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3 results on '"Sallis, Sephora"'

2. High-salt Recovered Sequences are associated with the active chromosomal compartment and with large ribonucleoprotein complexes including nuclear bodies

Author

Baudement, Marie, Cournac, Axel, Court, Franck, Seveno, Marie, Parrinello, Hugues, Reynes, Christelle, Sabatier, Robert, Bouschet, Tristan, Yi, Zhou, Sallis, Sephora, Tancelin, Mathilde, Rebouissou, Cosette, Cathala, Guy, Lesne, Annick, Mozziconacci, Julien, Journot, Laurent, Forné, Thierry, Matière et Systèmes Complexes (MSC (UMR_7057)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Génétique, Reproduction et Développement (GReD ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut des Neurosciences de Montpellier - Déficits sensoriels et moteurs (INM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus Montpellier (BCM), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aide à la Décision pour une Médecine Personnalisé - Laboratoire de Biostatistique, Epidémiologie et Recherche Clinique - EA 2415 (AIDMP), Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Laboratoire de Physique Théorique des Liquides (LPTL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physique Théorique de la Matière Condensée (LPTMC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), AFM-Téléthon contrat N°21024, Institut National du Cancer (INCa) PLBIO 2012-129, ANR-16-CE15-0018,CHRODYT,Différenciation des lymphocytes T et plasticité de la chromatine(2016), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique, Reproduction et Développement - Clermont Auvergne (GReD ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Matière et Systèmes Complexes (MSC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Neurosciences de Montpellier (INM), BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, High-salt Recovered Sequences, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Phase separation, super-enhancers, nuclear bodies, Active chromosomal compartment, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018
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3. High-salt-recovered sequences are associated with the active chromosomal compartment and with large ribonucleoprotein complexes including nuclear bodies.

Author

Baudement MO, Cournac A, Court F, Seveno M, Parrinello H, Reynes C, Sabatier R, Bouschet T, Yi Z, Sallis S, Tancelin M, Rebouissou C, Cathala G, Lesne A, Mozziconacci J, Journot L, and Forné T

Subjects
Animals, Cells, Cultured, Chemical Fractionation methods, Chromosomes metabolism, Embryonic Stem Cells metabolism, Mice, Protein Binding, Regulatory Sequences, Nucleic Acid, Ribonucleoproteins metabolism, Salinity, Chromosomes chemistry, Ribonucleoproteins chemistry
Abstract

The mammalian cell nucleus contains numerous discrete suborganelles named nuclear bodies. While recruitment of specific genomic regions into these large ribonucleoprotein (RNP) complexes critically contributes to higher-order functional chromatin organization, such regions remain ill-defined. We have developed the high-salt-recovered sequences-sequencing (HRS-seq) method, a straightforward genome-wide approach whereby we isolated and sequenced genomic regions associated with large high-salt insoluble RNP complexes. By using mouse embryonic stem cells (ESCs), we showed that these regions essentially correspond to the most highly expressed genes, and to cis -regulatory sequences like super-enhancers, that belong to the active A chromosomal compartment. They include both cell-type-specific genes, such as pluripotency genes in ESCs, and housekeeping genes associated with nuclear bodies, such as histone and snRNA genes that are central components of Histone Locus Bodies and Cajal bodies. We conclude that HRSs are associated with the active chromosomal compartment and with large RNP complexes including nuclear bodies. Association of such chromosomal regions with nuclear bodies is in agreement with the recently proposed phase separation model for transcription control and might thus play a central role in organizing the active chromosomal compartment in mammals., (© 2018 Baudement et al.; Published by Cold Spring Harbor Laboratory Press.)

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2018
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