0015 - Appel à projets générique - VALID

Katherine Kedzierska, Dale I. Godfrey, Liyen Loh, James McCluskey, Carolien E. van de Sandt, Nicholas A Gherardin, E. Kaitlynn Allen, Paul G. Thomas, Sidonia B G Eckle, Martha Lappas, Thomas Loudovaris, Ludivine Grzelak, Jane Crowe, Kylie M. Quinn, Jeremy Chase Crawford, Hui-Fern Koay, Sneha Sant, Katie L. Flanagan, Nicola L. Bird, Marcela de Lima Moreira, Jamie Rossjohn, and Landsteiner Laboratory

Mathieu Hubert, Jérémy Dufloo, Rémy Robinot, Hugo Mouquet, Olivier Schwartz, Ludivine Grzelak, Nell Saunders, Elodie Bishop, Françoise Porrot, Delphine Planas, Maaran Michael Rajah, Julian Buchrieser, Lisa A. Chakrabarti, Marija Zivaljic, Alice Bongers, Stacy Gellenoncourt, Florence Guivel-Benhassine, Cyril Planchais, Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Cité (UPCité), Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Sorbonne Université (SU), Neurobiologie intégrative des Systèmes cholinergiques / Integrative Neurobiology of Cholinergic Systems (NISC), Institut Pasteur [Paris]-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecole doctorale Cerveau Cognition et Comportement [Paris] (ED 158 - 3C), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Work in OS lab is funded by Institut Pasteur, Urgence COVID-19 Fundraising Campaign of Institut Pasteur, ANRS, the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), Fondation Pour la Recherche Médicale (FRM), Labex IBEID (ANR-10-LABX62-IBEID), ANR/FRM Flash Covid PROTEO-SARS-CoV-2, ANR CoronaMito AAP RA-COVID-19 V14, and IDISCOVR. Work in UPBI is funded by grant ANR-10-INSB-04-01 and Région Ile-de-France program DIM1-Health. MMR and MZ are supported by the Pasteur-Paris University (PPU) International Doctoral Program. MMR is also supported by Institut Pasteur Department of Virology 'Bourse de Soudure' fellowship. DP is supported by the Vaccine Research Institute. LG is supported by the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation. EB is supported by the Medecine-Sciences ENS-PSL Program. HM laboratory is funded by the Institut Pasteur, the Milieu Intérieur Program (ANR-10-LABX-69- 01), the INSERM, REACTing, EU (RECOVER), and Fondation de France (#00106077) grants., We thank members of the Virus and Immunity Unit for helpful discussions, Dr. Nicoletta Casartelli for her critical reading of the manuscript, and Nathalie Aulner and the UtechS Photonic BioImaging (UPBI) core facility (Institut Pasteur), a member of the France BioImaging network, for image acquisition and analysis support., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-COVI-0059,PROTEO-SARS-CoV-2,Protéomique du SARS-CoV-2(2020), ANR-21-CO14-0007,CoronaMito,Conséquences de l'infection par le SRAS-CoV-2 sur la fonction mitochondriale(2021), ANR-10-INBS-0004,France-BioImaging,Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée(2010), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Ziani, Isma, Laboratoires d'excellence - Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute - - VRI2010 - ANR-10-LABX-0077 - LABX - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Protéomique du SARS-CoV-2 - - PROTEO-SARS-CoV-22020 - ANR-20-COVI-0059 - COVID-19 - VALID, Conséquences de l'infection par le SRAS-CoV-2 sur la fonction mitochondriale - - CoronaMito2021 - ANR-21-CO14-0007 - COVID-19 - VALID, Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée - - France-BioImaging2010 - ANR-10-INBS-0004 - INBS - VALID, and Laboratoires d'excellence - GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE - - MILIEU INTERIEUR2010 - ANR-10-LABX-0069 - LABX - VALID

Cécile Masson, Aurélien Corneau, Florence Moulin, Ghaith Abdessalem, Pedro Gonçalves, Marianne Leruez, James P. Di Santo, Mathie Lorrot, Julie Toubiana, Julien Haroche, Camille Bruneau, Isabelle Melki, Bruno Charbit, Zahra Belhadjer, Loïc de Pontual, Camille de Cevins, Brigitte Bader Meunier, Alain Fischer, Victor Garcia-Paredes, Brieuc P. Perot, Marine Luka, Damien Bonnet, Quentin Riller, Nikaïa Smith, Slimane Allali, Sonia Meynier, Aude Magérus, Christele Gras Leguen, Shen-Ying Zhang, Olivier Schwartz, Jean-Laurent Casanova, Frédéric Rieux-Laucat, Nicolas Cagnard, Francesco Carbone, Tinhinane Fali, Mélanie Parisot, Mickaël M. Ménager, Maxime Beretta, Mohammed Zarhrate, Christine Bole-Feysot, Vithura Pirabarakan, Ludivine Grzelak, Mehdi Oualha, Darragh Duffy, Laura Barnabei, Hugo Mouquet, Maxime Batignes, Alexandre Boullé, Boris Sorin, Marie-Claude Stolzenberg, Inflammatory Responses and Transcriptomic Networks in diseases (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Sanofi Aventis R&D [Chilly-Mazarin], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris] (IP), Immunogenetics of pediatric autoimmune diseases (Equipe Inserm U1163), Cytometrie et Biomarqueurs – Cytometry and Biomarkers (UTechS CB), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunité Innée - Innate Immunity, Structure Fédérative de Recherche Necker (SFR Necker - UMS 3633 / US24), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Cytométrie Pitié-Salpêtrière (PASS-CYPS), Unité Mixte de Service Production et Analyse de données en Sciences de la vie et en Santé (PASS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Rockefeller University [New York], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses (CIMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Université Paris Cité (UPCité), CHU Trousseau [APHP], Centre d’Investigation Clinique de Nantes (CIC Nantes), Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Université Paris 13 (UP13), Collège de France (CdF (institution)), Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries pathogènes - Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens, ANR-18-IDEX-0001,Université de Paris,Université de Paris(2018), ANR-17-EURE-0013,GENE,Génétique et Epigénétique Nouvelle Ecole(2017), ANR-18-RHUS-0010,ATRACTION,Autoimmunity/inflammation Through Rnaseq Analysis at the single Cell level for Therapeutic Innovation(2018), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC), Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), and Université Paris Cité (UPC)

Florence Guivel-Benhassine, Lisa A. Chakrabarti, Mathieu Hubert, Julian Buchrieser, Nell Saunders, Maaran Michael Rajah, Ludivine Grzelak, Françoise Porrot, Hugo Mouquet, Cyril Planchais, Marija Zivaljic, Alice Bongers, Stacy Gellenoncourt, Rémy Robinot, Jérémy Dufloo, Elodie Bishop, Olivier Schwartz, and Delphine Planas

Ludivine Grzelak, Maxime Beretta, Slimane Allali, Aude Magérus, Hugo Mouquet, Maxime Batignes, Isabelle Melki, Olivier Schwartz, Quentin Riller, Mehdi Oualha, Nicolas Cagnard, Christine Bole-Feysot, Camille de Cevins, James P. Di Santo, Christele Gras Leguen, Florence Moulin, Jean-Laurent Casanova, Cécile Masson, Aurélien Corneau, Damien Bonnet, Vithura Pirabarakan, Mickaël M. Ménager, Camille Bruneau, Brieuc P. Perot, Francesco Carbone, Darragh Duffy, Mohammed Zarhrate, Marie-Claude Stolzenberg, Alexandre Boullé, Mélanie Parisot, Boris Sorin, Ghaith Abdessalem, Alain Fischer, Marianne Leruez, Julie Toubiana, Victor Garcia-Paredes, Mathie Lorrot, Loïc de Pontual, Zahra Belhadjer, Bruno Charbit, Tinhinane Fali, Marine Luka, Nikaïa Smith, Brigitte Bader Meunier, Shen-Ying Zhang, Sonia Meynier, Fredéric Rieux Laucat, Julien Haroche, Pedro Gonçalves, Laura Barnabei, Inflammatory Responses and Transcriptomic Networks in diseases (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Sanofi Aventis R&D [Chilly-Mazarin], Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris], Immunogenetics of pediatric autoimmune diseases (Equipe Inserm U1163), Cytometrie et Biomarqueurs – Cytometry and Biomarkers (UTechS CB), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunité Innée - Innate Immunity, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Structure Fédérative de Recherche Necker (SFR Necker - UMS 3633 / US24), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Cytométrie Pitié-Salpêtrière (PASS-CYPS), Unité Mixte de Service Production et Analyse de données en Sciences de la vie et en Santé (PASS), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Rockefeller University [New York], Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service d'Immunologie [CHU Pitié-Salpétrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Département des urgences pédiatriques [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Laboratoire de Virologie [CHU Necker], Département de Pédiatrie et maladies infectieuses [CHU Necker], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Service de Pédiatrie [Jean Verdier], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Sorbonne Paris Nord, Collège de France (CdF (institution)), Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries pathogènes - Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens, The study was supported by the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), by the 'URGENCE COVID-19' fundraising campaign of Institut Pasteur, by the Atip-Avenir, Emergence ville de Paris program and fond de dotation Janssen Horizon and by government grants managed by the Agence National de la Recherche as part of the 'Investment for the Future' program (Institut Hospitalo-Universitaire Imagine, grant ANR-10-IAHU-01, Recherche Hospitalo-Universitaire, grant ANR-18-RHUS-0010, Laboratoire d’Excellence ‘‘Milieu Intérieur', grant ANR-10-LABX-69-01), the Centre de Référence Déficits Immunitaires Héréditaires (CEREDIH), the Agence National de la Recherche (ANR-flash Covid19 'AIROCovid' to FRL and 'CoVarImm' to DD and JDS), and by the FAST Foundation (French Friends of Sheba Tel Hashomer Hospital). The LabTech Single Cell@Imagine is supported by the Paris Region and the 'Investissements d’avenir' program through the 2019 ATF funding – Sésame Filières PIA (Grant N°3877871). CdC is the recipient of a CIFRE-PhD (Sanofi). L.B. was a recipient of an Imagine institute PhD international program supported by the Fondation Bettencourt Schueller. L.B. was also supported by the EUR G.E.N.E. (reference #ANR-17-EURE-0013) and is part of the Université de Paris IdEx #ANR-18-IDEX-0001 funded by the French Government through its 'Investments for the Future' program. S.M. was a recipient of an INSERM and Institut Imagine post-doctorat program supported by the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM N°SPF20170938825). NS was a recipient of the Pasteur-Roux-Cantarini Fellowship. VGP obtained an Imagine international PhD fellowship program supported by the Fondation Bettencourt Schueller. BPP is the recipient of an ANRS post-doctoral fellowship., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-18-RHUS-0010,ATRACTION,Autoimmunity/inflammation Through Rnaseq Analysis at the single Cell level for Therapeutic Innovation(2018), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-20-COVI-0022,AIROCovid19,Analyse Omics de la réponse immune aigue au cours de l'infection à Covid19: rationnel moléculaire pour un traitement ciblé(2020), ANR-17-EURE-0013,GENE,Génétique et Epigénétique Nouvelle Ecole(2017), ANR-18-IDEX-0001,Université de Paris,Université de Paris(2018), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)

Ludivine Grzelak, Bruno Charbit, Vincent Bondet, Hélène Péré, Hugo Mouquet, Cyril Planchais, Darragh Duffy, Benjamin Terrier, Vincent Rouilly, Sarah H. Merkling, Nader Yatim, Pedro Gonçalves, Maxime Beretta, Timothée Bruel, Frederic Rieux-Leucat, Nikaïa Smith, Solen Kernéis, Jérôme Hadjadj, James P. Di Santo, Olivier Schwartz, Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris], Immunité Innée - Innate Immunity, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Cytometrie et Biomarqueurs – Cytometry and Biomarkers (UTechS CB), Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Datactix, Immunogenetics of pediatric autoimmune diseases (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Department of Internal Medicine, National Referral Center for Rare Systemic Autoimmune Diseases, Assistance Publique Hôpitaux de Paris-Centre (APHP-CUP), Université de Paris, Paris, France, Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Interactions Virus-Insectes - Insect-Virus Interactions (IVI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord, Epidémiologie et modélisation de la résistance aux antimicrobiens - Epidemiology and modelling of bacterial escape to antimicrobials (EMAE), This study was supported by an Institut Pasteur Covid-19 research grant and by a grant (CoVarImm) from the Agence National de la Recherche (ANR-flash Covid19) awarded to DD and JPD, and by the Laboratoire d’Excellence ‘‘Milieu Intérieur' (grant no. ANR-10-LABX-69-01) and the Fonds IMMUNOV, for Innovation in Immunopathology. NS is a recipient of the Pasteur-Roux-Cantarini Fellowship. We thank the UTechS CB of the Center for Translational Research, Institut Pasteur for supporting Luminex and Simoa analysis. We thank Laurence Motreff and Laurence Ma, Biomics Platform, C2RT, Institut Pasteur, Paris, France, supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09-09), IBISA and the Illumina COVID-19 Projects’ offer for microbial sequencing., ANR-20-COVI-0053,CoVarImm,Variation de la réponse immune systémique et muqueuse pendant l'infection par le SRAS-CoV-2 et la convalescence(2020), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord

Nathalie Demory, Pascal Campagne, David Veyer, Jacques Fourgeaud, Julien Puech, Laurent Bélec, Isabelle Staropoli, Galdric Orvoen, Florence Guivel-Benhassine, Julien Rodary, Veronique Moulin, Darragh Duffy, Blandine Monel, Ludivine Grzelak, Victor Euzen, Hélène Péré, Nikaïa Smith, Maxime Wack, Timothée Bruel, Lea Nunes, Delphine Planas, Pedro Gonçalves, Sandrine Imbeaud, Françoise Porrot, Olivier Schwartz, James P. Di Santo, and Nicolas Robillard

Samira Fafi-Kremer, Maaran Michael Rajah, Julian Buchrieser, Flora Donati, Thierry Prazuck, Mélanie Albert, Hugo Mouquet, Florence Guivel-Benhassine, Sylvie van der Werf, Aymeric Sève, Etienne Simon-Loriere, Laurent Hocqueloux, Françoise Porrot, Emmanuelle Varon, Hélène Péré, Karl Stefic, Vincent Enouf, Frédérique Schortgen, Layla Yahyaoui, Olivier Schwartz, Sylvie Behillil, Marianne Maquart, David Veyer, María González, Delphine Planas, Jérôme De Seze, Isabelle Staropoli, Elodie Bishop, Timothée Bruel, Matthieu Prot, Mounira Smati-Lafarge, Ludivine Grzelak, Cyril Planchais, Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université Paris Cité (UPCité), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Institut Pasteur [Paris], Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Intercommunal de Créteil (CHIC), CHU Strasbourg, CIC Strasbourg (Centre d’Investigation Clinique Plurithématique (CIC - P) ), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Génomique Fonctionnelle des Tumeurs Solides (U1162), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHRO), Université de Strasbourg (UNISTRA), Centre National de Référence du VIH [Tours] (CNR VIH), Work in the laboratory of O.S. is funded by Institut Pasteur, Urgence COVID-19 Fundraising Campaign of Institut Pasteur, ANRS, the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), ANR/FRM Flash COVID PROTEO-SARS-CoV-2 and IDISCOVR. Work in UPBI is funded by grant ANR-10-INSB-04-01 and Région Ile-de-France program DIM1-Health. D.P. is supported by the Vaccine Research Institute. L.G. is supported by the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation. The laboratory of H.M. is funded by the Institut Pasteur, the Milieu Intérieur Program (ANR-10-LABX-69-01), the INSERM, REACTing and EU (RECOVER) grants. The laboratory of S.v.d.W. is funded by Institut Pasteur, CNRS, Université de Paris, Santé publique France, Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), REACTing, EU grant RECOVER. The laboratory of S.F.-K. is funded by Strasbourg University Hospital (SeroCoV-HUS, PRI 7782), Programme Hospitalier de Recherche Clinique (PHRC N 2017-HUS no. 6997), the Agence Nationale de la Recherche (ANR-18-CE17-0028), Laboratoire d’Excellence TRANSPLANTEX (ANR-11-LABX-0070_TRANSPLANTEX) and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (UMR_S 1109). Work in CHR Orléans is funded by COREVIH Centre Val de Loire., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-INBS-0004,France-BioImaging,Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée(2010), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-18-CE17-0028,HuMABK,Les anticorps monoclonaux humains : une Nouvelle approche thérapeutique contre l'infection par le virus BK et les maladies associées(2018), ANR-11-LABX-0070,TRANSPLANTEX,Nouveaux loci d'histocompatibilité/biomarqueurs en transplantation humaine: de la découverte à l'app(2011), Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Donati, Flora, Laboratoires d'excellence - Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute - - VRI2010 - ANR-10-LABX-0077 - LABX - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée - - France-BioImaging2010 - ANR-10-INBS-0004 - INBS - VALID, Laboratoires d'excellence - GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE - - MILIEU INTERIEUR2010 - ANR-10-LABX-0069 - LABX - VALID, APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Les anticorps monoclonaux humains : une Nouvelle approche thérapeutique contre l'infection par le virus BK et les maladies associées - - HuMABK2018 - ANR-18-CE17-0028 - AAPG2018 - VALID, Nouveaux loci d'histocompatibilité/biomarqueurs en transplantation humaine: de la découverte à l'app - - TRANSPLANTEX2011 - ANR-11-LABX-0070 - LABX - VALID, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg]-Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg, Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), and Centre National de Référence du VIH [Tours] - laboratoire associé (CNR VIH)

Ludivine Grzelak, Mélanie Albert, María González, Vincent Enouf, Françoise Porrot, Hélène Péré, Marianne Maquart, Flora Donati, Timothée Bruel, Maaran Michael Rajah, Olivier Schwartz, Jérôme De Seze, Isabelle Staropoli, Julian Buchrieser, Sylvie van der Werf, Aymeric Sève, Florence Guivel-Benhassine, Laurent Hocqueloux, Samira Fafi-Kremer, Karl Stefic, David Veyer, Cyril Planchais, Etienne Simon-Loriere, Delphine Planas, Elodie Bishop, Thierry Prazuck, Hugo Mouquet, and Sylvie Behillil

Yoann Madec, Aurélie Velay, Isabelle Staropoli, Hugo Mouquet, Olivier Schwartz, Floriane Gallais, Ludivine Grzelak, Marie-Josée Wendling, Samira Fafi-Kremer, Cyril Planchais, Yves Hansmann, Nicolas Meyer, Catherine Schmidt-Mutter, David Rey, María González, Arnaud Fontanet, Timothée Bruel, Ludovic Glady, and Jérôme De Seze

Stéphane Pelleau, François Anna, Michael T. White, Pierre Charneau, Arnaud Fontanet, Timothée Bruel, Hugo Mouquet, Bruno Hoen, Yoann Madec, Jérémy Dufloo, Yves Levy, Ludivine Grzelak, Isabelle Staropoli, Marie-Noëlle Ungeheuer, Laura Tondeur, Rémy Robinot, Julian Buchrieser, Aurélie Wiedemann, Cyril Planchais, Olivier Schwartz, Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Laboratoire commun Pasteur-TheraVectys, Institut Pasteur [Paris]-TheraVectys, Malaria : parasites et hôtes - Malaria : parasites and hosts, Institut Pasteur [Paris], Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Investigation Clinique et d’Accès aux Ressources Biologiques (Plate-forme) - Clinical Investigation and Access to BioResources (ICAReB), Virologie Moléculaire et Vaccinologie / Molecular Virology and Vaccinology, Direction de la recherche médicale de l'Institut Pasteur, Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), This work was supported by the Urgence COVID-19 Fundraising Campaign of Institut Pasteur. O.S. is funded by Institut Pasteur, ANRS, Sidaction, the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), the 'TIMTAMDEN' project (a collaboration of Inserm, Institut Pasteur, and IRD, ANR-14-CE14-0029), the ANR 'CHIKV-Viro-Immuno' project (ANR-14-CE14-0015-01), and the Gilead HIV cure program. J.D. and L.G. are supported by the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation. H.M. is funded by the Institut Pasteur, the Milieu Intérieur Program (ANR-10-LABX-69-01), Inserm, and REACTing and EU RECOVER grants. C.P. is supported by a fellowship from the Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales (ANRS)., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-14-CE14-0029,TIMTAMDEN,Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue(2014), ANR-14-CE14-0015,CHIKV-Viro-Immuno,Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya(2014), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-TheraVectys, Institut Pasteur [Paris] (IP), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), and HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)

Yoann Madec, François Anna, Sandrine Fernandes-Pellerin, Marie Mielcarek, Olivier Schwartz, Rebecca Grant, Nicolas Collongues, Isabelle Staropoli, David Rey, Alexandre Bolle, Nathalie Jolly, Laura Tondeur, Charlotte Renaudat, Ludivine Grzelak, Nicolas Lefebvre, Marie-Noëlle Ungeheuer, Arnaud Fontanet, Bruno Hoen, Jérôme De Seze, Timothée Bruel, Catherine Schmidt-Mutter, Samira Fafi-Kremer, Aurélie Velay, Pierre Charneau, Philippe Souque, Nicolas Meyer, Immuno-Rhumatologie Moléculaire, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube), Institut National des Sciences Appliquées - Strasbourg (INSA Strasbourg), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg (ENGEES)-Réseau nanophotonique et optique, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Matériaux et nanosciences d'Alsace (FMNGE), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), CHU Strasbourg, Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire commun Pasteur-TheraVectys, Institut Pasteur [Paris] (IP)-TheraVectys, Virologie Moléculaire et Vaccinologie / Molecular Virology and Vaccinology, Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre de Recherche Translationnelle - Center for Translational Science (CRT), Investigation Clinique et d’Accès aux Ressources Biologiques (Plate-forme) - Clinical Investigation and Access to BioResources (ICAReB), CIC Strasbourg (Centre d’Investigation Clinique Plurithématique (CIC - P) ), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Groupe Méthodes en Recherche Clinique [Strasbourg] (GMRC), Nouvel Hôpital Civil [Strasbourg], CHU Strasbourg-CHU Strasbourg, École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg (ENGEES)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Strasbourg (INSA Strasbourg), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et Nanosciences Grand-Est (MNGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction de la recherche médicale de l'Institut Pasteur, Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), OS lab is funded by Institut Pasteur, ANRS, Sidaction, the Vaccine Research Institute (ANR- 10-LABX-77), Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), 'TIMTAMDEN' ANR-14-CE14-0029, 'CHIKV-Viro- Immuno' ANR-14-CE14-0015-01 and the Gilead HIV cure program. LG is supported by the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation. SFK lab receives funding from Strasbourg University Hospitals (COVID-HUS, CE-2020-34)., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-14-CE14-0029,TIMTAMDEN,Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue(2014), ANR-14-CE14-0015,CHIKV-Viro-Immuno,Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya(2014), univOAK, Archive ouverte, Laboratoires d'excellence - Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute - - VRI2010 - ANR-10-LABX-0077 - LABX - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Appel à projets générique - Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue - - TIMTAMDEN2014 - ANR-14-CE14-0029 - Appel à projets générique - VALID, Appel à projets générique - Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya - - CHIKV-Viro-Immuno2014 - ANR-14-CE14-0015 - Appel à projets générique - VALID, Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Institut Pasteur [Paris]-TheraVectys, Institut Pasteur [Paris], and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et nanosciences d'Alsace (FMNGE)

Lucie Le Fevre, Diane Descamps, Sylvie van der Werf, Nicolas Escriou, Delphine Planas, Olivier Schwartz, Flora Donati, Cyril Planchais, Rémy Robinot, Isabelle Staropoli, Bernadette Crescenzo, Bruno Hoen, Mireille Nowakowski, Marion Gransagne, Mélanie Albert, Jérémy Dufloo, Marc Eloit, Stéphane Petres, Camille Besombes, Ludivine Grzelak, Yazdan Yazdanpanah, Hugo Mouquet, Sarah Temmam, Arnaud Fontanet, Pierre Charneau, Marija Backovic, Vincent Enouf, Pascal Morel, Françoise Porrot, Quentin Le Hingrat, Audrey Lemaitre, Timothée Bruel, Philippe Souque, Maxime Chazal, Guillaume Mellon, Laura Tondeur, Anabelle Pourbaix, Simon Rolland, Félix A. Rey, Christèle Huon, Julian Buchrieser, Sylvie Behillil, Marie-Noëlle Ungeheuer, François Anna, Maaran Michael Rajah, Lila Bouadma, Florence Guivel, Jacques Bellalou, Marie-Aude Creach, Caroline Demeret, and Kuang-Yu Chen

Olivier Schwartz, Yoann Madec, Timothée Bruel, Camille Besombes, Nathalie Jolly, Christèle Huon, Laura Tondeur, Rebecca Grant, Marie-Noëlle Ungeheuer, Sandie Munier, Bruno Hoen, Sylvie van der Werf, Sandrine Fernandes Pellerin, Sarah Temmam, Ludivine Grzelak, Pierre Gallian, Marc Eloit, Isabelle Cailleau, Caroline Demeret, Simon Cauchemez, Kuang-Yu Chen, Arnaud Fontanet, Lucie Kuhmel, Bernadette Crescenzo, and Isabelle Staropoli

Ludivine Grzelak, Valérie Lorin, Julian Buchrieser, Guillaume Mestrallet, Katia Bourdic, Jérémy Dufloo, Timothée Bruel, Emilie Dupouy, Olivier Schwartz, Olivier Lambotte, Florence Guivel-Benhassine, Hugo Mouquet, Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris, France, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Immunologie des maladies virales, auto-immunes, hématologiques et bactériennes (IMVA-HB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Service de Médecine Interne - Immunologie Clinique [AP-HP Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Work in OS laboratory is funded by Institut Pasteur, ANRS, Sidaction, the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), the Labex IBEID (ANR-10-IHUB-0002), the 'TIMTAMDEN' ANR-14-CE14-0029, the 'CHIKV-Viro-Immuno' ANR-14-CE14-0015-01, L'Oréal Sponsorship, and the Gilead HIV cure program. HM is supported by the European Research Council (ERC)—Seventh Framework Program (ERC-2013-StG 337146), the G5 Institut Pasteur Program, the Milieu Intérieur Program (ANR-10-LABX-69-01), the INSERM, and the ANRS. JD is supported by a grant from the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-14-CE14-0029,TIMTAMDEN,Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue(2014), ANR-14-CE14-0015,CHIKV-Viro-Immuno,Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya(2014), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), European Project: 337146,EC:FP7:ERC,ERC-2013-StG,HUMANTIVIRUSES(2014), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Virus et Immunité, Immunologie des Maladies Virales et Autoimmunes (IMVA - U1184), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Infectious Diseases Models for Innovative Therapies (IDMIT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Work in OS laboratory is funded by Institut Pasteur, ANRS, Sidaction, the Vaccine Research Institute (ANR‐10‐LABX‐77), the Labex IBEID (ANR‐10‐IHUB‐0002), the 'TIMTAMDEN' ANR‐14‐CE14‐0029, the 'CHIKV‐Viro‐Immuno' ANR‐14‐CE14‐0015‐01, L'Oréal Sponsorship, and the Gilead HIV cure program. HM is supported by the European Research Council (ERC)—Seventh Framework Program (ERC‐2013‐StG 337146), the G5 Institut Pasteur Program, the Milieu Intérieur Program (ANR‐10‐LABX‐69‐01), the INSERM, and the ANRS. JD is supported by a grant from the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation., We thank members of the Virus and Immunity Unit for discussion and help. We thank patients who participated in the study and Cécile Goujard for supervision of the patients’ enrollment. We thank the NIH AIDS Reagent Program for providing reagents. We thank Michel C. Nussenzweig (The Rockefeller University) for providing the pMX‐YU2 ENVΔCT‐GFP‐PuroR expression vector. We thank Frank Kirchhoff and Daniel Sauter (Ulm University) for providing CH058, CH058∆Nef, CH058∆Vpu, and CH058∆Nef∆Vpu plasmids., and ANR-10-LABX-0077/10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010)

Glen P. Westall, Auda A. Eltahla, Steve Rockman, Pradyot Dash, Aeron C. Hurt, Brendon Y. Chua, Sneha Sant, Nicole A. Mifsud, Marios Koutsakos, Jamie Rossjohn, E. Kaitlynn Allen, Linda M. Wakim, Anthony W. Purcell, Michael J Richards, Chinn Yi Wong, Ludivine Grzelak, Fabio Luciani, Katherine Kedzierska, Stuart I. Mannering, Thi H. O. Nguyen, Patricia T. Illing, David C. Jackson, Thomas Loudovaris, Stuart G. Tangye, Simone Rizzetto, Paul G. Thomas, Allen C. Cheng, Stephanie Gras, David F. Boyd, Weiguang Zeng, Tom Kotsimbos, E. Bridie Clemens, Michael Elliott, Don Teng, Dhanasekaran Vijaykrishna, Jeremy Chase Crawford, and Ian G. Barr

Sneha Sant, Ludivine Grzelak, Zhongfang Wang, Angela Pizzolla, Marios Koutsakos, Jane Crowe, Thomas Loudovaris, Stuart I. Mannering, Glen P. Westall, Linda M. Wakim, Jamie Rossjohn, Stephanie Gras, Michael Richards, Jianqing Xu, Paul G. Thomas, Liyen Loh, Thi H. O. Nguyen, and Katherine Kedzierska

Anavaj Sakuntabhai, Myrielle Dupont-Rouzeyrol, Etienne Simon-Loriere, Marie-Amélie Goujart, Sylvie Laumond, Antoine Biron, Ingrid Marois, Arnaud Tarantola, Ann-Claire Gourinat, Elodie Descloux, Catherine Inizan, Marine Minier, Carole Forfait, Matthieu Prot, Olivia O’Connor, Dengue et Arbovirose (URE-DA), Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut Pasteur [Paris], Direction des affaires sanitaires et sociales de Nouvelle-Calédonie, Centre hospitalier territorial Gaston-Bourret [Dumbea] (CHT), Centre hospitalier territorial Gaston-Bourret [Nouméa], Génétique fonctionnelle des maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Génomique évolutive, modélisation et santé (CNRS-UMR2000), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epidemiology - Epidémiologie [Nouméa, Nouvelle-Calédonie], The current work was supported by an internal seed-funding from the Institut Pasteur in New Caledonia as well as the Arbo-VIRTUESS project funded by the Actions Concertées Interpasteuriennes (project number ACIP 2014-053). ESL acknowledges funding from the French Agence Nationale de la Recherche (INCEPTION program, Investissements d'Avenir grant ANR-16-CONV-0005). This study has received funding from the French Agence Nationale de la Recherche, Investissement d'Avenir program for the Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' (grant n°ANR-10-LABX-62-IBEID)., We warmly thank the Clinical Research Department of the Centre for Translational Research at Institut Pasteur in Paris for their support in ethic procedures. We thank Fabiana Gámbaro and Deborah Delaune for their contribution to whole-genome sequencing. We thank Ludivine Grzelak for her support in the implementation of in vitro replication kinetics., ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Génomique évolutive, modélisation et santé (GEMS)