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Abstract Assembled genome sequences are being generated at an exponential rate. Here we present FCS-GX, part of NCBI’s Foreign Contamination Screen (FCS) tool suite, optimized to identify and remove contaminant sequences in new genomes. FCS-GX screens most genomes in 0.1–10 min. Testing FCS-GX on artificially fragmented genomes demonstrates high sensitivity and specificity for diverse contaminant species. We used FCS-GX to screen 1.6 million GenBank assemblies and identified 36.8 Gbp of contamination, comprising 0.16% of total bases, with half from 161 assemblies. We updated assemblies in NCBI RefSeq to reduce detected contamination to 0.01% of bases. FCS-GX is available at https://github.com/ncbi/fcs/ or https://doi.org/10.5281/zenodo.10651084 .

Purpose: To report a novel case of Urrets-Zavalia syndrome (UZS). Observation: A 59-year-old man underwent removal of a dislocated intraocular lens and placement of a scleral-sutured intraocular lens. After surgery, the pupil in the operative eye was dilated, fixed, and unresponsive to constricting drops. Conclusion: This case expands the known etiology of UZS. Possible preventative measures may include pre-operative screening for plateau iris and intra-operative use of iris hooks instead of pharmacological dilation.

Purpose - The purpose of this study is to examine the relative importance of climate normals (average long-term temperature and precipitation) in explaining net farm revenue per hectare (NRh) for supplementary irrigated and rainfed cocoa farms in Nigeria. Design/methodology/approach - NRh was estimated for 280 cocoa farmers sampled across seven Nigerian states. It was regressed on climate, household socio-economic characteristics and other control variables by using a Ricardian analytical framework. Marginal calculations were used to isolate the effects of climate change (CC) on cocoa farm revenues under supplementary irrigated and rainfed conditions. Future impacts of CC were simulated using Six CORDEX regional climate model (RCM) ensemble between 2036-2065 and 2071-2100. Findings - Results indicate high sensitivity of NRh to Nigerian climate normals depending on whether farms use supplementary irrigation. Average annual temperature increases and precipitation decreases are associated with NRh losses for rainfed farms and gains for supplementary irrigated cocoa farms. Projections of future CC impacts suggest a wide range of NRh outcomes on supplementary irrigated and rainfed farm revenues, demonstrating the importance of irrigation as an effective adaptation strategy in Nigeria. Originality/value - This paper uses novel data sets for simulating future CC impacts on land values in Nigeria. CORDEX data constitute the most comprehensive RCMs projections available for Africa.

This paper presents a model for short-term forecasting of solar potential on a horizontal surface. This study is carried out in to the context of valuing of energy production from photovoltaic solar sources in the Sahelian zone. In this study, Autoregressive Moving Average (ARMA) process is applied to predict global solar potential upon 24 hours ahead. The ARMA (p, q) is based on finding optimum parameters p and q to better fit considered variable (sunshine). Data used for the model calibrating are measured at the station of Ecole Supérieure Polytechnique of Dakar. Records are hourly and range from October 2016 to September 2017. The choice of this model is justified by its robustness and its applicability on several scales through the world. Simulation is done using the RStudio software. The Akaike information criterion shows that ARMA (29, 0) gives the best representation of the data. We then applied a white noise test to validate the process. It confirms that the noise is of white type with zero mean, variance of 1.252 and P-value of about 26% for a significant level of 5%.Verification of the model is doneby analyzing some statistical performance criteria such the RMSE =0.629 (root mean squared error), the R² = 0.963 (Coefficient of determination), the MAE=0.528 (Mean Absolut Error) and the MBE=0.012 (Mean BiasError). Statistics criteria show that the ARMA (29,0) is reliable; then, can help to improve planning of photovoltaic solar power plants production in the Sahelian zone.

Introduction : Les infections respiratoires aiguës (IRA) constituent l'une des principales causes de morbidité et de mortalité infantile au Mali. L'objectif de ce travail était de décrire les aspects épidémiologiques, cliniques et thérapeutiques de la bronchiolite aiguë du nourrisson au service de pédiatrie du CHU Gabriel Touré. Méthodologie: Il s'agit d'une étude rétrospective portant sur 112 nourrissons âgés de 1 à 24 mois hospitalisés dans le service de pédiatrie générale pour bronchiolite aiguë. L'étude s'étalait sur une période d'un an (du 1er janvier au 31 décembre 2012). Résultats: Les nourrissons âgés de 1 à 6 mois étaient majoritaires (69%). L'âge moyen des patients était de 6 mois avec des extrêmes de 1 et 24 mois. Le sexe masculin était prédominant (63%) avec un sex-ratio de 1,73. Le principal motif de consultation était la difficulté respiratoire (87%). Le pic d'hospitalisation était au mois de novembre (33%). Les principaux signes cliniques en plus des sibilants étaient la toux, la rhinorrhée et la détresse respiratoire (97%). La fièvre était présente dans 38% des cas et la cyanose chez 4% des patients. La saturation en oxygène était inférieure à 94% chez 50% des patients. La kinésithérapie respiratoire a été faite chez un tiers des malades. Tous les malades avaient reçu une corticothérapie et une nébulisation avec du salbutamol et sérum physiologique. Une antibiothérapie a été faite chez 85% des patients. La durée moyenne d'hospitalisation était de 6 jours avec des extrêmes de 1 et 30 jours. Le taux de guérison était de 98 %. Conclusion : La bronchiolite est une pathologie bénigne et fréquente chez le nourrisson de 1 à 6 mois qui évolue favorablement dans la majorité des cas.

Résumé Les infections sont responsables d'une part importante de la morbidité et de la mortalité chez l'enfant drépanocytaire. Notre objectif était d’étudier le profil clinique et bactériologique des infections bactériennes de l’enfant drépanocytaire dans le service de pédiatrie du CHU Gabriel Touré. Matériel et méthodes: Nous avons réalisé une étude rétrospective sur 25 dossiers d’hospitalisation d’enfants drépanocytaires fébriles ayant bénéficié d’une hémoculture sur une période de 5 ans (2005-2010). Nous avons analysé les caractéristiques cliniques et bactériologiques des enfants ayant une hémoculture positive. Résultats: Dix des 25 hémocultures réalisées étaient positives. La tranche d’âge de 0-5 ans était la plus touchée (60%). Le suivi était irrégulier pour 7 enfants et 6/10 n'avaient pas reçu le vaccin anti pneumococcique. Sur le plan clinique, 5 cas de sepsis, une infection pulmonaire et 4 cas infections ostéo articulaires ont été diagnostiquées. La goutte épaisse était positive pour 4 patients. Les germes retrouvés ont été : Salmonella enterica sérotype Typhi (4 fois), Streptococcus pneumoniae (4 fois), Staphylococcus aureus (1fois), Enterobacter cloacae (1fois) ont été isolés. Salmonella enterica sérotypeTyphia été isolé dans 3 cas d'infections ostéo-articulaires et un cas de sepsis, Streptococcus pneumoniae était en cause dans l'infection pulmonaire et dans un cas de sepsis. L'antibiothérapie probabiliste dans la majorité des cas était basée sur les céphalosporines de troisième génération. L’évolution a été favorable dans 80% des cas. Conclusion : Les complications infectieuses de la drépanocytose peuvent être graves. La disponibilité de l'hémoculture doit nous permettre de caractériser le profil bactériologique dans notre contexte.

BUT DU TRAVAIL : Le but de notre étude était d’évaluer le test de dépistage de Streptococcus pneumoniae Binax NOW® ICT à partir des hémocultures réalisées chez les enfants atteints d’infections bactériennes invasives à Bamako au Mali MATÉRIEL ET MÉTHODES : Nous avons recruté 382 enfants de moins de 16 ans hospitalisés ou traités comme patients externes. Les échantillons de sang veineux ont été collectés chez tous ces enfants d’une façon stérile et inoculés dans des flacons d'hémoculture, puis transportés au laboratoire et placés dans un automate de culture « Bactec 9050 ». Tous les bouillons de culture des flacons Bactec (gold standard) qui ont poussé sur les milieux usuels, ont été soumis au test de dépistage de Streptococcus pneumoniae Binax NOW® ICT, y compris également les flacons Bactec négatifs (car possibilité de faux positifs). RÉSULTATS : Sur 382 enfants, 192 (50,2 %) étaient âgés de 0 à 11 mois, 225 (58,9 %) étaient de sexe masculin. Sur 382 hémocultures, 185 (48,4%) étaient positives, sur ces 185 positives, 75 (40,5%) étaient Streptococcus pneumoniae. Toutes les 382 hémocultures ont été dépistées par le test Binax NOW® ICT, 75 (19,6%) étaient positives. Selon notre étude, l’analyse d’évaluation a montré que le test Binax NOW® ICT a une sensibilité et une spécificité de 100%. CONCLUSION : Après l’évaluation du test Binax NOW® ICT sur le LCR et les urines lors des études précédentes, nous pouvons affirmer que ce test est aussi efficace dans la détection de l’antigène du pneumocoque dans les hémocultures comme le témoigne les résultats de notre étude. Cependant, nous recommandons l’utilisation du test Binax NOW® ICT dans le diagnostic rapide des infections à pneumocoque et une évaluation sur un échantillonnage plus large.

Objectif : Ce travail visait à étudier la morbidité et la mortalité chez les enfants âgés de 01 à 59 mois hospitalisés dans le service de pédiatrie générale du CHU Gabriel Touré. Matériels et Méthodes : Il s'agissait d'une étude rétrospective, descriptive, sur une période de 12 mois allant du 1er janvier au 31 décembre 2013. Résultats : Nous avons inclus 1625 enfants âgés de 01 à 59 mois soit 58% des patients hospitalisés. Le tiers des patients avait moins d'un an. Les garçons représentaient 57 % de notre échantillon avec un sex ratio de 1,33. La majorité des patients (83%) était issu de milieu social défavorisé. Les principaux diagnostics retrouvés étaient le paludisme (45%), les infections respiratoires aiguës (20,30%), et la malnutrition aiguë sévère (20,06%). Les patients guéris représentaient 82,3% et le taux de mortalité était estimé à 3,3%. La majorité des patients décédés était des filles (51%). Les décès étaient plus fréquents en juillet et aout. Les trois principales causes de décès étaient la malnutrition (47%), le paludisme (32%) et les infections respiratoires aigües (19%). Nous avons enregistré 48 sorties contre avis médical (3%) et 81 cas d'évasion (5%). Conclusion : La morbidité et la mortalité en pédiatrie restent préoccupantes dans notre pratique. Elles sont liées à des affections pour la plupart évitables par l'information, l'éducation et la communication. Mots clés : morbidité, mortalité, enfants, pédiatrie, Bamako.

Introduction : Les détresses respiratoires sont une cause majeure de morbidité et de mortalité en pédiatrie ; l'objectif de notre étude était d'étudier les aspects épidemiocliniques des détresses respiratoires chez les enfants âgés de 1 à 59 mois dans le service de pédiatrie de CHU. Gabriel Toure. Méthodologie : Il s'agit d'une étude transversale descriptive sur douze mois du 1er au 31 décembre 2012 au service de pédiatrie du CHU Gabriel Touré Bamako Mali. Tous les enfants de 1 à 59 mois présentant une détresse respiratoire ont été inclus. Résultats : Ainsi 678 dossiers d'enfants en détresse respiratoire sur un total de 2241 hospitalisés en pédiatrie ont été analysés soit un taux d'admission de 30,25%. 64,75% des enfants avaient un âge compris entre 1 et 11 mois. Le sex-ratio était de 1,38 en faveur des garçons; les signes de lutte respiratoire (battement des ailes du nez, tirage intercostal et le geignement) étaient présents dans 96,22%. La pathologie pulmonaire la plus fréquente était la pneumonie (68,36%) celle extra-pulmonaire était le paludisme grave (11,80%). Le taux de mortalité était de 20,65%. Conclusion : les détresses respiratoires restent une importante cause de mortalité du nourrisson dans notre contexte avec des problèmes majeurs de prise en charge Mots clés : Détresse respiratoire, Santé publique, Pédiatrie

Les infections sont responsables d'une part importante de la morbidité et de la mortalité chez l'enfant drépanocytaire. Notre objectif était d'étudier le profil clinique et bactériologique des infections bactériennes de l'enfant drépanocytaire dans le service de pédiatrie du CHU Gabriel Touré. Matériel et méthodes: Nous avons réalisé une étude rétrospective sur 25 dossiers d'hospitalisation d'enfants drépanocytaires fébriles ayant bénéficié d'une hémoculture sur une période de 5 ans (2005-2010). Nous avons analysé les caractéristiques cliniques et bactériologiques des enfants ayant une hémoculture positive. Résultats: Dix des 25 hémocultures réalisées étaient positives. La tranche d'âge de 0-5 ans était la plus touchée (60%). Le suivi était irrégulier pour 7 enfants et 6/10 n'avaient pas reçu le vaccin anti pneumococcique. Sur le plan clinique, 5 cas de sepsis, une infection pulmonaire et 4 cas infections ostéo articulaires ont été diagnostiquées. La goutte épaisse était positive pour 4 patients. Les germes retrouvés ont été : Salmonella enterica sérotype Typhi (4 fois), Streptococcus pneumoniae (4 fois), Staphylococcus aureus (1fois), Enterobacter cloacae (1fois) ont été isolés. Salmonella enterica sérotypeTyphia été isolé dans 3 cas d'infections ostéo-articulaires et un cas de sepsis, Streptococcus pneumoniae était en cause dans l'infection pulmonaire et dans un cas de sepsis. L'antibiothérapie probabiliste dans la majorité des cas était basée sur les céphalosporines de troisième génération. L'évolution a été favorable dans 80% des cas. Conclusion : Les complications infectieuses de la drépanocytose peuvent être graves. La disponibilité de l'hémoculture doit nous permettre de caractériser le profil bactériologique dans notre contexte.

This study reports on the habitat, distribution and seasonal abundance variations of Argas persicus (Oken, 1818) in Senegal. Traditional fowl houses – habitat of this tick species – were characterized in rural areas and various models were described: the bits-and-pieces model, thorn-branches model, weaved-plants models, and clay-made models. The distribution based on the square-degree scale indicated that the presence and abundance of Argas persicus mainly concerned the northern half of the country, whereas it was rare in the southern part. The seasonal variation of ticks was monitored for 17 months in the Sahelian zone. Tick removing and collecting from 50 fowls were performed every month for five minutes in each of the 30 fowl houses. They showed an all year round activity of Argas persicus. Examination of 200 blood smears in indigenous fowls, during the dry as well as the rainy seasons, did not indicate the presence of blood parasites. However, modern poultry production units located in the same areas were faced with epizootics of avian spirochetosis.

The Newcastle disease constitutes one of the main constraints to poultry farming development at the village level in Mali, causing high mortality. This study was carried out between 1996 and 2000 with the aim to contribute to the epidemiological characteristics of the disease in rural areas of Mali and to propose a suitable plan for prevention. The four study sites were selected in the agroclimatic regions of Mali: North Sudanian, South Sudanian, Sahelian and Niger River inland delta. An observer in charge of monitoring the clinical and epidemiological aspects of the disease was based on each site. For each outbreak, samples were collected and sent to the Central Veterinary Laboratory of Bamako for analysis. The mean prevalence rate was 32.9% with a variation between 12.1% in the South Sudanian zone and 38.8% in the Sahelian zone. The majority of the outbreaks (63%) occurred in the cold dry season, as opposed to the rainy season during which 15% of the cases were recorded. The main avian species affected were the chicken, fowl and turkey. Morbidity rates varied between 8-100%, mortality rates between 5.7-82%, and lethality rates between 10-100%. The three peaks of the disease occurred in January, May and November. The highest number of Newcastle disease cases were recorded in 1998.

But du travail : Le but de notre étude était de déterminer la prévalence de la co-infection Streptococcus pneumoniae et VIH chez les enfants de 0 à 35 mois à Bamako au Mali. Matériel et Méthodes : Nous avons recruté 173 enfants chez lesquels on a effectué l'hémoculture et le test VIH. Les échantillons pour l'hémoculture ont été collectés chez tous les enfants d'une façon stérile et inoculés dans des flacons d'hémoculture, puis transportés au laboratoire et placés dans une machine de culture automatisée appelée Bactec 9050. Tous les échantillons de sérum/plasma ont été d'abord soumis à un test simple/rapide de sensibilité élevée : soit DETERMINE, la confirmation et le typage par l'IMMUNOCOMB II pour le VIH-1 et VIH-2. Résultats : Sur 173 enfants, 78 (45,10%) sont âgés de 12 à 23 mois, 101 (58,40%) sont de sexe masculin, 39 cas (22,54%) ont une infection à Streptococcus pneumoniae avec 134 témoins (77,46%) sans infection diagnostiquée. Ainsi nous avons dépisté 9 cas de positivité au VIH soit 5,20%. Parmi les 9 enfants seuls 2 avaient une co-infection Streptococcus pneumoniae et VIH. Conclusion : La co-infection Streptococcus pneumoniae et VIH est faible dans notre étude et une autre étude de plus grande taille mérite d'être réalisée pour confirmer nos résultats.

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Introduction. The aim of this retrospective, unicentric study over 5 years is to describe the epidemiologic, pathologic, clinic and therapeutic aspects of children treated for Hodgkin lymphoma in our paediatric oncology unit. Patients and Methods. From January 2005 to December 2009, all children under 18 years of age, with Hodgkin lymphoma were included in this study. The treatment protocol was the GFAOP (Groupe Franco—Africain d'Oncologie Pédiatrique) Hodgkin lymphoma treatment protocol. Results. During the study period, 217 cancer cases were diagnosed in our centre. Of these cases, 7 were Hodgkin Lymphoma (LH) (0.04%). The mean age was 11.7 years. The sex-ratio was 6/1. 4% (5/7) of patients were stage IIB and 28.6% (2/7) stage IIIB of Ann-Arbor classification. There were 3 cases (42.8%) of sclero-nodular subtype, 2 cases (28.6%) of lymphocyte-rich classical HL subtype, 1 case (14.3%) of mixed cellularity and 1 case (14.3%) of lymphocyte depleted subtype. With a median followup of 37 months, 5 patients (71.4%) are alive, and 2 patients (28.6%) died. Conclusion. Broader multicentric studies are needed for more accurate data on this malignancy.

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We evaluate a new pump–probe mode-mismatched thermal lens (TL) scheme for the measurement of nonlinear absorption in nitrobenzene, benzene, and chloroform. In this new scheme the pump beam is focused in the presence of a collimated probe beam. Values of the nonlinear absorption coefficients of the materials studied for the wavelength of 532 nm are reported, and we compare the proposed technique with the well-known open Z-scan method. [ABSTRACT FROM AUTHOR]