Search

В работе представлены данные секвенирования, de novo сборки и функциональная аннотация транскриптома каллусной культуры Rumexacetosa . Каллусную культуру поддерживали в течение двенадцати месяцев в присутствии бензиладенина и нафтилуксусной кислоты. Библиотеку кДНК готовили с использованием метода лигирования адаптеров по стандартному протоколу производителя секвенатора. В работе не использовали технику «shotgun», так как требовался только спектр экспрессирующих генов. Всего было получено 74067 прочтений с общим содержанием нуклеотидов 25110194 п.о. В результате сборки было получено 10169 контиг cо средней длиной 339 п.о. На основе гомологии последовательностей из общего количества контиг в категории «биологические процессы» доминировали для транскриптома каллуса: «процессы клеточного метаболизма», «процессы метаболизма азота», «биосинтетические процессы» и «процессы метаболизма органических субстанций». В категории «молекулярные функции» доминировали: «трансферазная активность», «активность связывания гетероцикличных соединений» и «активность связывания ионов». В категории «клеточный компонент» доминировали: «макромолекулярный комплекс», «органеллы», «клетка», «мембрана». По сравнению с контрольным транскриптомом полученный нами результат отличался сниженным разнообразием GO подкатегорий. Вариации в экспрессии групп генов могут являться доказательством эпигенетической изменчивости, выявленными нами в результате анализа транскриптома и GO аннотации. Пул мРНК менее разнообразен в каллусных линиях, что, видимо, связано со снижением специализации и дедифференцировкой клеток. Для пула мРНК культуры клеток R. acetosa было отмечено высокое содержание транскриптов ретроэлементов, таких как Copia и Gypsy. Подобные результаты свидетельствуют о возможном стрессовом ответе культур invitro клеток и тканей R. acetosa и высокой изменчивости генома.

Проведен анализ относительного содержания ДНК образцов Selaginella borealis и Selaginella sanguinolenta из различных регионов. Выявлен высокий полиморфизм в относительном содержании ДНК, который связан видимо с различиями в основном хромосомном числе между различными популяциями. Также выявлено одно полиплоидное растение.

В сообщении обсуждаются проблемы, возникающие при установлении стандартов в исследованиях по проточной цитометрии. Авторами предлагается к использованию ряд новых видов оранжерейных растений в качестве стандартов. Приводятся данные об относительном содержании их ДНК. Установлено, что для Ficus benjamina 2С = 1,07 пг, Euryops chrysanthemoides 2С=2,70 пг, Schefflera octophylla 2С = 4,65 пг, × Fatshedera lizei 2С = 6,34 пг, Davallia mariesii 2С = 15,37 пг, Zamioculcas zamiifolia 2С = 48,35 пг.

Stachys sylvatica is Tertiary nemoral relict from the Sout Siberian mountains. Modification and genetic variability of 11 Stachys sylvatica populations from South Siberian mountains were studied. Investigations revealed that S. sylvatica grew in coniferous (spruce, pine, Siberian stone pine, fir, and mixed forests), aspen, linden forests and floodplain habitats. Climatic area of the species is limited to an annual precipitation of 500–1250 mm, effective heat sum 1600–2050 ºC and altitude from 150 to 700 m a.s.l. In the study of the state of the S. sylvatica coenopopulations we determined the population size, projective cover, evaluated the morphological variability of vegetative and genera­tive characteristics. To establish the significance of differences between the average values of the same characters we used ANOVA. It was revealed that most of the morphometric characters had medium and high level of variability. The genetic variability of species we detected by RAF-PCR method (Randomly Amplified DNA Fingerprinting). The analysis of genetic variation of the S. sylvatica coenopopulations showed that the studied species was characterized by a very high level of intra-population polymorphism. The maximum level of genetic variability was observed in the population growing on the border of the species area. Gene pools of all studied coenopopulations have a satisfactory condition and can be reproduced by itself. All studied coenopopulations of Stachys sylvatica are poorly differenti­ated and do not show the tendency to the formation of new taxa. Moreover, a similar genetic structure we have seen in the coenopopulations growing not only in different parts of the area, but also in communities radically different in environmental and phytocenotic conditions. With increasing of anthropogenic impact on coenopopulations we have observed an increase of the size of the generative organs of Stachys sylvatica. The separation of individuals on a geographical basis was revealed based on the analysis of morphological characters of S. sylvatica. Investigations revealed that Stachys sylvatica had wide ecological amplitude and significant variability in the stressed environmental conditions (compared to other nemoral (Tertiary) relicts). It is characterized by a high level of intrapopulation genetic variability and low degree of population differentiation.

Было изучено влияние сомаклональной изменчивости в каллусной культуре и регенерантах девясила – Inula britannica L. Культивирование каллусов осуществляли на питательной среде в присутствии ауксинов и цитокининов на протяжении 12 месяцев, после чего стимулировали органогенез. Полиморфизм регенерантов и каллусов исследовали при помощи фрагментного анализа с применением RAF-маркеров. Степень геномных изменений исследовали с помощью проточной цитометрии. Анализ процентного соотношения полиморфных локусов показал увеличение генетического разнообразия на стадии каллуса, тогда как на стадии регенерации подобный полиморфизм восстанавливался до прежнего уровня. Изменения в размере генома регенерантов не наблюдались на первых месяцах культивирования, тогда как в некоторых случаях вариации генома регенерантов после 12 месяцев культивирования каллуса достигали 26 %. Более того, регенеранты со сроком субкультивации 12 месяцев формировали явные мутации в генеративных органах растений.

Исследовано относительное содержание ретротранспозонов Ty1/copia и 5.8S рДНК в геномах 9 сортов пшеницы. Разработана методика ПЦР с детекцией в режиме реального времени для выявления количества ретротранспозонов Ty1/copia и 5.8S рДНК. Выявлено повышенное относительное содержание ретротранспозонов в гексаплоидных сортах пшеницы по сравнению с тетраплоидными.

The report analyzes the approach to genotyping varieties of common and durum wheat. It is shown that using of RAF-analysis 2 separate clusters of common wheat varieties and durum wheat varieties with little overlap. However, the purity of seeds doesn’t allow us to determine the specific varieties for sure without the use of reference samples.

The aim of research was to study the effect of a method of protoplast isolation on Hippophae rhamnoides cell viability. The main objectives were the release of protoplasts H. rhamnoides from callus tissue by a combination of mechanical and enzymatic effects, as well as evaluation of the general state of isolated cells after isolation and purification. The objects of studies were mesophyll cells and leaf mesophyll explants introduced in culture in vitro. It is assumed that considerable damage of cells in the process of mechanical-enzymatic treatment is not only a result of mechanical impact, but also an effect of the release of metabolic products (polyphenolic components) of cells and their decay. Also protoplasts are dedifferentiated and simplify the process of differentiation in various breeding and biotechnological experiments. As a result of the work, an optimized method of H. rhamnoides protoplast isolation with decreased levels of cell damage is set up. It is revealed that important factors for high yield of viable protoplasts are: proper concentration of D-mannite as an osmoticum; proper concentration of cellulase R10 and macerozime R10; use of sodium tiosulfate as an antioxidante; proper time of incubation of leaf explants in medium with enzymes.

Genetic differences between Sanguisorba officinalis L., S. alpina Bunge and S. azovtsevii Krasnob. et Pschen. were studied. Randomly amplified DNA fingerprints (RAF) technique demonstrated a high degree of genetic identity between S. alpina and S. azovtsevii. Placement of S. officinalis and S. azovtsevii into the same species is shown to be unjustified. Allopolyploid origin of S. azovtsevii on the basis of S. alpina genome with a small contribution of S. officinalis is confirmed.

Целью исследований стало опреде- ление содержания ДНК и размера генома некоторых сортов культурных растений для использования их в последующем в качестве внешнего стандарта в проточной цитометрии растений. Основной задачей являлся поиск широко распространенных сортов культурных растений, позволяющих исследовать большинство растительных объектов с содержанием ДНК в диапазоне от 0,1 до 60 пг. Кроме того, в работе были проанализированы и сопоставлены данные из международных баз данных с фактическим содержанием ДНК отечественных сортов растений. Также приведены рекомендации для оптимизации методики проведения эксперимента и интерпретации данных. В результате работы установлено несколько сортов растений, наиболее удобных для использования в качестве внешнего стандарта. Сорта родов Lepidium, Sinapis, Petroselinum, Pisum, Lathyrus и Vicia отличаются высокими показателями изоляции ядер, большим количеством изолированных ядер, а также низким количеством разрушенных ядер, а соответственно, низким уровнем фоновой флюоресценции, что немаловажно для проведения эксперимента.

Приведены новые данные о распространении шести видов рода Potentilla L. в Северо- Западном Китае (северный Синьцзян). Четыре из них (P. chamaeleo Soják, P. chionea Soják, P. crebridens Juz. и P. kryloviana Th. Wolf) приводятся для Китая впервые. Для P. pamirica Th. Wolf и P. turczanonowiana Stschegl. указаны местонахождения, существенно дополняющие информацию о распространении этих видов в Синьцзян-Уйгурском автономном районе.