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Atmospheric boundary layers (ABLs) exhibit transient processes on various time scales that range from a few days down to seconds, with a scale separation of the large-scale forcing and the small-scale turbulent response. One of the standing challenges in modeling and simulation of ABLs is a physically based representation of complex multiscale boundary layer dynamics. In this study, an idealized time-dependent ABL, the so-called Ekman–Stokes boundary layer (ESBL), is considered as a simple model for the near-surface flow in the mid latitudes and polar regions. The ESBL is driven by a prescribed temporal modulation of the bulk–surface velocity difference. A stochastic one-dimensional turbulence (ODT) model is applied to the ESBL as standalone tool that aims to resolve all relevant scales of the flow along a representative vertical coordinate. It is demonstrated by comparison with reference data that ODT is able to capture relevant features of the time-dependent boundary layer flow. The model predicts a parametric enhancement of the bulk–surface coupling in the event of a boundary layer resonance when the flow is forced with the local Coriolis frequency. The latter reproduces leading order effects of the critical latitudes. The model results suggest that the bulk flow decouples from the surface for high forcing frequencies due to a relative increase in detached residual turbulence.

Poster presented at the 86. Annual Meeting of DPG and DPG-Frühjahrstagung (DPG Spring Meeting) of the Matter and Cosmos Section (SMuK) - Dresden, Germany - 20.03. - 24.03.2023

The evolution of reptiles, birds, and mammals was associated with the origin of unique integumentary structures. Studies on lizards, chicken, and humans have suggested that the evolution of major structural proteins of the outermost, cornified layers of the epidermis was driven by the diversification of a gene cluster called Epidermal Differentiation Complex (EDC). Turtles have evolved unique defense mechanisms that depend on mechanically resilient modifications of the epidermis. To investigate whether the evolution of the integument in these reptiles was associated with specific adaptations of the sequences and expression patterns of EDC-related genes, we utilized newly available genome sequences to determine the epidermal differentiation gene complement of turtles. The EDC of the western painted turtle (Chrysemys picta bellii) comprises more than 100 genes, including at least 48 genes that encode proteins referred to as beta-keratins or corneous beta-proteins. Several EDC proteins have evolved cysteine/proline contents beyond 50% of total amino acid residues. Comparative genomics suggests that distinct subfamilies of EDC genes have been expanded and partly translocated to loci outside of the EDC in turtles. Gene expression analysis in the European pond turtle (Emys orbicularis) showed that EDC genes are differentially expressed in the skin of the various body sites and that a subset of beta-keratin genes within the EDC as well as those located outside of the EDC are expressed predominantly in the shell. Our findings give strong support to the hypothesis that the evolutionary innovation of the turtle shell involved specific molecular adaptations of epidermal differentiation.

The conserved INO80 chromatin remodeling complex is involved in regulation of DNA damage repair, replication and transcription. It is commonly recruited to the transcription start region and contributes to the establishment of promoter-proximal nucleosomes. We find a substantial influence of INO80 on nucleosome dynamics and gene expression during stress induced transcription. Transcription induced by osmotic stress leads to genome-wide remodeling of promoter proximal nucleosomes. INO80 function is required for timely return of evicted nucleosomes to the 5΄ end of induced genes. Reduced INO80 function in Arp8-deficient cells leads to correlated prolonged transcription and nucleosome eviction. INO80 and the related complex SWR1 regulate incorporation of the H2A.Z isoform at promoter proximal nucleosomes. However, H2A.Z seems not to influence osmotic stress induced gene regulation. Furthermore, we show that high rates of transcription promote INO80 recruitment to promoter regions, suggesting a connection between active transcription and promoter proximal nucleosome remodeling. In addition, we find that absence of INO80 enhances bidirectional promoter activity at highly induced genes and expression of a number of stress induced transcripts. We suggest that INO80 has a direct repressive role via promoter proximal nucleosome remodeling to limit high levels of transcription in yeast.

Duisburg, Essen, Univ., Diss., 2014

Large-scale software systems need to be accurately planned and designed. This includes the determination of requirements, the definition of specifications, and the development of models conforming to specifications. These models are expressed in modeling languages like process algebras, the Unified Modeling Language (UML), or variants of state diagrams (e.g. UML state machines or Harel's statecharts). Such modeling languages are usually underspecified, since they only express certain aspects of the system to be designed, leaving out implementation details. The process of refining such abstract descriptions in a stepwise fashion, until finally the concrete, executable implementation is reached, is called (model-driven) top-down development. Finding bugs as early as possible in this process often saves considerable development costs. This thesis considers methods for proven-to-be-correct top-down development, with specification conformance being guaranteed at all levels of abstraction, either by applying model checking techniques or by employing pre-defined refinement patterns that are already proven to be sound. In order to apply formal proof methods, models on all levels of abstraction, e.g. presented as process algebra terms or state diagrams, need to be given a precise semantics in some semantic domain, usually based on (extensions of) labeled transition systems. We call semantic domains that support underspecification refinement settings. One of the contributions of this thesis is a new kind of comparison of a dozen such settings proposed in the literature with respect to their expressible sets of implementations. This comparison is done by providing transformations that not only establish the implementation-based expressiveness hierarchy of the most commonly used refinement settings, but can also be employed to convert models between the settings, thus enabling tool reuse. Some kinds of abstract models require a setting as semantic domain that not only features resolvable nondetermism expressing underspecification, but also persistent nondeterminism that is not to be resolved in refinements, as characterized by bisimulation equivalence on labeled transition systems. We show that such a setting is needed for process algebras if they specify concurrent systems, because concurrency may introduce resolvable nondeterminism which is resolved by the scheduler of the operating system, and the choice operator, which is common to process algebras, may correspond to persistent nondeterminism. This is the first work in the literature making this observation. A simple process algebra of this kind is given an operational semantics, using the refinement setting of mu-automata, as well as a sound and complete axiomatic semantics. Sometimes state diagrams, such as UML state machines or Harel's statecharts, also require a refinement setting with both kinds of nondeterminism, because (i) they are underspecified and (ii) the underlying action language may contain operators exhibiting persistent nondeterministic behavior. This thesis is the first publication presenting a state diagram semantics with both kinds of nondeterminism. In this context, existing refinement settings like mu-automata lead to unnecessarily complex semantic models. Therefore, we develop a new and in this context more succinct refinement setting, called nu-automata, and give a semantic mapping for a simple state diagram variant, as well as a general transformation that can be applied when extending existing semantics by persistent nondeterminism. Thus, we make state diagrams accessible to persistent nondeterminism. Support for both kinds of nondeterminism, however, does not necessarily imply the practical feasibility of top-down development in state diagrams. In existing state diagram variants, expressing resolvable nondeterminism is only possible to a certain degree, because the notations for underspecification (i) often have no precise semantics, and (ii) are not expressive enough to reflect the requirements of the top-down development process, such as starting with interface definitions and subsequent parallel development of mostly independent modules. Therefore, we develop a new variant of state diagrams that allows more explicit and more expressive modeling of underspecification than existing variants. This variant is given a semantics in a newly developed semantic setting that distinguishes between input and output events. A set of refinement patterns is then provided that enables proven-to-be-correct stepwise refinement without the need to re-check correctness after each refinement step. Consequently, we deliver the formal foundations for the development of a state-diagram-based design tool that ensures correctness at all stages of the development process. Große Softwaresysteme bedürfen sorgfältiger Planung und Entwicklung, einschließlich einer Anforderungsanalyse, dem Aufstellen von Spezifikationen und der Entwicklung von Modellen, die die Spezifikation einhalten. Solche Modelle werden in Modellierungssprachen wie Prozessalgebren, der Unified Modeling Language (UML) oder Varianten von Zustandsdiagrammen (z.B. UML state machines oder Harel's statecharts) ausgedrückt. Diese Modellierungssprachen sind üblicherweise unterspezifiziert, d.h. sie beschreiben nur bestimmte Aspekte des zu entwickelten Systems und lassen Implementationsdetails weg. Der Prozess, solche abstrakten Beschreibungen schrittweise zu verfeinern, bis schließlich die konkrete, ausführbare Implementation erreicht ist, wird (modellgetriebene) Top-Down-Entwicklung genannt. Es spart oft beachtliche Entwicklungskosten, wenn Programmierfehler so früh wie möglich in diesem Prozess gefunden werden. Die vorliegende Arbeit betrachtet Methoden für per-Konstruktion-korrekte Top-Down-Entwicklung, für die Spezifikationstreue auf allen Abstraktionsstufen gewährleistet ist, entweder durch die Anwendung von Modelchecking-Techniken oder durch die Verwendung von vordefinierten Verfeinerungsmustern, deren Korrektheit bereits bewiesen ist. Um formale Methoden anwenden zu können, muss den Modellen auf allen Abstraktionsstufen, ausgedrückt etwa in Prozessalgebren oder Zustandsdiagrammen, eine präzise Semantik gegeben werden. Solche Semantiken werden üblicherweise mittels (Erweiterungen von) Transitionssystemen ausgedrückt. Wir nennen solche semantischen Formalismen, die Unterspezifikation unterstützen, Verfeinerungsformalismen. Einer der Beiträge dieser Arbeit ist eine neue Art von Vergleich von einem Dutzend solcher Formalismen, in Hinblick auf ihre ausdrückbaren Mengen von Implementationen. Dieser Vergleich erfolgt durch die Angabe von Transformationen, die nicht nur die implementationsbasierte Ausdrucksstärkenhierarchie der meistbenutzten Verfeinerungsformalismen begründen, sondern auch dafür verwendet werden können, Modelle zwischen Formalismen zu konvertieren und damit die Wiederverwendung von Werkzeugen zu ermöglichen. Einige abstrakte Modelle benötigen einen semantischen Formalismus, der nicht nur auflösbaren Nichtdeterminismus für das Ausdrücken von Unterspezifikation, sondern auch persistenten Nichtdeterminismus enthält. Letzterer soll nicht in Verfeinerungen aufgelöst werden, wie es durch Bisimulationsäquivalenz auf Transitionssystemen charakterisiert wird. Wir zeigen, dass ein solches Modell für Prozessalgebren im Kontext nebenläufiger Systeme benötigt wird, weil Nebenläufigkeit auflösbaren Nichtdeterminismus einführen kann, der vom Scheduler des Betriebssystems aufgelöst wird, und der Choice-Operator, welcher in Prozessalgebren üblich ist, persistentem Nichtdeterminismus entsprechen kann. Dieses ist die erste publizierte Arbeit, die diese Beobachtung macht. Wir geben für eine einfache Prozessalgebra eine operationelle Semantik mittels mu-Automaten, sowie eine korrekte und vollständige axiomatische Semantik an. Auch Zustandsdiagramme wie UML state machines oder Harel's statecharts benötigen manchmal semantische Formalismen mit beiden Arten von Nichtdeterminismus, weil Zustandsdiagramme (i) unterspezifiziert sind und (ii) die zugrundeliegende Aktionssprache Operatoren enthalten kann, die persistent-nichtdeterministisches Verhalten zeigen. Die vorliegende Arbeit ist die erste, die eine Zustandsdiagramm-Semantik mit beiden Arten von Nichtdeterminismus vorstellt. In diesem Kontext würden existierende semantische Modelle wie mu-Automaten zu unnötig komplexen semantischen Modellen führen. Daher entwickeln wir einen neuen, in diesem Kontext bündigeren Verfeinerungsformalismus, nämlich nu-Automaten, und geben eine semantische Abbildung für eine einfache Zustandsdiagrammvariante, sowie eine allgemeine Transformation an, die auf existierende Semantiken, die um persistenten Nichtdeterminismus erweitert werden sollen, angewendet werden kann. Wir machen also Zustandsdiagramme im Allgemeinen für persistenten Nichtdeterminismus zugänglich. Die Unterstützung von beiden Arten von Nichtdeterminismus impliziert jedoch nicht notwendigerweise die praktische Umsetzbarkeit von Top-Down-Entwicklung in Zustandsdiagrammen. In existierenden Zustandsdiagrammvarianten ist das Ausdrücken von auflösbarem Nichtdeterminismus nur zu einem gewissen Grade möglich, weil die Notationen für Unterspezifikation (i) oft keine präzise Semantik haben, und (ii) nicht ausdrucksstark genug sind, um die Anforderungen des Top-down-Entwicklungsprozesses widerzuspiegeln, wie das Starten mit der Definition von Schnittstellen und nachfolgende parallele Entwicklung größtenteils unabhängiger Module. Daher entwickeln wir eine neue Zustandsdiagrammvariante, die expliziteres und ausdrucksstärkeres Modellieren von Unterspezifikation als existente Varianten unterstützt. Ihre Semantik wird in einem neu entwickelten semantischen Formalismus gegeben, der zwischen Eingabe- und Ausgabeereignissen unterscheidet. Eine Kollektion von gegebenen Verfeinerungsmustern erlaubt korrekt-bewiesene schrittweise Verfeinerung, ohne dass die Korrektheit nach jedem Verfeinerungsschritt erneut bewiesen werden muss. Wir liefern also die formale Basis für die Entwicklung eines zustandsdiagrammbasierten Entwicklungswerkzeugs, welches Korrektheit in allen Stadien des Entwicklungsprozesses sicherstellt.