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Le Gwell est un lait fermenté traditionnel spécifique de la Bretagne. Il est obtenu à partir de lait de vaches de race Bretonne Pie Noir, inoculé avec une portion de la fabrication précédente (appelé ferment) sans aucun recours à des levains commerciaux. Les productions de Gwell partagent une texture ferme et onctueuse et un gout frais et acidulé, avec des caractéristiques organoleptiques propres à chaque producteur. Les producteurs sont malheureusement parfois confrontés à la perte de leur ferment et doivent alors avoir recours à la solidarité d’autres producteurs pour réacquérir un ferment opérationnel. Ces pertes de ferments sont un frein au développement de la production de Gwell et donc à la valorisation de lait issu de vaches Bretonne Pie Noir. Cette race emblématique de la Bretagne, caractérisée par une rusticité hors du commun et un lait très riche en matière grasse totalisait au milieu du 19ème siècle près de 900 000 têtes. La modernisation des pratiques agricoles alliée à une orientation productiviste forte a conduit à une quasi extinction de l’espèce, ce qui a conduit à initier en 1976 un programme de sauvegarde de l’espèce. Le nombre de vaches s’élève ainsi aujourd’hui à près de 2500 femelles. La transformation du lait en Gwell est, pour les éleveurs, un moyen de valoriser la qualité du lait de Bretonne Pie Noir en conservant sa valeur ajoutée. Les éleveurs qui transforment le lait en Gwell œuvrent ainsi à la sauvegarde de l’espèce Bretonne Pie Noir, mais aussi à la préservation de la diversité microbienne, du patrimoine et des savoir-faire paysans associés. La caractérisation de l’écosystème microbien du ferment Gwell, pour mieux maitriser sa conservation et sécuriser ainsi la production de Gwell, participe de ce fait au maintien de la race Bretonne Pie Noir. Dans ce contexte notre étude visait à caractériser l’écosystème microbien du Gwell pour sécuriser les souches à l’origine de la typicité du produit. Nous avons ainsi montré que toutes les productions de Gwell avaient une flore bactérienne dominante similaire, composée de deux sous-espèces de la bactérie lactique Lactococcus lactis (subsp. lactis et subsp. cremoris). En fonction des producteurs, le nombre de souches de chaque sous-espèce peut varier avec dans certain cas la présence de Streptococcus thermophilus. De plus, nous avons identifié et caractérisé des souches spécifiques à chaque producteur et montré une forte résilience de l’écosystème pouvant expliquer en partie les différences organoleptiques observées entre les Gwell de différents producteurs.

Milk is transformed from time immemorial and fermentation is among the oldest techniques of food preservation. Fermented milk products involve positive bacteria and yeast which strongly participate to the safety and to the organoleptic quality of the products High level of diversity of both bacteria (mainly lactic acid bacteria) and yeast linked to the diversity of manufacturing practices, leads to the huge variety of fermented milk products all over the world If these products were originally obtained from spontaneous fermentation with microorganisms naturally present in the environment of transformation or by backslopping most of the production are now using commercial starters with as a result a standardization and a lost of typicality In parallel, in several developed country the improvement of livestock sanitary conditions leads moreover to a drastic decrease of the microorganisms naturally present in the milk Thus, preservation of these microorganisms is a major issue for traditional milk product

The CIRM -BIA, microbial diversity of food related bacteria in the service of innovation for dairy industry. STLOpendays

Première source de gènes de la planète, les microorganismes représentent une ressource inestimable face aux challenges de durabilité qui sont les nôtres aujourd’hui. Tous les métabolismes y sont représentés et leur biodiversité encore largement sous- explorée est une source clé d’innovation et de valeur ajoutée. Une gestion appropriée des ressources est essentielle pour préserver cette biodiversité et favoriser son utilisation à des fins de développement durable. C'est la fonction première des Centre de Ressources Biologiques (CRB) qui ont pour mission de préserver la biodiversité ex-situ, toutes ressources biologiques confondues, et jouent de ce fait un rôle de conservatoire avec une fonction patrimoniale.On observe depuis plusieurs décennies une diminution drastique de la biodiversité, c'est vrai quelles que soient les ressources biologiques considérées, y compris les espèces microbiennes d'intérêt technologique impliquées dans la fabrication des aliments fermentés. Dès lors, il apparait essentiel de préserver cette diversité microbienne en grande partie responsable de la multiplicité et de la typicité des produits fermentés. C'est un enjeu de taille pour les CRB qui mettent aux services de ces ressources microbiennes une expertise et des outils de caractérisation adaptés. Complémentaire de la conservation in-situ, ils rendent visibles et accessibles ces ressources. Ils permettent en outre de tracer et de formaliser les échanges de matériel biologique et des données associées entre les différentes parties intéressées. Enfin, ils apportent un cadre normatif et règlementaire garant du respect de la propriété intellectuelle et du partage des avantages associé à l'utilisation de ces ressources

Dossier de Sciences Ouest : Les super-pouvoirs des microbes

Le lait est un aliment très riche (protéines, sucres) extrêmement favorable au développement de nombreuses espèces de microorganismes incluant les bactéries, les levures et les champignons filamenteux. Il est très vite contaminé à la sortie du trayon par une importante diversité microbienne (microorganismes pathogènes et d'altération mais aussi microorganismes "utiles"). Les microorganismes que l'on retrouve dans le lait proviennent majoritairement de l'environnement lié au lieu de collecte et de transformation. La diversité microbienne des laits est très grande : diversité de genres et d'espèces mais aussi des souches au sein d'une espèce donnée (diversité intra-spécifique). On observe, parallèlement à l'amélioration des pratiques d'hygiène au sein des lieux de collecte et de transformation des laits, une baisse globale de la diversité microbienne présente dans le lait. Cette baisse de diversité concerne l'ensemble des microorganismes, les pathogènes mais aussi les microorganismes utiles qui, dans le cas des produits laitiers fermentés, peuvent selon les technologies de transformation employées, jouer un rôle important dans la typicité et les caractéristiques final des produits fabriqués. La conservation de ces microorganismes d'intérêt au sein de structures dédiées, les Centres de Ressources Biologiques (CRB), présente dès lors un enjeu majeur. Sachant, qui plus est, que bon nombre des propriétés technologiques et pathogènes des souches, sinon toutes, sont souches dépendantes, la diversité-intra spécifique doit être prise en compte dans le choix des ressources microbiennes à préserver au sein de ces CRB. Les CRB microbiens ont pour rôle de conserver, identifier, diffuser et valoriser les ressources microbiennes. Ils ont un rôle patrimonial et doivent rendre ces ressources accessibles à l'ensemble des communautés scientifiques et industrielles à des fins de recherche et de valorisation. Ils doivent garantir la traçabilité et la fiabilité des données associées aux souches mais aussi garantir que la réglementation internationale liées à ces souches est respectée (Convention sur la Diversité Biologique et Protocole de Nagoya). L'existence de CRB thématiques, centrés sur une catégorie de ressources microbienne en lien avec une application potentielle, qui prennent en compte la diversité intra-spécifique, est essentielle. En permettant le criblage de la diversité microbienne ils sont des acteurs majeurs de l'innovation. Ils sont de ce fait complémentaires des grandes collections de microorganismes de renommée européenne ou internationales qui regroupent l'ensemble des souches type de microorganismes.

A preliminary study was performed on two species of Propionibacterium coming from very different biotope. The first specie, Propionibacterium acnes, is a commensal of the human skin. As an opportunistic pathogen, Propionibacterium acnes is involved in the pathogenesis of acne and may cause severe infections. The second specie, Propionibacterium freudenreichii belongs to the dairy group of propionic acid bacteria and is the main species involved in the holes and flavor formations in Swiss-type cheeses. The partial sequencing of genes coding for proteins (RpoB and RecA) and for 16S rRNA in addition to a mass spectrometric analysis of proteins (MALDI-TOF, MS) were applied to 20 strains of Propionibacterium acnes (15 from the collection of the National Reference Center for anaerobic bacteria and botulism from the Institut Pasteur and 5 strains from the Collection de l’Institut Pasteur) and to 20 strains of Propionibacterium freudenreichii from International Center of Microbial Ressources of Bacteria of Food Interest (CIRM-BIA, INRA). Main objective of this study is dual. Firstly, to determine the degree of molecular diversity of the strains at two levels, species level and clonal diversity level, taking into account that strains were selected in order to offer the largest diversity as possible in terms of biotopes and geographic origin for both species. Secondly, to compare the ranking of the strains according to the methodology applied: triple-locus sequence analysis or mass spectrometry. For mass spectrometry two equipments, an Applied Biosystems instrument and a Bruker Daltonics autoflex, were used to obtain mass spectra in order to evaluate and guarantee the reproducibility of the method. Results should also help to compare triple-locus sequence analysis to the MLST analysis which incorporates a greater number of genes.

Identification des bactéries par spectrométrie de masse