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Le diagnostic d'infection tuberculeuse latente (ITL) repose sur des tests immunologiques détectant la réponse T mémoire dirigée contre Mycobacterium tuberculosis. Parmi eux, les tests de relargage de l'interféron gamma présentent des sensibilité et spécificité supérieures à l'intradermoréaction à la tuberculine (IDRT). Depuis 2019, la société Diasorin commercialise un kit de dosage d'interféron gamma circulant, techniqué sur automate Liaison XL, compatible avec le kit de prélèvement QuantiFERON-TB Gold Plus. Le laboratoire de notre Centre Hospitalier a été l'un des premiers à le déployer. Nous présentons un retour d'expérience de la technique Diasorin. Analyse rétrospective comparant les résultats des tests QuantiFERON réalisés par technique QuantiFERON-TB Gold Plus Elisa (Qiagen), sur automate Evolis (Biorad, mars–décembre 2018) et sur automate Liaison XL (Diasorin, mars–décembre 2019). Le seuil de positivité était de 0,35 UI/mL, celui de la zone grise entre 0,30 et 0,70 UI/ml. Les doublons ont été exclus. Les taux de résultats indéterminés étaient comparés par test exact de Fisher. En 2018, 1040 tests ont été réalisés sur Evolis, contre 976 tests en 2019 sur Liaison XL. Le taux de tests positifs était de 18,8 % (N = 196) et 14,2 % (N = 139) respectivement. Le dosage repose en effet sur le même kit de prélèvement Qiagen, et les conditions pré-analytiques conditionnant la correcte réalisation du dosage restent inchangées. Le taux de tests indéterminés était multiplié par 3 avec la technique Liaison XL : 0,6 % (n = 6) en 2018 vs 2 % (n = 20) en 2019. Parmi eux, quelle que soit la technique employée, la majorité concerne des tubes NIL ayant dépassé le seuil de 8 UI/mL (n = 4 en 2018, n = 15 en 2019), témoignant d'un taux d'interféron gamma circulant de base plus élevé chez ces patients que dans la population générale. Une IDRT réalisée chez 12 de ces 19 patients a confirmé l'ITL, et conduit à leur traitement. Fait notable, tous ces patients, à l'exception d'un, étaient originaires d'Afrique et d'Europe de l'Est. Par son implication dans les enquêtes autour des cas de tuberculose et dans le dépistage des migrants, le centre de lutte antituberculeuse (CLAT) est le principal prescripteur de QuantiFERON avec 652 (62,7 %) demandes en 2018 et 406 (41,6 %) en 2019 : il concentre la majorité des diagnostics d'ITL, avec respectivement 136 (69,4 %) et 81 (58,3 %) tests positifs. Le taux des tests indéterminés était significativement augmenté avec la technique Diasorin dans la population de patients suivis au CLAT (0,6 % en 2018 vs 3,2 % en 2019, p = 0,0017), au contraire du reste de la population suivie dans notre centre hospitalier (0,5 % en 2018 vs 1,2 % en 2019, p = 0,3253). Le nombre de tests indéterminés est majoré depuis l'utilisation du test Diasorin, ce phénomène survenant principalement chez les patients migrants, et semblant corrélé à la présence d'une ITL. Si la compréhension des mécanismes expliquant le taux élevé d'interféron gamma circulant chez ces patients reste à approfondir, un résultat indéterminé devrait inciter à compléter les explorations par la réalisation d'une IDRT. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Introduction La prise en charge des patients colonisés à EPC représente un challenge en terme de santé publique et de prise en charge individuelle. Au cours d’une hospitalisation, ils relèvent de prise en charge spécifique, avec la mise en place de mesures renforcées ( cohorting , équipe dédiée, dépistage des patients contacts) aux conséquences économiques (surcoût des politiques d’isolement et de dépistage) et médicales (perte de chance par mise en second plan du motif initial d’hospitalisation). Via l’exemple d’une cohorte de patients colonisés à EPC, nous illustrons la balance bénéfice/risque de ces mesures en soulignant le rationnel des politiques de cohorting , l’intérêt des mesures de décolonisation et la perte de chance associée à ces mesures. Matériels et méthodes Étude descriptive d’une cohorte de 6 patients de octobre 2017 à février 2018 pris en charge en service de Maladies infectieuses et tropicales (MIT) lors d’une épidémie de colonisation digestive à EPC (OXA48) en secteur de réanimation et d’oncologie thoracique. Description des caractéristiques des patients, leur prise en charge, et la perte de chance quantifiée en jours de délai de prise en charge de pathologie initiale. Résultats Sept cas ont été recensés au cours de l’épidémie. Le patient index était une femme de 73 ans, suivie pour adénocarcinome pulmonaire, prise en charge pour détresse respiratoire en réanimation puis transférée en service d’oncologie thoracique. Six cas secondaires ont été documentés, dont un en réanimation (décédé avant possibilité de transfert) et 5 en oncologie thoracique. Six patients ont été transférés en MIT après une durée moyenne de 28 jours post-documentation. Les caractéristiques étaient : un sex-ratio de 1 :2, en moyenne un âge de 58 ans (± 16,3), un score de Charlson 8 (± 3,6). Ils présentaient des pathologies néoplasiques ( n = 5, dont 3 carcinomes pulmonaires, un laryngé, un urothélial), à l’exception d’une patiente prise en charge pour pleurésie due à une fistule gastro-pleurale. Les autres sites de colonisation étaient urinaire ( n = 5), cutané ( n = 2), oropharyngé ( n = 3), dispositifs médicaux ( n = 2). Après prise en charge des 6 patients en MIT par isolement ( n = 6), réalisation de greffes de microbiote digestif ( n = 5), dont 4 par voie naso-gastrique (taux de succès de 75 %) et une par lavement rétentionnel (colonisation persistante), aucun cas secondaire n’a été recensé au sein du service d’oncologie thoracique. Trois patients sont décédés faute de prise en charge carcinologique. Chez les patients survivants, la perte de chance était de 29,7 jours en moyenne (± 19), 32 j (± 19) en intégrant les patients décédés à la date de leur décès. Conclusion La prise en charge de ces patients a permis la limitation en durée de l’épidémie d’EPC avec un important taux de décès attribuables à l’évolution carcinologique des patients, dans un contexte de délai de prise en charge attribuable à la colonisation à EPC. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Abstract The organization and mining of malaria genomic and post-genomic data is important to significantly increase the knowledge of the biology of its causative agents, and is motivated, on a longer term, by the necessity to predict and characterize new biological targets and new drugs. Biological targets are sought in a biological space designed from the genomic data from Plasmodium falciparum, but using also the millions of genomic data from other species. Drug candidates are sought in a chemical space containing the millions of small molecules stored in public and private chemolibraries. Data management should, therefore, be as reliable and versatile as possible. In this context, five aspects of the organization and mining of malaria genomic and post-genomic data were examined: 1) the comparison of protein sequences including compositionally atypical malaria sequences, 2) the high throughput reconstruction of molecular phylogenies, 3) the representation of biological processes, particularly metabolic pathways, 4) the versatile methods to integrate genomic data, biological representations and functional profiling obtained from X-omic experiments after drug treatments and 5) the determination and prediction of protein structures and their molecular docking with drug candidate structures. Recent progress towards a grid-enabled chemogenomic knowledge space is discussed.