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Lake Tanganyika is one of the largest lakes of Africa and second biggest Lake Considering the area after Lake Victoria. Worldwide, it is the longest fresh water lake and holds second position in terms of depth after Lake Baikal and third place in terms of volume after the Caspian Sea and Lake Baikal (Wetzel, 1983 and Kar, 2013). The lake is subject to frequent fluctuations in the chemistry of its water and to desiccation (Wetzel, 2001) due to sudden changes in weather conditions. It is facing a serious pollution problem from various sources, such as discharge of domestic sewage, population growth, rise of industrialization, use of pesticides and chemical fertilizers in agriculture, sedimentation and erosion resulting from deforestation. So, the surface waters of Lake Tanganyika are highly polluted by different harmful contaminants from human activities in large cities established on its catchment areas.

The water of Lake Tanganyika is subject to changes in physicochemical characteristics resulting in the deterioration of water quality to a great pace. The present investigation was carried out on Lake Tanganyika at 4 sampling sites and aimed to assess the water quality with reference to (i) its suitability for fish culture purposes, (ii) determining the trophic and pollution status of the sampled stations, (iii) assessing the qualitative and quantitative pattern of planktons diversity as fish food, (iv) establishing an inventory and taxonomic characterization of fish species diversity and (v) highlighting the effect of pollutants on the abundance and spatial distribution of fish species. The physico-chemical and biological parameters of water samples were compared to desirable and acceptable international standards for fish culture and the results of comparative analysis indicated that the Lake has a high fish potential as the most important of the water quality parameters were suitable for fish culture. The investigation revealed the occurrence of 75 species belonging to 7different orders and 12 families in all sampling sites and among the different species recorded, those belonging to the order Perciformes and the family Cichlidae were most dominant. The values of transparency, chlorophyll a and total phosphorus were indicative of eutrophication phenomenon. Besides, Kajaga and Nyamugari stations were found heavily polluted while Rumonge and Mvugo Stations were moderately polluted and for this purpose, three categories of fish species have been distinguished, depending on their adaptation level to pollution: polluosensitive species, polluotolerant species and polluoresistant species. With respect to planktons community results, it was found that all the values obtained were within the permissible limits recommended in pisciculture and, the abundance and diversity of phytoplankton species were far greater than those of zooplankton species with 115species belonging to 7differet families for phytoplanktons against 10species belonging to 4families for zooplankton population in all sampling stations., L'eau du lac Tanganyika est sujette à des changements dans les caractéristiques physico-chimiques entraînant une détérioration de la qualité de l'eau à une allure remarquable. La présente étude a été réalisée sur le lac Tanganyika dans 4 sites d'échantillonnage et visait à évaluer la qualité de l'eau en référence à (i) son adéquation à la pisciculture, (ii) la détermination de l'état trophique et de pollution des stations échantillonnées, (iii) évaluer la structure qualitative et quantitative de la diversité des planctons en tant que nourriture pour les poissons, (iv) établir un inventaire et une caractérisation taxonomique de la diversité des espèces de poissons et (v) mettre en évidence l'effet des polluants sur l'abondance et la répartition spatiale de l’Ichtyofaune.Les paramètres physico-chimiques et biologiques des échantillons d'eau ont été comparés aux normes internationales souhaitables et acceptables pour la pisciculture et les résultats de l'analyse comparative ont indiqué que le Lac Tanganyika a un potentiel piscicole élevé parce que la plupart des paramètres analysés ont donné des résultats convenables à la pisciculture. L'étude a aussi révélé la présence de 75 espèces piscicoles appartenant à 7 ordres différents et 12 familles dans tous les sites d'échantillonnage et parmi les différentes espèces enregistrées, celles appartenant à l'ordre des Perciformes et à la famille des Cichlidae étaient les plus dominantes.Les valeurs de transparence, de chlorophylle a et de phosphore total indiquent un phénomène d'eutrophisation. Par ailleurs, les stations de Kajaga et Nyamugari ont été trouvées fortement polluées tandis que les stations de Rumonge et Mvugo se sont montrées modérément polluées et à cet effet, trois catégories d'espèces de poissons ont été distinguées en fonction de leur niveau d'adaptation à la pollution: Espèces sensibles à la pollution, espèces tolérantes à la pollution et espèces résistantes à la pollution. En ce qui concerne les résultats planctoniques, il a été constaté que toutes les valeurs obtenues se situaient dans les limites acceptables recommandées en pisciculture et que l'abondance et la diversité des espèces phytoplanctoniques étaient bien supérieures à celles des espèces zooplanctoniques avec 115 espèces appartenant à 7 familles différentes pour les phytoplanctons contre 10espèces appartenant à 4 familles pour la population des zooplanctons dans toutes les stations d'échantillonnage.