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Start Over Author "Bilhere, Eric" Topic [info.info-bi] computer science [cs]/bioinformatics [q-bio.qm]
3 results on '"Bilhere, Eric"'

1. La diversité des bactéries lactiques du vin, cas particulier d'une espèce: Oenococcus oeni

Author

Bilhere, Eric, Lucas, Patrick, Bon, Elisabeth, Le Hénaff-Le Marrec, Claire, Dols-Lafargue, Marguerite, De Revel, Gilles, De Daruvar, Antoine, Lonvaud-Funel, Aline, Laboratoire de Biotechnologie et Microbiologie Appliquée (LBMA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Modèles et algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation d'informations, (MABIOVIS), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), Bureau des Ressources Génétiques (BRG). FRA., and Bon, Elisabeth

Subjects
[SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]
Abstract

National audience

Published
2008

2. Characterization of an acquired-dps-containing gene island in the lactic acid bacterium Oenococcus oeni

Author

Athane, Axel, Bilhere, Eric, Bon, Elisabeth, Lucas, Patrick, Morel, Guillaume, Lonvaud-Funel, Aline, Le Hénaff-Le Marrec, Claire, Bon, Elisabeth, Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Laboratoire de Biotechnologie et Microbiologie Appliquée (LBMA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Modèles et algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation d'informations, (MABIOVIS), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), Unité sous contrat de biochimie et technologie des aliments, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-ISTAB, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2

Subjects
[SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]
Abstract

International audience; Aims: To identify novel actors responsible for the marked adaptation of the Oenococcus oeni species to its environment. Methods and Results: Genomic surveillance of the available genome sequences from O. oeni indicated the presence of a small ORF, encoding a protein named DpsA. The cloned gene complemented the dps) mutant of Escherichia coli and conferred resistance to hydrogen peroxide, wine, and metals. The dpsA gene was flanked by IS-related elements. The entire region was characterized by an anomalously high GC content compared to those reported for oenococcal genomes. The dpsA gene was present in 15 of the 38 tested isolates. Positive strains originated from different geographical areas and sources. No change in tolerance to wine or to oxidative stress was observed between O. oeni strains harbouring dpsA and those not harbouring this gene. Conclusions: Some O. oeni have acquired a functional homologue to the dps gene from E. coli as part of a mobile element. Significance and Impact of the Study: DpsA probably increases the bacterial fitness in response to environmental challenges. However, the physiological condition under which it adds a selective advantage to O. oeni during wine-making remains to be found.

Published
2008

3. Characterization of a mobile dpsA gene from the lactic acid bacterium Oenocococcus oeni

Author

Athane, Axel, Bilhere, Eric, Bon, Elisabeth, Lucas, Patrick, Lonvaud-Funel, Aline, Le Marrec, Claire, Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Laboratoire de Biotechnologie et Microbiologie Appliquée (LBMA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Modèles et algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation d'informations, (MABIOVIS), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (1253)., Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, and Bon, Elisabeth

Subjects
[SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]
Abstract

National audience

Published
2007

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