1. Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest
- Author
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Hélène Falentin, Estelle Chaix, Bedis Dridi, Philippe Bessieres, Buchin, S., Stéphanie-Marie Deutsch, Magalie Weber, Robert Bossy, Sandra Derozier, Bruno Perret, Sophie Aubin, Louise Deleger, Juliette Dibie-Barthelemy, Céline Delbes, Francoise Irlinger, Florence Valence-Bertel, Serge Casaregola, Anne Thierry, Monique Zagorec, Marie-Christine Champomier-Verges, Mouamadou Ba, Arnaud Ferré, Pierre Renault, Valentin Loux, Claire Nédellec, Delphine Sicard, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité de recherches en Technologie et Analyses Laitières (URTAL), AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA), Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires (GMPA), DIST Délégation Information Scientifique et Technique (DV-IST), Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA-Paris), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche Fromagère (UMRF), UMR 1014 SECurité des ALIments et Microbiologie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Département Microbiologie et Chaîne Alimentaire (MICA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-SECurité des ALIments et Microbiologie (SECALIM), Sciences Pour l'Oenologie (SPO), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Nouvelle-Calédonie])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Nouvelle-Calédonie])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Métaprogramme MEM, SECurité des ALIments et Microbiologie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale d'ingénieurs des techniques des industries agricoles et alimentaires (ENITIAA)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), and Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
- Subjects
consortia bactériens ,taxonomie ,biodiversité bactérienne ,fermented foods ,produit laitier ,[INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI] ,alimentation durable ,taxonomie bactérienne ,biopréservation ,[SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering ,bioconservation ,collection de souches ,database ,phénotypr ,communauté microbienne ,bactérie d'intérêt alimentaire ,text-mining ,aliment fermenté ,ferment ,communauté bactérienne ,extraction d'information ,phénotype ,[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology ,dairy product ,[INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM] ,souche de levure ,bactérie alimentaire ,[SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition ,souche de bactérie - Abstract
Food fermentation and biopreservation processes involve the use of various species and strains of bacteria and yeast. These strains are responsible for the targeted qualities of the food products that are sanitary, organoleptic (aroma and texture) and healthy qualities. The Florilege database project aims at (i) gathering bacterial and yeast phenotypes of food product of interest that are automatically extracted from PubMed-referenced full-text litterature by using a text mining approach (ii) managing the information in a relational database (iii) enabling multi-criteria requests via a Web user-friendly interface. To date 368 phenotypes, 260 synthetised or degraded molecules, 1076 medium or food products, 1181 bacterial taxons have been acquired by a combinaison of automatic and manual annotations of text, used for training the text-mining method.Food products are automatically categorized in Florilege according to the OntoBiotope ontology that we have extended with dairy and bakery products definitions. Taxa are categorized by the NCBI taxonomy. An ontology of microbial characteristics has been specifically enriched by the Florilege project. This ontology defines microbial phenotypes (Ontobiotope-Phenotype), including intracellular characteristics of cells (such as shape, antibiotic resistance...) and microbial uses (Ontobiotope-Use) that express the microbial alteration of the external environment, food or matrix, such as aroma, vitamin or other molecule production, degradation or food coloring.A preliminary Web interface is available for querying taxa, culture medium and food products at http://genome.jouy.inra.fr/Florilege/. The public availability of Florilege database is planned for the end of 2017 with a user-friendly interface for multi-criteria requests and access to various phenotypes.Florilege will be a highly valuable tool to (i) assess phenotypic biodiversity of food microbes (ii) assign biochemical functions to each strain/species from fermented or biopreserved food products (iii) help into the development of innovative food products in particular those that involve fermentation or biopreservation processes.