1. Genome sequence of the metazoan plant-parasitic nematode Meloidogyne incognita
- Author
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Pasqua Veronico, Emeline Deleury, Francesca De Luca, Magali Esquibet, Patrick Wincker, Thomas J. Baum, Tom R. Maier, Erika Sallet, Jonathan J. Ewbank, Edgardo Ugarte, Cyril Van Ghelder, Marie-Noëlle Rosso, Delphine Steinbach, Marie-Cécile Caillaud, Jean Weissenbach, Véronique Anthouard, Pedro M. Coutinho, Mark Blaxter, Jean-Marc Aury, Marc Robinson-Rechavi, Pierre Abad, Geert Smant, Timothé Flutre, Hadi Quesneville, Gabriel V. Markov, Paul McVeigh, Jérôme Gouzy, Philippe Castagnone-Sereno, Corinne Dasilva, Etienne Danchin, Paola Leonetti, Aaron G. Maule, Marc Magliano, Béatrice Ségurens, John T. Jones, Eric L. Davis, Laetitia Perfus-Barbeoch, Claire Jubin, Thomas Schiex, Vincent Laudet, Florence Deau, Olivier Jaillon, François Artiguenave, Eric Grenier, Tarek Hewezi, Bruno Favery, Teresa Bleve-Zacheo, T.O.G. Tytgat, Bernard Henrissat, Noureddine Hamamouch, Graziano Pesole, Jared V. Goldstone, Julie Poulain, Vivian C. Blok, Interactions Biotiques et Santé Végétale, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions plantes-microorganismes et santé végétale (IPMSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Scottish Crop Research Institute, Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Istituto per la Protezione delle Piante, National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Unité de Recherche Génomique Info (URGI), Biology Department (WHOI), Woods Hole Oceanographic Institution (WHOI), Department of Plant Pathology, North Carolina State University [Raleigh] (NC State), University of North Carolina System (UNC)-University of North Carolina System (UNC), Iowa State University (ISU), School of Biological Sciences, Dipartimento di Biochimica e Biologia moleculare, Università degli studi di Bari Aldo Moro = University of Bari Aldo Moro (UNIBA), Department of Ecology and Evolution, Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Laboratory of Nematology, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, University of North Carolina System (UNC), Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, School of Biolgical Sciences, Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (ancêtre de MIAT) (UBIA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UMR 1064 UMR INRA / CNRS / Univ. Nice (Univ.SA) : Interactions Plantes Microorganismes et Santé Végétale, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Santé des plantes et environnement (S.P.E.)-UMR INRA / CNRS / Univ. Nice (Univ.SA) : Interactions Plantes Microorganismes et Santé Végétale, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Consiglio Nazionale delle Ricerche [Roma] (CNR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Università degli studi di Bari, Université de Lausanne (UNIL), Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (UBIA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Università degli studi di Bari Aldo Moro (UNIBA)
- Subjects
0106 biological sciences ,[SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology ,Helminth genetics ,01 natural sciences ,Applied Microbiology and Biotechnology ,Genome ,Plant Roots ,Meloidogyne incognita ,ADAPTATION ,genes ,root-knot nematodes ,Genes, Helminth ,2. Zero hunger ,Expressed Sequence Tags ,0303 health sciences ,biology ,plant-parasitic nematode ,EPS-2 ,Chromosome Mapping ,GENOME SEQUENCE ,food and beverages ,DNA, Helminth ,Plants ,bdelloid rotifers ,MELOIDOGYNE INCOGNITA ,PARTHENOGENETIC NEMATODE ,Molecular Medicine ,RNA Interference ,Terra incognita ,Biotechnology ,DNA, Complementary ,Sequence analysis ,Molecular Sequence Data ,Biomedical Engineering ,cloning ,Bioengineering ,phytopathogenic bacteria ,03 medical and health sciences ,Botany ,expression ,Animals ,Tylenchoidea ,Gene ,Laboratorium voor Nematologie ,030304 developmental biology ,Plant Diseases ,Whole genome sequencing ,PLANT PARASITISM ,Genome, Helminth ,Base Sequence ,Sequence Analysis, DNA ,prediction ,biology.organism_classification ,caenorhabditis-elegans ,Nematode ,Evolutionary biology ,identification ,Laboratory of Nematology ,protein ,Sequence Alignment ,010606 plant biology & botany - Abstract
Plant-parasitic nematodes are major agricultural pests worldwide and novel approaches to control them are sorely needed. We report the draft genome sequence of the root-knot nematode Meloidogyne incognita, a biotrophic parasite of many crops, including tomato, cotton and coffee. Most of the assembled sequence of this asexually reproducing nematode, totaling 86 Mb, exists in pairs of homologous but divergent segments. This suggests that ancient allelic regions in M. incognita are evolving toward effective haploidy, permitting new mechanisms of adaptation. The number and diversity of plant cell wall-degrading enzymes in M. incognita is unprecedented in any animal for which a genome sequence is available, and may derive from multiple horizontal gene transfers from bacterial sources. Our results provide insights into the adaptations required by metazoans to successfully parasitize immunocompetent plants, and open the way for discovering new antiparasitic strategies
- Published
- 2008
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