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We studied by native ESI-MS the binding of various DNA-polymerase-derived peptides onto DNA-polymerase processivity rings from Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, and Mycobacterium tuberculosis. These homodimeric rings present two equivalent specific binding sites, which leads to successive formation during a titration experiment of singly- and doubly occupied rings. By using the ESI-MS free-ring spectrum as a ruler, we derived by robust linear regression the fractions of the different ring species at each step of a titration experiment. These results led to accurate Kd values (from 0.03 to 0.5 μM) along with the probability of peptide loss due to gas phase dissociation (GPD). We show that this good quality is due to the increased information content of a titration experiment with a homodimer. Isothermal titration calorimetry (ITC) led with the same binding model to Kd(ITC) values systematically higher than their ESI-MS counterparts and, often, to poor fit of the ITC curves. A processing with two competing modes of binding on the same site requiring determination of two (Kd, ΔH) pairs greatly improved the fits and yielded a second Kd(ITC) close to Kd(ESI-MS). The striking features are: (1) ITC detected a minor binding mode (~20%) of ‘low-affinity’ that did not appear with ESI-MS; (2) the simplest processing of ITC data with only one (Kd, ΔH) pair led wrongly to the Kd of the low-affinity binding mode but to the ΔH of the high-affinity binding mode. Analogous misleading results might well exist in published data based on ITC experiments. Graphical Abstractᅟ Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1007/s13361-016-1534-6) contains supplementary material, which is available to authorized users.

International audience; Nowadays, with computer-supported analysis of databases, constructing bibliometric or scientometric indicators may be considered easy. The problem is more to verify the accuracy of the global analysis, including the sampling of data. The global coherence of an analysis depends on the adequacy of all the steps. Using on-line databases, an experiment was designed to demonstrate this. Keeping the same protocol for data collection, the same indicators are used over the various samples . The results from three separate databases are profoundly different.; Aujourd'hui, avec l'analyse automatique des bases de données, la construction d'indicateurs bibliométriques ou scientométriques est facilitée. Le problème est plus de vérifier l'exactitude de l'analyse globale, y compris l'échantillonnage des données. La cohérence globale de l'analyse dépend de la pertinence de tous les maillons de la chaîne. En utilisant des bases de données en ligne, une expérience a été conduite : les mêmes indicateurs ont été utilisés sur différents échantillons. Les résultats obtenus sont profondément différentes.

L'objectif de notre recherche est de présenter une nouvelle méthode d'analyse du trafic sur un site web et de valider un nouveau modèle de la répartition du trafic entre les pages du site. Cette modélisation est fondée sur l'analyse réseau et les chaînes de Markov. La première partie présente les différentes approches disponibles pour mesurer l'audience et le trafic sur un site web. Après avoir exposé la méthodologie mise en oeuvre, nous appliquons la modélisation envisagée au site Intranet de la SNCF et évaluons sa qualité en tant qu'outil de simulation. Enfin, nous développons les implications théoriques et managériales de notre recherche et exposons les voies de recherche futures.

Internet sales deeply change the traditional commercial techniques. To optimize the audience of its site, and more its sales on this media, an enterprise now needs relevant statistical information. Our research intends to renew the Log files analyzers, currently available tools, by showing the contributions of the network analysis., La commercialisation sur Internet bouleverse les techniques commerciales traditionnelles. Pour optimiser l'audience de son site, voire ses ventes sur ce canal, l'entreprise a besoin d'informations statistiques pertinentes. Le but de notre recherche est de renouveler l'approche des analyseurs de fichiers .Log, outils disponibles actuellement, en montrant les apports de l'analyse réseau.

International audience; Ce travail transpose l'analyse réseaux au domaine de la bibliométrie. Le point de départ de l'analyse est un corpus composé de notices bibliographiques téléchargées d'une base de données. Lorsque la taille du corpus augmente l'expert a du mal à se forger une vue d'ensemble de la réalité qu'il cherche à appréhender. La construction automatique du tissu de relations entre les unités bibliographiques devient alors indispensable à l'analyse d'une grande masse de données. L'exemple choisi permet de représenter les collaborations entre auteurs travaillant dans le domaine de la bibliométrie dans le monde.