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2. Template Metaprogramming Techniques for Concept-Based Specialization
- Author
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Antoine Mahul, Bruno Bachelet, Loïc Yon, Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'Optimisation des Systèmes (LIMOS), Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne (ENSM ST-ETIENNE)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), and Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Subjects
Generic programming ,Theoretical computer science ,Computer science ,02 engineering and technology ,[INFO.INFO-SE]Computer Science [cs]/Software Engineering [cs.SE] ,computer.software_genre ,Set (abstract data type) ,métaprogrammation par patrons ,QA76.75-76.765 ,template specialization ,Taxonomy (general) ,Component (UML) ,Specialization (functional) ,0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering ,Template metaprogramming ,Computer software ,[INFO.INFO-PL]Computer Science [cs]/Programming Languages [cs.PL] ,Programming language ,020207 software engineering ,Extension (predicate logic) ,16. Peace & justice ,programmation générique ,template metaprogramming ,Computer Science Applications ,spécialisation de patron ,Component-based software engineering ,surcharge/spécialisation par concepts ,020201 artificial intelligence & image processing ,computer ,concept-based overloading/specialization ,Software ,generic programming - Abstract
International audience; In generic programming, software components are parameterized on types. When available, a static specialization mechanism allows selecting, for a given set of parameters, a more suitable version of a generic component than its primary version. The normal C++ template specialization mechanism is based on the type pattern of the parameters, which is not always the best way to guide the specialization process: type patterns are missing some information on types that could be relevant to define specializations. The notion of a "concept", which represents a set of requirements (including syntactic and semantic aspects) for a type, is known to be an interesting approach to control template specialization. For many reasons, concepts were dropped from C++11 standard, this article therefore describes template metaprogramming techniques for declaring concepts, "modeling" relationships (meaning that a type fulfills the requirements of a concept), and "refinement" relationships (meaning that a concept refines the requirements of another concept). From a taxonomy of concepts and template specializations based on concepts, an automatic mechanism selects the most appropriate version of a generic component for a given instantiation. Our purely library-based solution is also open for retroactive extension: new concepts, relationships, and template specializations can be defined at any time; such additions will then be picked up by the specialization mechanism.
- Published
- 2013
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3. Phylogenetic evidence for a recent spread of two populations of human enterovirus 71 in European countries
- Author
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Hélène Peigue-Lafeuille, Christine Archimbaud, Isabelle Schuffenecker, Cécile Henquell, S. Diedrich, Gwendoline Jugie, Elena Terletskaia-Ladwig, Jean-Luc Bailly, Geneviève Billaud, Audrey Mirand, Antoine Mahul, Hartwig P. Huemer, Bruno Lina, Delphine Falcon, and M. Enders
- Subjects
Time Factors ,Genes, Viral ,Molecular Sequence Data ,Locus (genetics) ,Biology ,medicine.disease_cause ,Evolution, Molecular ,Phylogenetics ,Virology ,Enterovirus Infections ,medicine ,Enterovirus 71 ,Humans ,Clade ,Phylogeny ,Genetics ,Molecular Epidemiology ,Genetic diversity ,Polymorphism, Genetic ,Base Sequence ,Models, Genetic ,Phylogenetic tree ,Bayes Theorem ,biology.organism_classification ,Enterovirus A, Human ,Europe ,Phylogenetic Pattern ,RNA, Viral ,Enterovirus - Abstract
Human enterovirus 71 (EV-71) is a cause of seasonal epidemics of hand, foot and mouth disease, and of less common but severe neurological manifestations. Uncertainty persists regarding the circulation of virus populations in several geographical areas and the timescale of their dissemination. We determined EV-71 sequences at loci 1D (VP1 capsid protein) and 3CD (non-structural proteins) in 86 strains recovered in Austria, France and Germany and performed an evolutionary genetic study of extant virus populations. Phylogenetic analyses positioned 78 of the 86 sequences within two clades among subgenogroups C1 and C2. A minor sequence cluster was assigned to subgenogroup C4. Analyses incorporating the available sequences estimated the substitution rate in genogroup C at 3.66 x 10(-3) and 4.46 x 10(-3) substitutions per site year(-1) for loci 1D and 3CD, respectively, assuming a relaxed molecular-clock model for sequence evolution. Most of the 'European' strains belonged to clades C1b and C2b, which originated in 1994 [95 % confidence interval (CI), 1992.7-1995.8] and 2002 (95 % CI, 2001.6-2003.8), respectively. Estimates of divergence times for locus 3CD were consistent with those measured for locus 1D. Intertwining between clades representing EV-71 subgenogroups and clades corresponding to other enterovirus types (notably early coxsackievirus A prototype strains) in the 3CD phylogeny is highly indicative of ancestral recombination events. Incongruent phylogenetic patterns estimated for loci 1D and 3CD show that a single tree cannot model the epidemic history of circulating EV-71 populations. The evolutionary timescale of genogroup C estimated for both loci was measured only in decades, indicating recent dissemination.
- Published
- 2010
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4. Designing generic algorithms for operations research
- Author
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Loïc Yon, Antoine Mahul, Bruno Bachelet, Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'Optimisation des Systèmes (LIMOS), Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne (ENSM ST-ETIENNE)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Subjects
Operations research ,Computer science ,[INFO.INFO-SE]Computer Science [cs]/Software Engineering [cs.SE] ,02 engineering and technology ,computer.software_genre ,Extensibility ,Object-oriented design ,conception orientée objet ,Software ,0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering ,algorithm implementation ,genericity ,Reusability ,Generic algorithms ,business.industry ,Programming language ,généricité ,Design pattern ,020207 software engineering ,[INFO.INFO-RO]Computer Science [cs]/Operations Research [cs.RO] ,Data structure ,implémentation d’algorithme ,recherche opérationnelle ,reusability ,réutilisabilité ,020201 artificial intelligence & image processing ,object-oriented design ,business ,computer ,operations research - Abstract
Design solutions have been proposed to implement generic data structures, however such techniques dedicated to algorithms are not well known. This article discusses various recurrent problems encountered when designing reusable, extensible algorithms for operations research. It explains how to use object-oriented concepts and the notion of genericity to design algorithms that are independent of the data structures and the algorithms they use, but that can still interact deeply with them. An object-oriented design is sometimes considered to be less efficient than a classical one, and operations research is one of these scientific fields where efficiency really matters. Hence, the main goal of this article is to explain how to design algorithms that are both generic and efficient. It also discusses specific recurring design issues for operations research software and proposes solutions that improve the genericity of the algorithms. Copyright © 2005 John Wiley & Sons, Ltd.
- Published
- 2005
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5. Annotation of microsporidian genomes using transcriptional signals
- Author
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Ivan Wawrzyniak, Sébastien Terrat, Olivier Gonçalves, Nicolas Parisot, Pierre Peyret, Patrick Wincker, Corinne Biderre-Petit, Simone Duprat, Frédéric Delbac, Jean Weissenbach, Sébastien Rimour, Eric Dugat-Bony, Antoine Mahul, Gaelle Samson, Brigitte Chebance, Stéphanie Bornes, Jérémie Denonfoux, Eric Peyretaillade, Michael Katinka, Valérie Polonais, Conception, Ingénierie et Développement de l'Aliment et du Médicament ( CIDAM ), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I ( UdA ), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement ( LMGE ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I ( UdA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'optimisation des Systèmes ( LIMOS ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I ( UdA ) -Sigma CLERMONT ( Sigma CLERMONT ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Génie Biologie, Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] ( GENOSCOPE ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ), Génomique métabolique ( UMR 8030 ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université d'Évry-Val-d'Essonne ( UEVE ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Génomique d'Evry ( IG ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay, Conception, Ingénierie et Développement de l'Aliment et du Médicament (CIDAM), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Genomic platform and R&D, GenoScreen, Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement - Clermont Auvergne (LMGE), Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Régional de Ressources Informatiques (CRRI), Clermont Université, Bioprocédés Appliqués aux Microalgues (GEPEA-BAM), Laboratoire de génie des procédés - environnement - agroalimentaire (GEPEA), Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Université Bretagne Loire (UBL)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Université Bretagne Loire (UBL)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), IUT Génie Biologique, Laboratoire de Biologie, Université d'Auvergne (Clermont Ferrand 1) (UdA), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Génomique métabolique (UMR 8030), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Structure et évolution des génomes (SEG), CNS-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'optimisation des Systèmes (LIMOS), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne (ENSM ST-ETIENNE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Universitaire de Technologie - Nantes (IUT Nantes), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie Saint-Nazaire (IUT Saint-Nazaire), Université de Nantes (UN)-Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (EPUN), Université de Nantes (UN)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bretagne Loire (UBL)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Universitaire de Technologie - La Roche-sur-Yon (IUT La Roche-sur-Yon), Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie - Nantes (IUT Nantes), Université de Nantes (UN), Institut de Génomique d'Evry (IG), Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (EPUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie - Nantes (IUT Nantes), Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie Saint-Nazaire (IUT Saint-Nazaire), Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie - La Roche-sur-Yon (IUT La Roche-sur-Yon), Université de Nantes (UN)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Université Bretagne Loire (UBL)-Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Université Bretagne Loire (UBL), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Sigma CLERMONT (Sigma CLERMONT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne, Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)
- Subjects
Transcription, Genetic ,genome annotation ,MESH : Molecular Sequence Annotation ,General Physics and Astronomy ,MESH: Phosphotransferases ,Genome ,transcriptional signal ,MESH : Protein Transport ,MESH : Fungal Proteins ,DNA, Fungal ,Conserved Sequence ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS ,Genetics ,0303 health sciences ,Fungal protein ,MESH: Conserved Sequence ,Multidisciplinary ,MESH: Genomics ,030302 biochemistry & molecular biology ,Genomics ,Genome project ,Protein Transport ,Molecular Sequence Annotation ,[ SDV.BBM.GTP ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN] ,MESH: Genome, Fungal ,MESH: Fungal Proteins ,MESH : Phosphotransferases ,Genome, Fungal ,Transposable element ,MESH: Protein Transport ,Genes, Fungal ,MESH: Molecular Sequence Annotation ,MESH : Microsporidia ,MESH : Open Reading Frames ,Computational biology ,Biology ,General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology ,Fungal Proteins ,Open Reading Frames ,03 medical and health sciences ,MESH : Conserved Sequence ,[SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN] ,Anncaliia algerae ,parasitic diseases ,Gene ,030304 developmental biology ,bioinformatic ,MESH: Transcription, Genetic ,MESH : Genome, Fungal ,Phosphotransferases ,structural annotation ,MESH : Genomics ,fungi ,MESH : Transcription, Genetic ,General Chemistry ,MESH: Open Reading Frames ,MESH: Microsporidia ,MESH: DNA, Fungal ,microsporidia ,MESH : Genes, Fungal ,[INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM] ,MESH : DNA, Fungal ,MESH: Genes, Fungal - Abstract
EA GenoSol CT3; International audience; High-quality annotation of microsporidian genomes is essential for understanding the biological processes that govern the development of these parasites. Here we present an improved structural annotation method using transcriptional DNA signals. We apply this method to re-annotate four previously annotated genomes, which allow us to detect annotation errors and identify a significant number of unpredicted genes. We then annotate the newly sequenced genome of Anncaliia algerae. A comparative genomic analysis of A. algerae permits the identification of not only microsporidian core genes, but also potentially highly expressed genes encoding membrane-associated proteins, which represent good candidates involved in the spore architecture, the invasion process and the microsporidian-host relationships. Furthermore, we find that the ten-fold variation in microsporidian genome sizes is not due to gene number, size or complexity, but instead stems from the presence of transposable elements. Such elements, along with kinase regulatory pathways and specific transporters, appear to be key factors in microsporidian adaptive processes.
- Published
- 2012
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6. Metavir: a web server dedicated to virome analysis
- Author
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Michael Faubladier, Didier Debroas, François Enault, Nils Paulhe, Antoine Mahul, Aurélien Bernard, Simon Roux, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive (BPGE), Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'optimisation des Systèmes (LIMOS), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne (ENSM ST-ETIENNE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), and SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)
- Subjects
Statistics and Probability ,Web server ,Computational biology ,Genome, Viral ,Biology ,computer.software_genre ,Biochemistry ,MESH: Viruses ,03 medical and health sciences ,Taxonomic composition ,MESH: Software ,Viral sequence ,Human virome ,MESH: Phylogeny ,Molecular Biology ,Phylogeny ,030304 developmental biology ,Supplementary data ,0303 health sciences ,Internet ,030306 microbiology ,[SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM] ,3. Good health ,Computer Science Applications ,Computational Mathematics ,MESH: Internet ,Computational Theory and Mathematics ,Viruses ,Data mining ,Metagenomics ,MESH: Genome, Viral ,MESH: Metagenomics ,[INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM] ,computer ,Software - Abstract
Summary: Metavir is a web server dedicated to the analysis of viral metagenomes (viromes). In addition to classical approaches for analyzing metagenomes (general sequence characteristics, taxonomic composition), new tools developed specifically for viral sequence analysis make it possible to: (i) explore viral diversity through automatically constructed phylogenies for selected marker genes, (ii) estimate gene richness through rarefaction curves and (iii) perform cross-comparison against other viromes using sequence similarities. Metavir is thus unique as a platform that allows a comprehensive virome analysis. Availability: Metavir is freely available online at: http://metavir-meb.univ-bpclermont.fr Contact: simon.roux@univ-bpclermont.fr Supplementary Information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
- Published
- 2011
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7. Evolutionary history of hepatitis C virus genotype 5a in France, a multicenter ANRS study
- Author
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Juliette Foucher, Ghassan Riachi, Sophie Vallet, Julien Guglielmini, Hélène Le Guillou-Guillemette, Arielle R. Rosenberg, Sophie Alain, Jacques Izopet, Evelyne Schvoerer, Véronique Loustaud-Ratti, Cécile Henquell, Hélène Peigue-Lafeuille, Philippe Podevin, Henri Coppere, Armand Abergel, Vincent Thibault, Dominique Roulot, Syria Laperche, Elisabeth André, Jean-Luc Bailly, Jean-Christophe Plantier, Sophie Metivier, Catherine Gaudy, Rafael Juan Pérez-Serra, Olivier Garraud, Jannick Verbeeck, Marc Van Ranst, Jérôme Gournay, Cyrille Feray, Antoine Mahul, Isabelle Fouchard-Hubert, Florence Legrand-Abravanel, Gilles Bommelaer, Audrey Mirand, Pascale Trimoulet, Henia Saoudin, Jean-Baptiste Nousbaum, Hélène Odent-Malaure, Yazid Baazia, Pascal Lebray, Louis d’Alteroche, Samir Gourari, François Habersetzer, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique et Physiologie bactériennes [Gosselies], Université libre de Bruxelles (ULB), Laboratory of Clinical Virology, Rega Institute for Medical Research, Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'optimisation des Systèmes (LIMOS), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pontchaillou [Rennes], CHU Paris, Centre National de Référence Virus des hépatites B, C et Delta, Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Bordeaux [Bordeaux], Hémodynamique, Interaction Fibrose et Invasivité tumorales Hépatiques (HIFIH), Université d'Angers (UA), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Service de Gastro-entérologie - Hépatologie [Purpan], CHU Toulouse [Toulouse], Service de bactériologie-virologie [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau, CHU Trousseau [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Service de Virologie [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Laboratoire de Biologie Cellulaire, UPRES 1833, CHU Rouen, Normandie Université (NU), Service d'Hépato-Gastroentérologie [CHU Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Groupe Immunité des Muqueuses et Agents Pathogènes (GIMAP), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), Institute of Computer Science - University of Augsburg (ICS), Universität Augsburg [Augsburg], Service d'hépato-gastro-entérologie, Hôpital Hôtel-Dieu [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Service de gastroenterologie, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Service de bactériologie-Virologie-Hygiène [Avicenne], Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Université de Limoges (UNILIM), Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (RESINFIT), CHU Limoges-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM), Laboratoire de Virologie, CHU Strasbourg, Interactions Virus-Hôte et Maladies Hépatiques, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Virologie, Epidémiologie et pathogénie des infections à entérovirus (EPIE), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Etablissement Français du Sang (EFS), EFS, VIROLOGIE, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratory of Clinical and Epidemiological Virology, Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)-Rega Institute for medical research, Service d'Hépatogastroentérologie, Hôpital Saint Eloi (CHRU Montpellier), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], Hôpital Bretonneau-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-IFR10, CHU Saint-Eloi, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne (ENSM ST-ETIENNE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pôle Maladies de l'appareil digestif [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Hôpital Charles Nicolle [Rouen], Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen, Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM), Laboratoire Virologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Hôpital Hôtel-Dieu [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris 13 (UP13)-Hôpital Avicenne [AP-HP], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-CHU Limoges, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement - Clermont Auvergne (LMGE), Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Sigma CLERMONT (Sigma CLERMONT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne, Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP], Service d'Hépato-Gastroentérologie [Rouen], Hôpital Hôtel-Dieu [Paris]-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Avicenne, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Jean Verdier [Bondy], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)
- Subjects
Microbiology (medical) ,Adult ,Male ,Genotype ,Population ,Molecular Sequence Data ,Mutation, Missense ,Hepacivirus ,Microbiology ,Coalescent theory ,Evolution, Molecular ,03 medical and health sciences ,Flaviviridae ,0302 clinical medicine ,Viral Envelope Proteins ,Phylogenetics ,[SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases ,Genetics ,Prevalence ,Humans ,education ,Molecular clock ,Molecular Biology ,Ecology, Evolution, Behavior and Systematics ,Phylogeny ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS ,030304 developmental biology ,Aged ,0303 health sciences ,education.field_of_study ,Cross Infection ,biology ,Molecular epidemiology ,Phylogenetic tree ,Transfusion Reaction ,Bayes Theorem ,Middle Aged ,biology.organism_classification ,Virology ,Hepatitis C ,3. Good health ,Infectious Diseases ,[SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology ,030211 gastroenterology & hepatology ,Female ,France - Abstract
The epidemic history of HCV genotype 5a is poorly documented in France, where its prevalence is very low, except in a small central area, where it accounts for 14.2% of chronic hepatitis C cases. A Bayesian coalescent phylogenetic investigation based on the E1 envelope gene and a non-structural genomic segment (NS3/4) was carried out to trace the origin of this epidemic using a large sample of genotype 5a isolates collected throughout France. The dates of documented transmissions by blood transfusion were used to calibrate five nodes in the phylogeny. The results of the E1 gene analysis showed that the best-fitting population dynamic model was the expansion growth model under a relaxed molecular clock. The rate of nucleotide substitutions and time to the most recent common ancestors (tMRCA) of genotype 5a isolates were estimated. The divergence of all the French HCV genotype 5a strains included in this study was dated to 1939 [95% HPD: 1921–1956], and the tMRCA of isolates from central France was dated to 1954 [1942–1967], which is in agreement with epidemiological data. NS3/4 analysis provided similar estimates with strongly overlapping HPD values. Phylodynamic analyses give a plausible reconstruction of the evolutionary history of HCV genotype 5a in France, suggesting the concomitant roles of transfusion, iatrogenic route and intra-familial transmission in viral diffusion.
- Published
- 2011
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8. Distributed Neural Networks for Quality of Service Estimation in Communication Networks
- Author
-
Alexandre Aussem, Antoine Mahul, Aussem, Alexandre, Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'optimisation des Systèmes (LIMOS), SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Laboratoire d'Informatique pour l'Entreprise et les Systèmes de Production (LIESP), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne (ENSM ST-ETIENNE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)
- Subjects
Queueing theory ,Artificial neural network ,business.industry ,Network packet ,FIFO (computing and electronics) ,Computer science ,Quality of service ,Real-time computing ,[INFO.INFO-NE] Computer Science [cs]/Neural and Evolutionary Computing [cs.NE] ,020206 networking & telecommunications ,02 engineering and technology ,[INFO.INFO-NE]Computer Science [cs]/Neural and Evolutionary Computing [cs.NE] ,Computer Science Applications ,Theoretical Computer Science ,0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering ,Layered queueing network ,Feedforward neural network ,020201 artificial intelligence & image processing ,G-network ,business ,Software ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS ,Computer network - Abstract
We study an original scheme based on distributed feedforward neural networks, aimed at modelling several queueing systems in cascade fed with bursty traffic. For each queueing system, a neural network is trained to anticipate the average number of waiting packets, the packet loss rate and the coefficient of variation of the packet inter-departure time, given the mean rate, the peak rate and the coefficient of variation of the packet inter-arrival time. The latter serves for the calculation of the coefficient of variation of the cell inter-arrival time of the aggregated traffic which is fed as input to the next neural network along the path. The potential of this method is successfully illustrated on several single server FIFO (First In, First Out) queues and on small queueing networks made up from a combination of queues in tandem and in parallel fed by a superposition of ideal sources. Our long-term goal is the design of preventive control strategy in a multiservice communication network.
- Published
- 2003
9. PhylOPDb: a 16S rRNA oligonucleotide probe database for prokaryotic identification
- Author
-
Jean-François Brugère, Delphine Boucher, Antoine Mahul, Cyrielle Gasc, Eric Peyretaillade, Nicolas Parisot, Jérémie Denonfoux, Pierre Peyret, Anis Abid, David R.C. Hill, Faouzi Jaziri, Céline Ribière, Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'Optimisation des Systèmes (LIMOS), Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne (ENSM ST-ETIENNE)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Conception, Ingénierie et Développement de l'Aliment et du Médicament (CIDAM), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'optimisation des Systèmes (LIMOS), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne (ENSM ST-ETIENNE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Régional de Ressources Informatiques (CRRI), Clermont Université, Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Laboratoire de Génomique Biomédicale et Oncogénétique - Biomedical Genomics and Oncogenetics Laboratory (LR11IPT05), Université de Tunis El Manar (UTM)-Institut Pasteur de Tunis, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Université de Tunis El Manar (UTM), and Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio] ,In silico ,Biology ,computer.software_genre ,General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology ,law.invention ,User-Computer Interface ,03 medical and health sciences ,law ,RNA, Ribosomal, 16S ,[SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN] ,Databases, Genetic ,Computer Simulation ,Gene ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS ,Polymerase chain reaction ,030304 developmental biology ,0303 health sciences ,Bacteria ,Database ,Phylogenetic tree ,030306 microbiology ,16S ribosomal RNA ,biology.organism_classification ,[SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology ,[SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM] ,Original Article ,DNA microarray ,Oligonucleotide Probes ,General Agricultural and Biological Sciences ,Oligomer restriction ,computer ,Information Systems ,Archaea - Abstract
In recent years, high-throughput molecular tools have led to an exponential growth of available 16S rRNA gene sequences. Incorporating such data, molecular tools based on target-probe hybridization were developed to monitor microbial communities within complex environments. Unfortunately, only a few 16S rRNA gene-targeted probe collections were described. Here, we present PhylOPDb, an online resource for a comprehensive phylogenetic oligonucleotide probe database. PhylOPDb provides a convivial and easy-to-use web interface to browse both regular and explorative 16S rRNA-targeted probes. Such probes set or subset could be used to globally monitor known and unknown prokaryotic communities through various techniques including DNA microarrays, polymerase chain reaction (PCR), fluorescent in situ hybridization (FISH), targeted gene capture or in silico rapid sequence identification. PhylOPDb contains 74 003 25-mer probes targeting 2178 genera including Bacteria and Archaea. Database URL: http://g2im.u-clermont1.fr/phylopdb/
- Published
- 2014
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