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This last decade knew a strong passion for the complex microfloras particularly for the floras associated symbiotically with their host like the digestive tract flora. The digestive floras indeed open many opportunities as well on the medical level as on the industrial and the biotechnological levels. In this manuscript, various works on the digestive flora of Galliforms are presented: study of the antibiotic action mode as growth promoter in chicken, search for substitutes to antibiotics in chicken and search of a putative pathogen of non specific enteritis in turkey. New tools useful for the bacterial identification were also developed in this writing. A new technique of clone screening, named CSbyDG, based on a discrimination of tri-band DGGE profiles, proved its effectiveness to screen clone libraries of 16S rDNA. To allow the regrouping of profile obtained in CSbyDG, a data-processing program coded in Visual Basic Application for Excel was developed. This program, named ProReg XL Tool, is able to regroup identical electrophoretic profiles. Its applicability is thus much broader than the only regrouping of profile of CSbyDG. In the long term, CSbyDG should allow, by various bearings, to identify a bacterium in a few hours., Cette dernière décennie a connu un engouement fort pour les microflores complexes particulièrement pour les flores associées symbiotiquement à leur hôte comme les flores du tractus digestif. Les flores digestives ouvrent en effet de nombreuses opportunités tant sur le plan médical que sur les plans industriel et biotechnologique. Dans ce manuscrit, sont présentés divers travaux sur les flores digestives de Galliformes : étude du mode d'action des antibiotiques en tant que facteurs de croissance chez le poulet, recherche de substitutifs aux antibiotiques chez le poulet et recherche d'un putatif pathogène des entérites non spécifiques chez la dinde. Ont également été développés dans cet écrit de nouveaux outils utiles à l'identification bactérienne. Une nouvelle technique de criblage de clones, nommée CSbyDG, basée sur une discrimination de profiles DGGE à trois bandes, a prouvée son efficacité à cribler des banques de clones d'ADNr 16S. Pour permettre le regroupement des profiles obtenus en CSbyDG, un programme informatique codé en Visual Basic Application pour Excel a été développé. Ce programme, nommé ProReg XL Tool, est à même de regrouper des profiles électrophorétiques identiques. Ses domaines d'applications sont donc beaucoup plus larges que le seul regroupement de profiles de CSbyDG. A terme, la CSbyDG devrait permettre, par différents portages, d'identifier une bactérie en quelques heures.