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A facilidade para o acesso às metodologias de Sequenciamento de Segunda Geração (Next Generation Sequence) tem impulsionado o desenvolvimento de diversos projetos, uma vez que possibilita a montagem de novo de sequências, gerando uma grande quantidade de dados e permitindo o acesso a genomas de diversos organismos ainda pouco conhecidos. A espécie de anuro Ololygon centralis (Pombal e Bastos 1996) pertence à família Hylidae, considerada endêmica do Bioma Cerrado e que ainda não dispõe de nenhuma informação genômica. O objetivo desse trabalho foi realizar uma montagem parcial do genoma de Ololygon centralis a fim de identificar, caracterizar, quantificar elementos repetitivos e predizer genes nas sequências genômicas, além de desenvolver marcadores microssatélites para a espécie. O genoma parcial montado resultou em 13.989 scaffolds, que correspondem a 4.926.069 pb com N50 de 336. Os elementos repetitivos encontrados no genoma de O. centralis (1.795 elementos transponíveis, 957 microssatélites, um DNA satélite e 25 pequenos RNAs nucleares) totalizaram 531.337 pb. Entre os retrotransposons, o elemento LINE (49,83%) foi o mais abundante, seguido do LTR (48,66%) e SINE (1,56%). Foram identificados os genes que codificam as subunidades 5S, 18S e 28S de ribossomos, 18 tipos de tRNAs no genoma e 26 genes. A partir das sequências foi possível desenhar 87 pares de primers flanqueando regiões microssatélites. Dentre elas, 47 foram regiões compostas de tetranucleotídeos, 39 dinucleotídeos, e um trinucleotídeo. Deste total, 31 pares de primers foram selecionados para padronização em gel de poliacrilamida (6%) e 18 deles apresentaram produto de amplificação adequado. Durante a padronização, as temperaturas de anelamento variaram entre 50° e 60° C e sete marcadores apresentaram polimorfismo. Dos sete, apenas cinco marcadores (OCE05, OCE11, OCE20, OCE21, OCE26) foram padronizados e utilizados para caracterização em 30 indivíduos de O. centralis no analisador automático ABI3500. O número médio de alelos foi igual a 10, a amplitude alélica variou entre 148pb (OCE 20) a 318 pb (OCE 21). A Heterozigosidade média esperada foi 0,7 e a observada igual a 0,5. A probabilidade de exclusão de paternidade (Q) foi igual a 0,993 e a probabilidade combinada de identidade (I) igual a 1,13x10-6. O valor global para o índice de fixação (FST) foi significativo e igual a 0,2 (p