Search

4.Çukurova Hepatoselüler Karsinoma Kongresi’nde (2729 Şubat 2020, Adana) sözlü bildiri olarak sunulmuştur. Son zamanlardaki çalışmalarda Alzheimer hastalığı (AH) ve kanser arasında bir bağlantı olduğu ortaya konmuş fakat ortak mekanizmayı açıklayacak yeterince kanıt mevcut değildir. Bu bağlantıyı araştıran birçok çalışmada özellikle meme, prostat ve akciğer gibi kanser türleri ile AH arasında ters ilişki olduğu gösterilmekle beraber hepatosellüler karsinom (HCC) ve AH arasındaki ilişki henüz aydınlatılmamıştır. Bu çalışmada, geç başlangıçlı AH (LOAD) ve HCC ile ilişkili RNA dizileme (RNA-seq) verilerini biyoinformatik araçlarla analiz ederek iki hastalığın patogenezinde etkin olması muhtemel ortak moleküler yolakları, ortak diferansiyel olarak ifade olan genleri (DEG) ve aday anahtar miRNA’ları tespit etmeyi amaçladık. RNA-seq veri setleri NCBI-GEO veri tabanından alınarak GREIN web uygulaması ile analiz edildi. Ortak DEG’ler tespit edilerek, fonksiyon zenginleştirme analizleri NetworkAnalyst ile yapıldı. Network görselleştirme ve hub gen tespiti Cytoscape programı ile gerçekleştirildi. Hub genleri hedef alan miRNA’lar mirDIP veri tabanı ile belirlendi. Analiz sonucunda iki veri setinde ortak disregüle olan 33 DEG tespit edildi ve network analizinde iki hastalığın moleküler etiyolojisinde olası rolü olan ortak 5 hub gen (HLA-A, HLA-C, TRIM31, HLA-DQB2, HLA-DRB) belirlendi. Ortak DEG'lerin immun sistemle ilişkili moleküler yolaklarda ve biyolojik süreçlerde etkin olduğunu gözlemlendi. Ortak hub genlerin koregülasyonunda potansiyel düzenleyici rolleri olabilecek iki hastalıkla da ilişkili olduğu tahmin edilen birçok miRNA bulundu. Sonuçlarımız, her iki hastalık için risk değerlendirmesi ve ilaç geliştirme yaklaşımları için kullanılabilecek ortak moleküler mekanizmayı in silico kanıtlarla vurgulamaktadır. Recent studies suggest a potential link between Alzheimer's disease (AD) and cancer yet lack of evidence exists to understand the shared mechanism underlying both diseases. Accumulating research investigating the association between AD and specific types of cancers such as breast, lung and prostate cancer claim inverse relationship between them however possible molecular relationship between AD and hepatocellular carcinoma (HCC) has not been well studied. In this study, we reanalyzed RNA-sequencing data sets related to late-onset AD (LOAD) and HCC to identify common differentially expressed genes (DEGs), molecular pathways as well as key miRNA regulators that may involve in the pathogenesis of both diseases. The data sets were retrieved from NCBI-GEO database and analyzed by GREIN web tool. Overlapped DEGs were identified and their functional enrichments were analyzed by NetworkAnalyst. Cytoscape software was used to visualize network and identify hub genes. MicroRNAs targeting the hub genes were also determined by mirDIP database. A total of 33 DEGs were found to be dysregulated in both datasets and five genes (HLA-A, HLA-C, TRIM31, HLA-DQB2, HLA-DRB1) were identified as hub genes that possibly involve in the shared molecular etiology of both diseases. Our analyses revealed that common DEGs are enriched in molecular pathways related immune system and multiple miRNA regulators are likely to coregulate the expressions of shared hub genes. The results emphasize in silico evidence of common molecular background for LOAD and HCC, which can be ultimately utilized for risk assessments and drug development approaches for both diseases.

Programlanmış hücre ölümü bitkiler ve diğer canlılar için yaşamsal önemi olan bir olaydır. Hayvanlar ve bitkiler arasında hücresel ölüm mekanizmasında farklılıklar vardır. Memelilerde kaspazlar, bitkilerde, mantarlarda ve protozoolarda kaspaz benzeri metakaspazlar hücre ölümünü tetikleyiciler olarak belirlenmiştir. Bitkiler de abiyotik ve biyotik strese karşı verilen yanıtlarla birlikte gelişimin bir parçası haline gelmiştir. Ayrıca bitki gelişiminde hücrelerin morfolojik ve biyokimyasal açıdan değişime uğraması sırasında gelişimsel olarak programlanmış hücre ölümü (dPCD)oluşmaktadır. Konak bitkilerde de patojen kaynaklı programlanmış hücre ölümü (pPCD)görülmektedir. Araştırmamızda bitkilerde programlanmış hücre ölümünün bitkilerde hangi mekanizmalar aracılığıyla yürütüldüğünü göstermeye çalıştık. Programlanmış hücre ölümünün bitkilerdeki çeşitlerine, apopotozis ve otofaji ile aralarındaki ilişkiye ve en önemlisi programlanmış hücre ölümü ile ilişkili genler üzerine incelemeler yapıldı. Metakaspazlarlar ilgili bilgilere ulaşıldı. Metakaspaz çeşitlerini inceledikten sonra biyotik ve abiyotik stres koşullarında metakaspaz genlerinin ifade profillerini, hücresel lokalizasyonunu, farklı organ ve gelişim evrelerindeki ifade seviyelerini inceledik. En fazla AtMC1 ile ilgili veriler elde edildi. Ayrıca Arabidopsis metakaspaz genlerinin kromozom yerleşimlerine baktık. Metakaspaz 1-9 genlerinin farklı genlerle interaksiyonunu, AtMC1‟in filogenetik analizi ve BLAST analizini inceledik., Programmed cell death is a vital event for plants and other organisms. There are differences between animals and plants in the mechanism of cellular death. Triggers of cell death were identified as caspases in mammals, and caspase-like metacaspases in plants, fungi and protozoa. Plants have also become part of development with responses to abiotic and biotic stress. In addition, developmentally programmed cell death (dPCD) occurs during morphological and biochemical changes of cells in plant growth. Programmed cell death (pPCD) from pathogen is also seen in host plants. In this research, we tried to show the mechanisms by which programmed cell death in plants is carried out. Investigations were made on the types of programmed cell death in plants, apopotosis and autophagy, and most importantly, genes related to programmed cell death. Information about metacaspases was reached. After examining the metacaspase types we examined expression profiles of metacaspase genes under biotic and abiotic stress conditions, cellular localization and expression levels of different organs and development stages. The most data related to AtMC1 were obtained. We also looked at the chromosome placements of metacaspase genes. We examined the interaction of metacaspase 1-9 genes with different genes and AtMC1 phylogenetic analysis and BLAST analysis.

Yeni nesil dizileme yöntemi (YND), hassas ve güvenilir bir çalışma yöntemi olması sebebiyle rutin kullanımda yerini almış olup kanserden nadir hastalıklara kadar bütün genetik temelli hastalıklarda değerini ortaya koymaktadır. Ancak hem elde edilen verinin büyüklüğü hem de maliyetleri düşürmek amacıyla yapılan çalışmalar özellikle kansere yönelik somatik çalışmalarda belirli gen bölgeleri ile sınırlıdır. Bu durum kanser gibi karmaşık hastalıkların patogenezinin aydınlatılmasını ve/veya yeni biyobelirteçlerin tespit edilmesini güçleştirmektedir. Tüm genom dizileme gibi kapsamlı bir çalışmadan dahi elde edilen veriler mevcut literatür bilgisinin yetersiz olmasından dolayı yeteri kadar iyi analiz edilememekte ve transkriptom dizileme gibi fonksiyonel testler ile destekleyici uygulamalara ihtiyac duyulmaktadır. Bu tez çalışmasında, Çukurova Üniversitesi Adana Genetik Hastalıklar Tanı ve Tedavi Merkezi (ÇÜ AGENTEM) laboratuvar alt yapısı ile seçilen nadir kanser hastasına ait periferik kan örneğinden germ-line ve FFPE doku ile likit biyopsi materyallerinden somatik tüm genom dizileme ve transkriptom dizileme yapılarak bu verilerin analizlerinin gerçekleştirilmesne yönelik biyoinformatik analiz algoritması geliştirilmiştir., Next Generation Sequencing (NGS) technologies have constituted a turning point toward clinical routine genetic testing of both cancer and rare disease to deliver reliable and high sensitivity results. However, due to the challenges in management of extensive ease of analyse and cost most of NGS testing, somatic sequencing for cancers mostly limited to specific gene(s) or gene regions. Even though, this targeted approach is useful for routine testing, discovering new biomarkers to understand pathogenesis of cancer. The analysis of the entire genomic DNA sequence called as WGS provides the most comprehensive characterization; WGS still cannot be interpreted in clinical level of precision oncology without the transcriptome profiling yet due to the lack of literature and knowledge.

Sialiltransferazlar, CMP-N-asetilnöraminik asit (CMP-β-Neu5Ac) donörlerinden sialik asitleri, glikokonjugatların uçlarında yer alan galaktoz (Gal), N-asetilglukozamin (GlcNAc) ve N-asetilgalaktozamin (GalNAc) glikanlarına transfer eden enzimlerdir. Bu enzimler sialik asitleri glikokonjugatlara α2-3, α2-6 ve α2-8 glikozidik bağları ile bağlarlar. Glikozidik bağlarına göre sialiltransferazlar 4 gruba ayrılırlar: β-galaktozit α2,3-sialiltransferaz (ST3Gal I-VI), β-galaktozit α2,6-sialiltransferaz (ST6Gal I-II), N-asetilgalaktozamin α2,6- sialiltransferaz (ST6GalNAc I-VI), α2,8-sialiltransferaz (ST8Sia I-VI). Omurgalı genomunda 20 tane sialiltransferaz bilinmektedir. Omurgasızlarda ise çalışmalar azdır, bu sebeple genomları bilinen böceklerin genel kullanıma açık veri tabanlarından elde edilen transkriptomdan (tüm mRNA dizileri) sialiltransferaz motif dizileri [sialilmotif L (large), sialilmotif S (small), sialilmotif VS (very small) ve sialilmotif III] hesaplamalı yöntemler ile tespit edilerek böceklerdeki sialiltransferazlar belirlenmiştir. Memelilerdeki sialiltransferaz enzimlerinin üç boyutlu yapılarıyla karşılaştırılarak aralarındaki benzerliklerin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Ayrıca sialik asitli yapraklarla beslenen Bombyx mori larvalarında sialiltransferaz ST6Gal I gen ekspresyon seviyeleri Real-time PCR ile belirlenmiştir. Yapılan biyoinformatik araştırmalar sonucunda sadece Manduca sexta ve Galleria mellonella türlerinde bu motifler bulunabilmiştir. Yine de bunun olabilitesi gelecek çalışmalar ve evrimsel açıdan çok önemlidir. M. sexta’da omurgalılardaki ST6GalNAc I ve G. mellonella’da ise omurgalılardaki ST3Gal IV ile benzerlik gösterdiği görülmüştür. Real-time PCR sonuçlarına bakıldığında ipek böceğinin (B. mori) farklı gün ve farklı dokularında ST6Gal I gen ekspresyon seviyeleri hepsinde değişiktir. Sialik asit uygulaması yapılan dokular arasında ST6Gal I ekspresyon seviyesi en yüksek yağ dokusu de görülmüştür. Bu bilgiler omurgasızlarda sialiltransferazlar üzerine çalışmalara devam edilmesi için yol gösterici özellik taşımaktadır. Genomu belirlenen böceklerde çalışıldıkça sialiltransferaz enzimi için yeni diziler ortaya çıkacaktır. Bu da evrimsel açıdan da bu konu üzerine yeni çalışmalar yapılmasının göstergesidir., Sialyltransferases are enzymes that transfer sialic acids from CMP- N-acetylneuramic acid (CMP-β-Neu5Ac) to galatose (Gal), N-acetylglucosamine (N-GlcNAc), N-acetylgalactosamine (N-GalNAc) glycans located at the ends of glycoconjugates. These enzymes transfer sialic acids to glycoconjugates via α2-3, α2-6, and α2-8 glycosidic links. Sialyltransferases divided 4 groups by glycosidic links: β-galactoside α2,3-sialyltransferase (ST3Gal I-VI), β-galactoside α2,6-sialyltransferase (ST6Gal I-II), N-acetylgalactosamine α2,6- sialyltransferase (ST6GalNAc I-VI), α2,8-sialyltransferase (ST8Sia I-VI). 20 sialyltransferases are known in the vertebrate genome. Studies in invertebrates are scarce, so sialyltransferase motif sequences (sialylmotif L (large), sialylmotif S (small), sialylmotif VS (very small) and sialylmotif III) in transcriptome (all mRNA sequences), obtained from genome databases of insects, will be determined by computational methods and sialyltransferases in insects defined. It is aimed to reveal the similarities between the three-dimensional structures of sialyltransferase enzymes in mammals. In addition, Bombyx mori ST6Gal I sialyltransferase gene expression determined with Real-time PCR by feeding with sialic acid leaves. As a result of the bioinformatics studies, these motifs were found only in Manduca sexta and Galleria mellonella species. The possibility of this is very important for future studies and evolution. The sequence found in M. sexta was similar to ST6GalNAc I in vertebrates. The sequence found in G. mellonella was similar to ST3Gal IV in vertebrates. Looking at the Real-time PCR results, ST6Gal I gene expression levels are different in different tissues and in different stages of silkworm (B. mori). Among the tissues treated with sialic acid, the highest expression level of ST6Gal I was observed in fat body. This information is a sign for further studies on sialyltransferases in invertebrates. As the genome determined insects were studied, new sequences for the sialyltransferase enzyme will appear. This shows, there should be future studies about evolutionary point of sialyltransferases.

Son yıllardaki metagenomik çalışmalar, adli vaka çözümlerinde etkili olabilen mikrobiyal genetik araştırmaları, adli bilimlerin kullanımına sunmaktadır. Bu çalışmalar içerisinde, insanların vücut alanını paylaşan kommensal, simbiyotik ve patojenik mikroorganizmaların ekolojik topluluğu olarak belirtilen mikrobiyomların DNA araştırmaları büyük bir yer tutmaktadır. Adli soruşturmalarda tükürük, bulunabilirlik kolaylığı ve noninvaziv olması nedeniyle tüm vücut sıvıları arasında sıklıkla tercih edilir. DNA teknolojisindeki ilerlemeler, şüphesiz ki insan DNA’sının, ısırık izlerinden ve dudak izlerinden elde edilen tükürük lekelerinden bile izolasyonunu sağlamaktadır. Fakat toplanan örneklerin degrade olması veya az miktarda DNA bulunması gibi sebeplerle her zaman kalitesi uygun bir tükürük DNA’sı elde edilemeyebilir. Oysa tükürüğün adli araştırmalarında, tükürük salgısındaki mikrobiyomların (bakteriler, mantarlar, arkeler, mikrobiyal ökaryotlar ve virüsler) analizinden elde edilen bilgiler, olayın failini suçla ilişkilendirebilir. Nitekim insan DNA’sı, şüphelinin gündelik temasından tespit edilemese de mikrobiyom profili tespit edilebilir ve bu da şüphelinin spesifik mikrobiyom profili aracılığıyla tanımlanması olasılığını artırır. Ayrıca şüphelinin yaşam tarzı, birlikte yaşadığı kişiler ve tıbbi durum bilgileri, adli soruşturmalara yardımcı olabilir. Mikrobiyom verilerinin, adli amaçlı kanıt olarak kullanımı ve rutin prosedür hâline gelebilmesi için insan mikrobiyom araştırmalarının adli bakış açısı ile ele alınması gerekir. Bu yazıda, adli alandaki yeni tükürük mikrobiyomu araştırmalarının mevcut durumu, geliştirilen analiz metotları, değerlendirmelerde kullanılan biyoinformatik çözümler ve oral mikrobiyotanın, adli bilimlerde kullanımındaki olası sınırlandırmalar ve uygulamadaki zorluklar hakkında bilgi paylaşımı amaçlanmıştır. Metagenomic studies in recent years offer microbial genetic studies that can be effective in forensic case solutions to the use of forensic sciences. Among these studies, DNA research of microbiomes, which is defined as an ecological community of commensal, symbiotic and pathogenic microorganisms that share human body space, has a great place. In forensic investigations, saliva is often preferred among all body fluids due to its ease of availability and non-invasiveness. Advances in DNA technology enable the isolation of human DNA, even from saliva stains obtained from bite and lip prints. However, it is not always possible to obtain a salivary DNA of appropriate quality due to the degradability of the samples or the small DNA amount. Whereas, in saliva forensic studies, information obtained from the analysis of salivary microbiomes (bacteria, fungi, archaea, microbial eukaryotes, and viruses) may associate the perpetrator with crime. Indeed, although human DNA cannot be detected from daily contact with the suspect, the microbiome profile can be detected, increasing the likelihood that the suspect will be identified through the specific microbiome profile. Also, information such as the suspect's lifestyle, cohabitants, and medical condition can assist with forensic investigations. In order for microbiome data to be used as forensic evidence and become a routine procedure, human microbiome studies should be handled with a forensic perspective. In this article, it is aimed to share information about the current status of new salivary microbiome research in the forensic field, developed analysis methods, bioinformatics solutions used in evaluations, possible limitations in the use of oral microbiota in forensic sciences and difficulties in application.

Nutrigenomik (Genetik beslenme) bilimi beslenme ve insan genomu arasındaki ilişkileri ele almaktadır. Ayrıca, nutrigenomik teknolojileri (genomik, proteomik, transkriptomik ve biyoinformatik) ile bu ilişkilerin temelinde yatan mekanizmaların anlaşılması yönünde çalışmalar yapmaktadır. Bu teknolojiler sayesinde, kişisel diyet reçeteleri hazırlanarak, ileride daha sağlıklı bir yaşam tarzı geliştirmek ve kronik hastalık risklerini azaltmak mümkün olabilecektir. Bu derlemede nutigenomik teknolojileri ve bu teknolojiler ile insan beslenmesi arasındaki ilişki hakkında bilgi verilmesi amaçlanmıştır.