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Background and Aims The production of triploid banana and plantain (Musa spp.) cultivars with improved characteristics (e.g. greater disease resistance or higher yield), while still preserving the main features of current popular cultivars (e.g. taste and cooking quality), remains a major challenge for Musa breeders. In this regard, breeders require a sound knowledge of the lineage of the current sterile triploid cultivars, to select diploid parents that are able to transmit desirable traits, together with a breeding strategy ensuring final triploidization and sterility. Highly polymorphic single sequence repeats (SSRs) are valuable markers for investigating phylogenetic relationships. Methods Here, the allelic distribution of each of 22 SSR loci across 561 Musa accessions is analysed. Key Results and ConclusionsWe determine the closest diploid progenitors of the triploid 'Cavendish' and 'Gros Michel' subgroups, valuable information for breeding programmes. Nevertheless, in establishing the likely monoclonal origin of the main edible triploid banana subgroups (i.e. 'Cavendish', 'Plantain' and 'Mutika- Lujugira'), we postulated that the huge phenotypic diversity observed within these subgroups did not result from gamete recombination, but rather from epigenetic regulations. This emphasizes the need to investigate the regulatory mechanisms of genome expression on a unique model in the plant kingdom. We also propose experimental standards to compare additional and independent genotyping data for reference. (Resume d'auteur)

Au Burkina Faso, au Mali, au Niger et a Wante, 1 518 echantillons de sorgho ont ete collectes et analyses a l’aide de marqueurs microsatellites. Les parametres de diversite et de differenciation genetique ont ete estimes a differentes echelles spatiales, depuis celle de la variete locale a celle du pays, pour determiner l’effet des principales forces evolutives sur la diversite genetique du sorgho. Il existe une diversite intra-varietale principalement determinee par la biologie de la reproduction du sorgho et par les derives genetiques engendrees par les effectifs limites d’individus lors de l’introduction d’une variete ou de la selection paysanne de la semence. A l’echelle d’un village, la correlation entre la diversite des noms vernaculaires et la diversite genetique mesuree par les marqueurs microsatellites est faible. Aucune structuration spatiale n’est observee dans des villages distants de plus de 30 kilometres soulignant le caractere tres local des systemes semenciers traditionnels. Au Mali et au Niger, une proportion equivalente et superieure, respectivement, de la diversite genetique du sorgho est observee sur un transect longitudinal qui recoupe essentiellement des divisions ethnolinguistiques, par rapport au transect latitudinal qui recoupe une variabilite agro-ecologique plus grande. La diversite des groupes humains explique donc, en interaction avec les conditions environnementales, la diversite genetique du sorgho in situ. Une grande partie de la diversite presente dans la core collection sorgho du Centre de cooperation internationale en recherche agronomique pour le developpement (Cirad) se retrouve a l’echelle de pays comme le Niger ou le Mali. L’importance de la diversite genetique cultivee par les paysans dans des systemes agricoles restes traditionnels souligne l’utilite des approches de conservation in situ des ressources genetiques. La conciliation des enjeux de conservation et d’amelioration varietale pourrait etre realisee par un recours plus important au germoplasme local dans des programmes de selection decentralises.