1. Next-Generation Sequencing Accelerates Crop Gene Discovery
- Author
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Brigitte Courtois, Alexandre Grondin, Pascal Gantet, Khanh Le Nguyen, Agricultural Genetics Institute (AGI), Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Palacky University Olomouc, IRD ARTS PhD thesis fellowship, Global Rice Science Partnership (2011-2016), CGIAR Research Program (CRP) on rice agrifood systems (RICE), Agricultural Genetics Institute, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)
- Subjects
0106 biological sciences ,0301 basic medicine ,Locus des caractères quantitatifs ,Candidate gene ,Polymorphisme génétique ,Plant genetics ,Quantitative Trait Loci ,Plant Science ,Computational biology ,Quantitative trait locus ,Biology ,Séquence d'ARN ,01 natural sciences ,Genome ,Polymorphism, Single Nucleotide ,DNA sequencing ,F30 - Génétique et amélioration des plantes ,Crop ,03 medical and health sciences ,F01 - Culture des plantes ,[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology ,Marqueur génétique ,genomic features [EN] ,Gene ,Genetic Association Studies ,2. Zero hunger ,Génome ,food and beverages ,Chromosome Mapping ,High-Throughput Nucleotide Sequencing ,Gene expression profiling ,030104 developmental biology ,Phenotype ,Caractère agronomique ,010606 plant biology & botany - Abstract
International audience; The identification and isolation of genes underlying quantitative trait loci (QTLs) associated with agronomic traits in crops have been recently accelerated thanks to next-generation sequencing (NGS)-based technologies combined with plant genetics. With NGS, various revisited genetic approaches, which benefited from higher marker density, have been elaborated. These approaches improved resolution in QTL position and assisted in determining functional causative variations in genes. Examples of QTLs/genes associated with agronomic traits in crops and identified using different strategies based on whole-genome sequencing (WGS)/whole-genome resequencing (WGR) or RNA-seq are presented and discussed in this review. More specifically, we summarize and illustrate how NGS boosted bulk-segregant analysis (BSA), expression profiling, and the construction of polymorphism databases to facilitate the detection of QTLs and causative genes.
- Published
- 2018
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