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OBJETIVOS: descrever e avaliar o perfil do Programa de Triagem Neonatal baiano em 2003. MÉTODOS: estudo descritivo baseado no banco de dados do Serviço de Referência de Triagem Neonatal baiano com todos os recém-nascidos que realizaram a triagem na rede de coleta do Estado em 2003. RESULTADOS: observou-se implantação do programa em 94,5% dos municípios. A média mensal de testados foi de 13.991 (72,51% dos recém-nascidos registrados). Na coleta, 63,9% das crianças estavam com idade entre oito dias e um mês, 14,5% com até sete dias e 21,6% com mais de um mês. A incidência observada foi de 1:22.000 para fenilcetonúria, 1:4.000 para o hipotireoidismo congênito e 1:650 para as hemoglobinopatias. CONCLUSÕES: o Programa de Triagem Neonatal baiano mostrou, em 2003, dificuldades quanto a cobertura preconizada em 100%; a faixa etária ideal para realização da coleta; ao tempo entre a coleta e a chegada das amostras ao Serviço de Referência em Triagem Neonatal; ao tempo de entrega dos resultados à família; e ao tempo de reconvocação dos casos positivos. Assim, são necessárias algumas melhorias para agilizar esses processos.OBJECTIVES: describe and assess the Neonatal Screening Program of Bahia in 2003. METHODS: descriptive study based on the databank of the Neonatal Screening Reference Service of Bahia in all newborns previously screened in the data collecting network of 2003. RESULTS: the program was implemented in 94.5% of the municipalities. The monthly average of newborns assessed was of 13.991 (72.51% of the registered newborns). During data collection, 63.9% of the children were between eight days and one month old, 14.5% seven days old and 21.6% over one month old. The incidence determined was 1:22,000 for phenylketonuria, 1:4,000 for congenital hypothyroidism and 1:650 for sickle cell disease. CONCULSIONS: the Neonatal Screening Program of Bahia in 2003 fell short to the expected coverage of 100%, failed in selecting the ideal age group for blood sampling; there were difficulties as well related to the time elapsed between blood collection and samples arrival to the Neonatal Screening Reference Service; of test delivery to the family; and of positive cases recall. Therefore, improvements are needed to expedite procedures.