Traditional selection programs for dairy cattle, based on quantitative principles, have worked well and allowed strong selection processes in the world over many decades. The objectives of this work were to estimate linkage disequilibrium (LD) levels at varying SNPs densities, to evaluate the effective population size of Holstein cattle, to characterize runs of homozygosity (ROH) distribution through Holstein cattle from Nariño and, to estimate and compare inbreeding coefficient (F) based on genomic markers information, runs of homozygosity (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and excess of homozygous (FSNP). After quality control, the dataset used was composed of 606 Holstein animals and 22200 SNP markers. PLINK program was used to identify LD, Ne, ROH segment and FROH and FSNP, FGRM was calculated with BLUPF90 family of programs. The average of r2 in all chromosomes was 0.011, the highest r2 was found in BTA3 (0.0323), and the lowest in BTA12 (0.0039). 533 ROH segments were identified in 319 animals; findings obtained in this study suggest that on average 0,28% of Holstein genome is autozygous. Total length of ROH was composed mostly of small segments (ROH1-4Mb and ROH4-8Mb). These segments accounted for approximately 96%, while larger ROH (ROH>8Mb) were 3.37% of all ROH detected. Inbreeding averages FROH, FSNP and FGRM methodologies were 0.28%, 3.11% and 3.36% respectively. The Pearson’s correlation among these different F values was: 0.49 (FROH-FSNP), 0.25 (FROH-FGRM), 0.22 (FSNP-FGRM). The distribution of ROH shared regions identified on 19 autosome chromosomes, cover a relevant number of genes inside these ROH. Our result evidenced lowest LD extension levels compared with other Holstein populations; inbreeding results suggest that FGRM and FSNP may be useful estimators of individual autozygosity in Holstein from Colombia. Genes related with production and reproduction were found, but the most important are the two that may be related to adaptation to Colombian high tropics. This work is a pioneer and be the starting point for programs of genetic improvement and genomic population studies in the country and mainly in high tropic areas where the dairy breeds have an important production. Los programas de selección tradicionales para ganado lechero, basados en principios cuantitativos, han funcionado bien y han permitido grandes procesos de selección en el mundo durante muchas décadas. Los objetivos de este trabajo fueron estimar los niveles de desequilibrio de ligamiento (LD) en diferentes densidades de SNPs, evaluar el tamaño efectivo de la población de ganado Holstein, caracterizar tramos de homocigosidad (ROH) distribuidas a través de ganado Holstein de Nariño y, estimar y comparar coeficiente de consanguinidad (F) basado en información de marcadores genómicos, tramos de homocigosidad (FROH), matriz de relación genómica (FGRM) y exceso de SNP homocigotos (FSNP). Después del control de calidad, el conjunto de datos utilizado estaba compuesto por 606 animales Holstein y 22200 marcadores SNP. Se utilizó el programa PLINK para identificar LD, Ne, segmentos de ROH, FROH y FSNP, FGRM se calculó con la familia de programas BLUPF90. El promedio de r2 en todos los cromosomas fue de 0.011, el r2 más alto se encontró en BTA3 (0.0323) y el más bajo en BTA12 (0.0039). Se identificaron 533 segmentos de ROH en 319 animales; los hallazgos obtenidos en este estudio sugieren que, en promedio, el 0,28% del genoma de Holstein es autocigoto. La longitud total de ROH se compuso principalmente de pequeños segmentos (ROH1-4Mb y ROH4-8Mb). Estos segmentos representaron aproximadamente el 96%, mientras que los ROH más grandes (ROH > 8Mb) representaron el 3.37% de todos los ROH detectados. Los promedios de consanguinidad de las metodologías FROH, FSNP y FGRM fueron 0.28%, 3.11% y 3.36% respectivamente. La correlación de Pearson entre estos diferentes valores de F fue: 0.49 (FROH-FSNP), 0.25 (FROH-FGRM), 0.22 (FSNP-FGRM). La distribución de las regiones compartidas de ROH identificadas en 19 cromosomas autosómicos cubre un número importante de genes dentro de estos ROH. Nuestro resultado evidenció niveles más bajos de extensión de LD en comparación con otras poblaciones Holstein; los resultados de la endogamia sugieren que FGRM y FSNP pueden ser útiles estimadores de autozigosidad individual en Holstein de Colombia. Se encontraron genes relacionados con la producción y reproducción, pero los más importantes son los dos que pueden estar relacionados con la adaptación al trópico alto colombiano. Este trabajo es pionero y será el punto de partida para los programas de mejoramiento genético y estudios de población genómica en el país y principalmente en áreas del trópico alto donde las razas lecheras tienen una producción importante.