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Este artigo tem por objetivo identificar as desigualdades no acesso aos recursos de fomento à pesquisa entre as grandes áreas do conhecimento na Bahia e avaliar o papel das políticas de ciência e tecnologia (C&T) na produção dessas assimetrias. A análise se estende examinando as implicações desses desequilíbrios sobre a valorização e reconhecimento dos pesquisadores. Para delimitar a análise, o estudo agrupa as grandes áreas do conhecimento em dois campos de pesquisa: ciências naturais e ciências sociais. A divisão da ciência está fundada em bases epistemológicas e metodológicas e, para os propósitos deste trabalho, é delimitada pelo conceito de paradigma em Thomas Kuhn e pelas definições de ciências duras (Hard Science) e ciências moles (Soft Science). A pesquisa utiliza como variável para identificar desigualdades a proporção de projetos aprovados nos editais da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia (Fapesb) por grande área do conhecimento e por campos de pesquisa. Na sequência, estabelece uma associação entre os eixos estratégicos das políticas de C&T com os percentuais de aprovação de cada grande área em grupos de editais selecionados. Para avaliar o reconhecimento e valorização da produção científica, o estudo faz um levantamento da distribuição, entre pesquisadores baianos, de bolsas produtividade (PQ) do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). A hipótese básica é a de que as políticas de C&T, ao priorizar a incorporação do conhecimento científico e tecnológico aos processos produtivos, produzem e reforçam desigualdades entre as ciências naturais e ciências sociais.