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Farm abandonment and over-extensification trends in less-favored livestock breeding areas in the Mediterranean have led to socio-environmental issues that are difficult to assess and address, due to the characteristics of these areas (e.g., poor data availability and reliability). In a study case that presents many of the characteristics common to these areas, we combine qualitative and quantitative approaches to assess (i) the relationship between livestock production and land-cover change and (ii) the drivers of farmer decisions, concerning the types of livestock they breed. We show that the Common Agricultural Policy&rsquo, s objective of open-landscape preservation cannot be achieved through the observed livestock management practices, with the most heavily CAP subsidy-dependent activities (e.g., suckler-cow breeding) having one of the weakest contributions to this objective. We also econometrically show that suckler-cow breeding is more likely to be adopted as a complementary or main activity in farms facing a labor scarcity and land abundance context. These results complement the literature and contribute to the discussion regarding the design of CAP support for less-favored Mediterranean areas.

Xenophagy is an important cellular defence mechanism against cytosol-invading pathogens, such as Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Activation of xenophagy in macrophages targets Mtb to autophagosomes; however, how Mtb is targeted to autophagosomes in human macrophages at a high spatial and temporal resolution is unknown. Here, we use human induced pluripotent stem cell-derived macrophages (iPSDMs) to study the human macrophage response to Mtb infection and the role of the ESX-1 type VII secretion system. Using RNA-seq, we identify ESX-1-dependent transcriptional responses in iPSDMs after infection with Mtb. This analysis revealed differential inflammatory responses and dysregulated pathways such as eukaryotic initiation factor 2 (eIF2) signalling and protein ubiquitylation. Moreover, live-cell imaging revealed that Mtb infection in human macrophages induces dynamic ESX-1-dependent, LC3B-positive tubulovesicular autophagosomes (LC3-TVS). Through a correlative live-cell and focused ion beam scanning electron microscopy (FIB SEM) approach, we show that upon phagosomal rupture, Mtb induces the formation of LC3-TVS, from which the bacterium is able to escape to reside in the cytosol. Thus, iPSDMs represent a valuable model for studying spatiotemporal dynamics of human macrophage–Mtb interactions, and Mtb is able to evade capture by autophagic compartments., Summary: Following phagosome membrane damage, Mycobacterium tuberculosis induces the formation of, and escapes from, tubulovesicular autophagosomes in human induced pluripotent stem cell-derived macrophages.

International audience; Tuberculosis caused by Mycobacterium tuberculosis is currently one of the leading causes of death from an infectious agent. The main difficulties encountered in eradicating this bacteria are mainly related to (i) a very complex lipid composition of the bacillus cell wall, (ii) its ability to hide from the immune system inside the granulomas, and (iii) the increasing number of resistant strains. In this context, we were interested in the Rv0646c (lipGMTB) gene located upstream to the mmaA cluster which is described as being crucial for the production of cell wall components and required for the bacilli adaptation and survival in mouse macrophages. Using biochemical experiments combined with the construction of deletion and overexpression mutant strains in Mycobacterium smegmatis, we found that LipGMTB is a cytoplasmic membrane-associated enzyme that displays both phospholipase and thioesterase activities. Overproduction of LipGMTB decreases the glycopeptidolipids (GPL) level concomitantly to an increase in phosphatidylinositol (PI) which is the precursor of the PI mannoside (PIM), an essential lipid component of the bacterial cell wall. Conversely, deletion of the lipGMS gene in M. smegmatis leads to an overproduction of GPL, and subsequently decreases the strain susceptibility to various antibiotics. All these findings demonstrate that LipG is involved in cell envelope biosynthesis/remodeling, and consequently this enzyme may thus play an important role in mycobacterial physiology.

La montagne corse a fondé son économie agricole contemporaine sur la production de denrées animales et végétales transformées à la ferme et sur l’extensivité du capital investi par rapport au foncier utilisé. Cette double adaptation, qui relève de logiques individuelles plus que d’une action stratégique collective permet aux exploitations de moyenne montagne de dégager des revenus élevés et stables en mobilisant peu de capitaux. Pourtant cette adaptation liée au relatif isolement de la montagne et aux difficultés de mécanisation révèle ses limites : limites environnementales dues au non entretien du paysage associé à une utilisation minière des éléments hérités du système agraire ancien (sols, châtaigneraies, terrasses) d’une part, limites sociales dues aux pertes d’actifs dans un contexte où la coopération est faible, d’autre part. Ces deux limites sont liées au phénomène d’agrandissement des surfaces d’exploitations, incapable de gérer l’espace et le patrimoine dont elles héritent. Elles révèlent le paradoxe d’un patrimoine mis en valeur, notamment au travers des produits vendus, mais guère entretenu.

International audience; Despite a slight decline since 2014, tuberculosis (TB) remains the major deadly infectious disease worldwide with about 1.5 million deaths each year and with about one-third of the population being latently infected with Mycobacterium tuberculosis, the etiologic agent of TB. During primo-infection, the recruitment of immune cells leads to the formation of highly organized granulomas. Among the different cells, one outstanding subpopulation is the foamy macrophage (FM), characterized by the abundance of triacylglycerol-rich lipid bodies (LB). M. tuberculosis can reside in FM, where it acquires, from host LB, the neutral lipids which are subsequently processed and stored by the bacilli in the form of intracytosolic lipid inclusions (ILI). Although host LB can be viewed as a reservoir of nutrients for the pathogen during latency, the molecular mechanisms whereby intraphagosomal mycobacteria interact with LB and assimilate the LB-derived lipids are only beginning to be understood. Past studies have emphasized that these physiological processes are critical to the M. tuberculosis infectious-life cycle, for propagation of the infection, establishment of the dormancy state and reactivation of the disease. In recent years, several animal and cellular models have been developed with the aim of dissecting these complex processes and of determining the nature and contribution of their key players. Herein, we review some of the in vitro and in vivo models which allowed to gain significant insight into lipid accumulation and consumption in M. tuberculosis, two important events that are directly linked to pathogenicity, granuloma formation/maintenance and survival of the tubercle bacillus under non-replicative conditions. We also discuss the advantages and limitations of each model, hoping that this will serve as a guide for future investigations dedicated to persistence and innovative therapeutic approaches against TB.

absent

National audience

National audience; Les parcours non mécanisables utilisés par les élevages extensifs corses (ovins et caprins laitiers, bovins allaitants) sont largement associés aux risques et aux causes d’incendies. De fait, ces parcours, majoritairement couverts de petits ligneux, sont très inflammables en été ; jusqu’au début des années 1980, ils ont été largement soumis, dans les principaux bassins d’élevage corses, aux brûlages communément appelés pastoraux. La criminalisation de cette technique pastorale, accompagnée d’une politique d’incitation au développement des cultures fourragères dans les zones mécanisables mise en oeuvre par un dispositif hybride d’encadrement ainsi qu’une diminution du nombre d’exploitations, a entraîné le recul du recours au feu sans pour autant supprimer le risque de grands feux. De plus, l’intensification fourragère de zones restreintes ne compense pas complètement la sous-utilisation des parcours consécutive à la recrue du maquis. Une politique alternative basée sur la réintroduction du brûlage dirigé sur les parcours dans le cadre d’un dispositif d’encadrement contraignant, semble se mettre en place sans pour autant considérer les tendances à l’oeuvre internes à l’élevage vers un retour au parcours et une plus grande autonomie.

Ce document concerne une étude bibliographique relative à la place des parcours dans l'élevage pastoral corse; ceux ci sont définis comme des espaces de montagne et de piémont occupés par une végétation hétérogène et dynamique et pâturés plus ou moins librement par des troupeaux au cours de l'année. Si l’origine pastorale de l’élevage corse (avec les 4 espèces : ovin, caprin, bovin, porcin) ne fait aucun doute, celui-ci a évolué différemment dans les régions de plaine ; un élevage spécialisé principalement pour ce qui concerne les ovins et les bovins (lait, viande) s’est progressivement mis en place et fonctionne aujourd’hui sur la base du modèle de l’animal à l’herbe (cultures, irrigation,..). Par contre, dans les zones plus difficiles (montagne, piémont), l’élevage (objet du présent rapport) a davantage gardé son caractère pastoral notamment sur le plan zootechnique (conduite plus souple par ex.) et surtout alimentaire avec une utilisation des parcours au cours de l’année. En dehors des estives, les parcours des élevages d'aujourd'hui ont, pour la majorité d'entre eux, un passé agricole fertile; beaucoup ont connu jusqu'aux années 60 des cultures variées allant du maraîchage (espaces aux abords des villages et le long des cours d'eau), aux vergers (châtaigniers, oliviers, mûriers, amandiers, etc.) en passant par la céréaliculture et la viticulture. Ainsi, si par le passé l'élevage pastoral, utilisateur de parcours, était cantonné aux espaces les moins productifs, il a progressivement investit des zones plus favorables suite à l'effacement du système agro-sylvo-pastoral ancien; pour autant il ne s'est pas développé en termes d'effectifs ni structuré sous formes d'organisations pour la gestion d'espaces à usage collectif, tels les parcours. La sédentarisation qui constitue une première mutation a certes permis des innovations avec notamment la mise en place d'une cellule fourragère mais dans un contexte de régression des effectifs animaux et de nombre d'installation. La tendance s'est traduite par un repli de l'élevage pastoral sur les zones favorables afin de concrétiser les améliorations fourragères. Dans le milieu des années 70 un élevage bovin extensif s'est développé à partir de l’élevage bovin originel marginal jusque là par rapport aux ovins et aux caprins. L’espace fourrager laissé libre par une moindre pression agricole a été conquis par ce type d’élevage.

Les systèmes d’élevage ovins et les caprins, comme les autres productions animales, sont confrontés aux multiples défis environnementaux : limiter les nuisances et contribuer positivement à l’entretien ou à l’amélioration du milieu. Les travaux de l’INRA, et de ses partenaires, se sont largement impliqués dans ces questions en considérant ces élevages de petits ruminants comme faisant partie d‘agroécosystèmes complexes. Cette synthèse collective rassemble, en privilégiant les niveaux d’approche, les actions dans lesquels l’INRA intervient. Considérant tout d’abord les grandes tendances sur les effectifs d’animaux et leur répartition géographique, les adaptations ou les disparitions de ces élevages se repèrent par les approches technico-économiques. Dans ce contexte, il était important pour l’INRA de s’intéresser surtout aux origines des changements et de déceler les innovations techniques, organisationnelles et opérationnelles qui interviennent. Globalement, les trois leviers de ces évolutions ont été l’accroissement de la taille des troupeaux et des surfaces, la simplification des conduites (travail) et la réduction de l’utilisation des intrants (charges) au profit des ressources fourragères naturelles locales. Dans ce cadre, l’INRA y évalue également l’acceptabilité de certaines de ses inventions. Dans un tel contexte, les aptitudes d’élevage des animaux ne se limitent plus à la seule maximisation de la productivité individuelle. Des travaux spécifiques à ces espèces s’avèrent nécessaires pour identifier les caractères d’élevage qui sont déterminants dans des systèmes capables d’absorber des aléas. L’idée dominante est qu’il faut transférer sur les animaux eux-mêmes des capacités adaptatives qui étaient précédemment sous-utilisées, voire ignorées. La maîtrise de la reproduction pose encore de sérieux problèmes environnementaux chez ces espèces saisonnées et pour lesquelles l’INRA prépare des solutions alternatives à l’interdiction de l’utilisation de traitements hormonaux qui relarguent des résidus et posent des questions éthiques quant à leur utilisation. Pour quantifier les performances environnementales de ces élevages, l’INRA s’est doté de deux plateformes pluridisciplinaires, et mobilise des domaines expérimentaux où des systèmes d’élevages y sont étudiés à long terme. Par une approche pluridisciplinaire, des analyses multicritères permettent d’évaluer les performances environnementales de ces conduites tant sur le plan des GES, de l’énergie fossile que de la biodiversité. Une telle approche permet surtout d’évaluer objectivement les compromis productivité – performances environnementales. Enfin, à des échelles plus vastes de bassins de production et de micro-régions, des démarches de recherche action sur la coordination des acteurs permettent d’évaluer des coordinations d’acteurs qui ménagent des objectifs de production (régularité de la production) avec la valorisation raisonnée d’écosystèmes pâturés. Ces études s’étendent jusqu’à des échelles territoriales où la dimension paysagère est prise en compte, notamment parce que, par exemple, le rôle anti-incendie de l’élevage de petits ruminants est incontestable. Quels que soient les niveaux d’approche, l’évaluation des performances environnementale des élevages ovins et caprins repose largement sur la modélisation des systèmes et/ou sur des simulations., This review deals with INRA research activities in the field of improved environmental friendly farming systems in sheep and goats. This work was done with numerous partners of other institutions and breeder’s associations. Description of INRA researches is presented by level of approaches. At the upper level, technical and economical approaches illustrate the main tendencies and limiting factors that explain specific problems encountered by breeders. These are namely flock size increment, workload limits and an increased use of local natural feed resources. These changes at farm level are studied in terms of innovations and acceptability of some inventions that are proposed by research labs. It is becoming clear that animal robustness and adaptive capabilities are major sources of future flexible farming systems. Phenotyping and modern selection processes are planned to solve these biological limits. Another urgent question concerns alternative methods to control reproduction of such seasoned species. It is for sure clear that present methods based on hormonal treatments can no longer be considered as safe green and ethical and its acceptability is endangered. INRA also set experiments on permanent farming systems in which multidisciplinary teams study global impact of trade-off between productivity and environmental objectives. Such an approach is also developed on rangelands use by sheep in several INRA sites. At a larger scale, research – action operation are conducted to analyse actors’ coordination within complex territories in order to evaluate potential environmental benefits of a wider use of ecosystems on landscape by sheep and goat systems. To tackle such a complex problem of environmental performances of small ruminant production, modelling and simulation are useful tools that have been developed.

National audience; Cet article est extrait d’une publication qui visait à comprendre les liens entre génétique de coloration des animaux et pratiques langagières. Il s’intéresse aux savoirs des bergers relatifs à la dénomination des chèvres. Il consiste, après entretiens, enregistrements de discours et séances photos des animaux, à formaliser ces savoirs. Les résultats montrent que l’attribution d’un nom obéit à un ordre précis à partir de la robe (couleur, étendue de la couleur et disposition) puis des signes anatomiques facilement repérables, du caractère de la chèvre, de la généalogie et enfin de critères plus personnels à l’éleveur.

International audience

En région Corse, les éleveurs répondent le plus souvent aux contraintes croissantes qu'ils subissent, par une intégration individuelle des différentes activités dans la production fermière. Ce mouvement d'atomisation pose le problème de la pertinence des innovations techniques visant à satisfaire le besoin de maîtrise des producteurs, en référence à la possibilité de leur solidarisation. En effet, conforter les producteurs individuels dans leur logique peut être un obstacle à leur organisation collective : pertinence technique et pertinence sociale ne semblent pas se recouvrir. Ainsi, l'autonomie du producteur fermier place la qualité dans une clôture informationnelle du système de décision qui tend à en accentuer l'auto-référence. Alors que l'auto-organisation des producteurs situe la qualité par rapport au découpage productif et donc dans un couplage opérationnel. Parvenir à une satisfaction collective suppose d'exercer, par la délibération, "l'intelligence" du système de décision des producteurs organisés et l'apprentissage de la satisfaction collective. Le concept "d'innovation organisante" est alors proposé pour rendre compte des conditions de contrôle social des innovations et des capacités de régulation de l'Acteur collectif. Cette approche constructiviste de la qualité peut, dans des conditions qui demeurent à préciser, lui conférer le rôle de moteur d'organisation dans les processus de développement., Mastering quality and solidarity in producer-groups. The relevance of innovations in the Corsican livestock farming sector. In Corsica, livestock farmers frequently respond to growing constraints by increasingly integrating livestock production activities at individual farm level, i.e. processing their raw products (park meat, ewe and goat milk) and selling their production themselves. This trend towards individualistic production, processing and marketing brings into question the relevance of technical innovations. The needs of the farmers must be analysed to help them better master their farming activity and ultimately develop a solidarity between themselves. In fact, reinforcing the present logic of individual producers can proue contrary ta their collective organisation. Technical and social relevance do not seem to fit one another entirely. The concept of "organizing innovation" is proposed to account for the conditions of social control of innovations and the regulating capacity of a "collective actor". The autonomy of the individual {armer places the notion of quality into an informational box of his decision-making system, thereby reinforcing self-reference. As a result, the technical relevance of an innovation for the {armer is steered exclusively by satisfaction. Putting the "{armer first" may reduce the possibility of innovating to his own individual management abilities. On the contrary, collective self-organisation of producers places quality in relation ta productive segmentation and within an operational link between members. Ta achieve collective satisfaction, organized producers will stimulate the "intelligence" of their common decision-making system. This is based essentially on learning through building this collective satisfaction. "Organising innovations" are innovations that will induce this process of self-organisation and by this means, solidarisation of the farmers. This constructivist approach may, under certain conditions to be further defined, confer to the notion of quality the function of an organising lever in the development process.

Un programme de recherche s'inscrivant dans une problématique générale de Recherche-Action a été mené sur 5 ans en Corse avec des partenaires éleveurs privés et techniciens de développement. Les suivis zootechniques de 3 troupeaux de chèvres, les enquêtes et les essais expérimentaux ont été les outils utilisés pour comprendre le fonctionnement de ces systèmes d'élevage caprin et étudier les conditions de leur organisation.