Search

Background Although the lung is seen as the main target organ affected by SARS-CoV-2, other organs are also damaged. Aim We aimed to determine the extrapulmonary findings of autopsies performed on cases with positive results with postmortem polymerase chain reaction test. Methods Pathological changes in extrapulmonary organs were examined with light microscopy. Results Heart, liver, spleen, kidney, pancreas, and central nervous system samples of these cases were evaluated. About 80% of the cases were men, and 20% were women. In the examination of heart, 28 of the cases had scar, 14 had acute myocardial infarction, 6 had acute and previous myocardial infarction findings, 2 had myocarditis, and 4 had interstitial mononuclear inflammatory cell infiltration. In the examination of the liver, portal inflammation was observed in 84 of the cases, steatosis in 54, centrilobular necrosis in 9, and capillary endotheliitis in the portal area in 7 of them. In the evaluation of the kidney, 37 cases had chronic pyelonephritis, 36 had tubular damage, 15 had tubulointerstitial necrosis, 16 had subcapsular microhemorrhage, 10 had capillary endothelitis, and 9 had a microvascular fibrin trombosis in their glomerular capillaries. In the central nervous system, 8 cases had infarction and liquefaction, 56 had perivascular petechial hemorrhage, 54 had acute hypoxic ischemic change, 3 had parenchymal microhemorrhage, and 52 had capillary endotheliitis. Conclusion Autopsies play an important role in systematically examining the damage caused by the virus in all organs in order to elucidate the pathogenesis of SARS-CoV-2 infection and contribute to the clinical management of infected patients.

Amaç: SARS-CoV-2 virüsü dalak ve lenf düğümlerini etkileyebilir. Bu çalışmada bölgesel lenf nodları ve dalakta histomorfolojik değişiklikleri, immünohistokimyasal bulguları ve gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu testi (rt-PCR) sonuçlarını değerlendirmeyi amaçladık. Yöntemler: SARS-Cov-2 pozitif olan 12 postmortem nazofaringeal sürüntü vakasının bölgesel lenf düğümleri ve dalak örnekleri değerlendirildi. Üst paratrakeal, alt paratrakeal ve hiler lenf nodları ve dalak örnekleri ışık mikroskobu altında H&E boyalı kesitler ve immünohistokimyasal olarak boyanmış kesitler ile incelendi.Bulgular: Dokuz olguda yaygın alveoler hasar görüldü. Konjesyon, immünoblastik ve plazmablastik hücrelerin varlığı, subkapsüler sinüslerin genişlemesi, apoptotik hücrelerin varlığı ve sinüs histiositozu en sık görülen değişikliklerdi. Dört olguda üst paratrakeal lenf düğümlerinde, yedi olguda alt paratrakeal lenf düğümlerinde ve beş olguda hiler lenf düğümlerinde SARS-CoV-2 rt-PCR testi pozitifti. Beyaz pulpa atrofisi ve kırmızı pulpa kanaması dalakta en sık görülen bulgulardı. Dalakta dört vakada SARS-CoV-2 rt-PCR testi pozitifti.Sonuç: SARS-CoV-2 virüsü lenf düğümlerine ve dalağa yayılarak dokuları tahrip edebilir., Objective: SARS-CoV-2 virus can affect the spleen and lymph nodes. In this study, we aimed to evaluate the histomorphological changes, immunohistochemical findings and real-time polymerase chain reaction test (rt-PCR) results in regional lymph nodes and spleen. Methods: The regional lymph nodes and spleen samples of 12 cases of postmortem nasopharyngeal swabs that were positive for SARS-Cov-2 were evaluated. Upper paratracheal, lower paratracheal, and hilar lymph nodes and spleen samples were examined under a light microscope with H&E stained sections and immunohistochemically stained sections. Results: Diffuse alveolar damage was seen in nine cases. Congestion, presence of immunoblastic and plasmablastic cells, expansion of subcapsular sinuses, presence of apoptotic cells, and sinus histiocytosis were the most common changes. The SARS-CoV-2 rt-PCR test was positive in four cases in the upper paratracheal lymph nodes, in seven cases in the lower paratracheal lymph nodes, and in five cases in the hilar lymph nodes. White pulp atrophy and red pulp hemorrhage were the most common findings in the spleen. The SARS-CoV-2 rt-PCR test was positive in four cases in the spleen. Conclusion: SARS-CoV-2 virus can spread to the lymph nodes and spleen and destroy the tissues.

WOS: 000454987700003, PubMed ID: 30522421, MOTAKK, as a national external quality control program has been launched to evaluate the molecular detection of viral infections including HBV DNA and HCV RNA in molecular microbiology diagnostic laboratories in Turkey. This program is prepared in compliance with ISO 17043:2010 (Conformity assessment general requirements for proficiency testing) standards, and aims to take the place of external quality control programs from abroad, contributing to standardization and accuracy of molecular diagnostic tests in our country. The aim of this study was to evaluate 2015 and 2016 results of the MOTAKK External Quality Control Program for HBV DNA and HCV RNA viral load. The calls were announced on the web page of MOTAKK (www.motakk.org). The quality control samples were sent to participating laboratories in 2015 and 2016. Main stocks were prepared from patients with chronic hepatitis B and C who had viral load detection with reference methods according to WHO reference materials for viral load studies to improve quality control sera. From these main stocks, samples with different viral loads were prepared from dilutions of plasma with HBV, HCV, HAV, HIV, Parvovirus B19 and CMV negative serologic markers. Quality control samples were sent to the participating laboratories along with the negative samples in the cold chain. The laboratories accomplished the related tests within 2-3 weeks and entered their results on the MOTAKK web page. These results were analysed according to ISO 13528 (Statistical methods for use in proficiency testing by interlaboratory comparison) and scoring reports were created by a software developed by MOTAKK and sent to participating labs. Each laboratory evaluated their own results in comparison with the other laboratory results, reassessed the tests via observing the distance from the mean result and the reference values. The number of laboratories participating in the HBV DNA and HCV RNA external quality control program was 70-73 in 2015-2016. Participants were able to comply with the program tools, registering, entering results and receiving the results reports problem. In HBV panel, 72.6-89.1% and 84.7-90.3% of the participant laboratories were in 1 standard deviation (SD) in 2015-2016, respectively. In HCV panel, 70.8-89.1% and 84.7-90.3% of the participant laboratories were in 1 SD in 2015-2016, respectively. A national external quality control program for HBV DNA and HCV RNA in Turkey has been prepared for the first time with this project and implemented successfully. All the data provided in the MOTAKK external quality control program final report, compensate all the data provided by the quality control program final reports from abroad; additionally, the report allows comparison of used technologies and commercial products.

Ülkemizde, moleküler mikrobiyoloji tanı laboratuvarlarında yapılan HBV DNA ve HCV RNA viral yük saptama testlerinin ulusal bir dış kalite kontrol programında değerlendirilmesi amacıyla MOTAKK (Moleküler Tanıda Kalite Kontrol) Ulusal Programı başlatılmıştır. ISO 17043:2010 (Uygunluk değerlendirmesi- Yeterlilik deneyi için genel şartlar) standartlarına uyularak hazırlanan bu program, ülkemizde yapılan moleküler tanı testlerinin, daha standart ve doğru yapılmasına katkıda bulunarak, yurt dışından sağlanan dış kalite kontrol (DKK) programlarının yerini almayı amaçlamaktadır. Bu çalışmada, MOTAKK DKK Programı kapsamındaki HBV DNA ve HCV RNA viral yük 2015 ve 2016 sonuçlarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Yapılan çağrılar MOTAKK web sayfası (www.motakk.org) üzerinden ilan edilmiştir. Web sayfası üzerinden kayıt olan katılımcı laboratuvarlara, 2015 ve 2016 yıllarında birer kalite kontrol paneli gönderilmiştir. Çevrimlerde kullanılan paneller, HBV, HCV, HIV, HAV, Parvovirüs B19 ve CMV serolojik belirteçleri negatif olan plazma ile dilüsyon yapılan değişik viral yüklere sahip örnekler ile hazırlanmış, negatif örneklerle beraber soğuk zincirde katılımcı laboratuvarlara ulaştırılmıştır. Laboratuvarlar ilgili testleri 2-3 hafta içerisinde sonuçlandırarak, MOTAKK web sayfasına sonuçlarını girmiştir. MOTAKK tarafından geliştirilen bir yazılım ile katılımcı laboratuvarların sonuçları ISO 13528’e uygun olarak analiz edilerek sonuç raporları oluşturulmuş ve web sayfasına yüklenerek katılımcılara iletilmiştir. Katılımcılar, çalışma sonucunu diğer laboratuvar sonuçları ile karşılaştırmalı olarak değerlendirme imkanına sahip olmuş ve referans değerlere ve ortalama sonuçla ilgili farklılıkları görerek kullandıkları testleri tekrar değerlendirmiştir. HBV DNA ve HCV RNA DKK programına, 2015-2016 yıllarında 70-73 laboratuvar katılmıştır. Katılımcılar, program araçlarına yüksek uyum göstererek kayıt, sonuç girme ve sonuç raporlarının alınmasını aksaksız olarak gerçekleştirmişlerdir. HBV panelinde; 2015 yılında katılımcı laboratuvarların %72.6-89.1’inin, 2016 yılında ise %84.7-90.3’ünün 1 standart sapma (SS) aralığında yer aldığı görülmüştür. HCV panelinde ise; katılımcıların %70.8-89.1’i 1 SS’de, ikinci çağrının yapıldığı 2016 yılında ise, %84.7-90.3’ünün 1 SS’nin içerisinde yer aldığı görülmüştür. Bu proje ile Türkiye’de HBV DNA ve HCV RNA ile ilgili ilk kez ulusal bir DKK programı hazırlanmış ve başarıyla uygulanmıştır. MOTAKK, DKK programı sonuç raporlarında sağlanan bilgiler, yurt dışından sağlanan kalite kontrol programı sonuç raporlarının sağladığı tüm bilgileri karşılamakta; ek olarak kullanılan teknolojilerin ve ticari ürünlerin sağlıklı karşılaştırmalarına olanak sağlamaktadır. MOTAKK, as a national external quality control program has been launched to evaluate the molecular detection of viral infections including HBV DNA and HCV RNA in molecular microbiology diagnostic laboratories in Turkey. This program is prepared in compliance with ISO 17043:2010 (Conformity assessment general requirements for proficiency testing) standards, and aims to take the place of external quality control programs from abroad, contributing to standardization and accuracy of molecular diagnostic tests in our country. The aim of this study was to evaluate 2015 and 2016 results of the MOTAKK External Quality Control Program for HBV DNA and HCV RNA viral load . The calls were announced on the web page of MOTAKK (www.motakk.org). The quality control samples were sent to participating laboratories in 2015 and 2016. Main stocks were prepared from patients with chronic hepatitis B and C who had viral load detection with reference methods according to WHO reference materials for viral load studies to improve quality control sera. From these main stocks, samples with different viral loads were prepared from dilutions of plasma with HBV, HCV, HAV, HIV, Parvovirus B19 and CMV negative serologic markers. Quality control samples were sent to the participating laboratories along with the negative samples in the cold chain. The laboratories accomplished the related tests within 2-3 weeks and entered their results on the MOTAKK web page. These results were analysed according to ISO 13528 (Statistical methods for use in proficiency testing by interlaboratory comparison) and scoring reports were created by a software developed by MOTAKK and sent to participating labs. Each laboratory evaluated their own results in comparison with the other laboratory results, reassessed the tests via observing the distance from the mean result and the reference values. The number of laboratories participating in the HBV DNA and HCV RNA external quality control program was 70-73 in 2015-2016. Participants were able to comply with the program tools, registering, entering results and receiving the results reports without problem. In HBV panel, 72.6-89.1% and 84.7-90.3% of the participant laboratories were in 1 standard deviation (SD) in 2015-2016, respectively. In HCV panel, 70.8-89.1% and 84.7-90.3% of the participant laboratories were in 1 SD in 2015-2016, respectively. A national external quality control program for HBV DNA and HCV RNA in Turkey has been prepared for the first time with this project and implemented successfully. All the data provided in the MOTAKK external quality control program final report, compensate all the data provided by the quality control program final reports from abroad; additionally, the report allows comparison of used technologies and commercial products.

Fungal infections like Paecilomyces keratitis have emerged in childhood recently. The diagnosis and treatment of Paecilomyces keratitis is difficult and the outcome is usually poor. Corneal culture should be performed on fungal media such as Sabouraud glucose neopeptone agar (SDA) as soon as possible for diagnosis. We report a rare case of Paecilomyces keratitis in an immunocompetent child, which was unresponsive to amphotericin B. The case was managed by a multidisciplinary approach involving the departments of ophthalmology, microbiology and pediatric infectious diseases. We want to draw attention once again that fungal keratitis caused by unusual agents are increasing. Physicians should consider fungal causes of keratitis, in patients with some predisposing factors like ocular surgery and prolonged use of topical corticosteroids.The Pan African Medical Journal 2016;24

Amaç: Alt solunum yolu infeksiyonlarında (ASYİ) Gram boyamanın ve balgam örneklerinin salin ile yıkanmasının katkısının değerlendirilmesi. Metod: Her bir küçük mikroskop alanı (10x) için 10 dan az yassı epitel hücresi içeren tüm örnekler kalitatif ve kantitatif olarak ekildi. Bulgular: ASYİ tanısıyla gönderilen 489 hastadan alınan 620 örnek değerlendirildi. Gram boyamanın duyarlılığı %78.6 , özgüllüğü %82 olarak değerlendirilirken, bu değerler H. influenzae ve S. pneumoniae için %100’ e ulaştı. Kantitatif yöntem kültür pozitifliğini %52’ den % 63.5’ a yükseltti. En sık izole edilen patojenler sırasıyla Haemophilus influenzae, Pseudomonas aeruginosa ve Streptococcus pneumoniae oldu. Sonuç: Ekspoktere balgam örneklerinin toplanması invaziv olmayan bir işlem olup salin ile yıkama sonrası yapılan Gram boyama ve kültür laboratuvar tanısını kolaylaştırabilir. Kültür öncesi Gram boyamada deneyimli bir personel H. influenzae and S. pneumoniae için ön değerlendirmeyi kolaylıkla yapabilir ve kültür sonuçları için gereken 48 saat öncesinde tanıya yardımcı olabilir.

Solunum sistemi enfeksiyonları tüm dünyada önemli mortalite ve morbiditenedeni olarak karşımıza çıkmakta ve her yaştan insanı etkilemektedir. Çoksayıda mikroorganizma solunum yolu enfeksiyonlarına yol açabilmekte ancaktüm gelişen tekniklere ve laboratuvar yöntemlerine rağmen olguların yarısınayakın kısmında etken tanımlanamamaktadır. Balgam örneği invazivyöntemlere gerek kalmaksızın elde edilebilmekte ve gram boyalı preparatınınhazırlanması ucuz ve basit olup, dikkatli ve ayrıntılı incelemelerle hekimidoğru tanıya yönlendirebilmektedir.Çalışmamızda Marmara Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı'na alt solunum yolu enfeksiyonu ön tanısı ile gelen 489 hastadan alınan 620balgam örneği ile çalışılmıştır. Preparatlar iki farklı araştırıcı tarafındanincelenmiş ve kültür yapılması uygun örnekler yıkanarak kalitatif ve kantitatifolarak ekilmiş; direkt inceleme ve kültür sonuçları karşılaştırılmıştır.Balgam örneklerinden hazırlanan preparatların Gram boyama iledeğerlendirilmesinde 343 örnekte (%55.3) 10'dan fazla yassı epitel hücresigörüldüğünden bu örnekler uygun olmayan örnek olarak kabul edilmiş vekültür açısından değerlendirmeye alınmamıştır. Örnekler hızlı strip test(Combur test) ile değerlendirildiğinde testin duyarlılığı %70, özgüllüğü %74olarak bulunmuştur. Combur testi ile spesifik gravite üzerinden balgamkalitesinin değerlendirilmesi hızlı ve pratik olmakla beraber, düşük özgüllükve duyarlılık nedeniyle direkt incelemeye alternatif olamamıştır.Örneklerin Gram boyama ile direkt incelemesinde 10'dan az yassıepitel hücresi, 25'den fazla lökosit saptanan grupta direkt inceleme ve kültürsonuçlarının korelasyonu en iyi bulunmuştur. Lökosit sayısının azalmasıylabirlikte solunum yoluna özgü patojen bakterilerin saptanma olasılığı daazalmaktadır.Kültür yapılmasına uygun bulunan 277 örneğin 176'sında (%63.5)kantitatif yöntem ile etken patojen saptanmış iken kalitatif yöntemle etkenüretme oranımız %52'de kalmıştır (p