Search

International audience; Deterministic modelling of a poultry breeding scheme Deterministic modeling of selection schemes consists of calculating the expected genetic gain after a selection process. Consequences of selection on the genetic trend are calculated using equations based on estimated breeding values and on parameters describing the population and the selection process. Professionals could use this tool to compare different strategies for the improvement of their selection schemes. In this study, the model is based on a layer chicken breeding scheme. Breeding goal includes numerous traits such as laying performances, egg quality and body weight. This is a two steps model combining a familial selection process and an individual one. Within selected families, candidates from the good families are undergoing a mass selection whereas candidates from medium families are undergoing a within family selection of a fixed number of candidates. The model requires a large number of parameters: number of candidates, proportions of selected families and selected candidates per family, accuracy of breeding values, genetic correlations between traits, weights of traits in the selection index. The variability of the parameters composing the model enables comparing a large diversity of scenarios, including the use of genomic evaluations. In order to illustrate the usefulness of the model, we simulated 3 selection strategies using classic breeding values and/or genomic breeding values. The genetic gain predictions obtained were then compared. The model included two traits T1 (h² = 0.13) and T2 (h² = 0.33), with a genetic correlation varying between 0 and 0.70 and a weight in the index of 40% and 60% respectively. Results show an increase of predicted gain for both traits with genomic evaluation. Improvement is constant for T2, whereas for T1 the increase of predicted gain is much better when genetic correlation between T1 and T2 is high. The genomic breeding scheme model seems more sensitive than the classic breeding scheme to parameters like the between traits correlation and their weight in the index.

National audience

L’objectif de ce projet était de comprendre comment l’expression du génome influence les caractères de qualité du foie gras, tels que le poids de foie, le taux de fonte et les teneurs, en lipides et protéines, et d’identifier les mécanismes moléculaires sous-jacents. Afin de répondre à ces objectifs, nous avons dans un premier temps étudié l’expression différentielle de protéines selon les phénotypes des foies des canards mulards puis dans un second temps, nous avons entrepris d’identifier des QTL phénotypiques et protéiques (pQTL) à l’aide d’une nouvelle carte génétique composée de marqueurs SNP et microsatellites. Tout d’abord, une optimisation du dispositif expérimental a été entreprise : 3 famille F1, composées de 98 canes backcross et de leurs 294 fils mulards ont été sélectionnés pour leur contribution à des QTL existants liés à la qualité du foie gras. La première approche nous a permis de montrer que les foies ont des profils protéiques et métaboliques différents selon leur phénotype. Ainsi, les foies légers qui fondent peu, avec une faible teneur en lipides mais une forte teneur en protéines présentent un processus anabolique par la surexpression de protéines impliquées dans les métabolismes lipidiques, glucidiques, de synthèse. Au contraire, les foies lourds, fondant beaucoup, avec une forte teneur en lipides mais une faible teneur en protéines présentent des mécanismes de cytoprotection et de réponse au stress. La seconde approche nous a permis de mettre en évidence 30 QTL relatifs à des phénotypes de qualité du foie gras et 50 pQTL relatifs à différentes protéines. Sept chromosomes se démarquent par la ségrégation de plusieurs QTL et pQTL permettant d’émettre des hypothèses quant aux fonctions des gènes sous-jacents à ces QTL. Entre autres, le locus d’APL15 semble lié à la glycolyse et celui d’APL18 à des processus de survie cellulaire. L’ensemble de ces résultats permet ainsi non seulement d’identifier les voies métaboliques impliquées dans la qualité du foie, mais également d’établir un lien entre les caractères, les protéines et les loci des QTL suggérant un déterminisme génétique de ces voies métaboliques impliquées. Ces relations nécessitent d’être approfondies afin de préciser les processus et les gènes impliqués dans la qualité du foie gras.

International audience

National audience