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The poor prognosis of head and neck cancer (HNC) is associated with metastasis within the lymph nodes (LNs). Herein, the proteome of 140 multisite samples from a 59-HNC patient cohort, including primary and matched LN-negative or -positive tissues, saliva, and blood cells, reveals insights into the biology and potential metastasis biomarkers that may assist in clinical decision-making. Protein profiles are strictly associated with immune modulation across datasets, and this provides the basis for investigating immune markers associated with metastasis. The proteome of LN metastatic cells recapitulates the proteome of the primary tumor sites. Conversely, the LN microenvironment proteome highlights the candidate prognostic markers. By integrating prioritized peptide, protein, and transcript levels with machine learning models, we identify nodal metastasis signatures in blood and saliva. We present a proteomic characterization wiring multiple sites in HNC, thus providing a promising basis for understanding tumoral biology and identifying metastasis-associated signatures.

Background Several de-escalation approaches are under investigation in patients with HER2-positive, early-stage breast cancer. We assessed early metabolic responses to neoadjuvant trashizumab and pertuzumab using F-18-fluorodeoxyglucose (F-18-FDG)-PET (F-18-FDG-PET) and the possibility of chemotherapy de-escalation using a pathological response-adapted strategy. Methods We did a multicentre, randomised, open-label, non-comparative, phase 2 trial in 45 hospitals in Spain, France, Belgium, Germany, the UK, Italy, and Portugal. Eligible participants were women aged 18 years or older with centrally confirmed, HER2-positive, stage I-IIIA, invasive, operable breast cancer (1.5 cm tumour size) with at least one breast lesion evaluable by 18 F-FDG-PET, an Eastern Cooperative Oncology Group performance status of 0 or 1, and a baseline left ventricular ejection fraction of at least 55%. We randomly assigned participants (1:4), via an interactive response system using central block randomisation with block sizes of five, stratified by hormone receptor status, to either docetaxel (75 mg/m(2) intravenous), carboplatin (area under the concentration-time curve 6 mg/mL per min intravenous), trastuzumab (subcutaneous 600 mg fixed dose), and pertuzumab (intravenous 840 mg loading dose, 420 mg maintenance doses; group A); or trastuzumab and pertuzumab (group B). Hormone receptor-positive patients allocated to group B were additionally given letrozole if postmenopausal (2.5 mg/day orally) or tamoxifen if premenopausal (20 mg/day orally). Centrally reviewed F-18-FDG-PET scans were done before randomisation and after two treatment cycles. Patients assigned to group A completed six cycles of treatment (every 3 weeks) regardless of F-18-FDG-PET results. All patients assigned to group B initially received two cycles of trastuzumab and pertuzumab. F-18-FDG-PET responders in group B continued this treatment for six further cycles; F-18-FDG-PET non-responders in this group were switched to six cycles of docetaxel, carboplatin, trastuzumab, and pertuzumab. Surgery was done 2-6 weeks after the last dose of study treatment. Adjuvant treatment was selected according to the neoadjuvant treatment administered, pathological response, hormone receptor status, and clinical stage at diagnosis. The coprimary endpoints were the proportion of F-18-FDG-PET responders in group B with a pathological complete response in the breast and axilla (ypT0/is ypN0) as determined by a local pathologist after surgery after eight cycles of treatment, and 3-year invasive disease-free survival of patients in group B, both assessed by intention to treat. The definitive assessment of pathological complete response was done at this primary analysis; follow-up to assess invasive disease-free survival is continuing, hence these data are not included in this Article. Safety was assessed in all participants who received at least one dose of study drug. Health-related quality-of-life was assessed with EORTC QLQ-C30 and QLQ-BR23 questionnaires at baseline, after two cycles of treatment, and before surgery. This trial is registered with EudraCT (2016-002676-27) and ClinicalTrials.gov (NCT03161353), and is ongoing. Findings Between rune 26, 2017, and April 24, 2019, we randomly assigned 71 patients to group A and 285 to group B. Median follow-up was 5.7 months (IQR 5.3-6.0). 227 (80%) of 285 patients in group B were F-18-FDGPET responders, of whom 86 (37.9%, 95% CI 31.6-44-5; p

The present study aimed to report a case of mucoepidermoid carcinoma (MEC), focusing on its clinical-pathological characteristics. At intraoral clinical examination, a nodular lesion was observed in the right pterygomandibular raphe region, with three years of evolution. An incisional biopsy was performed, and the diagnostic hypotheses of salivary gland injury and sialadenitis were considered. Histopathologically, a malignant neoplastic process characterized by the proliferation of epidermoid, intermediate and mucosal cells was observed. The histopathological diagnosis of MEC was emitted. The present case praises the importance of early diagnosis and correct management of this disease, providing a better prognosis for these patients. RESUMEN Reportamos un caso de carcinoma mucoepidermoide (CME) con enfoque en sus rasgos clinicopatológicos. En la exploración clínica intraoral, se observó una lesión de aspecto nodular en región del rafe pterigomandibular derecho, con tiempo de evolución de tres años. Se realizó una biopsia por incisión, considerándose las hipótesis diagnósticas de lesión de glándula salival y sialadenitis. Histopatológicamente, se observó un proceso neoplásico maligno caracterizado por la proliferación de células epidermoides, intermedias y mucosas. El diagnóstico histopatológico fue de CME. El presente caso destaca la importancia del diagnóstico temprano y del manejo correcto de esa enfermedad, ofreciendo un mejor pronóstico para los pacientes portadores de CME. RESUMO Relatamos um caso de carcinoma mucoepidermoide (CME) com enfoque em suas características clinicopatológicas. No exame clínico intraoral, observou-se lesão de aspecto nodular em região de rafe pterigomandibular direita, com tempo de evolução de três anos. Biópsia incisional foi realizada, e as hipóteses diagnósticas de lesão de glândula salivar e sialadenite foram consideradas. Histopatologicamente, observou-se um processo neoplásico maligno caracterizado pela proliferação de células epidermoides, intermediárias e mucosas. O diagnóstico histopatológico de CME foi emitido. O presente caso enaltece a importância do diagnóstico precoce e do correto manejo dessa patologia, proporcionado um melhor prognóstico para os pacientes portadores de CME.

Inclusive education implies a bilateral commitment between people with and without disability. The activities in preschool education, such as the exploration of children's stories, nursery rhymes and songs, are special moments of knowledge sharing, linguistic development, social interaction and emotional improvement. Truly sharingthese moments means sharing channels of communication between the interlocutorsto provide an effectiveexchange of information between sender and receiver. Following this principle, during a school year,a set of activities was adapted in accordance with the needs of children with Autism Spectrum Disorder (ASD), so that they could be performed in a class contexttargeted at children both with and without developmental disorders. This adaptation, based on linguistic simplification/structuring and the provision of multimodal information, fulfilledone of the fundamental principles of the Salamanca Statement, namely that students with and without problems should learn together. This resulted in a more active and effective involvement of the 4children with ASD in the dynamics of the class, as well as better ability bytheir colleagues to deal with other realities, fosteringearly social and civic concerns and competences.

Com o objetivo de estimar a perda de calor sensivel em cordeiros em confinamento e quantificar a energia metabolizavel utilizada para manutencao da temperatura corporal, sob estresse termico pelo frio, foram utilizados 24 cordeiros cruzados e nao castrados, (media de 120 dias de idade, 26,3 kgde peso vivo e sob dieta com 2,94 kcal animal -1 dia de energia metabolizavel). Destes, selecionou-se aleatoriamente seis animais, que foram referencia para coleta dos seguintes parâmetros do ambiente de alojamento: temperatura do ar minima e maxima, velocidade do ar, umidade relativa do ar e luminosidade. Para estimar o gasto energetico foram consideradas as temperaturas superficiais medias das regioes de cabeca, orelhas e pernas, obtidas com o auxilio da câmara termografica infravermelho e respectivo software . Durante o periodo foi verificado que a temperatura ambiente ficou abaixo da zona de conforto termico e que a temperatura superficial corporal media dos cordeiros foi de 11,48 ± 0,92 °C, indicando que houve uma interacao entre os parâmetros climaticos avaliados, promovendo o resfriamento do ambiente e influenciando na reducao da temperatura superficial. A dissipacao total de calor sensivel por animal nas partes analisadas foi de 39,18 W, o que corresponde ao consumo de 0,388 kcal 12 h -1 . Constatou-se que, 26,4% da energia metabolizavel diaria ingerida pelos cordeiros, nos dias de temperatura abaixo da zona de conforto termico, foi utilizada para termogenese. Contudo, foi verificado que, por estarem abaixo da zona de conforto termico, os cordeiros dissiparam o calor sensivel por conveccao e radiacao, utilizando parte da energia metabolizavel da dieta para manter a temperatura corporal, situacao que pode acarretar perdas economicas para a producao. Palavras-chave: energia metabolizavel, ovinos, termografia.

Com o objetivo de estimar a perda de calor sensível em cordeiros em confinamento e quantificar a energia metabolizável utilizada para manutenção da temperatura corporal, sob estresse térmico pelo frio, foram utilizados 24 cordeiros cruzados e não castrados, (média de 120 dias de idade, 26,3 kgde peso vivo e sob dieta com 2,94 kcal animal-1 dia de energia metabolizável). Destes, selecionou-se aleatoriamente seis animais, que foram referência para coleta dos seguintes parâmetros do ambiente de alojamento: temperatura do ar mínima e máxima, velocidade do ar, umidade relativa do ar e luminosidade. Para estimar o gasto energético foram consideradas as temperaturas superficiais médias das regiões de cabeça, orelhas e pernas, obtidas com o auxilio da câmara termográfica infravermelho e respectivo software. Durante o período foi verificado que a temperatura ambiente ficou abaixo da zona de conforto térmico e que a temperatura superficial corporal média dos cordeiros foi de 11,48 ± 0,92 °C, indicando que houve uma interação entre os parâmetros climáticos avaliados, promovendo o resfriamento do ambiente e influenciando na redução da temperatura superficial. A dissipação total de calor sensível por animal nas partes analisadas foi de 39,18 W, o que corresponde ao consumo de 0,388 kcal 12 h-1. Constatou-se que, 26,4% da energia metabolizável diária ingerida pelos cordeiros, nos dias de temperatura abaixo da zona de conforto térmico, foi utilizada para termogênese. Contudo, foi verificado que, por estarem abaixo da zona de conforto térmico, os cordeiros dissiparam o calor sensível por convecção e radiação, utilizando parte da energia metabolizável da dieta para manter a temperatura corporal, situação que pode acarretar perdas econômicas para a produção. Palavras-chave: energia metabolizável, ovinos, termografia.

Background Allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) is a curative treatment for many hematological conditions. Acute graft-versus-host disease (aGVHD) is a prevalent immune-mediated complication following HSCT. Current diagnostic biomarkers that correlate with aGVHD severity, progression, and therapy response in graft recipients are insufficient. Here, we investigated whether epigenetic marks measured in peripheral blood of healthy graft donors stratify aGVHD severity in human leukocyte antigen (HLA)-matched sibling recipients prior to T cell-depleted HSCT. Methods We measured DNA methylation levels genome-wide at single-nucleotide resolution in peripheral blood of 85 HSCT donors, matched to recipients with various transplant outcomes, with Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChips. Results Using genome-wide DNA methylation profiling, we showed that epigenetic signatures underlying aGVHD severity in recipients correspond to immune pathways relevant to aGVHD etiology. We discovered 31 DNA methylation marks in donors that associated with aGVHD severity status in recipients, and demonstrated strong predictive performance of these markers in internal cross-validation experiments (AUC = 0.98, 95 % CI = 0.96–0.99). We replicated the top-ranked CpG classifier using an alternative, clinical DNA methylation assay (P = 0.039). In an independent cohort of 32 HSCT donors, we demonstrated the utility of the epigenetic classifier in the context of a T cell-replete conditioning regimen (P = 0.050). Conclusions Our findings suggest that epigenetic typing of HSCT donors in a clinical setting may be used in conjunction with HLA genotyping to inform both donor selection and transplantation strategy, with the ultimate aim of improving patient outcome.

Desenvolvimento de um algoritmo para a delimitação de áreas inundadas a partir de imagens SAR, com o objetivo de calibrar modelos hidráulicos de cheia para o rio Tejo. Fundação para a Ciência e a Tecnologia 12 1 6 p DBB/NGA 2013 9 a 13 de setembro

Submitted by Ana Quininha (ana.quininha@chlc.min-saude.pt) on 2013-10-16T11:57:22Z No. of bitstreams: 1 RPNH 2013 209.pdf: 512308 bytes, checksum: 35f0152a1d38e36d45e1002ba48daea9 (MD5) Made available in DSpace on 2013-10-16T11:57:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RPNH 2013 209.pdf: 512308 bytes, checksum: 35f0152a1d38e36d45e1002ba48daea9 (MD5) Previous issue date: 2013

Devido à morfologia, à litologia e às condições meteorológicas características da bacia hidrográfica do rio Tejo, a ocorrência de cheias neste rio é bastante frequente, sendo a causa de perda de vidas humanas e de bens materiais. A identificação das zonas em risco pode ser realizada através de modelos hidráulicos de cheia, os quais necessitam de ser calibrados a fim de estimar valores para parâmetros desconhecidos. Essa operação é feita com dados de cheias passadas, cuja extensão pode ser conhecida usando imagens de satélite adquiridas nas datas em que estas ocorreram. Foi seleccionado um conjunto de imagens SAR, provenientes de diferentes sensores, adquiridas em datas de cheia, as quais foram ortorrectificadas e normalizadas, tendo, ainda, sido alvo de pré-processamento com o objectivo de reduzir o ruído inerente a este género de imagens. Após o pré-processamento, as imagens foram segmentadas e classificadas, tendo sido desenvolvida uma metodologia com a finalidade de permitir a delimitação da extensão da cheia. O algoritmo desenvolvido permitiu a correcta classificação de 89% da área inundada representada numa imagem de teste e está a ser aplicado às restantes imagens do conjunto. Fundação para a Ciência e a Tecnologia 3 1 6 DBB/NGA 2012 18 a 19 de outubro

Introduction. IgA nephropathy is the dominant primary glomerular disease found throughout the majority of the world’s developed countries. Accurately identifying patients who are at risk of progressive disease is challenging. We aimed to characterise clinical and histological features that predict poor prognosis in adults. Patients and Methods. We performed a single-centre retrospective observational study of biopsy-proven IgA nephropathy. The primary outcome was renal survival and death from any cause, and the secondary outcome was proteinuria remission. Results. Data from 49 cases were available for analysis with a median follow-up of 4 years. There were no deaths. Univariable analyses identified acute renal failure, low estimated glomerular filtration rate for ≥3 months (low eGFR), arterial hypertension, baseline proteinuria, glomerular sclerosis >50% and interstitial fibrosis >50% as poor prognostic markers. Low eGFR persisted significant by multivariable model that used only clinical parameters. Multivariable models with histopathologic parameters observed that tubular atrophy/interstitial fibrosis >50% was independently associated with the primary outcome. Proteinuria remission throughout follow-up had no prognostic value in our revision. Conclusions. Two independent predictors of poor renal survival at time of biopsy were found: low eGFR and tubular atrophy/interstitial fibrosis >50%.

Este registo pertence ao Repositório Científico do LNEC Submitted by Mário Jorge Martins Pereira (majo@lnec.pt) on 2012-01-05T15:00:14Z No. of bitstreams: 1 Rel 399_11 dspace.pdf: 10180109 bytes, checksum: e1d9a53d3f494bc28bc3543a7414243b (MD5) Made available in DSpace on 2012-01-05T15:00:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rel 399_11 dspace.pdf: 10180109 bytes, checksum: e1d9a53d3f494bc28bc3543a7414243b (MD5) Previous issue date: 2011-11 Made available in DSpace on 2014-10-09T13:57:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1843 bytes, checksum: 0d8fe83e1ab13b4bb3985051b5117b85 (MD5) Rel 399_11 dspace.pdf: 10180109 bytes, checksum: e1d9a53d3f494bc28bc3543a7414243b (MD5) Previous issue date: 2011-11 2 3 20pp Este relatório foi elaborado com a colaboração do DBB/NO / NÃO CONFIDENCIAL DBB/NGA

This work has been accomplished on the scope of the GeoSAT research project, where the main goal was the definition of methodologies for geographic information extraction from high-resolution satellite images in an urban environment. This paper is intended to present and describe the positional quality assessment processes, of a QuickBird satellite ortho image from the city of Lisbon. For evaluate the possible applications of ortho images for information extraction and classification, for the Lisbon municipality base maps, it has been previously made some geometric pre-processing operations, using the 1/1000 municipality base map as a reference source. In order to obtain a significantly sample of independent ground control points, a set of GNSS (Global Navigation Satellite System(s)) observations have been made, in order to collect the ground coordinates and use them as reference information, having into consideration the specifications for the final product. The results obtained have shown that was not possible to reach the specifications for positional quality referring the 1/1000 scale, unlike smaller scales (for example, 1/5000). This way, the product could be used to perform other tasks more consistent with the results obtained and at same time, promote the update of Lisbon municipality base map. FCT 6 DBB/NGA 2011 12-14 OUTUBRO

No âmbito dum projecto de criação dum simulador sísmico para a região do Algarve para a Autoridade Nacional de Proteção Civil (ANPC) foi recolhida uma grande quantidade de informação geotécnica relevante para a modelação dos efeitos sísmicos locais. Dado o volume de informação geotécnica que no final ficou disponível no Departamento de Geotecnia do Laboratório Nacional de Engenharia Civil (LNEC), e por forma a melhorar a sua acessibilidade, armazenamento e visualização foram identificadas algumas necessidades de desenvolvimento de uma arquitectura de um sistema de gestão de informação geotécnica, com recurso à tecnologia dos Sistemas de Informação Geográfica (SIG). Neste contexto, através da criação de um sistema de gestão de informação de atributos geotécnicos, em ambiente SIG, pretende-se facilitar a interatividade e a visualização, procurando tornar o acesso, a organização e a gestão daquela informação geotécnica, mais eficiente e mais célere, permitindo dessa forma enquadrar os atributos geotécnicos com outro tipo de informação georreferenciada (informação geológica das áreas de estudo, rede viária, entre outros), assim como, efectuar operações de pesquisa e análise espacial da informação geotécnica existente, e adicionar nova informação que venha a ser posteriormente colectada. Neste artigo é apresentado um exemplo de aplicação, para a região do Algarve, como forma de testar e avaliar a funcionalidade do sistema. De referir que o caso de estudo aqui apresentado é apenas um exemplo preliminar, com o principal objectivo de avaliar o sistema que ainda se encontra em desenvolvimento. 6 1 10p DBB/NGA; DG/NT 2011 5 a 6 de Maio

Este trabalho foi realizado no âmbito do projecto GeoSAT, que teve como objectivo a definição de metodologias para extracção de informação geográfica a partir de imagens de satélite de alta resolução em ambiente urbano. Nesta comunicação apresentam-se e descrevem-se os processos de avaliação da qualidade posicional, de uma orto-imagem do satélite QuickBird da cidade de Lisboa, desde a recolha dos pontos até à avaliação da qualidade dos dados. Com o objectivo de avaliar a possível utilização de orto-imagens para classificação e extracção de informação geográfica, para a cartografia de base à escala 1/1000 da Câmara Municipal de Lisboa (CML), procedeu-se previamente às operações de pré-processamento geométrico, nomeadamente a ortorrectificação das mono-imagens. Esta operação foi realizada, utilizando como informação de referência a cartografia à escala 1/1000. Na fase final procedeu-se ao controlo de qualidade da orto-imagem, nomeadamente em termos de exactidão posicional. Para obtenção de pontos de controlo independentes, no terreno, efectuaram-se observações através de receptores GNSS (Global Navigation Satellite System(s)), a partir das quais se adquiriram as coordenadas de diversos pontos, visíveis na imagem e bem distribuídos pela cidade de Lisboa. Estas coordenadas foram utilizadas como informação de referência procedendo-se ao controlo de qualidade posicional, tendo em consideração a produção de especificações preliminares para o produto final. Os resultados obtidos demonstraram não ser possível atingir as especificações de qualidade posicional para a cartografia 1/1000, conforme tinha sido proposto, revelando-se no entanto compatíveis com especificações para a cartografia a escalas menores (p.e. 1/5000). Desta forma, este produto poderá ser aproveitado para realizar outras tarefas compatíveis com as exactidões obtidas (por exemplo, a monitorização do uso de solo, entre outros) e ao mesmo tempo, contribuir para promover a actualização da cartografia de base do município de Lisboa. 3 2 8p DBB/NGA 2011 5 a 6 de Maio

Este registo pertence ao Repositório Científico do LNEC O Simulador de Cenários Sísmicos, LNECloss, é uma ferramenta computacional que permite avaliar perdas em consequência de um cenário sísmico especificado [LESSLOSS, 2007]. Esta ferramenta automática compreende vários módulos, como sejam, a modelação da acção sísmica no substrato rochoso e à superfície, a avaliação dos danos no edificado e a avaliação das perdas económicas e humanas. O Simulador foi integrado como aplicação externa num Sistema de Informação Geográfica (SIG) [Sousa, 2006]. Foram identificadas algumas necessidades de desenvolvimento no Simulador, que compreendem, por um lado, o alargamento do seu domínio geográfico para além do território de Portugal Continental, nomeadamente para o Arquipélago dos Açores, que possui uma taxa de ocorrência de sismos muito elevada e, por outro, a sua disponibilização através da Web, com um carácter autónomo, ou seja, que não necessite de alguma plataforma de informação geográfica tendo no entanto as suas capacidades no que respeita ao mapeamento e à síntese gráfica e tabular dos efeitos de um cenário sísmico. De entre as características deste simulador WebSIG, saliente-se uma interface gráfica de fácil operação, permitindo a sua utilização por agentes da protecção civil, no que respeita ao planeamento e à gestão da emergência na eventualidade de ocorrência de um sismo. UNIVERSIDADE TÉCNICA DE LISBOA INSTITUTO SUPERIOR TÉCNICO

Este registo pertence ao Repositório Científico do LNEC O presente relatório final do projecto USuET integra o trabalho já apresentado no relatório de progresso de Sousa & Afonso [2007], nomeadamente no que toca aos capítulos 2, 3 e parte do capítulo 4 e, adicionalmente, descreve, em detalhe, as actividades desenvolvidas no projecto desde a data desse relatório (secção 4.2, e capítulos 5 e 6). A parte da investigação conducente à actualização do Simulador de Cenários Sísmicos para ambiente WebSIG, aplicado ao Arquipélago dos Açores, não se encontra descrita com o mesmo detalhe, neste relatório, pois enquadra-se na tese de mestrado em Sistemas de Informação Geográfica de Afonso [2007], submetida à Universidade Técnica de Lisboa. A versão definitiva desta tese, cuja discussão se prevê ainda em 2008, será enviada oportunamente. 25 18 90pp ‘Análise sistémica do risco sísmico, uma visão integrada – aplicação a centros urbanos nos Açores’

Este registo pertence ao Repositório Científico do LNEC Submitted by Mário Jorge Martins Pereira (majo@lnec.pt) on 2009-05-06T08:45:24Z No. of bitstreams: 1 Rel299_07.pdf: 493854 bytes, checksum: 3a7244aa33b5eceeda0d2b947b761498 (MD5) Made available in DSpace on 2009-05-06T08:45:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rel299_07.pdf: 493854 bytes, checksum: 3a7244aa33b5eceeda0d2b947b761498 (MD5) Previous issue date: 2007-10 Made available in DSpace on 2010-04-22T17:37:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1843 bytes, checksum: 5af45930999cd3b43397798592c9ab89 (MD5) Rel299_07.pdf: 493854 bytes, checksum: 3a7244aa33b5eceeda0d2b947b761498 (MD5) Previous issue date: 2007-10 Made available in DSpace on 2014-10-09T15:24:25Z (GMT). No. of bitstreams: 3 Rel299_07.pdf.txt: 103323 bytes, checksum: 448e58a9bbd6835cf1666a70c8afd244 (MD5) Rel299_07.pdf: 493854 bytes, checksum: 3a7244aa33b5eceeda0d2b947b761498 (MD5) license.txt: 1843 bytes, checksum: 5af45930999cd3b43397798592c9ab89 (MD5) Previous issue date: 2007-10 20 9 60pp NÃO CONFIDENCIAL NESDE