1. Assessment of the prognostic role of a 94-single nucleotide polymorphisms risk score in early breast cancer in the SIGNAL/PHARE prospective cohort: no correlation with clinico-pathological characteristics and outcomes
- Author
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Carole Tarpin, Sophie Paget-Bailly, Xavier Pivot, David Assouline, Maria Rios, Isabelle Tennevet, Gilles Romieu, Jean-Marc Ferrero, Céline Faure-Mercier, Pierre Fumoleau, Jean-François Deleuze, David G. Cox, Hélène Blanché, Marie-Christine Mathieu, Thierry Petit, Christelle Jouannaud, Hugues Bourgeois, Oana Cojocarasu, Thomas Bachelot, Elsa Curtit, Jérôme Meunier, Ariane Darut-Jouve, Delphine Bacq, Jean-Yves Pierga, Sandrine Lavau-Denes, Iris Pauporté, Valérie Delecroix, Christelle Levy, Patrick Soulié, Pierre Kerbrat, Véronique Trillet-Lenoir, Anne Boland, Hervé Bonnefoi, Mourad Sahbatou, Gilles Thomas, Jean-Philippe Jacquin, Julie Henriques, Céline Besse, Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) (RIGHT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté]), Service d'Oncologie Médicale [CHRU Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Unité de Méthodologie et de Qualité de Vie en Cancérologie (UMQVC), Institut Régional Fédératif du Cancer (IRFC)-Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (EA 3181) (CEF2P / CARCINO), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Pôle cancérologie (CHRU Besançon), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Département d'oncologie médicale [Centre Georges-François Leclerc], Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER, Département d’Oncologie Médicale [Vandoeuvre Les Nancy], Institut de Cancérologie de Lorraine - Alexis Vautrin [Nancy] (UNICANCER/ICL), Département d'oncologie médicale, Institut Bergonié [Bordeaux], Département de Cancérologie Médicale [Lyon], Centre Léon Bérard : Centre Régional de Lutte Contre le Cancer Lyon Rhône-Alpes, Service Oncologie Médicale [Angers], Institut de Cancérologie de l'Ouest [Angers/Nantes] (UNICANCER/ICO), Service Oncologie Médicale [Reims], Institut Jean Godinot [Reims], Centre Jean Bernard [Institut Inter-régional de Cancérologie - Le Mans], Service d’Oncologie Médicale [Strasbourg], Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Département d'oncologie médicale [Rouen], Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen (CLCC Henri Becquerel), Service Oncologie Médicale [Grenoble], Institut Daniel Hollard [Grenoble], Pathologie mammaire, Département de médecine oncologique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Service Oncologie Médicale [Saint Priest en Jarez], Institut de Cancérologie Lucien Neuwirth [Saint Priest en Jarez], Service d'Oncologie médicale [CHU Limoges], CHU Limoges, Centre d'oncologie et de radiothérapie du parc [Dijon], Département Oncologie Médicale [Nice], Centre de Lutte contre le Cancer Antoine Lacassagne [Nice] (UNICANCER/CAL), UNICANCER-Université Côte d'Azur (UCA)-UNICANCER-Université Côte d'Azur (UCA), Département d’Oncologie Médicale [Marseille], Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC), Service d'Oncologie Médicale [Caen], Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen] (UNICANCER/CRLC), Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Service Oncologie Médicale [Saint-Nazaire] (Pôle Mutualiste), Centre Etienne Dolet [Saint-Nazaire], Service d’Oncologie Médicale [CHU Lyon Sud], Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Service d’Onco-Hématologie et Médecine interne [Le Mans], Centre Hospitalier Le Mans (CH Le Mans), Service d’Oncologie médicale [Orleans], Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHRO), Département d'Oncologie Médicale [Paris], Institut Curie [Paris], Service d'Oncologie Médicale [Rennes], CRLCC Eugène Marquis (CRLCC), Direction de la Recherche [Boulogne-Billancourt], Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), Centre de Ressources Biologiques [Paris], Fondation Jean Dausset - Centre d’Etudes du Polymorphisme Humain [Paris] (CEPH), Centre de Ressources Biologiques [Evry], Centre National du Génotypage [Evry], Synergie Lyon Cancer [Lyon], Centre Léon Bérard [Lyon], Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), This work has fully been funded by the sponsor of the study, l’Institut National du Cancer, France (INCa)., Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC ( HOTE GREFFON ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] ( EFS [Bourgogne-France-Comté] ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Service d'Oncologie Médicale [Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire Hôpital Jean Minjoz [Besançon], Unité de Méthodologie et de Qualité de Vie en Cancérologie ( UMQVC ), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC ( CEF2P / CARCINO ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Pôle cancérologie (CHU Besançon), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Institut Régional Fédératif du Cancer ( IRFC ), Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL ), Institut de Cancérologie de Lorraine - Alexis Vautrin ( ICL ), Institut Bergonié - CRLCC Bordeaux, UNICANCER - Institut de cancérologie de l'Ouest - Paul Papin [Angers], Centre Jean Bernard [Le Mans], Clinique Victor Hugo [Le Mans], Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen ( CLCC Henri Becquerel ), Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ), Centre d’oncologie et de radiothérapie du Parc [Dijon], Clinique Drévon [Dijon], UNICANCER - Centre Antoine Lacassagne [Nice], Institut Paoli-Calmettes [Marseille], Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse ( CRLC François Baclesse ), Service Oncologie Médicale [Saint-Nazaire] ( Pôle Mutualiste ), Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] ( CHLS ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Centre Hospitalier Le Mans, Centre Hospitalier Régional d'Orléans ( CHR ), Institut Curie (Paris), CRLCC Eugène Marquis ( CRLCC ), Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] ( INC ), Centre d’Etudes du Polymorphisme Humain [Paris], Institut de recherche en cancérologie de Montpellier ( IRCM ), Université Montpellier 1 ( UM1 ) -CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Montpellier ( UM ), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (UR 3181) (CEF2P / CARCINO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Institut Régional Fédératif du Cancer (IRFC), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BMC, BMC, Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (EA 3181) (CEF2P / CARCINO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Institut Régional Fédératif du Cancer (IRFC), Polyclinique du Parc - Clinique Drevon [Dijon], Université Côte d'Azur (UCA)-UNICANCER-Université Côte d'Azur (UCA)-UNICANCER, and UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)
- Subjects
0301 basic medicine ,Oncology ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,Metastasis ,Cohort Studies ,0302 clinical medicine ,Breast cancer ,Neoplasm Metastasis ,Prospective cohort study ,Estrogen Receptor Status ,Genetic variant ,Randomized Controlled Trials as Topic ,Aged, 80 and over ,Framingham Risk Score ,Middle Aged ,Prognosis ,Tumor Burden ,3. Good health ,[SDV] Life Sciences [q-bio] ,030220 oncology & carcinogenesis ,Cohort ,Female ,Research Article ,Adult ,medicine.medical_specialty ,Genotype ,Breast Neoplasms ,Single-nucleotide polymorphism ,Polymorphism, Single Nucleotide ,Young Adult ,03 medical and health sciences ,Internal medicine ,Biomarkers, Tumor ,medicine ,Humans ,Genetic Predisposition to Disease ,Alleles ,Genetic Association Studies ,Aged ,Neoplasm Staging ,[ SDV ] Life Sciences [q-bio] ,business.industry ,Cancer ,medicine.disease ,Survival Analysis ,Single nucleotide polymorphism ,030104 developmental biology ,Clinical Trials, Phase III as Topic ,Risk score ,Neoplasm Grading ,business - Abstract
Background Genome-wide association studies (GWAS) have to date identified 94 genetic variants (single nucleotide polymorphisms (SNPs)) associated with risk of developing breast cancer. A score based on the combined effect of the 94 risk alleles can be calculated to measure the global risk of breast cancer. We aimed to test the hypothesis that the 94-SNP-based risk score is associated with clinico-pathological characteristics, breast cancer subtypes and outcomes in early breast cancer. Methods A 94-SNP risk score was calculated in 8703 patients in the PHARE and SIGNAL prospective case cohorts. This score is the total number of inherited risk alleles based on 94 selected SNPs. Clinical data and outcomes were prospectively registered. Genotyping was obtained from a GWAS. Results The median 94-SNP risk score in 8703 patients with early breast cancer was 77.5 (range: 58.1–97.6). The risk score was not associated with usual prognostic and predictive factors (age; tumor, node, metastasis (TNM) status; Scarff-Bloom-Richardson grade; inflammatory features; estrogen receptor status; progesterone receptor status; human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) status) and did not correlate with breast cancer subtypes. The 94-SNP risk score did not predict outcomes represented by overall survival or disease-free survival. Conclusions In a prospective case cohort of 8703 patients, a risk score based on 94 SNPs was not associated with breast cancer characteristics, cancer subtypes, or patients’ outcomes. If we hypothesize that prognosis and subtypes of breast cancer are determined by constitutional genetic factors, our results suggest that a score based on breast cancer risk-associated SNPs is not associated with prognosis. Trial registration PHARE cohort: NCT00381901, Sept. 26, 2006 – SIGNAL cohort: INCa RECF1098, Jan. 28, 2009 Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s13058-017-0888-4) contains supplementary material, which is available to authorized users.
- Published
- 2016
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