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Treball Final de Grau en Matemàtica Computacional. Codi: MT1054. Curs: 2021/2022 En este trabajo partimos de los conocimientos adquiridos en la asignatura de Fundamentos estadísticos de la minería de datos para presentar distintos tipos de análisis clúster y la realización de una mejora en el paquete rchic de R. Comenzaremos introduciendo el concepto de clúster para poder presentar y comparar el análisis clúster estándar con el análisis clúster ASI y finalmente veremos la mejora relizada que nos permite hacer compatibles los árboles sacados del ASI con la clase hclust y así poder hacer uso de las funciones que brindan a los objetos de esta clase.

El treball de fi de grau té com a principal objectiu el genotipat de diferents mostres de gerds i maduixes per a diferents estudis genètics, mitjançant biotecnologies com els marcadors moleculars, que són seqüències d'ADN (àcid desoxiribonucleic) identificables que es troben repartides en tot el genoma i que poden estar relacionades amb l'herència d'un gen o una característica d’interès. Per a dur a terme els diferents estudis genètics en diferents tipus de baies, com són el gerd (espècie diploide) i la maduixa conreada (espècie octoploide) s'han utilitzat dos tipus de marcadors moleculars, d'herència codominant i millor repartits en tot el genoma, que són els polimorfismes de nucleòtids simples (SNPs, de l’anglès Single Nucleotide Polymorfisms) i els microsatèl·lits o SSRs (de l’anglès Simple Sequence Repeats). El genotipat amb SNPs fent ús de diferents xips tipus `OpenArray’ ens ha servit per estudiar la variabilitat de dues col·leccions de varietats de maduixa i gerd i per construir, finalment, dendrogrames per visualitzar les distàncies genètiques entre les diferents línies. També hem realitzat exitosament un estudi d'identificació varietal de mostres de gerd utilitzant marcadors tipus microsatèl·lit. The main objective of my Bachelor's thesis is the genotyping of different samples of berries for different genetic studies, using biotechnologies such as molecular markers, which are identifiable DNA (deoxyribonucleic acid) sequences that are distributed throughout the genome and may be related to the inheritance of a gene or a trait of interest. To carry out the different genetic studies in different berries, such as raspberry (diploid species) and cultivated strawberry (octoploid species), two types of molecular markers of codominant inheritance and better distributed across the genome were used, that are SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) and microsatellites, also called SSRs (Simple Sequence Repeats). With the SNP genotyping using different 'OpenArray' chips we have studied the variability of two collections of strawberry and raspberry varieties and we have constructed dendrograms to display genetic distances between the different lines. A varietal identification study of raspberry samples was also successfully performed using microsatellite markers. El trabajo de fin de grado tiene como principal objetivo el genotipado de diferentes muestras de frambuesas y fresas para diferentes estudios genéticos, mediante biotecnologías como los marcadores moleculares, que son secuencias de ADN (ácido desoxirribonucleico) identificables que se encuentran repartidas en todo el genoma y que pueden estar relacionadas con la herencia de un gen o una característica de interés. Para llevar a cabo los diferentes estudios genéticos en diferentes tipos de bayas, como son la frambuesa (especie diploide) y la fresa cultivada (especie octoploide) se han utilizado dos tipos de marcadores moleculares, de herencia codominante y mejor repartidos en todo el genoma, que son los polimorfismos de nucleótidos simples (SNPs, del inglés Single Nucleotide Polymorfisms) y los microsatélites o SSRs (del inglés Simple Sequence Repeats). El genotipado con SNPs en uso de diferentes chips tipos `OpenArray¿ nos ha servido para estudiar la variabilidad de dos colecciones de variedades de fresa y frambuesa y para construir, finalmente, dendrogramas para visualizar las distancias genéticas entre las diferentes líneas. También hemos realizado exitosamente un estudio de identificación varietal de muestras de frambuesa utilizando marcadores tipos microsatélite

Una de las problemáticas ambientales más significativas a nivel nacional e internacional está relacionada con la contaminación y afectaciones en la salud que genera el uso de plaguicidas. Esto ocurre, en gran medida, porque no se tiene un control racional del manejo, uso e impacto que generan. Se conoce que los agricultores, en algunas ocasiones, prefieren utilizar plaguicidas de bajo costo en sus cultivos sin, probablemente, tener una conciencia de las afectaciones que estas sustancias tienen en el medio ambiente y en la salud poblacional. Teniendo en cuenta que los plaguicidas son sustancias químicas, en este trabajo se hizo uso de la quimiotopología para encontrar relaciones de similitud entre diferentes tipos de estas moléculas plaguicidas buscando así corroborar el reemplazo de unas sustancias por otras de los que se tenga reportes en la literatura o proponiendo nuevas moléculas de reemplazo para pesticidas de uso común. Por tal razón, se seleccionaron 60 plaguicidas definidos cada uno por 15 propiedades fisicoquímicas. Se realizaron 12 análisis de agrupamientos basados en un tratamiento de datos normalizados y haciendo uso de cuatro (4) metodologías de agrupamiento (Centroide, Mediana, Ward y Vecino más lejano) y tres (3) funciones de similitud (Euclidiana, Minkowski y Coseno). Del análisis de agrupamiento se obtuvieron 12 dendrogramas. Teniendo en cuenta que los agrupamientos obtenidos en todos los dendrogramas son similares, se seleccionó el dendrograma obtenido con la función de similitud Euclidiana y metodología de agrupamiento Vecino más lejano para continuar con el análisis. Después de obtener la base topológica se estudiaron las propiedades clausura, frontera e interior de los 5 subconjuntos: Herbicidas, Insecticidas, Fungicidas, Acaricidas y Nematicidas. Como resultado, se confirmaron relaciones de similitud reportadas previamente en estudios experimentales y se sugieren nuevas relaciones para estudiar. También, se encontró que ninguna clasificación de plaguicidas es robusta y que existen relaciones entre unos y otros de los diferentes subconjuntos aquí estudiados. Ingeniero Ambiental http://unidadinvestigacion.usta.edu.co Pregrado

Treballs Finals de Grau en Estadística UB-UPC, Facultat d'Economia i Empresa (UB) i Facultat de Matemàtiques i Estadística (UPC), Curs: 2019-2020. Tutors: Ignasi Puig De Dou; Lourdes Rodero De Lamo, [cat] L’anàlisi de conglomerats és un mètode multivariant que té com a objectiu principal identificar grups d’objectes amb característiques similars dins d’una base de dades numèriques. Actualment però, aquesta branca de l’estadística està desenvolupant mètodes que permetin l’anàlisi de bases de dades mixtes, per tal de poder utilitzar tant les variables descriptives numèriques com les categòriques dels diversos objectes. Aquests criteris d’agrupació es poden classificar en dos grans grups: els mètodes jeràrquics i els no jeràrquics. En el següent treball es realitza una clusterització de les dades dels clients d’un majorista de ferreteria industrial a fi de poder-los agrupar en varis grups homogenis, mitjançant dos mètodes d’agrupació: el mètode de Ward i el Partition Around Medoids. A fi de poder crear aquests grups és necessari calcular un coeficient de similitud per tal de conèixer les distàncies entre els individus. Així doncs, s’utilitzarà el coeficient de Gower, ja que permet tractar amb dades numèriques i categòriques a la vegada. No obstant, també es realitzarà un anàlisi de sensibilitat d’aquesta mesura per tal de comprovar la seva robustesa., [eng] Traditionally, the cluster analysis has only been used in numerical data bases with the main objective being the identification of object groups with similar characteristics within those databases. This is an on-growing branch of statistics science that tries to incorporate methods that allow us to perform this mix database object categorization. In this project we will be carrying out a cluster analysis of an industrial hardware wholesaler’s client information. By doing so, we can recognize those that follow specific patterns of behaviour, which will allow us to perform a more accurate follow-up and segment the price cut campaigns according to their own interests. For us to accomplish this objective, we have opted for the use of both a hierarchical aggregation method and a non-hierarchical one: the Ward and the Partition Around Medoids methods, respectively. However, for us to be able to create these groups we need to calculate a similarity coefficient for us to know the distances between the various individuals. In this study, we have opted for the use of the Grower coefficient, seeing as it allows us to handle numerical and categorical data at the same time. Hereunder is the detailed explanation of the client characterisation process, starting with the creation of the database and following up with the description of the various groups used. A Grower distance sensibility analysis is also included for the validation of the solidness of this measure.

The Corruption is a global problem, causing the public coffers to worsen, but it also damages social and quality aspects of the population. Analyzing this scenario, the NGO - Transparency International, since 1995, annually discloses the Corruption Perception Index (IPC), the main global indicator of corruption. In this sense, this research sought, by means of a quantitative and exploratory analysis, to verify indicators of the 12 (twelve) countries of South America: Human Development Index (HDI), GDP per in habitant, Literacy rate, Gini Index, Index Gini's Index of Quality and Access to Health Services (QASS), life expectancy and economic freedom index and compare them with the IPC data for 2019, in order to calculate Pearson's correlation; subsequently, the cluster analysis was performed, with the variables that showed significant correlation. For this, the following multivariate statistical techniques were used: Euclidean distance, to generate a distance matrix between countries, and the Average Hierarchical Agglomerate method to obtain the dendogram. The results indicated the formation of three groups with different characteristics in relation to corruption. Therefore, it can be said that the analyzed indicators can influence data on corruption in South America. La corrupción es un problema global que empeora las arcas públicas, pero también las pérdidas en los aspectos sociales y de calidad de la población. Analizando este escenario, la ONG - Transparencia Internacional, desde 1995, publica anualmente el Índice de Percepción de la Corrupción (IPC), el principal indicador global de corrupción. En este sentido, esta investigación buscó, a través de un análisis cuantitativo y exploratorio, verificar los indicadores de los 12 (doce) países de América del Sur: Índice de Desarrollo Humano (IDH), PIB per cápita, tasa de alfabetización, índice de Gini, calidad y acceso a servicios de salud (QASS), índice de esperanza de vida y libertad económica y compárelos con los datos del IPC para el año 2019, para calcular la correlación de Pearson y luego se realizó el análisis de conglomerados , con las variables que mostraron una correlación significativa. Para esto, se utilizaron las siguientes técnicas estadísticas multivariadas: distancia euclidiana, para generar una matriz de distancia entre países, y el método de aglomeración jerárquica promedio para obtener el dendograma. Los resultados indicaron la formación de tres grupos con diferentes características en relación con la corrupción. Por lo tanto, se puede decir que los indicadores analizados pueden influir en los datos de corrupción en América del Sur. A corrupção é um problema de âmbito mundial, proporcionando o agravamento dos cofres públicos, mas também prejuízos em aspectos sociais e de qualidade da população. Analisando este cenário, a ONG - Transparência Internacional, desde 1995, divulga anualmente o Índice de Percepção da Corrupção (IPC), principal indicador mundial da corrupção. Neste sentido, esta pesquisa buscou através de uma análise quantitativa e exploratória, verificar indicadores dos 12(doze) países sul-americanos: Índice de desenvolvimento humano (IDH), PIB per capita, Taxa de alfabetização, Índice de Gini, Índice de qualidade e acesso de serviços de saúde (QASS), Expectativa de Vida e Índice de Liberdade Econômica e compará-los com os dados do IPC do ano de 2019, com o intuito de calcular a correlação de Pearson, posteriormente realizou-se a análise de agrupamentos, com as variáveis que tiveram correlação significativa. Para tanto, utilizou-se as seguintes técnicas estatísticas multivariadas: Distância Euclidiana, para gerar uma matriz de distância entre os países, e o método Aglomerativo Hierárquico Average para a obtenção do dendrograma. Os resultados apontaram a formação de três grupos com diferentes características, em relação à corrupção.Portanto, pode-se afirmar que os indicadores analisados podem ter influência nos dados sobre a corrupção na América do Sul.

Discussões acerca da contribuição da diversidade funcional na composição e estruturação da assembleia de plantas aquáticas, tem sido abordado em diferentes estudos. Existem inúmeras formas de analisar a diversidade funcional de uma assembleia, a mais comuns delas, é justamente adotada no presente trabalho, e se refere ao reconhecimento do número de grupos funcionas, intimamente associada à riqueza de espécies e a composição da comunidade. O presente trabalho foi realizado em quatro tributários do reservatório da Usina Hidrelétrica Luís Eduardo Magalhães, no Estado do Tocantins (Areias, Mangues, Santa Luzia e Água Suja) e um trecho situado entre a região fluvial e intermediária do corpo principal do rio Tocantins, no município de Porto Nacional. Foram escolhidos sete traços funcionais, que influenciam fortemente no desempenho de um organismo em termos de crescimento, sobrevivência e reprodução. Por meio do dendrograma funcional foram reconhecidos 14 grupos funcionais, tendo a forma biológica e o tipo de reprodução os atributos que mais contribuíram para a definição dos grupos funcionais. Por meio dos resultados alcançados verificou-se claramente que ao identificar as relações funcionais compartilhadas pelas espécies é possível compreender melhor o que funcionamento do ecossistema, e como a variação das características das espécies influenciam nesse funcionamento Aquatic plants are vegetables that represent great importance in aquatic ecosystems, of which we can mention, production of a large amount of biomass that influences the dynamics of ecosystems; morphological complexity, which provides habitat variability for a diversity of species; physical structure of the environment, used by several aquatic animals. Studies that deal with the contribution of functional diversity in the composition and structuring of the aquatic plant assembly, have been addressed in different studies. There are numerous ways to analyze the functional diversity of an assembly, the most common of which is precisely adopted in the present study, and refers to the recognition of the number of functional groups, closely associated with the richness of species and the composition of the community. The present study was carried out in four tributaries of the Luís Eduardo Magalhães Hydroelectric Power Plant reservoir, in the State of Tocantins (Areias, Mangues, Santa Luzia and Água Suja) and a stretch located between the fluvial and intermediate region of the main body of the Tocantins River, in the municipality of Porto Nacional. Seven functional traits were chosen, which strongly influence the performance of an organism in terms of growth, survival and reproduction. Through the functional dendrogram, 14 functional groups were recognized, with the biological form and the type of reproduction the attributes that most contributed to the definition of the functional groups. Through the results achieved, it was clearly verified that by identifying the functional relationships shared by the species, it is possible to better understand what the ecosystem functions, and how the variation in the characteristics of the species influence this functioning.

This study aimed to compare the performance of hierarchical agglomerative clustering methods using a data set composed of several sustainability indicators referring to the municipalities of the state of Pará. As well as determining the number of initial groups to be formed by applying of validity indexes. For the selection of indicators, a check-list of national, regional and local scientific studies addressing the theme of sustainability was carried out. Subsequently, the indicators were standardized due to the units and scales of different measures, not interfering in the result and having similar weights in the calculation of the coefficient of similarity. The measure of dissimilarity used was the Euclidean distance, and to determine the hierarchical grouping method was used the agglomerative coefficient (AC). Validation indexes were used to establish the initial grouping number. The agglomerative method with the best performance regarding the (AL) was Ward with 0.94, indicating a better strength and quality among the agglomerative techniques. The Davies Bouldin (DB), Dunn (D) and Silhouette (SIL) validation indexes indicated that the ideal amount of initial clusters to be formed is 2, however the PBM index found that the ideal formation is with 4 groups. Regarding the municipalities with greater homogeneity, it was found that in the composition with 2 groups, the most similar observations were m105 (Salinópolis) and m109 (Santa Izabel do Pará), followed by the observations m102 (Rio Maria) and m144 (Xinguara), all inserted in group 1.

This study aimed to compare the performance of hierarchical agglomerative clustering methods using a data set composed of several sustainability indicators referring to the municipalities of the state of Pará. As well as determining the number of initial groups to be formed by applying of validity indexes. For the selection of indicators, a check-list of national, regional and local scientific studies addressing the theme of sustainability was carried out. Subsequently, the indicators were standardized due to the units and scales of different measures, not interfering in the result and having similar weights in the calculation of the coefficient of similarity. The measure of dissimilarity used was the Euclidean distance, and to determine the hierarchical grouping method was used the agglomerative coefficient (AC). Validation indexes were used to establish the initial grouping number. The agglomerative method with the best performance regarding the (AL) was Ward with 0.94, indicating a better strength and quality among the agglomerative techniques. The Davies Bouldin (DB), Dunn (D) and Silhouette (SIL) validation indexes indicated that the ideal amount of initial clusters to be formed is 2, however the PBM index found that the ideal formation is with 4 groups. Regarding the municipalities with greater homogeneity, it was found that in the composition with 2 groups, the most similar observations were m105 (Salinópolis) and m109 (Santa Izabel do Pará), followed by the observations m102 (Rio Maria) and m144 (Xinguara), all inserted in group 1. El objetivo de este estudio fue comparar el desempeño de los métodos de agrupación aglomerativa jerárquica utilizando un conjunto de datos compuesto por varios indicadores de sostenibilidad referidos a los municipios del estado de Pará. Además de determinar el número de grupos iniciales que se formarán mediante la aplicación de índices de validación. Para la selección de los indicadores, se llevó a cabo una lista de control de estudios científicos nacionales, regionales y locales sobre el tema de la sostenibilidad. Posteriormente, los indicadores se estandarizaron debido a las unidades y escalas de las diferentes medidas, no interfiriendo en el resultado y teniendo pesos similares en el cálculo del coeficiente de similitud. La medida de disimilitud utilizada fue la distancia euclídea, y para determinar el método de agrupación jerárquica se utilizó el coeficiente aglomerativo (CA). Se utilizaron índices de validación para establecer el número de agrupación inicial. El método aglomerativo con el mejor rendimiento respecto al (AL) fue Ward con 0,94, lo que indica una mayor resistencia y calidad entre las técnicas aglomerativas. Los índices de validación de Davies Bouldin (DB), Dunn (D) y Silhouette (SIL) indicaron que la cantidad ideal de clusters iniciales a formar es 2, sin embargo el índice PBM encontró que la formación ideal es con 4 grupos. En cuanto a los municipios con mayor homogeneidad, se encontró que en la composición con 2 grupos, las observaciones más similares fueron m105 (Salinópolis) y m109 (Santa Izabel do Pará), seguidas por las observaciones m102 (Río María) y m144 (Xinguara), todas insertadas en el grupo 1. Este estudo teve como objetivo comparar o desempenho dos métodos de agrupamento hierárquico aglomerativo utilizando um conjunto de dados composto por diversos indicadores de sustentabilidade referentes aos municípios do estado do Pará. Assim como, definir a quantidade de agrupamentos iniciais a serem constituídos pela utilização dos índices de validade. Para seleção dos indicadores, foi feito um check-list de estudos científicos de abrangência nacional, regional e local que abordam a temática da sustentabilidade. Posteriormente, foi realizado a padronização dos indicadores, devido às unidades e escalas de medidas diferentes, não interferindo no resultado e possuindo pesos semelhantes no cômputo do coeficiente de similaridade. A medida de dissimilaridade empregada foi a distância euclidiana, e para determinar o método de agrupamento hierárquico foi utilizado o coeficiente aglomerativo (CA). Para estabelecer o número de agrupamento inicial foram empregados índices de validação. O método aglomerativo com melhor desempenho quanto ao (CA) foi de Ward com 0,94, indicando uma melhor força e qualidade entre as técnicas aglomerativos. Os índices de validação Davies Bouldin (DB), Dunn (D) e Silhouette (SIL), indicaram que a quantidade ideal de agrupamentos iniciais a ser formado são 2, todavia o índice PBM constatou que a formação ideal é com 4 grupos. Com relação aos municípios maior homogeneidade, verificou-se que na composição com 2 grupos, as observações mais similares foram m105(Salinópolis) e m109(Santa Izabel do Pará), seguido das observações m102 (Rio Maria) e m144 (Xinguara), todas inseridas no grupo 1.

RESUMEN. Se evaluó la riqueza de las Papilionoidea de las selvas altas en la provincia biogeográfica del Golfo de México, y sus relaciones biogeográficas con base en su distribución en 24 sitios mediante la aplicación del análisis de parsimonia de endemismos (PAE) y del índice de Jaccard. Se encontró un total de 793 especies, 218 de las cuales fueron consideradas Exclusivas de las selvas altas y de importancia para estudios de conservación, y 86 de estas como Restringidas con distribución limitada en este tipo de vegetación. Las 218 especies Exclusivas de las selvas altas fueron utilizadas para obtener dos dendrogramas que permitieron agrupar los sitios estudiados en un conjunto Norte y otro Sur con referencia a la Sierra de Chiconquiaco, agrupación que apoya la idea de dividir a la provincia biogeográfica en dos distritos.

Background: The global market has an increasing demand for buffalo by-products due to their unique nutritional characteristics. Many buffalo herds lack suitable breeding control programs, hindering the implementation of selection programs. Objective: To evaluate milk production per lactation (MP), lactation length (LL), and calving interval (CI) of a herd of crossbred Murrah buffaloes to support buffalo clustering according to their potential. Methods: Data from 543 lactations between 2002 and 2014 from 105 crossbred Murrah female buffaloes were used. Data were subjected to principal component analysis (PCA) and cluster analysis. Results: The first components (PCs) were responsible for 92.32% of the total variation, of which 61.45 and 30.87% were explained by the first (PC1) and second (PC2) components, respectively. The cluster analysis allowed three female buffalo groups according to their potentials. Conclusion: Buffalo farmers can make decisions on nutritional, reproductive management and cow culling based on grouping. Resumen Antecedentes: La demanda de productos de leche de búfala en el mercado mundial viene creciendo en virtud de sus características nutricionales únicas. La mayoría de los hatos bufalinos no tienen adecuados controles, lo que dificulta la implementación de programas de selección. Objetivo: Analizar la producción de leche por lactancia (MP), duración de la lactancia (LL) y el intervalo entre partos (CI) para apoyar la clasificación de búfalos según su potencial. Métodos: Se recogieron 543 registros de lactancia de 105 búfalas Murrah mestizas entre los años 2002 y 2014. Los datos fueron sometidos a análisis de componentes principales (PCA) y análisis de conglomerados. Resultados: Los primeros componentes (PCs) fueron responsables del 92.32% de la variación total, de los cuales 61.45 y 30.87% fueron explicados por el primer (PC1) y segundo (PC2) componentes, respectivamente. El análisis de conglomerados permitió la formación de tres grupos de búfalas, según su potencial. Conclusión: Los productores pueden tomar decisiones específicas con respecto a la gestión nutricional, reproductiva, y el descarte de hembras bufalinas basados en estas agrupaciones. Resumo Antecedentes: A demanda por produtos de origem do leite de búfalas no mercado mundial tem crescido em virtude de suas características nutricionais singulares. Grande parte dos rebanhos de búfalos não possuem controle zootécnicos adequados, dificultando a implementação de programas de seleção. Objetivo: Analisar conjuntamente as características produção de leite por lactação (MP), duração da lactação (LL) e intervalo de partos (CI) para subsidiar a classificação das búfalas de acordo com seu potencial. Métodos: Para esse estudo, 543 dados de lactação de 105 búfalas mestiças Murrah foram coletadas entre 2002 e 2014. Os dados foram analisados por análises de componentes principais (PCA) e análises de cluster. Resultados: Os primeiros componentes (PCs) foram responsáveis por 92.32% da variação total, dos quais 61.45 e 30.87% foram explicados pelo primeiro (PC1) e segundo (PC2) componentes, respectivamente. A análise de cluster permitiu a formação de três grupos de búfalas de acordo com o potencial das características estudadas. Conclusão: Baseado nesses agrupamentos, os produtores podem tomar decisões específicas quanto aos manejos nutricional e reprodutivo, e sobre o descarte de búfalas, de acordo com os agrupamentos.

La investigación presenta una encuesta malacológica terrestre de las Alturas de Sierra Morena, Corralillo, Villa Clara, Cuba. Se tomaron un total de 69 muestras desde octubre de 2015 hasta junio de 2016, las cuales fueron enmarcadas en un mapa de 1:10 000 y procesadas con técnicas de clasifi cación numérica. Se detectaron un total de 26 especies de moluscos terrestres, de las cuales una entra en la categoría de endémica local y otra de nueva para la ciencia, por lo queda pendiente su clasifi cación. Se utilizaron los métodos convencionales para la colecta de los moluscos. Tres especies presentes en la zona de estudio constituyen vectores potenciales de organismos patógenos de enfermedades al hombre. Se relacionó las áreas de distribución de las especies con las condiciones antrópicas, por lo que se propone una zona por sus valores como área a preservar. Se concluye que la temática es adecuada para desarrollar actividades de educación ambiental. Th e investigation presents a malacological survey in heights of Sierra Morena, Corralillo, Villa Clara, Cuba. A total of 69 samples were collected from October 2015 until June 2016, georeferenced in a map (1:10000) and processed with numeric classifi cation techniques. A total of 26 species were identifi ed. Of the 26 species, one is endemic to the area and another is new to science. Established methodology was used for the collection of mollusks. Th ree species collected in the study area constitute potential vectors of organism pathogens to humans. It was possible to correlate the distribution of this species with the anthropogenic landscape, based on that information a potential protected area is proposed. Th e results of this study are useful to develop activities geared to environmental education.

Se analizaron las vocalizaciones de la Espadarana prosoblepon en dos ecosistemas diferentes, un bosque conservado cerca de una represa en el suroeste de Antioquia - Colombia y un bosque alterado en Carmen de Atrato, Chocó - Colombia Las grabaciones fueron segmentadas, luego procesadas para extraer y seleccionar los descriptores y finalmente clasificadas usando un algoritmo jerárquico. Con el fin de generalizar el análisis, también se procesaron las vocalizaciones de la Sachatamia albomaculata. Los resultados muestran que las vocalizaciones de la misma especie son afectadas por el ambiente, y que los tres conjuntos de vocalizaciones pueden ser diferenciados con la metodología propuesta Espadarana prosoblepon vocalizations were analyzed in two different ecosystems, a conserved forest near to a dam in southeast Antioquia and a disturbed forest in Carmen de Atrato, Chocó. The recordings were segmented, then processed to extract and select features and classified with a hierarchical algorithm. To analyze more generally the results, Sachatamia albomaculata vocalizations from the dam were processed too. The results show that the species vocalizations are clearly affected by the environment, and the three types of vocalizations can be separated with the proposed methodology

Mestrado em Mathematical Finance Esta dissertação utilizando a distância de Caiado & Crato (2010) baseada nas autocorrelações, pretende efectuar o agrupamento de séries financeiras temporais. A métrica tenta avaliar o nível de interdependência, tendo por base a previsibilidade dos retornos. A análise de $clusters$ é feita tendo em conta a estrutura hierárquica (dendrograma) e as coordenadas principais calculadas (mapa multidimensional) das séries financeiras. Estas técnicas foram utilizadas para investigar as semelhanças e diferenças entre as empresas dos dois índices ibéricos de mercado de ações: PSI-20 e IBEX-35. This paper uses the Caiado & Crato (2010) autocorrelation-based distance metric for clustering financial time series. The metric attempts to assess the level of interdependence of time series from the return predictability point of view. The cluster analysis is made by looking to the hierarchical structure tree (or dendrogram) and the computed principal coordinates (multidimensional scaling map). These techniques are employed to investigate the similarities and dissimilarities between the stocks of the two Iberian stock market indexes: PSI-20 and IBEX-35. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Orientador: Prof. Dr. Clóves Cabreira Jobim Corientador: Prof. Dr. Carlos Alberto Scapim Dissertação (mestrado em Zootecnia) - Universidade Estadual de Maringá, 2017 RESUMO: Objetivou-se avaliar linhagens de milho quanto aos caracteres agronômicos, bromatológicos da forragem verde e da silagem e qualitativos da silagem, visando identificar materiais potencialmente superiores para produção de silagem de alta qualidade. O delineamento foi em látice simples parcialmente balanceado (9x9) com 81 tratamentos (72 linhagens e 9 híbridos comerciais como testemunhas). As médias foram agrupadas e aplicada a correlação de Pearson em relação às características agronômicas (rendimento de grãos, rendimento de matéria verde, rendimento de matéria seca, altura da planta, altura da espiga e diâmetro de colmo), fracionamento de plantas (teores de colmo, folha, brácteas e grãos+sabugo), composição química da forragem e da silagem e avaliações qualitativas da silagem (digestibilidade "in vitro" da matéria seca e degradabilidade "in situ" em tempo de 24 horas). Para as características agronômicas, os 9 híbridos comerciais testemunhas apresentaram maiores valores. Para as características de fracionamento de planta, o grupo 3 contendo 14 genótipos apresentou as melhores proporções de folhas, colmo e grãos+sabugo. O grupo 6 (4 genótipos) apresentou o melhor conjunto para as características bromatológicas. O rendimento de grãos apresentou alta correlação, positiva ou negativa, com os parâmetros quantitativos e qualitativos das linhagens de milho. Para altura da planta e da espiga houve correlação negativa com o FDN da planta (r= -0,40 e r= -0,29) e as frações FDN e FDA tiveram correlação negativa com o rendimento de MS (r= -0,62 e r= -0,47, respectivamente). Houve alta correlação positiva do FDN da forragem com o FDN e FDA da silagem (r= 0,43 e r= 0,71, respectivamente). O FDN da forragem verde (FDNf) e o FDN da silagem (FDNs) tiveram correlação negativa e significativa com a DIVMS (r= -0,61 e r= -0,53, respectivamente). As silagens dos grupos 2, 5 e 6 tiveram DIVMS mais altas (74,90; 72,51 e 73,74%, respectivamente). Os teores de MS, MM, EE e PB da planta se mostraram adequados para obtenção de uma boa silagem, destacando o grupo 6 que apresentou 10,23% de PB. As silagens dos genótipos dos grupos 5 e 6 dentre os grupos pré selecionados (2, 5 e 6) mostrou melhores teores de FDN e FDA. A variabilidade dos genótipos de milho indica uma possibilidade de seleção em programas de melhoramento genético e conclui-se que é possível selecionar os materiais de milho para silagem pelo teor de fibra em detergente neutro da planta. ABSTRACT: Our objective was to evaluate maize lines in relation the agronomic, bromatological characteristics of the forage and silage and qualitative characteristics of the silage, in order to identify potentially superior materials for the production of high quality silage. Design was in a partially equilibrated (9x9) simple lattice with 81 treatments (72 lines and 9 commercial hybrids as controls). Agronomic characteristics (grain yield, green matter yield, dry matter yield, plant height, ear height and stem diameter), fractionation of plants (stem, leaf, bracts and grain + cob), bromatological composition of forage and silage and qualitative characteristics of silage (in vitro digestibility of dry matter and in situ degradability in 24 hour time) were analyzed. Pearson correlations were to evaluated between these characteristics. The 9 commercial hybrids showed higher values for the agronomic characteristics. The group 3 containing 14 genotypes presented the best proportions of the leaves, stem and grain + cob fractions for the plant fractionation characteristics; while for the bromatological composition the group 6 (4 genotypes) presented the best set. Grain yield showed a high correlation, positive or negative, with the quantitative and qualitative parameters of maize lines. For plant and ear height was a negative correlation with NDF of plant (r= -0.40 and r= -0.29) and NDF and ADF fractions had a negative correlation with MS yield (r= -0.62 and r= -0.47, respectively). There was a high positive correlation between to NDF of plant and NDF and DM of silage (r= 0.43 and r= 0.71, respectively). The NDF of forage (NDFf) and NDF of silage (NDFs) had negative and significant correlation with IVDMD (r = -0.61 and r = -0.53, respectively). The silages of groups 2, 5 and 6 showed the highest DIVMS (74.90; 72.51 and 73.74%, respectively). The DM, MM, EE and CP of plant were adequate to produce a good silage, especially in group 6, which presented 10.23% CP. The silages of the genotypes of the groups 5 and 6, among the pre-selected groups (2, 5 and 6), showed better NDF and ADF levels. The variability of maize genotypes indicates a possibility of selection in breeding programs and would possible to select the different corn lines for silage by the neutral detergent fiber content of the plant. xiii, 56 f. : il. color., figs.

In tasks of handwritten words recognition from a collection of manuscripts, a possible approach consists on grouping images using a measure of similarity in order to get a cluster distribution, aiming to have all the same words in the same cluster. Keeping in mind this idea, agglomerative hierarchical clustering (AHC) techniques are used to implement retrieval by example methods by reducing the bag of word images in a few cluster representatives. Various linkage criteria, different distance metrics and representative obtainment methods are evaluated. A simple dataset is used to create and validate the algorithm and a subset of word images collection is used to get the final results. Modeling with the manuscript image words shows that AHC considerably reduces the amount of operation (decrease of request time) in offline handwriting recognition, giving the same (and even better) results than tradition approaches. En les tasques de reconeixement de paraules escrites a mà a partir d'una col·lecció de manuscrits, un possible enfocament consisteix en l'agrupació d'imatges utilitzant una mesura de similitud amb la finalitat d'obtenir una distribució de clúster, amb l'objectiu de tenir tots les mateixes paraules en el mateix clúster. Tenint en compte aquesta idea, les tècniques de clustering aglomeratiu jeràrquic (AHC) s'utilitzen per implementar mètodes de «recuperació per exemple» mitjançant la reducció del sac d'imatges de paraules en uns pocs representants de cluster. S'avaluen diversos criteris de linkatge, diferents mesures de distància i mètodes d'obtenció de representant. Un conjunt de dades senzill s'utilitza per crear i validar l'algoritme i un subconjunt d'una col·lecció d'imatges de paraules s'utilitza per obtenir els resultats finals. El modelatge amb les imatges de paraules manuscrites mostra que AHC redueix considerablement la quantitat d'operacions (disminució del temps de petició) pel reconeixement d'escriptura offline, donant els mateixos resultats (i fins i tot millor) que els enfocaments tradicionals. En las tareas de reconocimiento de palabras escritas a mano a partir de una colección de manuscritos, una posible aproximación consiste en agrupar imágenes usando una medida de similitud para obtener una distribución de clúster, con el fin de tener todas las mismas palabras en el mismo grupo. Teniendo en cuenta esta idea, se utilizan técnicas de clustering jerárquico aglomerado (AHC) para implementar la recuperación mediante métodos de ejemplo reduciendo el saco de imágenes de palabras en unos cuantos representantes de clúster. Se evalúan diversos criterios de linkage, diferentes métricas de distancia y métodos de obtención representativos. Un conjunto de datos simple es utilizado para crear y validar el algoritmo y un subconjunto de la colección de imágenes de palabras se utiliza para obtener los resultados finales. El modelage con imagenes de palabras manuscritas muestra que AHC reduce considerablemente la cantidad de operación (disminución del tiempo de solicitud) en el reconocimiento de escritura a mano sin conexión, dando los mismos resultados (e incluso mejores) que los enfoques tradicionales.

RESUMEN: Se analizaron las vocalizaciones de la Espadarana prosoblepon en dos ecosistemas diferentes, un bosque conservado cerca de una represa en el suroeste de Antioquia - Colombia y un bosque alterado en Carmen de Atrato, Chocó - Colombia Las grabaciones fueron segmentadas, luego procesadas para extraer y seleccionar los descriptores y finalmente clasificadas usando un algoritmo jerárquico. Con el fin de generalizar el análisis, también se procesaron las vocalizaciones de la Sachatamia albomaculata. Los resultados muestran que las vocalizaciones de la misma especie son afectadas por el ambiente, y que los tres conjuntos de vocalizaciones pueden ser diferenciados con la metodología propuesta. ABSTRACT: Espadarana prosoblepon vocalizations were analyzed in two different ecosystems, a conserved forest near to a dam in southeast Antioquia and a disturbed forest in Carmen de Atrato, Chocó. The recordings were segmented, then processed to extract and select features and classified with a hierarchical algorithm. To analyze more generally the results, Sachatamia albomaculata vocalizations from the dam were processed too. The results show that the species vocalizations are clearly affected by the environment, and the three types of vocalizations can be separated with the proposed methodology.

O objetivo deste trabalho foi avaliar a resistência parcial de genótipos de soja ao fungo Phakopsora pachyrhizi. Calcularam-se o número médio de pústulas, a severidade e a área abaixo da curva de progresso da doença. Foram encontradas diferenças significativas entre os genótipos quanto ao número médio de pústulas e severidade, aos 12 dias após a inoculação. A análise de agrupamento permitiu a discriminação de genótipos parcialmente resistentes. Os genótipos G4, G41 e G42, referentes aos parentais Cristalina e IAC 100, foram detectados como os de maior resistência parcial à ferrugem da soja. The objective of this work was to evaluate the partial resistance of soybean genotypes against Phakopsora pachyrhizi. Resistance characteristics were: average number of pustules, rust severity and the area under the disease progress curve. Significant differences were found among the genotypes for the average number of pustules and rust severity. Multivariate analysis allowed the discrimination of partially resistant genotypes. Three genotypes (G4, G41, and G42), referring to parents Cristalina and IAC 100, presented greater partial resistance to soybean rust.

Elephantgrass (Pennisetum purpureum Schum.) is native to regions of tropical Africa and was introduced in Brazil around 1920 through plantings imported from Cuba. It is currently one of the most widespread forage plants throughout the country. At first, there were two cultivars, Napier and Mercker, with well defined characteristics. New genotypes arose and it is believed that the large number of cultivars existing today in germplasm bank is due to duplicates. DNA markers for cultivar characterization are a very valuable tool, especially in situations where morphological and isoenzymatic markers have already been used as in the case of elephantgrass. Thus RAPD markers were used to estimate the genetic divergence among the Napier group elephantgrass cultivars from the elephantgrass Active Germplasm Bank at EMBRAPA Dairy Cattle. The polymerase chain reaction with 37 arbitrary primers from the OPERON Technologies series supplied 94 polymorphic and 73 monomorphic bands. From the matrix of complement of the Nei index, cluster analysis by the Tocher optimization method formed three clusters. Pearson correlation among genetic distance estimates obtained from the DNA markers and the isoenzymatic markers showed the consistency of both the methods in assessing genetic divergence among elephantgrass cultivars. No duplicates were found in the treatments assessed. O capim-elefante (Pennisetum purpureum Schum.) é nativo de regiões da África Tropical e foi introduzido no Brasil por volta de 1920, por meio de mudas provenientes de Cuba, e é, atualmente, uma das forrageiras mais difundidas em todo o país. No início de sua utilização, existiam praticamente dois cultivares com características bem definidas, Napier e Mercker. Com o decorrer do tempo, surgiram novos genótipos e acredita-se que o grande número de cultivares existentes atualmente no Banco de Germoplasma da espécie se deva à ocorrência de duplicatas. O uso de marcadores de DNA na caracterização de cultivares constitui uma ferramenta de grande valor, principalmente em situações em que marcadores morfológicos e isoenzimáticos já foram empregados, caso do capim-elefante. Em vista disso, objetivou-se estimar a divergência genética entre cultivares de capim-elefante do grupo "Napier" provenientes do Banco Ativo de Germoplasma de capim-elefante da EMBRAPA Gado de Leite, por meio de marcadores RAPD. As reações de polimerase em cadeia com 37 iniciadores arbitrários da série OPERON Technologies proporcionaram 94 bandas polimórficas e 73 monomórficas. Por meio da matriz do complemento do índice de Nei, a análise de agrupamento pelo método de otimização de Tocher indicou a formação de três grupos. Correlação de Pearson entre estimativas de distância genética obtidas a partir dos marcadores de DNA e dos marcadores isoenzimáticos indicaram a consistência de ambos os métodos para a avaliação da divergência genética entre cultivares de capim-elefante. Não foram encontradas duplicatas nos tratamentos avaliados.