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O objetivo deste trabalho foi de selecionar linhagens de milho da UFT por meio dos caracteres agronômicos e a incidência e severidade de doenças e da lagarta do cartucho juntamente com a divergência genética, no Sul do Tocantins. Foram avaliadas 63 linhagens de milho S5, obtidas do germoplasma de milho da UFT. O experimento foi instalado no município de Gurupi, Estado do Tocantins, na safra 2008/2009, no delineamento experimental de blocos casualizados, com duas repetições. A divergência genética foi predita utilizando o Método de Agrupamento de Tocher. Foram formandos 20 grupos divergentes, selecionado dentro de cada grupo as melhores linhagens. As características área abaixo da curva de progresso da Mancha Branca (Phaeosphaeria maydis) e avaliação do ataque de lagarta do cartucho (Spodoptera fugiperda) não foram utilizadas como critério na seleção das linhagens. Os grupos com produção acima de 3.500 kg ha-1 e com características desejáveis foram os selecionados para futuras hibridações, sendo os grupos 1, 3, 4, 5, 6, 12 e 17. A utilização do desempenho agronômico e de reação as doenças conjuntamente com a análise de divergência genética foi eficaz na diferenciação das linhagens S5 de milho para futuros genitores.