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Wild animals are captured or taken opportunistically, and the meat, body parts, and/or eggs are consumed for local subsistence or used for traditional purposes to some extent across most of the world, particularly in the tropics and subtropics. The consumption of aquatic animals is widespread, in some places has been sustained for millennia, and can be an important source of nutrition, income, and cultural identity to communities. Yet, economic opportunities to exploit wildlife at higher levels have led to unsustainable exploitation of some species. In the literature, there has been limited focus on the exploitation of aquatic non-fish animals for food and other purposes. Understanding the scope and potential threat of aquatic wild meat exploitation is an important first step toward appropriate inclusion on the international policy and conservation management agenda. Here, we conduct a review of the literature, and present an overview of the contemporary use of aquatic megafauna (cetaceans, sirenians, chelonians, and crocodylians) in the global tropics and subtropics, for species listed on the Appendices of the Convention on the Conservation of Migratory Species of Wild Animals (CMS). We find that consumption of aquatic megafauna is widespread in coastal regions, although to varying degrees, and that some species are likely to be at risk from overexploitation, particularly riverine megafauna. Finally, we provide recommendations for CMS in the context of the mandate of the Aquatic Wild Meat Working Group.

Extinctions on land are often inferred from sparse sightings over time, but this technique is ill-suited for wide-ranging species. We develop a space-for-time approach to track the spatial contraction and drivers of decline of sawfishes. These iconic and endangered shark-like rays were once found in warm, coastal waters of 90 nations and are now presumed extinct in more than half (n = 46). Using dynamic geography theory, we predict that sawfishes are gone from at least nine additional nations. Overfishing and habitat loss have reduced spatial occupancy, leading to local extinctions in 55 of the 90 nations, which equates to 58.7% of their historical distribution. Retention bans and habitat protections are urgently necessary to secure a future for sawfishes and similar species.

Table S1: List of species and specimens collected and vouchered from the EAD survey of the bony-fish species of the Arabian Gulf (EAD voucher numbers; numbers in bold were specimens sequenced in this study). Ludt, W.B., Jabado, R.W., Al Hameli, S.M., Freeman, L., Teruyama, G., Chakrabarty, P. & Al Dhaheri, S.S. (2020) Establishing a reference collection and DNA barcoding the coastal fishes of the United Arab Emirates. Journal of the Ocean Science Foundation, 35, 54–64.

The Arabian Gulf is a semi-enclosed sea largely isolated from surrounding bodies of water. Due to several physical attributes, this basin comprises a variety of habitats that are influenced by strong seasonal fluctuations in abiotic conditions, which in turn puts considerable stress on local species. The biodiversity of this body of water has been historically understudied and is under increasing threats from overexploitation, development, and climate change. Documenting the current state of this biodiversity is therefore of paramount importance. The coastal waters of the United Arab Emirates make up the majority of the southern portion of the Gulf, and the species richness of these waters has never been formally documented. Here, we present the findings of an inshore and offshore biodiversity survey that recently sampled along the entirety of the southern coast of the Gulf. We focused on the non-elasmobranch ichthyological biodiversity (i.e. bony fishes), and established a regional collection housed at the Environmental Agency-Abu Dhabi (EAD) for future researchers to use and to reference. Additionally, we mtDNA barcoded a subset of the specimens collected using the mitochondrial cytochrome oxidase subunit 1 (COI) marker. In total, 631 specimens were collected from 164 different localities representing 158 species and 60 families. We sequenced 465 of these individuals to assess the match to all sequences in the BOLD database and their species identification. The results suggest possible cryptic species or strong population structuring that warrant future taxonomic exploration. This study represents the largest bony-fish barcoding effort for the region to date and provides data that will be useful for scientists, non-governmental organizations, and policymakers moving forwards.

Sharks and rays are the most threatened group of marine vertebrates. Extinction risk is highest for species in tropical and subtropical areas, often associated with developing nations that generally lack baseline data on species diversity. Although considered a regional elasmbranch hotspot, species diversity in the Banc d’Arguin National Park (PNBA) in Mauritania has not been characterized. Here, a first description of species diversity is provided based on a combination of approaches. DNA barcoding was used to build a regional genetic reference database of species sampled at local processing and landing sites. Two potentially new species (genus Gymnura and Torpedo) were found and possible new lineages for Sphyrna lewini and Aetomylaeus bovinus were uncovered, however, results should be observed with caution and are pending further confirmation. Mustelus punctulatus and Hypanus rudis were confirmed from Mauritania for the first time, extending their known distribution range. Metabarcoding was used to explore species diversity in eDNA samples from the PNBA. Results confirmed the presence of 29 different species, 12 sharks and 17 rays of which 14 species had previously never been reported from the PNBA in the literature. Notably, Mustelus punctulatus was found in 77% of the eDNA samples, while the only locally reported smoothhound, M. mustelus, was absent in all samples. Sphyrna lewini, a species previously reported, was absent from all eDNA samples, however its presence was visually confirmed. Putative new Gymnura and Torpedo species were found throughout various eDNA samples. A total of 66.6% of shark and ray species in the PNBA are threatened with extinction (including S. lewini). Considering the high fishing pressure sharks and rays are exposed to, these results emphasize the importance of taxonomic identification for individual species management and provide a baseline to inform future studies and shark and ray specific conservation measures in the PNBA. Os tubarões e as raias são o grupo de vertebrados marinhos mais ameaçado, principalmente devido a um aumento contínuo do esforço de pesca ao longo das últimas décadas. Os peixes cartilagíneos são inerentemente mais susceptíveis à pressão da pesca devido às características da história de vida que geralmente incluem crescimento lento, maturação tardia e baixa fecundidade. Actualmente, mais de um terço das espécies são de grande preocupação em termos de conservação. O risco de extinção é maior para espécies em áreas tropicais e subtropicais, frequentemente associadas a nações em desenvolvimento que geralmente carecem de dados de base sobre diversidade de espécies e capacidade de monitorização adequada. Um desses países é a Mauritânia, localizada na África subsaariana ocidental, que alberga a maior área marinha protegida da África ocidental, o Parc National du Banc d'Arguin (PNBA), criado em 1976. Os tubarões e as raias eram fortemente explorados na área antes de 2003, quando a gestão do PNBA e a população de pescadores indígenas, aos quais foram concedidos direitos exclusivos de pesca em 2000, acordaram numa moratória sobre quase toda a pesca dirigida ao tubarão e às raias. No entanto, a pressão da pesca de tubarões e raias não parece ter diminuído e o grupo parece representar entre 35% e 45% dos desembarques no PNBA. Embora tenha sido considerado um hotspot regional de tubarões e arraias, a diversidade de espécies no PNBA não foi caracterizada anteriormente. Aqui, a taxonomia das espécies locais é revista e é fornecida uma descrição detalhada da diversidade de espécies com base numa combinação de abordagens. A codificação de barras de ADN foi utilizada para construir uma base de dados de referência de sequência genética 12S específica de espécies amostradas em locais de processamento e aterragem de tubarões e raias locais entre Outubro de 2020 e Abril de 2021. Os genes COI e NADH2 foram utilizados para confirmar algumas identidades ambíguas de espécies que não puderam ser determinadas com confiança apenas através do 12S. Um total de 28 espécies foram codificadas com códigos de barras, das quais 12 eram tubarões e 16 eram raias. 14 espécies forneceram códigos de barras totalmente novos 12S à base de dados global e quatro espécies forneceram novos códigos de barras COI. Duas espécies potencialmente novas no género Gymnura e Torpedo, aqui referidas como Gymnura sp. e Torpedo sp., foram encontradas e preliminarmente corroboradas com base em resultados genéticos, bem como em diferenças morfológicas com outras espécies descritas dentro do seu género. Possíveis novas linhagens nas espécies Sphyrna lewini e Aetomylaeus bovinus foram descobertas, mas devem ser observadas com cautela e estão pendentes de confirmação genética e morfológica adicional. Foi encontrada uma Rhinobatos rhinobatos de forma anormal, que foi compatível com a espécie com base em sequências 12S, levando à conclusão preliminar de que o focinho arredondado dos espécimes é uma deformação morfológica. Da mesma forma, R. rhinobatos com padrões de coloração distintos semelhantes a R. irvinei foram atribuídos à espécie anterior com base em combinações de sequências 12S. No entanto, a confirmação para ambas está pendente de análise genética adicional, dado que as sequências 12S aqui codificadas mostram geralmente taxas de divergência mais baixas do que outros genes. Mustelus punctulatus e Hypanus rudis foram confirmados na Mauritânia pela primeira vez, estendendo a sua conhecida área de distribuição a sul do Sahara Ocidental e a norte da Gâmbia, respectivamente. Uma espécie do género Fontitrygon não pôde ser resolvida com confiança ao nível da espécie e foi tratada como F. margarita/margaritella. No total, 19 das 28 espécies (20 se incluir F. margarita) são colocadas numa das três categorias de ameaça determinadas pela Lista Vermelha da IUCN, com seis espécies avaliadas como Criticamente Ameaçadas, cinco como Ameaçadas e oito (ou nove) como Vulneráveis. As espécies ameaçadas de extinção constituem 68% (ou 71%) das espécies de código de barras neste estudo. Além disso, foi utilizado um ensaio de metabarcodificação específica de tubarões e raias para confirmar a presença de espécies no PNBA. Um total de 29 espécies, 12 tubarões e 17 espécies de raias, estiveram presentes em amostras de eDNA colhidas em locais espalhados pelas áreas norte, centro e sul do PNBA, incluindo uma espécie não identificada de Myliobatis, presumivelmente M. aquila. Uma única amostra colhida fora dos limites do PNBA detectou 12 espécies, contudo não mostrou diversidade adicional de espécies. Foram também recolhidas amostras de DNA ambiental em poços de salga em locais de processamento de tubarões e arraias para avaliar a utilidade do método na detecção de algumas espécies menos comuns e corroborar a sua utilidade como possível ferramenta de monitorização futura em locais de processamento. Os resultados de metabarcodificação confirmaram a presença de 29 espécies diferentes no PNBA, das quais 12 são tubarões e 17 são raias, e das quais 14 espécies nunca tinham sido anteriormente registadas do PNBA na literatura, algumas das quais são tubarões de maiores dimensões, pelágicos ou de águas mais profundas, cuja presença no PNBA é presumivelmente transitória. Outras espécies incluem arraias da família Dasyatidae que são frequentemente reportadas apenas a nível familiar ou de género e que, por conseguinte, podem ter estado ausentes dos registos de desembarque anteriores. Notavelmente, Mustelus punctulatus foi encontrado em 77% das amostras de eDNA do PNBA, enquanto a única espécie Mustelus reportada localmente, M. mustelus, estava ausente em todas as amostras. Squalus acanthias, uma espécie comum em regiões de águas temperadas e frias, foi detectada em 69% das amostras, mas a sua presença ainda não foi confirmada visualmente. Sphyrna lewini, uma espécie comumente capturada no PNBA, esteve ausente em todas as amostras de eDNA, mas a sua presença foi confirmada visualmente. As putativas novas espécies de Gymnura e Torpedo foram ambas encontradas em várias amostras de eDNA. De um total de 29 espécies positivamente identificadas a partir de amostras recolhidas dentro dos limites do PNBA, seis espécies estão Criticamente em Perigo (20,7%) se assumirmos a presença de M. aquila. Cinco espécies estão em Perigo (17,2%) e oito são Vulneráveis (27,6%) na Lista Vermelha da IUCN. As espécies listadas como ameaçadas de extinção no PNBA ascendem portanto a 65,5% e incluem as sete espécies mais abundantes em termos de abundância de leitura. Ao incluir S. lewini, o número de espécies de tubarões e raias ameaçadas no PNBA aumenta para 66,6%. Em amostras de eDNA dos poços de salga, um total de 26 espécies foram detectadas em apenas duas amostras, incluindo seis espécies não detectadas em amostras ambientais, nomeadamente Galeocerdo cuvier, S. lewini, Sphyrna zygaena, Sphyrna mokarran, Torpedo marmorata e Pseudotriakis microdon e três espécies que não foram observadas in situ (G. cuvier, T. marmorata e P. microdon). Apenas uma espécie confirmada in situ não foi detectada em amostras de eDNA (Raja parva). Este estudo representa tanto o primeiro exaustivo esforço regional de codificação de barras como o primeiro levantamento de elasmobrânquios de eDNA na África Ocidental. É também o primeiro a caracterizar a diversidade de espécies de tubarões e raias no PNBA, utilizando ferramentas de levantamento molecular. Considerando que as espécies de alta pressão de pesca estão expostas no PNBA e o precário estado de conservação de uma elevada proporção de espécies locais, estes resultados enfatizam a importância da identificação taxonómica para a gestão individual das espécies e fornecem uma importante base de referência para futuros estudos e medidas de conservação específicas de tubarões e raias no PNBA.