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Les résultats hydrologiques sont détaillés par paramètre : température, salinité, turbidité, chlorophylle a, oxygène dissous et nutriments. Les évolutions annuelles sont présentées pour l’ensemble des points de prélèvement. Un bilan annuel est effectué sur le point de référence « les Hébihens » 022-P-018. De manière générale : - L’année a été plutôt sèche à partir de la saison estivale. Quelques épisodes orageux intenses ont été relevés en hiver et au printemps. - La température de l’eau a suivi le cycle saisonnier avec des valeurs comprises entre 7°C et 21°C. Pour la quatrième année consécutive, les températures de l’eau ont été les plus chaudes en été. - La salinité reste relativement constante tout au long de l’année (entre 34,5 et 35,5) sur les points du large. Les dessalures les plus marquées sont observées sur les points proches de la côte et lors des épisodes pluvieux, notamment en avril. - Relativement constante sur les points situés au large (restant inférieure à 5 FNU), la turbidité peut être très importante sur les points situés à la côte. Ce fut particulièrement le cas en fin d’année. On observe notamment que le point « Tréguier pont », le plus côtier des points de suivi, est très réactif aux apports fluviaux tout au long de l’année. - Les bilans des concentrations de chlorophylle a en 2018 sont pour la plupart en léger déficit par rapport aux moyennes des dix dernières années. Cette observation est à relier aux faibles abondances de phytoplancton relevées en 2018 et en baisse depuis quatre ans. - Les concentrations en oxygène dissous sont le plus souvent supérieures aux dix dernières années. Ceci est en partie lié à des blooms phytoplanctoniques plus importants en 2018. Aucune anoxie en milieu naturel n’est observée. - Les concentrations des nutriments suivent une variation saisonnière avec un maximum hivernal. En 2018, ces concentrations sont plus élevées que les 3 années précédentes, en lien avec les plus fortes pluies observées à cette période. Suite du résumé sur le rapport...

Les résultats hydrologiques sont détaillés par paramètre : température, salinité, turbidité, chlorophylle a, oxygène dissous et nutriments. Les évolutions annuelles sont présentées pour l’ensemble des points de prélèvement. Un bilan annuel est effectué sur le point de référence « les Hébihens » 022-P-018. De manière générale : · L’année a été plutôt sèche hormis des épisodes d’intempérie intense (orages et la tempête « Ana » en décembre). Le bilan pluviométrique de 2017 est positif grâce à ces épisodes. · La température de l’eau a suivi le cycle saisonnier avec des valeurs comprises entre 7°C et 21°C. Pour la troisième année consécutive, les températures de l’eau ont été les plus chaudes. · La salinité reste relativement constante tout au long de l’année (entre 34,5 et 35,5) sur les points du large. Les dessalures les plus marquées sont observées sur les points proches de la côte et lors des épisodes pluvieux, notamment en décembre. · Relativement constante sur les points situés au large (restant inférieure à 5 FNU), la turbidité peut être très importante sur les points situés à la côte. Ce fut particulièrement le cas en fin d’année. On observe notamment que le point « Dahouët », le plus côtier des points de suivi, est très réactif aux apports fluviaux tout au long de l’année. · Les bilans des concentrations de chlorophylle a en 2017 sont pour la plupart en léger déficit par rapport aux moyennes des neuf dernières années. Cela s’est observé par une abondance plus faible du phytoplancton. · Les concentrations en oxygène dissous sont le plus souvent moindres que les dix dernières années, c’est en partie en lien avec le réchauffement des eaux. Aucune anoxie n’est observée. · Les concentrations des nutriments suivent une variation saisonnière avec un maximum hivernal. En 2017, ces concentrations ont été les plus faibles enregistrées depuis la mise en place de leur surveillance en 2009 et précise une baisse observée depuis trois ans.

Le réseau national Mytilobs est implanté dans les principales régions mytilicoles du littoral atlantique : Normandie, Bretagne Nord, Bretagne Sud, Pays de Loire et Poitou-Charentes. Les sites d’Agon (Ouest Cotentin), du Vivier (baie du Mont Saint-Michel), de Pont Mahé (baie de Vilaine), de l’Aiguillon (pertuis Breton), d’Yves (pertuis d’Antioche) représentent l'élevage sur bouchot du Nord au Sud. Le site Filière (pertuis Breton) représente l’élevage sur corde, en pleine eau. La mise à l’eau des cheptels sur l’ensemble des sites du réseau, en septembre 2013, s’est faite à partir d’un même lot de moules calibrées (23,97 +/- 0,7mm), captées sur corde dans le pertuis Breton. Les prélèvements de la campagne 2014 (septembre 2013-décembre 2014) sont trimestriels. La biométrie et la mortalité sont effectuées à chaque sortie. Cette campagne 2014 a été marquée par des événements climatiques remarquables avec un 3ème rang d’indices NAO+ cumulés depuis 150 ans pour la période automne 2013 - hiver 2014. L’hiver 2014 est également l’hiver le plus excédentaire en précipitations depuis 1954, marqué également par de nombreuses périodes de tempêtes et coups de vent (Météo France). Ces conditions ont favorisé des dessalures, des températures de l’eau élevées et des turbidités importantes pendant l’hiver 2014, à l’échelle de la façade Atlantique - Manche Ouest. Des mortalités massives sont apparues dans le pertuis Breton sur le site Filière. Les hypothèses relatives à l’émergence de ces mortalités se concentrent sur ce point de départ qui représente plus de 4000 tonnes de moules en élevage et où la mortalité a détruit 100% du cheptel. Alors que la baisse de salinité hivernale (25) n’est pas un facteur déclenchant de mortalité sur ce site, une rivière proche, la Sèvre, semble avoir joué le rôle de barrière dynamique au début de la diffusion des mortalités. Les températures supérieures à 10°C en janvier (pendant 20 jours) ont pu favoriser la maturation et la pontes de moules, particulièrement sur le site Filières. Ces observations, en lien avec les conditions climatiques difficiles évoquées ci dessus, conduisent à émettre l’hypothèse d’une fragilité des moules autour de la période de maturation, facilitant d’éventuelles intrusions bactériennes (affaiblissement hémocytaire, MOREST, 2007 cas de l’huître Crassostrea gigas). La diminution de l'intensité des mortalités, entre mars et juin, l'observation d'un captage régulier dans les deux pertuis (source Creaa), le constat de l'absence de mortalités des naissains en élevage jusqu'en décembre 2014 et l’identification d’une bactérie pathogène de type Vibrio splendidus (Travers, 2014) confortent cette hypothèse. Aucun parasite (Martelia), ni virus n’ont été identifiés. Par ailleurs, les pertes importantes de poids sec de chair en hiver, et les croissances en longueur réduites, relèguent l’indice de Walne et Mann sur les bouchots de l'Aiguillon et Yves à des valeurs de 78 et 72, parmi les plus faibles enregistrées dans les pertuis Charentais (Remoula 2000-2010). Contrairement aux sites océaniques du Vivier et d’Agon, ces indices révèlent probablement une "souffrance physiologique" plus importante sur ces sites durant l’hiver 2014. Apparues mi-mars, dans le Nord du pertuis Breton les mortalités ont diffusé vers le Sud où elles persistaient encore dans le pertuis d’Antioche en juin. L’importance des mortalités diminue au fur et à mesure que l’on s’écarte du foyer d’origine Filière du pertuis Breton et que l’on s’éloigne de la période de maturation (mars-juin). Le gradient de mortalité s’étale du Nord : Filière (98%), au Sud : Yves (50%), Boyard (20%). Les mortalités dans les pertuis Charentais sont estimées à 7000 à 9000 tonnes. D’autres mortalités importantes ont eu lieu sur le site d’Agon ; 50% au mois décembre. Cette mortalité, régulière dans le temps a pour origine les bigorneaux perceurs Nucella lapillus. Pour la campagne 2014, le réseau Mytilobs a joué son rôle de sentinelle active. Il a complété et renforcé l’expertise environnementale sur les mortalités massives de moules, engagée en 2014 (Bechemin 2014, Travers 2014). Pour 2015, il doit s’activer comme interface efficace, s’associer et accompagner les programmes de recherche qui se développent pour comprendre ce phénomène de mortalités massives de moules dans les pertuis Charentais et au-delà sur le littoral atlantique.

La conductance-métrie est une nouvelle méthode d'analyse bactériologique. Elle est utilisée dans de nombreux produits alimentaires pour la détection des salmonelles. La réponse (absence ou présence présumée) est donnée plus rapidement par cette technique que par les techniques classiques, permettant ainsi de diminuer le risque sanitaire lié à ce pathogène. La méthode a été testée sur différents coquillages artificiellement contaminés par les souches de salmonelles les plus fréquemment retrouvées dans le milieu naturel. Les résultats obtenus indiquent qu'elle pourrait convenir pour le milieu marin. Toutefois des tests sur coquillages naturellement contaminés sont nécessaires pour établir sa fiabilité avant son application en routine.

Depuis 2009, l'Observatoire Conchylicole assure le suivi, sur des sites ateliers disposés sur l'ensemble du littoral français, de lots sentinelles d'huîtres creuses Crassostrea gigas représentatifs de la production française. Leur suivi permet d'acquérir des données nationales de croissance et de mortalité, de traduire la dynamique spatio-temporelle des performances d’élevage et ainsi de participer à la compréhension des phénomènes observés. Pour ce faire, des lots sentinelles d’huîtres correspondant à différentes origines (captage ou écloserie, diploïdes ou triploïdes) et à différents stades d’élevage (naissain ou adultes 18 mois) sont déployés simultanément sur 13 sites ateliers représentant les grandes régions conchylicoles du littoral français. En parallèle des suivis de croissance et de mortalité, des données associées à la présence d’agents infectieux dans ces huîtres, ainsi que des variables environnementales (température, salinité, flores sur certains sites) sont acquises. L’ensemble des données acquises par l’Observatoire Conchylicole est diffusé en temps quasiréel, par l’intermédiaire d’un site internet dédié affichant les courbes de mortalité, de croissance et de température sur chaque site (actualisé tous les 15 jours). Des bulletins résumant les évolutions des divers paramètres sont également téléchargeables sur le site. Enfin, les mesures haute fréquence de température, pression et salinité des différents sites sont accessibles en temps réel sur un serveur spécifique. Les résultats des suivis réalisés en 2011 mettent en évidence des différences significatives entre les taux de mortalité cumulée sur les lots de naissains diploïdes (moyenne nationale 73 % ± 11%), de naissain triploïde (moyenne nationale 44.4 % ± 20%) et d’huîtres de 18 mois (moyenne nationale 3.1 % ± 4%). Certains sites apparaissent fortement touchés quel que soit le lot de naissain (tels que l’étang de Thau ou Loix en Ré), en opposition à certains autres pour lesquels les taux de mortalité cumulée sont plus faibles (Morlaix, Géfosse). La cinétique d’apparition des mortalités diffère selon les sites, et semble suivre un gradient sud-nord, fortement corrélé à la date du passage d’une température seuil (16° C). Ainsi, la première vague de mortalité est observée sur l’étang de Thau dès la mi-avril, alors qu’elle n’apparaît qu’à partir du mois de juin sur les sites de Normandie, Blainville ou Géfosse. Les analyses pathologiques réalisées lors des premiers constats de mortalité sur chaque type de lots de naissain, et pour chaque site, montrent une présence quasi-permanente de l'herpes virus OsHV-1 μvar (détecté dans 81 % des échantillons analysés), associée à la présence de Vibrio splendidus (détecté dans 92 % des échantillons analysés) : une corrélation est observée entre le nombre d’individus porteurs du virus OsHV-1 μvar et les taux de mortalité. Parallèlement à cela, la bactérie Vibrio aesturianus n’a été détectée que dans 4 % des échantillons analysés, sa présence restant donc anecdotique. Les données de croissance des lots étudiés mettent en évidence des performances globalement bonnes pour l’année 2011, aussi bien sur le naissain que sur le 18 mois. En effet, après des taux de croissance comparables aux moyennes décennales 2001-2010 jusqu’au mois de juin, on observe des gains de poids nettement plus élevés de septembre à décembre (environ 50% supérieur pour les sites situés plus au Nord tels que Blainville, Géfosse, Cancale et Brest).

Depuis 1992, la surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’année 2015 est la première année de transition pour laquelle un début d’évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcé. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place, s’appuyant sur l’existant et intégrant des débuts d’évolution. La surveillance événementielle a constitué l’activité principale du dispositif en 2015 et s’est appuyée sur des réseaux existants : (1) la surveillance des mortalités observées sur des animaux sentinelles déployés sur les sites ateliers des réseaux Ifremer RESCO 2 (12 sites) pour l’huître creuse Crassostrea gigas et MYTILOBS 2 (8 sites) pour la moule bleue Mytilus edulis. Pour l’huître creuse Crassostrea gigas, la mortalité cumulée moyenne était de 50,3% (écart-type 10,9%) pour le naissain standardisé Ifremer (NSI), de 11,0% (écart-type 9,1%) pour les huîtres de 18 mois et de 7,3% (écart-type 5,6%) pour les huîtres de 30 mois. Les mortalités ont été observées principalement entre le début du mois de mai et la mi-juillet. Lors de ces épisodes de mortalité, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 7 prélèvements pour le NSI, 2 pour les huîtres de 18 mois et 1 pour les huîtres de 30 mois. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons d’huîtres creuses prélevés et analysés. Le virus OsHV-1 a été détecté dans les 7 échantillons analysés de NSI, dans 2 échantillons analysés d’huîtres de 18 mois et dans 1 échantillon analysé d’huîtres de 30 mois. La bactérie Vibrio aestuarianus a été détectée dans 5 échantillons analysés de NSI, dans 1 échantillon d’huîtres de 18 mois et dans 1’échantillon d’huîtres de 30 mois. Pour la moule bleue Mytilus edulis, des mortalités cumulées variant de 9% sur le site du Vivier à 51% sur le site des filières du Pertuis Breton ont été estimées. Les mortalités ont été observées au printemps sur des moules âgées d’une année et en automne sur des moules plus jeunes. Lors de ces épisodes de mortalités, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 2 prélèvements pour les moules d’une année et 1 pour les jeunes moules. Ces prélèvements ont eu lieu dans le Pertuis Breton. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons de moules prélevés et analysés. Des bactéries du groupe Splendidus ont été détectées dans les 3 échantillons de moules analysés. (2) la surveillance s’appuyant sur les déclarations de mortalités de mollusques par les conchyliculteurs et pêcheurs à pied professionnels auprès des Directions départementales des territoires et de la mer (DDTM). Cette modalité s’applique aux huîtres creuses et aux moules bleues lorsqu’il n’existe pas de site atelier RESCO 2 ou MYTILOBS 2 dans la zone où des mortalités sont déclarées par les conchyliculteurs ou pêcheurs à pied. Le réseau REPAMO 2 a réalisé 22 interventions, dont 15 pour les moules Mytilus edulis, 4 pour les coques Cerastoderma edule, 2 pour les palourdes Ruditapes sp. et 1pour les coquilles saint Jacques Pecten maximus. La recherche d’agents infectieux dans ces espèces de mollusques prélevés lors de hausse de mortalité a permis de mettre en évidence les parasites réglementés Perkinsus olseni dans 1 lot de palourdes, et Marteilia refringens dans 4 lots de moules, ainsi que le virus OsHV-1 dans 1 lot de palourdes et 1 lot de coques, la bactérie Vibrio aestuarianus dans 3 lots de coques, et des bactéries du groupe Splendidus dans 3 lots de coques et dans 13 lots de moules. L’année 2015 a également permis la démonstration sur un site atelier d’un exercice de surveillance programmée, ciblée et fondée sur les risques d’introduction et d’installation d’un organisme pathogène exotique. Elle a concerné le parasite Mikrocytos mackini de l’huître creuse Crassostrea gigas, sur un site atelier de la Charente-Maritime, suivi par le réseau RESCO 2. Le parasite Mikrocytos mackini n’a pas été détecté. En revanche, le parasite Marteilia refringens a été détecté dans ¾ des prélèvements d’huîtres réalisés. Dans le cadre du soutien scientifique et technique de l’évolution de la surveillance événementielle, l’année 2015 a également permis de poursuivre la démarche relative aux développements méthodologiques en lien avec la surveillance événementielle des mortalités de mollusques marins. Une étude de faisabilité de la recherche prospective de regroupements spatio-temporels d’événements de mortalités d’huîtres creuses a été préparée en collaboration avec tous les acteurs de la santé des mollusques marins en Normandie. Un outil de collecte et d’analyse des données de signalements des mortalités, automatisé, simple d’utilisation et flexible, a été élaboré.

Créé en 1992, le réseau Repamo (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s’inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Repamo a pour objectif de détecter précocement les infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’étude des hausses de mortalités a été poursuivie avec 52 interventions complètes ayant conduit au recueil de commémoratifs et à la collecte d’échantillons de mollusques marins pour analyses en pathologie. Des hausses de mortalités d’huîtres creuses (Crassostrea gigas) (44 interventions) ont été recensées dans la majorité des bassins de production de mai à août pour le naissain (< 1 an), d’avril à septembre pour les juvéniles (1-2 ans) et toute l’année surtout en juillet-août pour les huîtres creuses adultes. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les lots d’huîtres creuses prélevés et analysés. Des agents viraux (herpès virus OsHV-1 dans 68 % des lots analysés) et bactériens (Vibrio aestuarianus dans 77 % des lots analysés) ont été détectés seuls ou en association dans de nombreux échantillons prélevés au cours des épisodes de mortalité 2013 chez des huîtres creuses prélevées chez les producteurs. Les analyses en biologie moléculaire pour la recherche de l’herpès virus OsHV-1 et de la bactérie Vibrio aestuarianus sur les échantillons d’huîtres creuses prélevés au cours des épisodes de mortalité 2013 ont été réalisées par neuf laboratoires agréés et les analyses en histo-cytopathologie ont été réalisées par l’unité technique du Laboratoire de Génétique et de Pathologie des Mollusques Marins (LGMM). Des hausses de mortalités ont également affecté d’autres espèces de mollusques : moules d’élevage (Mytilus edulis) à Oye-Plage [ZIR 001] ; praires sauvages (Venus verrucosa) au large de Granville [ZIR 018] ; flions tronqués sauvages (Donax trunculus) en baie de Douarnenez [ZIR 040] et en baie de Quiberon [ZIR 055], des palourdes (Ruditapes philippinarum) d’élevage en rivière d’Auray [ZIR 060], aux traicts du Croisic [ZIR 068] et sauvages sur des gisements en baie du Mont Saint-Michel [ZIR 020] et à l’île d’Oléron [ZIR080]. Le protozoaire du genre Mikrocytos sp a été à nouveau détecté chez des flions tronqués prélevés en baie de Douarnenez en août 2013 et en baie de Quiberon en septembre 2013. Un protozoaire à déclaration obligatoire a été détecté sur une palourde aux Traicts du Croisic.