Search

The use of lichens as food, medicine in dyes and perfumes and crude drugs is very common all over the world. It is so important to determine whether their use is safe or not and which doses should be used. In the present study, the genotoxic and antigenotoxic effects of methanol extracts of Umbilicaria cylindirica and Umbilicaria nylanderiana were investigated by using sister chromatid exchange in human lymphocytes against Aflatoxin B1 (AFB1) and the bacterial reverse mutation assay in Salmonella typhimurium TA1535 and TA1537 strains and in Escherichia coli WP2 uvrA strain against Sodium azide (NaN3), 9-Aminoacridine (9-AA) and N-Methyl-N’-nitro-N-nitrosoguanidine (MNNG), respectively. Furthermore, in order to evaluate antioxidant effect of the tested materials, the main antioxidant enzymes including superoxide dismutase (SOD), glutathione (GSH) and glutathione peroxidase (GPX) and malondialdehyde (MDA) level were determined. At the end of the study, it was observed that Umbilicaria cylindirica and Umbilicaria nylanderiana exhibit no mutagenic activity, but significantly antimutagenic activity against all the different doses of mutagens and antioxidative activity against oxidative stress caused by AFB1.

Background: Cancer is the second leading cause of death worldwide and each year tens of millions of people are lost their lives due to different types of cancer. Despite all efforts in the treatment of cancer, the mortality and morbidity rates are still in high levels. Multidrug resistance (MDR) is one of the main impediments in the cancer treatment. MDR might result in tumor metastasis and recurrence, which is responsible for 90% of cancer-related deaths. Many intrinsic and extrinsic factors such as genetic and epigenetic modifications, drug efflux systems, DNA repair mechanisms, apoptotic and autophagic processes contribute drug resistance in cancer cells. To date, various types of molecules have been tested in vitro and in vivo, for MDR modulating activity but there is still no effective anticancer drug to completely overcome MDR. Phytochemicals, in alone or in combination with other chemotherapeutics, are potentially able to sensitize the cancer cells to conventional anticancer drugs in cancer patients with fewer side effects. In this review, we aimed to provide a general perspective about MDR-related mechanisms and novel therapeutic approaches including RNA interference (RNAi) therapy, nanotherapy and cancer stem cell treatments to combat MDR and to highlight the latest MDR reversing agents of plant origin based on their modulating effects on various proteins, enzymes, transcription factors, cell cycle regulators and survival and oncogenic pathways.Conclusion: Plant-derived secondary metabolites may improve the therapeutic efficacy of anticancer drugs through targeting different MDR-related mechanisms and they serve as lead compounds to elicit better pharmacological results in the development of novel anticancer agents.

Oregano species, especially members of Origanum genus, have drawn attentions owing to their various biological activities for the last decades besides their traditional uses as flavoring herb in many cuisines throughout ages in human history. These activities are mainly dependent on type and content of the extract as well as oregano species. Essential oils extracted from oreganos are well-known bioactive agents characterized by a broad spectrum of activities ranged from antimicrobial to insecticidal. Phytochemical studies revealed that oregano essential oil is composed of mainly these bioactive compounds: terpenoids, phenolic acids, triterpene acids, hydroquinones, flavonoids, hydrocarbons, sterols, pigments, fatty acids, tocopherols, and inorganic compounds, which are responsible for the bioactivities. The monoterpene carvacrol constitutes around 50% of the oregano essential oil. In this context, present chapter was conducted to review oregano essential oil and its major active component carvacrol.

The broad applications of titanium dioxide (TiO2) in various fields have drawn attention for the synthesis of TiO2 nanoparticles. In line with this requirement, there are various studies on the synthesis of TiO2 nanoparticles. Many chemical and physical methods have been applied to prepare nanoparticles, but synthesis methods utilizing biological materials (e.g., bacteria, fungi, enzymes, and plant extracts) can be considered as eco-friendly alternatives when compared to chemical and physical techniques. The present study was designated to biotechnologically synthesize TiO2 nanoparticles from titanium(IV) oxide by Aspergillus sp. TK4. TiO2 nanoparticles were successfully synthesized extracellularly from the precursor and characterized by using SEM and EDX techniques. According to the results of SEM and EDX, the nanoparticles obtained are generally distributed between 50-100 nanometers and are composed of titanium and oxygen elements. Besides, it has been observed that the dimensions of some formations can reach 200 nanometers. In conclusion, taking into account the industrial uses as well as the uses in medical fields, the production of TiO2 nanoparticles with biotechnological means using natural sources is a more advantageous option. Moreover, the results of this study contribute to the development of new biological methods that can be used in the synthesis of TiO2 nanoparticles.

Background: Neuroblastoma is the most common cranial solid tumor in children. In recent years, scientists have begun to investigate the effect of drugs used to treat other diseases on various types of cancer. Metformin is a popular antihyperglycemic drug. Metformin inhibits glucose uptake by affecting the AMPK metabolism of tumor cells that use glucose for energy. Amlodipine, on the other hand, is a calcium channel blocker and governs Ca2+, which have important role of the cell cycle and metabolism. The purpose of this study; success of amlodipine to increase the effect of metformin against neuroblastoma cell line. Methodology/Main findings: In this study, we prepare the cancer cell line in the proper cell culture medium. Drug doses of metformin (10, 20 and 40 ug), Amlodipine (10 mM), Metformin (10, 20 and 40 ug) + Amlodipine (10 Mm) were administered to NBL cancer cell lines for 24 hours. MTT cell viability test, flow cytometry, total oxidant status, and total antioxidant capacity test were performed 24 hours after the application. Conclusion: The study showed that the combination of high doses of Metformin and amlodipine significantly reduced cell proliferation and antioxidant status compared to control and other groups. Apoptosis levels in combination group are higher than the pure MET and AML groups. When amlodipine was administered alone, there was no antitumor activity in the neuroblastoma cell line, however, metformin was determined to increase antitumor activity.

Bu çalışmada, sucuk kökenli laktik asit bakterisi olan L.plantarum S54 (Genbank No: KR011002) bakterisinden kısmi saflaştırma ile bakteriyosin elde edildi ve B. cereus, E. coli, L. monocytogenes, M. luteus ve S. aureus gibi gıda patojenleri üzerine antimikrobiyal aktivitesine bakıldı. Daha sonra bilinen plantarisinlerin üretimi için genleri taşıyıp taşımadığını belirlemek amacıyla farklı plantarisin genlerine özel primerler kullanılarak PCR analizi yapıldı. L. plantarum S54 bakterisi MRS Broth besiyeri kullanılarak farklı pH (3, 5, 6 ve 9), sıcaklık (20℃, 30℃, 40℃ ve 60℃), NaCl tuz konsantrasyonu (%3, %6 ve %9) ve son olarak gıda patojenleri (E. coli ATCC 25922, S. aureus ATCC 29213, L. monocytogenes C3970, B. cereus 11778 ve M. luteus NCIMB) varlığında geliştirildi. Klasik PCR uygulaması sonucunda plnB, plnC, plnD, plnE, plnJ, plnK ve plnN genleri tespit edildi. Real Time PCR uygulamasıyla bu şartlar altında geliştirilen bakterilerden elde edilen cDNA'ların klasik PCR uygulamasında pozitif sonuç veren primer çiftleri ile plantarisin geninin ekspresyon profillerinde meydana gelen değişimlerin araştırılması gerçekleştirildi. Yapılan çalışmalar sonucunda farklı koşullar altında bakılan bakteriyosin üretiminin gerçekleşmesinde kullanılan gen bölgelerinin ekspresyon seviyelerinde en fazla katkı sağlayan genlerin plnB ve plnC (Sinyal iletim yolu için), plnE, plnJ ve plnK (bakteriyosin kodlamak için) ve plnN (tek peptidli bakteriyosin sentezinde bilinmeyen rolleri olan gen) genleri olduğu görüldü. Bu durum, L. plantarum S54 bakterisinin farklı ekolojik koşullarda veya besin paylaşımı için diğer türlere karşı verilen mücadelede avantajlı konuma geçebilme durumlarında bu gen bölgelerinin de koşullara bağlı olarak aktive olabileceği izlenimini uyandırmaktadır. In this study, bacteriocin was obtained by partial purification from the L. plantarum S54 (Genebank No: KR011002) bacterium, a sausage -based lactic acid bacteria and antimicrobial activity was assessed on food pathogens such as E. coli ATCC 25922, S. aureus ATCC 29213, L. monocytogenes C3970, B. cereus 11778 ve M. luteus NCIMB. Then, determining the genes whether or not to carry known genes for plantaricins production; PCR analysis was performed by using specific primers with the individual plantaricin genes in the literature. L. plantarum S54 bacterium was grown in the MRS broth by using in the presence of different pH (3, 5, 6 ve 9), temperature (20℃, 30℃, 40℃ ve 60℃), NaCl salt concentration (%3%, 6% and 9%) and finally with food pathogens (E. coli ATCC 25922, S. aureus ATCC 29213, L. monocytogenes C3970, B. cereus 11778 ve M. luteus NCIMB). In classical PCR, positive results were observed with the primers used for the plnB, plnC, plnD, plnE, plnJ, plnK, plnN genes. Real Time PCR was used to investigate the changes in the expression profiles with primer pairs of plantaricin gene that gave positive results in the classical PCR of bacterial cDNAs developed under these conditions. According to the obtained results, the expression levels of gene regions used in the realization of bacteriocin production under different conditions, the most contributing genes are plnB and plnC (for signal transduction pathway) plnE, plnJ and plnK (to encode bacteriocin) and plnN (gene with unknown roles in the synthesis of single-peptide bacteriocin) genes. As a consequence of that the species L. plantarum S54 can be in different ecological conditions or in the case of being able to take advantageous position in the fight against other species for food sharing. It also gives the impression that these gene regions may also be active depending on the circumstances. 127

Bu çalışmada, Erzurum ve çevresindeki zirai alanlardan rizosferik toprak örnekleri toplanmış ve aseptik koşullarda laboratuvar ortamına taşınmıştır. Bu örneklerden saf bakteriyel izolatlar elde edilerek saflaştırılmış ve bunların arasından azot fiksasyonu, fosfat çözme ve IAA üretme bakımından PGPR özelliği gösterenler konvensiyonel yöntemler kullanılarak seçilmiştir. Aktif izolatların tanılanmasında klasik mikroskobik incelemeler ve moleküler teknikler kullanılmıştır. İzolatların moleküler identifikasyonu evrensel 16S rRNA gen bölgesine spesifik primerlerinin kullanıldığı PCR uygulaması, amplikonların sekans analizleri ve NCBI veri tabanında BLAST analizi ile yapılmıştır. Daha sonra bu aktif izolatlar bu özelliklerin araştırılmasında kullanılabilecek PCR temelli moleküler tekniklerin uygulanması için kullanılmıştır. Yapılan çalışmalar sonucunda PGPR özelliği tespit edilen 34 aktif izolat belirlenmiş ve moleküler tanıları yapılmıştır. Ayrıca bu izolatların kullanılmasıyla azot fiksasyonu ile ilişkili nif, fosfat çözündürme ile ilişkili pqq ve IAA üretimi ile ilişkili ipdc gen bölgeleri için spesifik yeni primer çiftleri tasarlanmıştır. In the present study, rhizospheric soil samples were collected from agricultural regions in Erzurum and near locations, and aseptically transferred to the laboratory. Pure bacterial isolates were obtained and active ones were selected by using conventional methods according to the PGPR criteria that include nitrogen fixation, phosphate solubilization and IAA production. Conventional microscopic examinations and molecular techniques were used for identification of the active isolates. Molecular identification of the isolates was done by using PCR with universal primers for 16S rRNA gene region, sequencing of amplicons and the BLAST analysis of NCBI database. These active isolates were then used to develop PCR-based molecular techniques that could be used to investigate these properties. According to the results, 34 active isolates with PGPR property were determined and their molecular characterization was done. In addition, using these isolates, new pairs of specific primers were designed for the nitrogen fixation-related nif, phosphate dissolution-related pqq and IAA production related ipdc gene regions. 133

Bu çalışmada, Erzurum ve çevresindeki ormanlık alanlardan çürümekte olan lignoselülozik örnekler toplanmış ve aseptik koşullarda laboratuvar ortamına taşınmıştır. Bu örneklerden saf fungal izolatlar elde edilmiş ve bunların arasından aktif izolatlar MBMC besiyerinde etanol üretebilme ve tarım atıklı besiyerinde gelişebilme kriterlerine göre seçilmiştir. Aktif izolatların tanılanmasında klasik mikroskobik incelemeler ve moleküler teknikler kullanılmıştır. İzolatların moleküler identifikasyonu evrensel ITS primerlerinin kullanıldığı PCR uygulaması, amplikonların sekans analizleri ve NCBI veri tabanında BLAST analizi ile yapılmıştır. Daha sonra bu izolatların ön işlem görmüş ve görmemiş tarım atıklı besiyerlerinde etil alkol üretebilme potansiyelleri araştırılmıştır. Yapılan çalışmalar sonucunda lignoselülozik materyallerden etil alkol ve değerli yan ürünlerin üretiminde kullanılabilecek 33 aktif izolat belirlenmiş ve bunların Botrytis, Fusarium, Mucor, Nectria, Neonectria, Penicillium, Sarea, Trichoderma ve Trichotecium cinslerine ait oldukları belirlenmiştir. In the present study, decaying lignocellulosic materials were collected from Erzurum and near locations, and aseptically transferred to the laboratory. Pure fungal isolates were obtained and active ones were selected according to the criteria that include their ethanologenic potential in MBMC medium and growth potential in the medium composed with agricultural wastes. Conventional microscopic examinations and molecular techniques were used for identification of the active isolates. Molecular identification of the isolates was done by using PCR with universal ITS primers, sequencing of amplicons and the BLAST analysis of NCBI database. Then, ethanologenic potential of the isolates in the media with pretreated or non-pretreated agricultural wastes was determined. According to the results, 33 active isolates, which may use in production of ethanol and valuable co-products from lignocellulosic materials, were determined and they grouped in Botrytis, Fusarium, Mucor, Nectria, Neonectria, Penicillium, Sarea, Trichoderma and Trichotecium genera. 158

Bu çalışmada, Escherichia coli'de sprE (rssB) gen bölgesinde karbon kısıtlanması durumuna bağlı olarak meydana gelen epigenetiksel değişimler, kantitatif metilasyon analizlerden biri olan COBRA (Combined Bisülfite Restriction Analysis) tekniği ile incelenmiştir. Elde edilen mevcut sonuçlar neticesinde sprE gen bölgesinde yer alan 16. CpG adacığının metilasyon durumunun, karbon seviyesinin kısıtlanması durumuna bağlı olarak E. coli'deki açlık metabolizmasının düzenlenmesinde rolünün olmadığı gösterilmiştir. In the present study, epigenetic changes in sprE (rssB) gene region of Escherichia coli growth under carbon limited media were quantitatively examined by using the COBRA (Combined Bisulfite Restriction Analysis) technique, one of the quantitative methylation analysis systems. According to the results of the present study, it was concluded that methylation status of the 16th CpG island in the sprE gene region of E. coli does not regulate starvation metabolism under carbon limited growth conditions. 77

Bu çalışmada, Saccharomyces cerevisia'da SUC2 ve HXT10 gen bölgelerinde çevresel uyaranlardan biri olan besinin meydana getirdiği epigenetiksel değişimler, kantitatif metilasyon analizlerden biri olan COBRA (Combined Bisülfite Restriction Analysis) yöntemi ile incelenmiştir. Yapılan bu çalışmada SUC2 ve HXT10 gen bölgelerine glukuz, sukroz ve glikoz+sukroz varlığında epigenetiksel değişimler araştırılmıştır. Yapılan çalışmalar sonucunda SUC2 ve HXT10 gen bölgeleri için tasarlanan primerlerin bağlanma bölgelerindeki sitozinlerin metilasyon durumlarının S. cerevisiae'daki sukroz metabolizmasının düzenlenmesinde rolü olmadığı gösterilmiştir. In this present study, SUC2 and HXT10 gene regions examined in Saccharomyces cerevisiae which are the related with consisting of nutrients epigenetic changes. This changes researched with the one of the quantitative methylation analysis COBRA (Combined Bisulfite Restriction Anaysis). In these study has investigated to presence of glucose, sucrose and glucose + sucrose in the HXT10 and SUC 2 gene regions. As a result of studies primers designed for methylation status of cytosines in the binding region of sucrose metabolism in HXT10 and SUC2 have no role in Saccharomyces cerevisiae 71

Bu tezde, yüksek CaCO3 içeriği nedeniyle kullanılamayan Aşkale-Erzurum manyezit yataklarının biyoteknolojik yöntemlerle zenginleştirilmesi ve optimum zenginleştirme şartlarının belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla, şimdiye kadar hiçbir biyomining uygulamasında kullanılmamış olan Enterococcus fecalis (EF) ve Lactococcus spp (LG) bakteri suşları manyezit madenine uygulanarak 5 günlük yığma kültür ve 25 günlük sürekli kültür denemeleri gerçekleştirildi. 5 günlük yığma kültür denemesi sonucunda CaCO3 miktarının ortalama %70 oranında düştüğü gözlendi. 25 günlük sürekli kültür denemesi sonucunda ana numunede bulunan CaCO3 miktarının %80'in üzerinde azaldığı kaydedildi. Farklı parametrelerin manyezit madenini zenginleştirme işlemlerine etkisini araştırmak için yapılan deneyler sonucunda belirlenen optimum değerler tane büyüklüğü için; 200 mesh, katı miktarı için; %2, sıcaklık için; 30 °C, pH için; 6 olarak belirlendi. Bakterilerinin CaCO3'ı farklı organik asit sentezi ile çözünme olayını gerçekleştirdikleri saptandı. In this thesis, the enrichment of Aşkale-Erzurum magnesite deposits, which cannot be used due to their high lime (CaCO3) concentration, with biotechnological methods and the determination of optimal conditions for enrichment were aimed. On this purpose, Enterococcus fecalis (EF) and Lactococcus spp. (LG) bacteria, which have never been used in any biomining application before, were applied to the magnesite mine samples in 5-day batch culture and 25-day continuous culture. In the end of 5-day batch culture, %70 decrease in the lime content of the main sample was observed. In the end of 25-day continuous culture, more than 80%decrease was recorded. The effects of size particle, solid content, temperature, and pH on the magnesite mine enrichment process were examined and 200-mesh particle size; %2 solid content; 30°C, and pH 6 were determined as the optimum conditions. As a result of experiments performed to determine the mechanism that bacteria use to dissolve the CaCO3, it was seen that different organic acids produced by bacteria reacted with CaCO3 and removed the lime from magnesite mine. 136

Bu çalışmada; Erzurum, Erzincan ve Iğdır illerinin tuzlu toprak örnekleri alınarak, bu topraklardaki tuza toleranslı 63 bakterinin izolasyonu gerçekleştirildi. Elde edilen izolatların tanı ve karakterizasyonu konvensiyonel (morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal testler) ve moleküler yöntemlere [yağ asiti metil ester profilleri (FAME), 16S rRNA PCR ve 16S rRNA gen bölgesi DNA dizi analizi] göre yapıldı. Fenotipik ve genotipik verilerin birlikte değerlendirilmesi sonucu 33 izolat tür seviyesinde, 30 izolat ise cins düzeyinde tanılanması yapıldı. Sekans analizi yapılan 63 izolatın 2'si Halomonas, 6'sı Halobacillus, 4'ü Zhihengliuella, 2'si Nesterenkonia, 4'ü Oceanobacillus, 1'i Marinibacillus, 2'si Virgibacillus, 2'si Jeotgalibacillus, 5'i Staphylococcus, 2'si Promicromonospora, 2'si Planococcus, 1'i Terribacillus, 2'si Thalassobacillus, 1'i Gracilibacillus, 1'i Microbacterium, 1'i Exiguobacterium ve 25'i Bacillus olmak üzere toplam 17 cinsin tanısı ve karekterizasyonu yapıldı. In the current study, 63 salt tolerant bacteria were isolated from salt-affected soil samples of Erzurum, Erzincan and Iğdır provinces. The obtained isolates were identified and characterized by convetional (morphology, physiology and biochemical tests) and molecular techniques [fatty acid methyl ester profile (FAMEs) and 16 rDNA]. Regarding the results of phenotypic and genotypic data, 33 isolates were identified at species level and 30 isolates at genus level. Among 63 sequenced isolates 2 of them were Halomonas, 6 were Halobacillus, 4 were Zhihengliuella, 2 were Nesterenkonia, 4 were Oceanobacillus, 1 was Marinibacillus, 2 were Virgibacillus, 2 were Jeotgalibacillus, 5 were Staphylococcus, 2 were Promicromonospora, 2 were Planococcus, 1 was Terribacillus, 2 were Thalassobacillus, 1 was Gracilibacillus, 1 was Microbacterium, 1 was Exiguobacterium. 143

Bu çalışmada Ames/Salmonella test sistemi ve Maya delesyon test sistemi (Yeast DEL assay) kullanılarak Doğu Anadolu Bölgesinde yetişen ve tıbbi öneme sahip Mentha longifolia L. Hudson ssp. longifolia bitki türünden izole edilen Luteolin-7-O-glukozit, Luteolin-7-O-rutinozit, Luteolin-7-O-glukuronit, Apigenin-7-O- glukozit, Apigenin-7-O-rutinozit ve Rozmarinik asit maddeleri etkenlerin mutajenik ve antimutajenik özellikleri araştırılmıştır.Mentha longifolia ssp. longifolia'nın bazı etken maddelerinin Ames test sisteminde kullanılan Salmonella typhimurium TA 1535 ve TA 1537 suşlarında doza bağlı olarak %93'e varan antimutajenik aktivite gözlenirken, Saccharomyces cerevisiae RS112 suşunda ise doza bağlı olarak bazı etken maddelerin %75'e varan oranlarda antimutajenik, mutajenik, komutajenik aktivite gözlenmiştir. Yapılan bu çalışmalarla; bir mutajen/karsinojen maddenin oluşturacağı gen mutasyonunun çeşidi; kromozom içi delesyonu ve kromozomlar arası rekombinasyonu gözlemleme fırsatı bulunmuştur. Benzer şekilde bir antimutajen/antikarsinojen maddenin bir mutajen/karsinojen maddeye vereceği cevap gen, kromozom içi ve kromozomlar arası etkileşimler düzeyinde belirlenebilmiştir. In the present study by using Ames/Salmonella and Yeast DEL assay test systems the mutagenic and antimutagenic properties of Luteolin-7-O-glucoside, Apigenin-7-O-glucoside, Luteolin-7-O-glucoside, Rosmarinic acid, Apigenin-7-O-rutinoside, Luteolin-7-O-rutinoside, Luteolin-7-O-glucuronide agents were investigated. It was obtained from Mentha longifolia L. Hudson ssp. longifolia which has medical importance and grows in East Anatolia region of Turkey.While some of these agents have been shown up to 90% antimutagenic activity on Salmonella typhimurium TA 1537 strain in Ames/Salmonella test system, in the Yeast DEL assay 75% antimutagenic activity was observed on Saccharomyces cerevisiae RS112 strain.The findings of our investigation showed that a gene mutation, intrachromosomal deletion and interchromosomal recombination due to a mutagenic/carcinogenic agent can be detected by Ames/Salmonella and Yeast DEL assay combination.Similarly it was determined that the reaction of anti-mutagenic/anti-carcinogenic agents against mutagenic/carcinogenic substance on gene mutation, intrachromosomal and interchromosomal recombination interaction level. 148

Brusellozis, laboratuarlarda mikrobiyolojik ve serolojik metodlar kullanılarak teşhis edilen oldukça enfektif bir hastalıktır. Bu çalışma, enfekte veya enfekte olmayan inek sütlerinde Brucella abortus tespiti için tanılayıcı araç olarak PCR tekniğini kullanarak hızlı ve spesifik bir tanı metodu geliştirmeyi amaçlamıştır. Araştırmamızda kullanılan süt örnekleri Erzurum ili merkez ve ilçelerine bağlı özellikle de brusellozis vakalarının sayıca fazla olduğu 22 yerleşim yerinden toplanmıştır. Önce, PCR ile Brucella abortus'un direkt tanısını gerçekleştirmek için inek sütlerinden direkt bakteriyal toplam genomik DNA ekstraksiyon metodu geliştirilmiştir. Sonra, Brucella genomunun bcsp31 ve omp25 gen bölgelerini hedefleyen ve bu gen bölgesini apmlifiye eden primer setleri de dizayn edildi ve spesifik PCR metotları geliştirildi. Geliştirilen PCR metodları Brucella abortus referans suşu (RSK-03026) kullanılarak optimize edildi. Yapılan PCR test sonuçlarında beklenildiği gibi sırasıyla 223 ve 490 bp büyüklüğünde 2 amplikon elde edilmiş ve spesifiklikleri sekans analizi ile doğrulanmıştır. Yapılan duyarlılık çalışmasında her iki metodunda tespit limiti 5 pg Brucella DNA' sı olarak bulunmuştur. Sonuçlarımız bu çalışmada toplanan 334 süt örneğinin 317' sinin Brucella enfeksiyonuna sahip olduğunu diğer 17' sinin ise negatif olduğunu göstermiştir. In the present study, a total of 317 raw milk sampels were collected from 22 residential areas in the center and vicinity of Erzurum where brucellosis are known to be excessive and than total genomic DNAs from each sample was extracted (isolated). Two spesific PCR primer sets targeting the Brucella genome bcsp31 and omp25 regions tested against Brucella abortus referance strain (RSK-03026).After optimization studies, the results were indicated that the two PCR methods were capable of amplifiying bcsp31 and omp25 genes region of Brucella spp and producing 223 and 490 bp amplicons, respectively.The specifity of these results was confirmed by sequence analysis of amplicons. Sensitivity of PCR assays developed in this study was determined as Spg/7 Brucella DNA in 317 of 334 bovine milk samples tested. Our data demonstrated that one or both of PCR methods developed in this study can be used for rapid and sensitive detection of Brucella pathogen in bovin milk samples before drinking and manufacturing. In addition 95 % milk samples (317/334) collected in Erzurum and its vicinity was contaminated with Brucella abortus which indicated that driking or eating milk or raw product in Easthern Anatolia region of Turkey may often cause.This is the first study for rapid and sensitive detection of Brucellosis disease by PCR Turkey. 159

Bu çalışmada, Doğu Anadolu Bölgesi'nden toplanan Origanum vulgare L. spp. vulgare bitkisine ait örneklerden elde edilen metanol, petrol eteri, kloroform, etil asetat, n-butanol, su özütleri ve n-butanol özütünden saflaştırılan Luteolin-7-O-glukuronit, Luteolin-7-O-ksilozit, Rozmarinik asit, Litospermik asit ve Litospermik asit B etken maddelerinin mutajenik ve antimutajenik özellikleri Ames/Salmonella ve E. coli WP2 kısa zamanlı test sistemleri kullanılarak araştırılmıştır.Yapılan çalışmalar sonucunda özütler ve etken maddelerin uygulanan konsantrasyonlarda mutajenik etki göstermediği, buna karşın özütlerin bazı konsantrasyonlarının NaN3, 9-AA ve MNNG mutajenlerine karşı %1,96 (TA1535-Kloroform Ö. ? 5 ?g/petri) ile %41,81 (WP2 ? n-butanol Ö. ? 5 ?g/petri) oranları arasında ve etken maddelerin %0,15 (WP2 ? Litospermik asit B ? 2 ?M/petri) ile %71,80 (TA1537 ? Litospermik asit B ? 1,6 ?M/petri) oranları arasında antimutajenik etki gösterdiği belirlenmiştir. In the present study, mutagenic and antimutagenic properties of methanol, petrolium ether, chloroform, ethyl acetate, n-butanol, and water extracts from Origanum vulgare L. spp. vulgare collected from Eastern Anatolia Region and Luteolin-7-O-glucuronide, Luteolin-7-O-xyloside, Rosmarinic acid, Lithospermic acid, and Lithospermic acid B compounds isolated from the n-butanol extract were evaluated by using Ames/Salmonella and E. coli WP2 short term test systems.The results showed that any extracts or active compounds did not show mutagenic effect at tested concentrations. Furthermore, several concentrations of the extracts and active compounds showed antimutagenic activity against NaN3, 9-AA and MNNG mutagenicity. The antimutagenic activities ranged from 1,96% (TA1535 ? Chloroform E.. ? 5 ?g/plate) to 41,81% (WP2 ? n-butanol E. ? 5 ?g/plate) for the extracts and ranged from 0,15% (WP2 ? Lithospermic acid B ? 2 ?M/plate) to 71,80% (TA1537 ? Lithospermic acid B ? 1,6 ?M/plate). 125

Yeni termofilik bakteri türleri bulmak, fenotipik ve genotipik yöntemlerle karakterize etmek amacıyla Erciş ilçesi Hasanabdal Köyü termal tesislerinden su örnekleri alınarak termofilik bakterilerin izolasyonları gerçekleştirildi.Elde edilen koloniler, morfolojilerine göre ayrılarak, klasik (morfolojik, fizyolojik, biyokimyasal) ve moleküler testlerle (16S rDNA, BOX PCR) karakterize edildi. Sekans analizleri sonucunda bu izolatların; Geobacillus pallidus, Bacillus licheniformis, Brevibacillus brevis, Bacillus pumilus, Brevibacillus borstelensis türlerinin suşları olduğu belirlendi. In order to identify novel thermophilic species and then characterize them by phenotypical and genotypical methods, thermophilic bacteria were isolated from water samples of village Hasanabdal.The colonies were separated according to their morphological structure and defined by classic tests such as morphologic, physiologic and biochemical tests, and by molecular tests such as 16S rDNA, BOX PCR techniques. We have reached the conclusion that these isolates belong to strain of Geobacillus pallidus, Bacillus licheniformis, Brevibacillus brevis, Bacillus pumilus, Brevibacillus borstelensis.2009, 53 pages 76

Bu çalışmada Erzurum yöresindeki üç tarihi eserden (Öşvank Kilisesi-Tortum, İşhan Kilisesi-Yusufeli ve Üç Kümbetler-Merkez) biyolojik bozulmaya uğradığı belirlenen kısımlardan örnekler alınarak heterotrofik bakteriler izole edilmiştir. Tarihi eserlerin florası hakkında da bilgi sahibi olunması açısından izole edilen bakterilerin tümünün karakterizasyonu ve tanısı yapılmıştır. Yapılan izolasyon çalışması sonucunda 90 tanesi Gram pozitif ve 6 tanesi Gram negatif olmak üzere toplam 96 bakteri izolatı elde edilmiştir. Bu izolatların tanılanması ve karakterizasyonu için; morfolojik, fizyolojik, biyokimyasal testler, yağ asit analizi, metabolik enzim ve genetik profilleme çalışmaları yapılmıştır. Fenotipik ve genotipik verilerin birlikte değerlendirilmesi ile 95 izolat tür seviyesinde tanılanmıştır. Geriye kalan 1 izolat ise tanılanamamıştır. İzolatların genetik akrabalıklarını belirlemek REP-PCR (REP, BOX, ERIC ve GTG5) teknikleri kullanılmış ve BOX-PCR sonuçları literatür ile uygunluk sağlamıştır. In the present study, bacteria were isolated from the biodeteriorated places of three cultural heritage (Öşvank Church-Tortum, İşhan Church-Yusufeli, Üç Kümbetler) in the vicinity of Erzurum. all of the isolates were identified and characterisized. A total 96 bacterial strains including 90 G+ and 6 G-, were isolated, identified and charecterisized in order to determine the natural bacterial flora of three heritages based on morphological, phisiological and biochemical tests, fatty acid methyl esters (FAMEs) analysis, metabolic and genetic profiling methods. Except one, all of the isolates were identified at the level of species. Phylogeneticrelationship among the strains isolated and identified in the present study were determined according to REP-PCR (REP, BOX, ERIC ve GTG5) methods. BOX-PCR confirmed the finding in the literature. 162

Bu çalışmada AMES/Salmonella- mikrozom test sistemi kullanılarak Doğu AnadoluBölgesinde yetişen ve tıbbi öneme sahip Origanum vulgare, Artemisia absinthium,Achillea millefolium, Helychrysum pilicatum, Salvia nemerosa; Salvia verticillataNepeta racemosa ve Salvia limbata bitki türlerinin antimutajenik ve antikarsinojeniközelliklerinin varlığı araştırılmıştır.O.vulgare, A.absinthium, A.millefolium, H.pilicatum ve S.nemerosa; Salmonellatyphimurium TA 1535 suşunda doza bağlı olarak belli ölçülerde antimutajenik aktivitegösterirken, Salmonella typhimurium TA 1538 suşunda sadece S.verticillata veH.pilicatum bitki ekstraktları yine doza bağlı olarak antimutajenik aktivite göstermiştir.Çalışılan N. racemosa ve S.limbata bitki ekstraktları ise her iki bakteri suşunda veuygulanan her üç dozda da antimutajenik aktiviteye rastlanmamıştır.2006, 71 SayfaAnahtar Kelimeler: AMES, Salmonella/mikrozom test sistemi, tıbbi bitkiler,antimutajenite In this study, using Ames/Salmonella-microsome test system, Origanum vulgare,Artemisia absinthium, Achillea millefolium, Helychrysum pilicatum, Salvia nemerosa;Salvia verticillata Nepeta racemosa ve Salvia limbata plants species that growth in EastAnatolia Reagion and have importance medicine have been evaluated whether have theantimutagenic and anticarcinogenic activities or not.While O. vulgare, A. absinthium, A. millefolium, H. pilicatum ve S. nemerosa; wasshowed the antimutagenic activities at certain measurement as related to dose-responsein Salmonella typhimurium TA 1535 strain, only S. verticillata and H. pilicatum plantextracts was showed the antimutagenic activities as related to dose-response. Notantimutagenic activities was demonstrated N. racemosa and S. limbata plant extracts byusing each three dose and each bacteria strain.2006, 71 PagesKeywords: AMES, Salmonella/mikrozom test system, medicinal plants, antimutagenite 83

Yeni termofilik bakteri türleri bulmak, fenotipik ve genotipik yöntemlerle karakterizeetmek amac yla çe itli termal tesislerden su örnekleri al narak termofilik bakterilerinizolasyonlar gerçekle tirildi.Elde edilen koloniler, morfolojilerine göre ayr larak, klasik (morfolojik, fizyolojik,biyokimyasal) ve moleküler testlerle (MIS, Biolog, 16S-23S rDNA, ERIC, REP, BOXPCR) karakterize edildi. Ara t rma sonucunda bu izolatlar n, Bacillus cinsine veya bucinsten son zamanlarda ayr lm olan yak n cinslere ait olabilece i sonucuna var ld .2006, 122sayfaAnahtar Kelimeler: Termofilik bakteri, MIS, BIOLOG, 16S-23S rDNA PCR, ERICPCR, REP PCR, BOX PCRi In order to identify novel thermophilic species and then characterize them byphenotypical and genotypical methods, thermophilic bacteria were isolated from watersamples of various thermal plantsThe colonies were separated according to their morphological structure and defined byclassic tests such as morphologic, physiologic and biochemical tests, and by moleculartests such as MIS, BIOLOG, 16S-23S rDNA, ERIC, REP, BOX PCR techniques. Wehave reached the conclusion that these isolates belong to genus Bacillus genus or one ofthe genus separating from genus Bacillust.2006 122 pagesKeywords: Thermophile bacteria, MIS, BIOLOG, 16S-23S rDNA PCR, ERIC PCR,REP PCR, BOX PCRii 133

ÖZET Yüksek Lisans Tezi DOĞU ANADALU BÖLGESİNDE YETİŞEN BAZI SALVIA TÜRLERİNİN BİYOLOJİK AKTİVİTE VE GENETİK PROFİLLERİNİN BELİRLENMESİ Özlem BARIŞ Atatürk Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı Danışman: Yrd.Doç.Dr.Medine GÜLLÜCE Bu çalışmada, Doğu Anadolu Bölgesinde yabani olarak yetişen tıbbi bitkilerden, Salvia (Lamiaceae) cinsine ait üç tür S. nemerosa, S. sclarea ve S. verticillata seçilmiş ve çiçeklerime dönemi dikkate alınarak, 2003-2004 yıllarında toplanmıştır. Bitki örneklerinin uçucu yağlarının, kimyasal içeriklerinin ve antimikrobiyal aktivitelerinin saptanması ve bu bitki türlerinin genetik profillerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Su distilasyonu yöntemi ile izole edilen uçucu yağların kimyasal içerikleri GC-MS yöntemi kullanılarak saptanmıştır. Çalışılan türlerin uçucu yağ içeriklerinde ki farklılıklar tespit edilmiştir. 12 bakteri, 7 mantar ve 1 maya toplam 20 mikroorganizmaya karşı, bitkilerin ekstrakt ve uçucu yağlarının antimikrobiyal aktiviteleri, disk diffüzyon, mikrowell dilüsyon ve MİK agar dilüsyon yöntemleri ile test edilmiştir. Çalışılan türlerden Salvia ne merosa ve S. v erticillata'nm zayıf aktiviteler gösterdikleri tespit edilmiştir. Türlerin genetik profillerinin belirlenmesinde ise 10 primer kullanılarak RAPD yöntemi çalışılmış ve Doğu Anadolu Bölgesinde yabani ve yaygın olarak yetişen bu üç Salvia türünün yakın akraba olmadıkları anlaşılmıştır. 2004, 44 Sayfa Anahtar Kelimeler: Salvia, RAPD, Sekonder metabolitler, GC-MS, Antimikrobiyal aktivite ABSTRACT Master Thesis DETERMINATION OF GENETIC PROFILES AND BIOLOGICAL ACTIVITIES OF SOME SALVIA SPECIES IN EAST ANATOLIA Özlem BARIŞ Atatürk University Graduate School of Naturel and Applied Sciences Department of Biology Supervisor: AsstProf.Dr.Medine GÜLLÜCE In this study three Salvia species S. ne merosa, S. s clarea and S. v erticillata from medicinal Salvia species which are grown widely in East Anatolia were selected and collected being careful with their blossom period in 2002-2003 season. It was aimed to determine the chemical contents of essential oils, antimicrobial activities and to determine the genetic profiles of the plant samples. The chemical contents of the essential oils that were isolated with water distillation method were achived by using GC-MS method. Their antimicrobial activities of extract and essential oils were tested against 12 bacteria, 7 fungi and 1 yeast totally 20 microorganism by using disc diffusion, microwell dilution and MIC agar dilution methods. To determine the genetic profiles o ft he s pecies RAPD m ethod w ere s tudied b y us ing 1 0 p rimers a nd it w as perceived that the Salvia species which are grown widely in East Anatolia are not close relative species. 2004, 44 Pages Keywords: Salvia, RAPD, Secondary metabolites, GC-MS, Antimicrobial activity ii 55

ÖZET Bu çalışmada, Brucella abortus enfeksiyonuna karşı sütte oluşan antikorlar, Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) ile saptanmıştır. Bu yöntemde antijen olarak Brucella abortus S 19'un KCL ekstresi (KCL extract), konjugat olarak peroksidaz enzimi ile işaretli Protein G, substrat olarak sitrik asit içinde %3'lük hidrojen peroksit (H2O2) ilaveli ABTS (2-2-azino-di-3-ethyle benthiozaline-6 sulfanate), antijen bağlayıcısı olarak carbodiimide ve mikroplate yüzeyindeki aktif yükleri nötralize etmek için amonyum tamponu kullanılmıştır. Erzurum'a bağlı 20 yerleşim biriminden rastgele 560 süt örneği toplanmış ve Brucella abortus' a spesifik antikorların varlığı ELISA ile değerlendirilmiştir. Sonuçta bunlardan 96 'sının (%17) pozitif olduğu belirlenmiştir. 11 SUMMARY Antibodies produced against Brucella abortus in cow milk samples were detected by using the Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA). KC1 extract of whole cell of Brucella abortus S 19 was used as the antigen. Horse radish peroxidase- labeled Protein G was used as conjugate. H2O2 (%3) and ABTS (2-2-azino-di-3-ethyle benthiozaline-6 sulfanate) in citric acid was used as substrate. Carbodiimide was used as an antigen coupling agent and ammonium buffer was used to neutralize residual active charges present on the cuvette surface. Totall 560 cow milk samples were randomly collected from herds of 20 different villages (locations) located in the vicinity of Erzurum, Turkey and then tested for the presence of spesific-to Brucella abortus by using ELISA. The results showed that 96 (%17) of the samples tested were serologically milk samples. 55