1. Telomere-to-telomere gapless chromosomes of banana using nanopore sequencing
- Author
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Eva Hřibová, Angélique D'Hont, Patrick Wincker, Franc-Christophe Baurens, Arnaud Lemainque, Benjamin Noel, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Caroline Belser, Guillaume Martin, Jaroslav Doležel, Nabila Yahiaoui, Benjamin Istace, Karine Labadie, Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institute of Experimental Botany of the Czech Academy of Sciences (IEB / CAS), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Commissariat a l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), France GenomiqueANR-10-INBS-09-08, Center de cooperation Internationale en Recherche Agronomique pour le Developpement (CIRAD), Agropolis Fondation1504-006, ERDF project 'Plants as a tool for sustainable global development'CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000827, Genoscope, ANR-10-LABX-0001,AGRO,Agricultural Sciences for sustainable Development(2010), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
- Subjects
0106 biological sciences ,QH301-705.5 ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,Medicine (miscellaneous) ,Computational biology ,Genome informatics ,Musa acuminata ,01 natural sciences ,Genome ,Chromosomes, Plant ,Article ,General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology ,F30 - Génétique et amélioration des plantes ,génomique ,Nanopores ,03 medical and health sciences ,Gapless playback ,Centromere ,Biology (General) ,Gene ,030304 developmental biology ,0303 health sciences ,Génome ,biology ,Contig ,phytogénétique ,food and beverages ,Biotechnologie végétale ,Musa ,Genomics ,Télomères ,Telomere ,biology.organism_classification ,Nanopore Sequencing ,Plant biotechnology ,Nanopore sequencing ,General Agricultural and Biological Sciences ,Genome, Plant ,010606 plant biology & botany - Abstract
Long-read technologies hold the promise to obtain more complete genome assemblies and to make them easier. Coupled with long-range technologies, they can reveal the architecture of complex regions, like centromeres or rDNA clusters. These technologies also make it possible to know the complete organization of chromosomes, which remained complicated before even when using genetic maps. However, generating a gapless and telomere-to-telomere assembly is still not trivial, and requires a combination of several technologies and the choice of suitable software. Here, we report a chromosome-scale assembly of a banana genome (Musa acuminata) generated using Oxford Nanopore long-reads. We generated a genome coverage of 177X from a single PromethION flowcell with near 17X with reads longer than 75 kbp. From the 11 chromosomes, 5 were entirely reconstructed in a single contig from telomere to telomere, revealing for the first time the content of complex regions like centromeres or clusters of paralogous genes., Belser, Baurens et al. report a chromosome-scale assembly of a banana genome (Musa acuminata) with five out of eleven chromosomes entirely reconstructed in a single contig from telomere to telomere. This work sheds light on the content of complex regions like centromeres or clusters of paralogous genes in the banana genome.
- Published
- 2021