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Versão não editada Dados do Laboratório Nacional de Referência de Micobactérias do INSA relativos à vigilância laboratorial da tuberculose em Portugal no período 2020-2022. Do presente relatório, destacam-se os seguintes resultados: - A confirmação bacteriológica da TB é essencial para a monitorização da doença e para o conhecimento do perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos, pelo que devem ser sempre solicitadas análises laboratoriais auxiliares ao diagnóstico; - De acordo com os dados atuais do relatório da DGS, em 2021 foram confirmados (casos de TB com cultura positiva para MTC ou exame direto e teste de amplificação de ácidos nucleicos positivos) 862 casos de TB (57% do número total de casos), 366 casos foram classificados como prováveis (caso de TB exame direto positivo ou teste de amplificação de ácidos nucleicos positivo ou exame anatomopatológico compatível) e 285 (18.7%) casos como possíveis (caso de TB apenas com critérios clínicos e/ou imagiológicos e sem resultados laboratoriais). N/A

Autores: Equipa do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge: Ausenda Machado, Irina Kislaya, Verónica Gómez. Equipa da Marinha Portuguesa: CFR EN-AEL Pedro Luís Araújo Costa; CTEN MN Sílvia Silva; CTEN TSN-EIO Rui Gonçalves Deus; 2TEN TS Luís Miguel Nunes Ramos; 2TEN MN Ludovico Emanuel Ferreira e Ferreira; STEN TSN (EIO) Laura Pinguicha Ferreira; ASPOF TN (EIO) Inês Coelho. Enquadramento e objetivos: No âmbito da campanha de vacinação para controlar a pandemia da COVID-19, importou medir o efeito da vacinação contra a COVID-19, em condições reais. Os Militares da Marinha Portuguesa, devido às suas funções de defesa e apoio à população no âmbito da pandemia, foram considerados população em elevado risco de exposição, tendo sido elegíveis para vacinação a partir de dezembro de 2020. A toma da dose de reforço teve início em novembro de 2021. Através de dados de registos eletrónicos de saúde da Marinha Portuguesa, este estudo pretendeu estimar a efetividade da vacina contra a infeção por SARS-CoV-2 confirmada laboratorialmente, globalmente e por tempo desde conclusão do esquema primário de vacinação e dose de reforço, nos Militares da Marinha Portuguesa. Métodos: Foi estabelecida uma coorte retrospetiva com a duração de 20 meses (dezembro de 2020 a junho de 2022), de militares no ativo e da reserva da Marinha Portuguesa, elegíveis para vacinação contra COVID-19 que consentiram participar neste estudo. O convite foi feito por e-mail e o consentimento foi obtido para ligar dados eletrónicos de saúde e de vacinação dos registos da Marinha Portuguesa. O estado vacinal foi definido como parâmetro variável no tempo e os participantes foram considerados como vacinados com vacinação primária completa se receberam uma dose de Janssen ou duas doses de qualquer combinação de Comirnaty, Moderna ou Astrazeneca, há pelo menos 14 dias. A toma de dose de reforço foi, também, considerada. Foi utilizada a regressão de Cox com dependência temporal para cada outcome e grupo em análise. A efetividade foi estimada através de 100%*(1-hazard ratio), ajustada para idade, sexo e presença de doença crónica. Resultados: Um total de 860 militares da Marinha Portuguesa aceitou participar no estudo. Destes, 83,6% eram do sexo masculino, com idade compreendida entre os 21 e os 63 anos de idade, sendo que 31,6% tinham pelo menos uma doença crónica. De entre os militares vacinados, 38,7% foram inoculados com a vacina Comirnaty, 33,0% com AstraZeneca, 24,5% com Janssen e 3,8% com Moderna. A efetividade geral do esquema de vacinação primária completo foi de 54,0% (-5,7 a 79,9) após 14 dias da toma da última dose. Esta estimativa foi de 73% (16,5 a 90,1), 14 a 97 dias após a conclusão do esquema de vacinação primário e um efeito decrescente foi observado entre 98 a 181 dias e 182+ dias após conclusão de esquema de vacinação primária: 47,6% (-43,5 a 80,9) e 37,8% (-60,4 a 75,9), respetivamente. A efetividade geral, 14 dias após esquema primário completo e dose de reforço foi de 21,4% (-84,7 a 66,5). Conclusão: Em relação às estimativas globais da efetividade da vacina contra SARS-CoV-2 confirmado laboratorialmente, de acordo com o tempo desde a vacinação completa, observamos um efeito decrescente, semelhante à população em geral. Esses resultados devem ser interpretados com cautela dada a alta incerteza das estimativas. info:eu-repo/semantics/draft

Influenza NS1 is a promising anti-influenza target, considering its conserved and druggable structure, and key function in influenza replication and pathogenesis. Notwithstanding, target identification and validation, strengthened by experimental data, are lacking. Here, we further explored our previously designed structure-based antiviral rationale directed to highly conserved druggable NS1 regions across a broad spectrum of influenza A viruses. We aimed to identify NS1-mutated viruses exhibiting a reduced growth phenotype and/or an altered cell apoptosis profile. We found that NS1 mutations Y171A, K175A (consensus druggable pocket 1), W102A (consensus druggable pocket 3), Q121A and G184P (multiple consensus druggable pockets) - located at hot spots amenable for pharmacological modulation - significantly impaired A(H1N1)pdm09 virus replication, in vitro. This is the first time that NS1-K175A, -W102A, and -Q121A mutations are characterized. Our map-and-mutate strategy provides the basis to establish the NS1 as a promising target using a rationale with a higher resilience to resistance development. Highlights: Structure-based anti-influenza strategies that facilitate the rapid identification and validation of robust targets are lacking; We have previously identified and characterized 3 NS1 conserved druggable pockets - amenable to pharmacological modulation; NS1 mutations Y171A, K175A (CDP1), W102A (CDP3), Q121A and G184P (Multi-CDPs) impaired A(H1N1)pdm09 virus replication, in vitro; The new NS1 hot spots: NS1–K175, -W102, and -Q121 were characterized for the first time, using the A(H1N1)pdm09 virus; This map-and-mutate antiviral rationale can be promptly applied to other proteins of (re)emergent viruses. This work was funded by the FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. (project number POCI-01 0145-FEDER-032572 | PTDC/QUI-OUT/32572/2017 and PTDC/SAU-INF/30729/2017); and sup ported by the PhD grant PD/BD/128402/2017 from FCT PhD Pro gramme in Medicines and Pharmaceutical Innovation (i3DU) to JTL Ph. D. candidate. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

In 2020, the World Health Organization declared the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), which has spread around the world. Approximately 5% of infected patients are critical cases that require admission to the intensive care unit (ICU). In these patients, COVID-19 can be complicated by acute respiratory distress syndrome, septic shock, and multi-organ failure, including kidney and heart failure.Summarize the recommendations included in the Guidelines for Care of Critically Ill Adult Patients with COVID-19 in the Americas, version 3, published by the Pan American Health Organization in 2021 to guide the management of critically ill adult patients with COVID-19 treated in the ICU, and address key aspects of implementation of the recommendations.The guidelines and their recommendations were summarized. In addition, a systematic search was carried out in Pubmed, Lilacs, Health Systems Evidence, Epistemonikos, and gray literature on studies carried out in the Region of the Americas, in order to identify barriers, facilitators, and implementation strategies.Forty-three recommendations are presented that address the identification of markers and risk factors for mortality, infection prevention and control, specimen collection, supportive care (ventilatory and hemodynamic), pharmacological treatment, early rehabilitation, use of imaging studies, prevention of complications, and discharge criteria for critical patients with COVID-19.The recommendations seek to provide knowledge on the management of critical patients with COVID-19 and offer considerations for implementation of the recommendations in the Region.A Organização Mundial da Saúde declarou em 2020 a pandemia de COVID-19 (sigla em inglês), causada pelo coronavírus do tipo da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-COV-2, o vírus na sigla em inglês) e que tem se espalhado por todo o mundo. Aproximadamente 5% dos pacientes infectados ficam em estado crítico e precisam de cuidados em unidade de terapia intensiva (UTI). Nesses pacientes, a COVID-19 pode piorar em decorrência da síndrome do desconforto respiratório agudo, choque séptico e insuficiência de múltiplos órgãos, que inclui a falência renal e a insuficiência cardíaca.Sintetizar as recomendações doFoi realizada uma síntese do guia e de suas recomendações. Além disso, foi feita uma busca sistemática nas bases Pubmed, Lilacs, Health Systems Evidence e Epistemonikos e na literatura cinzenta de estudos conduzidos na Região das Américas para identificar barreiras, facilitadores e estratégias de implementação.São apresentadas 43 recomendações que abordam a identificação de marcadores e fatores de risco de mortalidade, prevenção e controle de infecções, coleta de amostras, cuidados de suporte (ventilatório e hemodinâmico), tratamento farmacológico, reabilitação prematura, uso de estudos por imagens, prevenção de complicações e critérios para a alta de pacientes em estado crítico com COVID-19.As recomendações buscam disponibilizar conhecimento sobre o manejo de pacientes em estado crítico com COVID-19 e oferecer considerações para sua implementação na Região.

Made available in DSpace on 2022-04-29T08:46:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2022-02-01 Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) We established three immunocompetent murine models of pulmonary mucormycosis to determine the involvement of the adaptive immune response in host resistance in pulmonary mucormycosis, a rapidly fatal disease caused mainly by Rhizopus spp. Immunocompetent inbred (C57BL/6, BALB/c) and outbred (Swiss) strains of mice were inoculated with R. oryzae via the intratracheal route. The inoculation resulted in a disseminated infection that spread to the brain, spleen, kidney, and liver. After 7 and 30 days of R. oryzae infection, BALB/c mice showed the lowest fungal load and highest production of IFN-γ and IL-2 by splenocytes. Swiss mice showed a higher fungal load 30 days p.i. and was associated with a weak development of the Th-1 profile. To confirm our findings, R. oryzae-infected IFN-γ−/− mice were evaluated after 60 days, where the mice still showed viable fungi in the lungs. This study showed, for the first time, that pulmonary mucormycosis in three widely used mouse strains resulted in an acute fungal dissemination without immunosuppression whose outcome varies according to the genetic background of the mice. We also identified the partial role of IFN-γ in the efficient elimination of R. oryzae during pulmonary infection. Faculdade de Ciências Universidade Estadual Paulista (Unesp), SP Faculdade de Medicina Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS), Cidade Universitária, Unit 9, MS Departamento de Bioquimica e Imunologia Universidade de São Paulo, Escola de Medicina de Ribeirão Preto, SP Lauro de Souza Lima Institute, SP Faculdade de Odontologia de Bauru (FOB) Universidade de São Paulo (USP), SP Faculdade de Ciências Universidade Estadual Paulista (Unesp), SP FAPESP: # 2013/15513-3

Influenza and COVID-19 are infectious respiratory diseases that represent a major concern to public health with social and economic impact worldwide, for which the available therapeutic options are not satisfactory. The RdRp has a central role in viral replication and thus represents a major target for the development of antiviral approaches. In this study, we focused on Influenza A virus PB1 polymerase protein and the betacoronaviruses nsp12 polymerase protein, considering their functional and structural similarities. We have performed conservation and druggability analysis to map conserved druggable regions, that may have functional or structural importance in these proteins. We disclosed the most promising and new targeting regions for the discovery of new potential polymerase inhibitors. Conserved druggable regions of putative interaction with favipiravir and molnupiravir were also mapped. We have also compared and integrated the current findings with previous research. Highlights: IAV PB1 and beta-CoVs nsp12 RdRp proteins bear/have highly conserved regions; Fingers and palm subdomains of the RdRp proteins represent the most promising regions; Over 150 new top-ranked hot spots were identified for each protein; New conserved druggable pockets suitable for drug modulation were disclosed. This work was supported by the grant PD/BD/128402/2017 from Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) PhD Programme in Medicines and Pharmaceutical Innovation (i3DU) info:eu-repo/semantics/publishedVersion

PB1 influenza virus retain traces of interspecies transmission and adaptation. Previous phylogenetic analyses highlighted mutations L298I, R386K and I517V in PB1 to have putatively ameliorated the A(H1N1)pdm09 adaptation to the human host. This study aimed to evaluate the reversal of these mutations and infer the role of these residues in the virus overall fitness and adaptation. We generate PB1-mutated viruses introducing I298L, K386R and V517I mutations in PB1 and evaluate their phenotypic impact on viral growth and on antigen yield. We observed a decrease in viral growth accompanied by a reduction in hemagglutination titer and neuraminidase activity, in comparison with wt. Our data indicate that the adaptive evolution occurred in the PB1 leads to an improved overall viral fitness; and such biologic advantaged has the potential to be applied to the optimization of influenza vaccine seed prototypes. Highlights: PB1 protein of influenza virus retain traces of interspecies transmission and adaptation; The modulation of PB1 sites 298, 386 and 517 have a significant impact on viral growth and antigen yield; Exploring the structure-function relation of PB1 sites to optimize the viral genomic composition of vaccine seed prototypes; Our work is useful for structure-based vaccine prototype design and optimization for the A(H1N1)pdm09 virus. This work is funded by National Funds through the FCT – Fundação para a Ciência e Tecnologia, I.P., by the FCT project PTDC/SAU-INF/30729/2017. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

This article belongs to the Special Issue Metabolomics in Health and Disease. Tuberculosis (TB) is a transmissible disease listed as one of the 10 leading causes of death worldwide (10 million infected in 2019). A swift and precise diagnosis is essential to forestall its transmission, for which the discovery of effective diagnostic biomarkers is crucial. In this study, we aimed to discover molecular biomarkers for the early diagnosis of tuberculosis. Two independent cohorts comprising 29 and 34 subjects were assayed by proteomics, and 49 were included for metabolomic analysis. All subjects were arranged into three experimental groups-healthy controls (controls), latent TB infection (LTBI), and TB patients. LC-MS/MS blood serum protein and metabolite levels were submitted to univariate, multivariate, and ROC analysis. From the 149 proteins quantified in the discovery set, 25 were found to be differentially abundant between controls and TB patients. The AUC, specificity, and sensitivity, determined by ROC statistical analysis of the model composed of four of these proteins considering both proteomic sets, were 0.96, 93%, and 91%, respectively. The five metabolites (9-methyluric acid, indole-3-lactic acid, trans-3-indoleacrylic acid, hexanoylglycine, and N-acetyl-L-leucine) that better discriminate the control and TB patient groups (VIP > 1.75) from a total of 92 metabolites quantified in both ionization modes were submitted to ROC analysis. An AUC = 1 was determined, with all samples being correctly assigned to the respective experimental group. An integrated ROC analysis enrolling one protein and four metabolites was also performed for the common control and TB patients in the proteomic and metabolomic groups. This combined signature correctly assigned the 12 controls and 12 patients used only for prediction (AUC = 1, specificity = 100%, and sensitivity = 100%). This multiomics approach revealed a biomarker signature for tuberculosis diagnosis that could be potentially used for developing a point-of-care diagnosis clinical test. New INDIGO Programme on Biotechnology-Human Health (INDIGO-DBT2-062), ERA NET Project supported by FCT. Partially supported by project PTDC/CVT-CVT/29510/2017 funded by Fundação para a Ciência a Tecnologia; Projects LISBOA-01-0145-FEDER-007660 (Microbiologia Molecular, Estrutural e Celular) and UID/Multi/04378/2019) funded by FEDER funds through COMPETE2020—Programa Operacional Competitividade e Internacionalização (POCI); by ONEIDA project (LISBOA-01-0145-FEDER-016417) co-funded by FEEI-”Fundos Europeus Estruturais e de Investimento” from “Programa Operacional Regional Lisboa 2020” and by national funds from Fundação para a Ciência e a Tecnologia. European Regional Development Fund (ERDF), through the COMPETE 2020—Operational Programme for Competitiveness and Internationalisation and Portuguese national funds via FCT—Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P., under projects: POCI-01-0145-FEDER-007440 (ref. UIDB/04539/2020 and UIDP/04539/2020), and by The Na tional Mass Spectrometry Network (RNEM) under the contract POCI-01-0145-FEDER-402-022125 (ref.: ROTEIRO/0028/2013). Luis G Gonçalves was financed by an FCT contract according to DL57/2016, [SFRH/BPD/111100/2015]. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

This article belongs to the Special Issue Haemophilus influenzae: New Insights in Epidemiology of Disease. Haemophilus influenzae is an important cause of mucosal and invasive infections and a common colonizer of the upper respiratory tract. As there are no recent data on H. influenzae carriage in Portugal, we aimed to characterize carriage samples and investigate possible parallelisms with disease isolates. Between 2016–2019, 1524 nasopharyngeal samples were obtained from children (0–6 years) attending day-care. H. influenzae were serotyped and screened for β-lactamase production. Strains producing β-lactamase and/or those that were encapsulated were further characterized by antibiotype; encapsulated strains were also investigated for MLST and the presence of antimicrobial resistance and virulence genes (extracted from whole genome sequencing). The overall carriage rate was 84.1%. Most isolates (96.7%) were nonencapsulated. Encapsulated strains were of serotypes f (1.8%), e (1.1%), a (0.3%), and b (0.1%). MLST showed clonality within serotypes. Although the lineages were the same as those that were described among disease isolates, colonization isolates had fewer virulence determinants. Overall, 7.5% of the isolates were β-lactamase positive; one isolate had blaTEM-82, which has not been previously described in H. influenzae. A single isolate, which was identified as H. parainfluenzae, had an incomplete f-like cap locus. In conclusion, circulation of serotype b is residual. The few encapsulated strains are genetically related to disease-causing isolates. Thus, surveillance of H. influenzae carriage should be maintained. This work was partially supported by projects LISBOA-01-0145-FEDER (Microbiologia Molecular, Estrutural e Celular, funded by FEDER through COMPETE2020—Programa Operacional Competitividade e Internacionalização), LISBOA-01-0145-FEDER-016417 (ONEIDA co-funded by Fundos Europeus Estruturais e de Investimento, Programa Operacional Regional Lisboa 2020 and Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT)), WI230921 from Pfizer Portugal (to RSL), and National Institute of Health, Lisbon, Portugal. CC was supported by grant from Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Dando continuidade ao trabalho de monitorização da prevalência de anticorpos contra a COVID-19, iniciado em maio de 2020, o Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), em colaboração com a Associação Nacional de Laboratórios Clínicos (ANLC), a Associação Portuguesa de Analistas Clínicos (APAC) e vários Hospitais do Serviço Nacional de Saúde (SNS), implementou a quarta fase do Inquérito Serológico Nacional à COVID-19 (ISN-COVID 19). Estes inquéritos são úteis como indicadores da imunidade populacional, contribuindo para a avaliação de risco e adequação das medidas a implementar, nomeadamente, no que se refere as recomendações da vacinação contra a COVID-19. Na quarta fase do ISN COVID-19 foram recolhidas amostras de soro de 3.825 indivíduos de todas as idades, recrutados entre 27 de abril e 8 de junho de 2022, em 178 postos de colheita previamente selecionados, distribuídos por todo o país. Seguindo as orientações técnicas da Organização Mundial de Saúde e do Centro Europeu de Prevenção e Controlo de Doenças foram usados remanescentes de soros para determinação dos anticorpos específicos para o SARS-CoV-2. Para todas as amostras foi realizada a determinação qualitativa de imunoglobulinas (Ig) do tipo G específicas contra a proteína da nucleocápside do SARS-CoV-2 [IgG (anti-NP)] e a determinação quantitativa de IgG contra a proteína da espícula do SARS-CoV-2 [IgG (anti-S)]. Adicionalmente, para uma amostra aleatória de 351 amostras com IgG (anti-S) positiva foi feita a determinação quantitativa de anticorpos neutralizantes. A seroprevalência total na população em estudo foi de 95,8 %, mantendo-se um padrão regional semelhante ao das fases anteriores do ISN COVID-19, isto é, estimou-se uma menor seroprevalência na região do Algarve (91,7 %). Os grupos etários abaixo dos 10 anos foram aqueles em que se observaram seroprevalências mais baixas (76,2 % entre os 0-4 anos e 78,7 % entre os 5-9 anos). No que se refere à seroprevalência IgG (anti-NP), estimaram-se valores globalmente mais elevados do que os obtidos nas fases anteriores do ISN COVID-19 (27,3 %). Os títulos de IgG (anti-S) foram mais elevados no grupo etário 50-59 anos (mediana: 7.669,3 UA/ml) e no grupo com IgG (anti-NP) positiva (mediana: 9.233,6 UA/ml), tendo sido mais baixos nos grupos abaixo dos 10 anos de idade (mediana: 180,4 UA/ml entre 0-4 anos e mediana: 426,6 UA/ml entre 5-9 anos). Nos adultos, o grupo com 70 ou mais anos foi aquele com menor valor de IgG (anti-S) (4.558,5 UA/ml). Observou-se uma forte correlação positiva (ρ=0.90) entre os anticorpos neutralizantes e os anticorpos do tipo IgG (anti-S). Como conclusão, destacamos a elevada seroprevalência na população portuguesa entre abril e junho de 2022, sendo esta mais elevada do que a observada no final de 2021. Os grupos com menor seroprevalência e menor concentração de anticorpos neutralizantes são os grupos abaixo dos 10 anos e acima dos 70 anos, estando estes resultados de acordo com a situação epidemiológica nacional observada no primeiro semestre de 2022. Por outro lado, suportam as recomendações nacionais para que todas as pessoas completem os esquemas vacinais de acordo com as orientações nacionais, mesmo quando previamente infetadas, e que os grupos mais idosos e vulneráveis sejam elegíveis para segunda dose de reforço. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Introduction: the virus known as responsible for a worldwide pandemic, has the ability to infect several cell types, usually related to respiratory infections. Objective: to analyze the relationship of neurological disorders in patients diagnosed with Covid-19. Methodology: this is a retrospective, exploratory study and progressive information collection, with the exposure factors that followed the evolution of individuals infected by Covid-19. The sample consisted of 100 medical records of hospitalized patients with a positive diagnosis for Covid-19 and who had neurological disorders. Results: the main neurological disorders caused by Covid-19 were vomiting, headache, nausea, change in stimuli, change in the level of consciousness, dizziness, chills, convulsion, stroke, tremors and syncope. Final Considerations: according to the results of this study, the neurological disorders developed in patients diagnosed with Covid-19 are significant, which confirms the objectives of the present research, concluding that neurological disorders are really related to Covid-19 infection. 19, although most participants had the disease in a moderate or severe form. Keywords: Neurological manifestations; Covid-19; Respiratory infections; Nervous system. Introducción: el virus conocido como responsable de una pandemia mundial, tiene la capacidad de infectar varios tipos de células, generalmente relacionadas con infecciones respiratorias. Objetivo: analizar la relación de los trastornos neurológicos en pacientes diagnosticados con Covid-19. Metodología: se trata de un estudio retrospectivo, exploratorio y de recolección progresiva de información, con los factores de exposición que acompañaron la evolución de los infectados por Covid-19. La muestra estuvo conformada por 100 historias clínicas de pacientes hospitalizados con diagnóstico positivo a Covid-19 y que presentaban alteraciones neurológicas. Resultados: los principales trastornos neurológicos provocados por el Covid-19 fueron vómitos, cefalea, náuseas, cambio de estímulos, cambio del nivel de conciencia, mareos, escalofríos, convulsiones, ictus, temblores y síncope. Consideraciones finales: de acuerdo con los resultados de este estudio, los trastornos neurológicos desarrollados en pacientes con diagnóstico de Covid-19 son significativos, lo que confirma los objetivos de la presente investigación, concluyendo que los trastornos neurológicos sí están relacionados con la infección por Covid-19 19, aunque la mayoría de los participantes tenían la enfermedad de forma moderada o grave. Palabras clave: Manifestaciones neurológicas; Covid-19; Infecciones respiratorias; Sistema nervioso. Introdução: O vírus conhecido como responsável por uma pandemia mundial, possui capacidade de infecção por diversos tipos celulares, relacionada habitualmente às infecções respiratórias. Objetivo: analisar a relação dos distúrbios neurológicos em pacientes diagnosticados por Covid-19. Metodologia: trata-se de um estudo retrospectivo, de caráter exploratório e realização de coleta de informações progressivas, com os fatores de exposição que acompanharam a evolução de indivíduos contaminados pelo Covid-19. A amostra foi composta por 100 prontuários de pacientes internados com diagnóstico positivo para Covid-19 e que apresentaram distúrbios neurológicos. Resultados: os principais distúrbios neurológicos causados pela Covid-19 foram vômitos, cefaleia, náuseas, alteração dos estímulos, alteração do nível de consciências, tontura, calafrios, convulsão, AVC, tremores e síncope. Considerações Finais: de acordo com os resultados deste estudo, os distúrbios neurológicos desenvolvidos em pacientes diagnosticados com Covid-19, são significativos, o que confirma os objetivos da presente pesquisa, concluindo que, os distúrbios neurológicos estão realmente relacionados com a infecção de Covid-19, embora a maioria dos participantes apresentaram a doença na forma moderada ou grave.

This article belongs to the Special Issue Kingella kingae: Virulence Factors, Clinical Disease, and Diagnostics. (1) Background: We aim to identify clinical and laboratorial parameters to distinguish Kingella kingae from pyogenic septic arthritis (SA). (2) Methods: A longitudinal, observational, single-centre study of children < 5 years old with microbiological positive SA admitted to a paediatric hospital from 2013-2020 was performed. Clinical and laboratorial data at admission and at 48 h, as well as on treatment and evolution, were obtained. (3) Results: We found a total of 75 children, 44 with K. kingae and 31 with pyogenic infections (mostly MSSA, S. pneumoniae and S. pyogenes). K. kingae affected younger children with low or absent fever, low inflammatory markers and a favourable prognosis. In the univariate analyses, fever, septic look, CRP and ESR at admission and CRP at 48 h were significantly lower in K. kingae SA. In the multivariate analyses, age > 6 months ≤ 2 years, apyrexy and CRP ≤ 100 mg/L were significative, with an overall predictive positive value of 86.5%, and 88.4% for K. kingae. For this model, ROC curves were capable of differentiating (AUC 0.861, 95% CI 0.767-0.955) K. kingae SA from typical pathogens. (4) Conclusions: Age > 6 months ≤ 2 years, apyrexy and PCR ≤ 100 mg/L were the main predictive factors to distinguish K. kingae from pyogenic SA < 5 years. These data need to be validated in a larger study. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Free PMC article: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9431576/ The increasing threat of drug resistance and a stagnated pipeline of novel therapeutics endanger the eradication of tuberculosis. Beta-lactams constitute promising additions to the current therapeutic arsenal and two carbapenems are included in group C of medicines recommended by the WHO for use in longer multidrug-resistant tuberculosis regimens. However, the determinants underlining diverse Mycobacterium tuberculosis phenotypes to beta-lactams remain largely undefined. To decipher these, we present a proof-of-concept study based on a large-scale beta-lactam susceptibility screening for 172 M. tuberculosis clinical isolates from Portugal, including 72 antimycobacterial drug-resistant strains. MICs were determined for multiple beta-lactams and strains were subjected to whole-genome sequencing to identify core-genome single-nucleotide variant-based profiles. Global and cell wall-targeted approaches were then followed to detect putative drivers of beta-lactam response. We found that drug-resistant strains were more susceptible to beta-lactams, but significant differences were not observed between distinct drug-resistance profiles. Sublineage 4.3.4.2 strains were significantly more susceptible to beta-lactams, while the contrary was observed for Beijing and 4.1.2.1 sublineages. While mutations in beta-lactamase or cell wall biosynthesis genes were uncommon, a rise in beta-lactam MICs was detected in parallel with the accumulation of mutations in peptidoglycan cross-linking or cell division genes. Finally, we exposed that putative beta-lactam resistance markers occurred in genes for which relevant roles in cell wall processes have been ascribed, such as rpfC or pknA. Genetic studies to validate the relevance of the identified mutations for beta-lactam susceptibility and further improvement of the phenotype-genotype associations are needed in the future. IMPORTANCE Associations between differential M. tuberculosis beta-lactam phenotypes and preexisting antimycobacterial drug resistance, strain sublineage, or specific mutational patterns were established. Importantly, we reveal that highly drug-resistant isolates of sublineage 4.3.4.2 have an increased susceptibility to beta-lactams compared with other strains. Thus, directing beta-lactams to treat infections by specific M. tuberculosis strains and refraining its use from others emerges as a potentially important strategy to avoid resistance development. Individual mutations in blaC or genes encoding canonical beta-lactam targets, such as peptidoglycan transpeptidases, are infrequent and do not greatly impact the MICs of potent carbapenem plus clavulanic acid combinations. An improved understanding of the global effect of cumulative mutations in relevant gene sets for peptidoglycan and cell division processes on beta-lactam susceptibility is also provided. This work was supported by Fundação para a Ciência e Tecnologia (PTDC/BIA-MIC/31233/2017 to M.J.C, SFRH/BD/136853/2018 to F.O. and 2021.05446.BD to C.S.) and by the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (Research Grant 2018 to M.J.C.). info:eu-repo/semantics/publishedVersion

COVID-19 vaccine effectiveness among healthcare workers in Portugal (Project Research Group): Adriana Silva (Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge), Alexandra Lima o que (Centro Hospitalar de Lisboa Ocidental), Ana Catarina Dias (Centro Hospitalar Tondela-Viseu), Ana Paula Rodrigues (Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge), André Peralta Santos (Direção-Geral da Saúde), Artur Paiva (Centro Hospitalar Universitário de Coimbra), Ausenda Machado (Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge), Baltazar Nunes (Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge), Carlos Matias Dias (Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge), Carlos Penha Gonçalves (Instituto Gulbenkian de Ciência), Elvira Perea (Centro Hospitalar de Lisboa Ocidental), Inês Costa (Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge), Irina Kislaya (Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge), Isabel Antunes (Centro Hospitalar Universitário de Coimbra), João Gonçalves (Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa), João Paulo Gomes (Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge), Jocelyne Demengeot (Instituto Gulbenkian de Ciência), Lígia Antunes Gonçalves (Instituto Gulbenkian de Ciência), Lucília Araújo (Centro Hospitalar Universitário de Coimbra), Nuno Verdasca (Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge), Palmira Amaral (Centro Hospitalar Tondela-Viseu), Patrícia Conde (Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge), Pedro Pinto Leite (Direção-Geral da Saúde), Raquel Guiomar (Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge), Sandra Martins (Direção-Geral da Saúde), Vânia Gaio (Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge), Vânia Pacheco (Centro Hospitalar Universitário de Coimbra). Num contexto de pandemia, os profissionais de saúde dos hospitais são considerados um grupo de elevado risco para a infeção por SARS-CoV-2 sendo um grupo prioritário para a vacinação. Apesar dos bons resultados da eficácia das vacinas nos ensaios clínicos, são muitos os fatores que podem influenciar a sua eficácia no mundo real (efetividade). Com base num desenho de estudo de coorte prospetivo, desenvolveu-se um projeto cujo objetivo foi avaliar a efetividade da vacina contra a COVID-19 em profissionais de saúde no ambiente hospitalar. Foram recrutados 2367 profissionais de saúde e o seguimento do estudo ocorreu até abril de 2022. A maioria reportou ser enfermeiro (39.8%), do sexo feminino (80,7%) e do grupo etário 40-49 anos (29,5%). Verificou-se ainda que 95,3% dos participantes tinham vacinação completa. Adicionalmente, 3,1% dos profissionais reportou ter tido infeção por SARS-CoV-2 antes da vacinação e 2,8% reportou infeção após vacinação completa. Numa altura em que praticamente toda a população se encontra vacinada contra a COVID-19 é essencial a existência de estudos para o apoio à decisão política na gestão da pandemia e das medidas de saúde pública que possam ser necessárias de implementar. In a pandemic context, healthcare workers from hospitals are considered a high risk group for SARS-CoV-2 infection and are a priority group for vaccination. Despite the good results of vaccine efficacy in clinical trials, there are many factors that can influence the vaccine's efficacy in the real world (effectiveness). Based on a prospective cohort study design, a project was developed to evaluate the effectiveness of the vaccine against COVID-19 in healthcare workers in the hospital environment. 2367 health professionals were recruited and followed until April 2022. The majority reported being a nurse (39.8%), female (80.7%) and aged 40-49 years (29.5 %). It was also found that 95.3% of the participants had complete vaccination. Additionally, 3.1% of the professionals reported SARS-CoV-2 infection before complete vaccination and 2.8% reported infection after complete vaccination. At a time when practically the entire population is vaccinated against COVID-19, it is important to have studies that support the pandemic management policy and the public health measures that could be necessary to implement. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

O presente relatório de execução, elaborado pelo Departamento de Epidemiologia, o Departamento de Doenças Infeciosas e os Serviços de Saúde Ocupacional do INSA, apresenta os resultados de implementação dos 12 meses do estudo, desenvolvido para estimar a efetividade da vacina contra a COVID-19 em profissionais de saúde do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA). Neste relatório é apresentada informação sobre a execução do estudo, incluindo descrição dos participantes e da sua participação nos diferentes momentos e etapas, bem como a informação recolhida através das diferentes fontes de dados. O estudo prospetivo de coorte teve como principal objetivo seguir grupos de profissionais vacinados e não-vacinados durante 12 meses para estimar a efetividade da vacina contra a COVID-19 nos trabalhadores do INSA e analisar a resposta imunológica humoral através da deteção de anticorpos vacinais. O estudo iniciou-se em janeiro de 2021 e terminou a 16 fevereiro 2022. info:eu-repo/semantics/draft

Neisseria meningitidis is a commensal bacteria of the human nasopharynx that occasionally cause serious invasive infections including fatal sepsis and meningitis. Meningococci are classified into 12 serogroups based on structural differences in capsular polysaccharide, but only six serogroups (A, B, C, W, Y, and more recently X) are the most frequent causes of invasive meningococcal disease (IMD) worldwide. Portugal registered 1359 of IMD confirmed cases between 2003 and 2019, with MenB harboring 71% of all confirmed cases, followed by serogroup C with only 9.7%. Cases due to serogroup Y (MenY) accounted for 5.1%, while serogroup W showed a marked increase in cases over the last four years, ranging from 1.4% in 2012 to 15.5 % in 2019. To prevent IMD caused by MenB two vaccines are available: the 4CMenB included in the Portuguese routine immunization programme in October 2020 and recommended for children above two months of age, and the bivalent rLP2086 licensed in 2017 for individuals older than 10 years old. Moreover, these vaccines have been shown to have potential in several meningococcal serogroups other than serogroup B. The multicomponent vaccine 4CMenB includes two fusion proteins, namely the Neisserial Heparin Binding Antigen-GNA1030 (NHBA, peptide 2) and the factor H binding protein-GNA2091 (fHbp, peptide 1, subfamily B), and the single antigen Neisserial adhesin A (NadA, peptide 8), combined with the outer membrane vesicles (OMV) the PorA peptide 4 of the variable region 2 (P1.4). Regarding the bivalent rLP2086 vaccine, it contains two subfamilies of the fHbp namely the subfamily A (peptide 45) and subfamily B (peptide 55) classified based on their genetic variation. The aim of this study was to predict the coverage of the 4CMenB and rLP2086 vaccines against Portuguese Neisseria meningitidis isolates collected between 2012 and 2019 and to provide an analysis on the diversity of the vaccine antigens based on genomic analysis. N/A

The project 'Integrated Monitoring of Vaccines in Europe' aimed to measure seasonal influenza vaccine effectiveness against hospitalised adults, aged 65 years and over, with influenza. We describe the protocol implementation in Portugal.We implemented a test-negative design, targeting community-dwelling patients aged 65 years old and over hospitalised with severe acute respiratory illness. Patients were reverse transverse-polymerase chain reaction tested for influenza. Cases were those positive for influenza while others were controls. Most variables were collected using hospital medical records. Selection bias was evaluated by comparison with the laboratory influenza test requests database according to demographic characteristics. Crude, season-adjusted influenza vaccine effectiveness was estimated as = 1 - odds ratio, and 95% confidence intervals were obtained by conditional logistical regression, matched with the disease onset month.The recruitment rate was 37.8%. Most participants (n = 368) were female (55.8%) and aged 80 years old and over (55.8%). This was similar to values for potentially eligible severe acute respiratory illness patients (80 years old and over: 56.8%, female: 56.2%). The proportion of missing values was below 2.5% for 20 variables and above 5% (maximum 11.6%) for six variables. Influenza vaccine effectiveness estimates were 62.1% against AH1pdm09 (95% confidence intervals: -28.1 to 88.8), 14.9% against A(H3N2) (95% confidence intervals: -69.6 to 57.3), 43.6% against B/Yam (95% confidence intervals: -66.2 to 80.8).Given the non-existence of a coded admission database in either participating hospital the selection of severe acute respiratory illness due to clinical features was the feasible one. These results are only valid for the older adult population residing in the catchment area of the two participating hospitals who were admitted to a public hospital with severe influenza or SARI symptoms.Despite the low participation rate, we observed comparable characteristics of participants and eligible severe acute respiratory illness patients. Data quality was high, and influenza vaccine effectiveness results were in accordance with the results of meta-analyses and European season-specific estimates. The final sample size was low, which inhibited obtaining estimates with good precision.Introdução: O projeto “Integrated Monitoring of Vaccines in Europe” pretende medir a efetividade da vacina antigripal nas hospitalizações por gripe nos adultos com mais de 65 anos. Este estudo pretende descrever a implementação do protocolo em Portugal. Material e Métodos: Implementou-se um estudo com desenho caso-controlo teste negativo. A população-alvo foram indivíduos com idade superior a 65 anos, hospitalizados com doença respiratória aguda grave. Os doentes foram testados para gripe por reverse transverse-polimerase chain reaction. Foram considerados casos aqueles com resultado positivo; os restantes foram controlos. Os dados foram obtidos através de registo clinicos. O potencial viés de seleção foi avaliado por comparação de características demográficas e enfermarias com dados das requisições laboratoriais. A efetividade da vacina, foi estimada em 1 – odds ratio por regressão logística condicional, emparelhada para o mês de início da doença. Resultados: A taxa de recrutamento foi de 37,8%. A maioria dos participantes (n = 368) era do sexo feminino (55,8%) e tinha idade superior a 80 anos (55,8%). Padrão similar foi verificado nos doentes elegíveis (idade superior a 80 anos: 56,8%; feminino: 56,2%). Os valores omissos foram inferiores a 2,5% em 20 variáveis e acima de 5% (máximo 11,6%) em seis variáveis. As estimativas da efetividade foram 62,1% contra AH1pdm09 (intervalo de confiança IC 95%: -28,1, 88,8); 14,9% contra A (H3) (intervalo de confiança 95%: -69,6; 57,3) e 43,6% contra B/yamagata (intervalo de confiança 95%: -66,2; 80,8). Discussão: Dada a inexistência de uma codificação em base de dados de admissão em qualquer um dos hospitais participantes, a abordagem de identificação e casos clínicos de doença respiratória aguda grave foi a exequível. Estes resultados são válidos para a população idosa residente na área de abrangência dos dois hospitais participantes que foram internados em um hospital público com gripe grave ou sintomas de doença respiratória aguda grave. Conclusão: Apesar da baixa taxa de participação, observámos características comparáveis entre os participantes e os doentes elegíveis. A qualidade dos dados foi elevada, e os resultados da efetividade concordantes com resultados de meta-análises e estimativas europeias. A reduzida dimensão da amostra impediu a obtenção de estimativas mais precisas.

SARS-CoV e MERS-CoV, vírus da família Coronaviridae, já foram responsáveis por epidemias passadas, no entanto apesar de similares, a magnitude da pandemia ocasionada pelo SARS-CoV-2 está além do já observado. Mesmo que pertençam à mesma família e causem sintomas parecidos, a COVID-19, doença ocasionada pelo SARS-CoV-2, possui diversas particularidades que não são observadas nas outras síndromes respiratórias. Apesar de possui a menor taxa de letalidade, os sintomas desenvolvidos pela COVID-19 podem se tornar persistentes e afetar a qualidade de vida, deixando sequelas significativas. Além disso, sintomas incomuns encontrados em pacientes vítimas da doença causada pelo SARS-CoV-2 ainda estão em constante observação. A grande capacidade de transmissão e a gravidade da doença são fatores que impulsionaram a ciência a trabalhar, em tempo recorde, visando um mesmo objetivo: entender o vírus para controlar a sua disseminação.

SUMMARY We watch a variety of news on the Coronavirus daily. Some are reliable and others just instill more fear into the population. This article reflects on the possible consequences of this virus, which goes beyond the organic disease and the symptoms and signs mentioned daily in the media. Seeking a reflection on the effects caused indirectly by the virus. Since isolation precedes the disease, total isolation during the disease and isolation after the disease worsens, in some cases resulting in abrupt grief. RESUMO Observamos diariamente uma variedade de notícias sobre o Coronavirus. Algumas confiáveis e outras apenas para causar mais temor para a população. Este artigo realiza uma reflexão sobre possíveis consequências desse vírus, que vai além da doença orgânica e dos sintomas e sinais referidos diariamente nos meios de comunicação. Buscando uma reflexão sobre efeitos ocasionados indiretamente pelo vírus. Sendo o isolamento antecedente a doença, isolamento total durante a doença e isolamento posterior a agudização da doença, em alguns casos resultando em luto abrupto.

SUMMARY OBJECTIVE: To characterize the effects of nasal aspiration with Proetz® in peak nasal inspiratory flow (PNIF) in pediatric sinusitis (PS) patients with nasal obstruction. METHODS: This is a non-randomized descriptive-analytical clinical trial with a quantitative approach. The sample comprised 30 children. Initially, the PNIF was measured and the Visual Analogical Scale (VAS) was used for nasal obstruction, followed by the nasal aspiration procedure. The SNOT-22 questionnaire was applied to the legal guardian of each child, and one week later, it was reapplied for the sake of follow-up. RESULTS: 16 (53.3%) patients were females and 14 (46.7%) were males, with an average age of 6.4±1.8 years (between 4 and 10 years of age). Analyses of the VAS for obstruction before the intervention revealed that 10 of the participants (33.3%) presented moderate levels, and 20 of them (66.7%) severe levels. However, after the Proetz® method was applied, all the samples (n=30) had mild levels. The PNIF significantly increased after the technique was used, with an improvement of 23.4% in mean values. There was no significant correlation between the VAS and the PNIF. CONCLUSION: Nasal aspiration with the Proetz® method significantly improved the clinical condition of sinusitis patients with nasal obstruction according to the visual analogical scale, the PNIF, and the SNOT-22 questionnaire. No correlation between the VAS and the PNIF could be found. The study confirms the importance of non-pharmacological interventions in the treatment of sinusitis in children, thus resulting in an improvement in their quality of life. RESUMO OBJETIVO: Caracterizar os efeitos da aspiração nasal com Proetz® no pico do fluxo inspiratório nasal (Pnif) em pacientes com sinusite pediátrica (SP) com obstrução nasal. MÉTODOS: Trata-se de um ensaio clínico analítico descritivo, não randomizado, com abordagem quantitativa. A amostra foi composta por 30 crianças. Inicialmente, o Pnif foi medido e a escala visual analógica (EVA) foi utilizada para obstrução nasal, seguida do procedimento de aspiração nasal. O questionário Snot-22 foi aplicado ao responsável legal de cada criança e, uma semana depois, foi reaplicado para fins de acompanhamento. RESULTADOS: Dezesseis (53,3%) pacientes eram do sexo feminino e 14 (46,7%) do sexo masculino, com idade média de 6,4±1,8 anos (entre 4 e 10 anos). A análise da EVA para obstrução antes da intervenção revelou que dez dos participantes (33,3%) apresentaram níveis moderados e 20 deles (66,7%), níveis graves. No entanto, após a aplicação do método Proetz®, todas as amostras (n=30) apresentaram níveis leves. O Pnif aumentou significativamente após a utilização da técnica, com uma melhoria de 23,4% nos valores médios. Não houve correlação significativa entre EVA e Pnif. CONCLUSÃO: A aspiração nasal com o método Proetz® melhorou significativamente o quadro clínico de pacientes com sinusite com obstrução nasal, de acordo com a escala visual analógica, o Pnif e o questionário Snot-22. Não foi encontrada correlação entre EVA e Pnif. O estudo confirma a importância de intervenções não farmacológicas no tratamento da sinusite em crianças, resultando em melhoria na sua qualidade de vida.

Submitted by arlindo kohlrausch (ajfk@uepg.br) on 2022-05-11T22:16:08Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Taís Ivastcheschen Taques .pdf: 1597719 bytes, checksum: 3b693da03ee507f062cf3521fd13ca5f (MD5) Made available in DSpace on 2022-05-11T22:16:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Taís Ivastcheschen Taques .pdf: 1597719 bytes, checksum: 3b693da03ee507f062cf3521fd13ca5f (MD5) Previous issue date: 2022-03-28 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico Alterações do processo de envelhecimento tornam a pessoa idosa vulnerável a infecções respiratórias e suas complicações. A progressão do início da infecção para a sepse pode ser imprevisível, portanto, são essenciais diagnósticos, tratamentos, conhecimentos sobre a frequência e fatores associados adequados para bons prognósticos. Buscou-se como objetivo geral analisar os fatores associados à sepse em idosos internados em UTI, com SRAG por COVID-19 e outras infecções respiratórias adquiridas na comunidade. Como objetivos específicos: descrever as características sociodemográficas, clínicas e epidemiológicas de idosos internados em UTI com diagnóstico inicial de SRAG por infecção respiratória adquirida na comunidade; analisar as condições preditoras para o óbito de idosos internados em UTI com diagnóstico inicial de SRAG por infecção respiratória adquirida na comunidade; elaborar um modelo teórico- explicativo causal para a COVID-19 em idosos internados em UTI; conhecer a interdisciplinaridade do cuidado sob a perspectiva de profissionais de saúde. O estudo é fruto da pesquisa continuada “Estudos sobre vigilância em saúde, mortalidade e epidemiologia hospitalar”. Optou-se por apresentar os achados, por meio de quatro artigos, três com abordagem quantitativa e um qualitativo. Observou-se 204 idosos com sepse, dos quais 134 adentraram ao hospital com SRAG por COVID-19 e 70 com SRAG por outras infecções. O risco para a sepse, entre os pacientes que tinham SRAG por COVID-19, foi maior na presença de doenças crônicas neurológicas (RR=1,17; IC95% 1,09-1,26), dispositivos invasivos nutricionais (RR=1,25; IC95% 1,10-1,42) e urinários (RR=1,26; IC95% 1,12-1,42), quatro ou mais dispositivos (RR=1,17; IC95% 1,09-1,26), uso de antibiótico (RR=1,21; IC95% 1,01- 1,45), antiviral (RR=1,18; IC95% 1,07-1,30) e vasopressor (RR=1,24; IC95% 1,12-1,37), diagnóstico de sepse em prontuário (RR=1,14; IC95% 1,03-1,27) e choque séptico (RR=1,17; IC95% 1,09-1,26). Em pacientes com SRAG por outras infecções, o risco foi maior com uso de dispositivos invasivos nutricionais (RR=1,20; IC95% 1,02-1,40), urinários (RR=1,17; IC95% 1,02-1,36) e antibiótico (RR=1,59; IC95% 0,77-3,26). Dos 125 que faleceram, 89 (71,2%) estavam com COVID-19 e 36 (28,8%) com outras infecções respiratórias. Dispositivos invasivos urinários (RR=1,754; IC95% 1,360-2,263), sepse segundo o consenso Sepsis-3 (RR=3,555; IC95% 1,230-10,273) e a COVID-19 (RR=1,391; IC95% 1,086-1,781) foram preditores para o óbito. A complexidade das relações causais indica numerosos elementos com papel na produção de um efeito na teia e revela que a COVID-19 tanto pode ser compreendida como desfecho, como exposição. Em relação aos conceitos de interdisciplinaridade notaram-se falas sobre integração entre áreas de conhecimento, perante a sepse os profissionais expressaram várias definições e critérios diagnósticos, alguns coerentes outros não mais utilizados ou errôneos. Conhecer a interdisciplinaridade e colocar em prática potencializa prevenção, controle, confiança, resolução dos casos e redução de falhas. Conclui-se elevada incidência de sepse e óbito com uma diversidade de fatores associados, reforçando a necessidade da implementação de protocolo de diagnóstico precoce e manejo da sepse ainda na recepção do ambiente hospitalar. Maior reflexão e atuação sobre infecções respiratórias adquiridas na comunidade e sepse em populações específicas, como os idosos, considerando suas particularidades, para que a mortalidade seja diminuída e a qualidade de vida prolongada. Os profissionais de saúde descrevem o cuidado a pacientes sépticos sob a perspectiva da interdisciplinaridade como um atendimento integral e colaborativo, apesar de desafios de continuidade e comunicação a serem enfrentados. Changes in the aging process make the elderly person vulnerable to respiratory infections and their complications. The progression from the onset of infection to sepsis can be unpredictable, therefore, adequate diagnoses, treatments, knowledge about the frequency and associated factors are essential for good prognoses. The general objective was to analyze the factors associated with sepsis in elderly patients admitted to the ICU, with SARS due to COVID-19 and other community-acquired respiratory infections. As specific objectives: to describe the sociodemographic, clinical and epidemiological characteristics of elderly patients admitted to the ICU with an initial diagnosis of SARS due to community-acquired respiratory infection; to analyze the predictive conditions for the death of elderly patients admitted to the ICU with an initial diagnosis of SARS due to community-acquired respiratory infection; to develop a causal theoretical-explanatory model for COVID-19 in elderly patients admitted to the ICU; to know the interdisciplinarity of care from the perspective of health professionals. The study is the result of the ongoing research “Studies on health surveillance, mortality and hospital epidemiology”. We chose to present the findings through four articles, three with a quantitative approach and one with a qualitative approach. We observed 204 elderly people with sepsis, of which 134 entered the hospital with SARS due to COVID-19 and 70 with SARS due to other infections. The risk for sepsis among patients who had SARS due to COVID-19 was higher in the presence of chronic neurological diseases (RR=1.17; 95%CI 1.09-1.26), invasive nutritional devices (RR=1). .25; 95%CI 1.10-1.42) and urinary (RR=1.26; 95%CI 1.12-1.42), four or more devices (RR=1.17; 95%CI 1.09- 1.26), antibiotic use (RR=1.21; 95%CI 1.01-1.45), antiviral (RR=1.18; 95%CI 1.07-1.30) and vasopressor (RR=1) .24; 95%CI 1.12-1.37), diagnosis of sepsis in medical records (RR=1.14; 95%CI 1.03-1.27) and septic shock (RR=1.17; 95%CI 1, 09-1.26). In patients with SARS due to other infections, the risk was higher with the use of invasive nutritional devices (RR=1.20; 95%CI 1.02-1.40), urinary (RR=1.17; 95%CI 1.02- 1.36) and antibiotic (RR=1.59; 95%CI 0.77-3.26). Of the 125 who died, 89 (71.2%) had COVID-19 and 36 (28.8%) had other respiratory infections. Urinary invasive devices (RR=1.754; 95%CI 1.360-2.263), sepsis according to the Sepsis-3 consensus (RR=3.555; 95%CI 1.230-10.273) and COVID-19 (RR=1.391; 95%CI 1.086-1.781) were used. predictors for death. The complexity of causal relationships indicates numerous elements that play a role in producing an effect on the web and reveals that COVID-19 can be understood as both an outcome and an exposure. Regarding the concepts of interdisciplinarity, speeches about integration between areas of knowledge were noted, in the face of sepsis, professionals expressed several definitions and diagnostic criteria, some coherent, others no longer used or erroneous. Knowing interdisciplinarity and putting it into practice enhances prevention, control, trust, case resolution and failure reduction. We conclude that there is a high incidence of sepsis and death with a variety of associated factors, reinforcing the need to implement a protocol for early diagnosis and management of sepsis even at the reception of the hospital environment. Greater reflection and action on community-acquired respiratory infections and sepsis in specific populations, such as the elderly, considering their particularities, so that mortality is reduced and quality of life prolonged. Health professionals describe care for septic patients from the perspective of interdisciplinarity as an integral and collaborative care, despite challenges of continuity and communication to be faced.

Recent reports have indicated a rise of invasive disease caused by Haemophilus influenzae serotype a (Hia) in North America and some European countries. The whole-genome sequences for a total of 410 invasive Hia isolates were obtained from 12 countries spanning the years of 1998 to 2019 and underwent phylogenetic and comparative genomic analysis in order to characterize the major strains causing disease and the genetic variation present among factors contributing to virulence and antimicrobial resistance. Among 410 isolate sequences received, 408 passed our quality control and underwent genomic analysis. Phylogenetic analysis revealed that the Hia isolates formed four genetically distinct clades: clade 1 (n = 336), clade 2 (n = 13), clade 3 (n = 3) and clade 4 (n = 56). A low diversity subclade 1.1 was found in clade 1 and contained almost exclusively North American isolates. The predominant sequence types in the Hia collection were ST-56 (n = 125), ST-23 (n = 98) and ST-576 (n = 51), which belonged to clade 1, and ST-62 (n = 54), which belonged to clade 4. Clades 1 and 4 contained predominantly North American isolates, and clades 2 and 3 predominantly contained European isolates. Evidence of the presence of capsule duplication was detected in clade 1 and 2 isolates. Seven of the virulence genes involved in endotoxin biosynthesis were absent from all Hia isolates. In general, the presence of known factors contributing to β-lactam antibiotic resistance was low among Hia isolates. Further tests for virulence and antibiotic susceptibility would be required to determine the impact of these variations among the isolates.

Relatório elaborado pelo Departamento de Epidemiologia do INSA, no âmbito da monitorização da atitude e perceções relacionadas com a gripe sazonal em Portugal. A publicação tem como objetivo quantificar a carga de doença associada a gripe, bem como caraterizar a síndrome gripal, no que se refere a sintomas experienciados e aos comportamentos adotados na procura de cuidados médicos e toma de medicação, na época 2018/2019. O estudo epidemiológico, transversal, utilizou dados recolhidos mediante inquérito por questionário estruturado aplicado por entrevista telefónica ao painel de famílias do instrumento de observação ECOS (Em Casa Observamos Saúde). O trabalho de recolha de dados realizou-se entre setembro e novembro de 2019. A análise dos dados foi ponderada e extrapolada para a população residente em Portugal. De entre os resultados apresentados, destaca-se o seguinte: - Cerca de 44% dos portugueses “teve gripe ou ficou constipado” e aproximadamente, 15% teve sintomatologia compatível com a definição de síndrome gripal; - Ter tido gripe ou constipação teve impacto no quotidiano dos portugueses, tendo aproximadamente 50% referido a necessidade de ficar em casa de cama e 5% referido necessidade de cuidados assistenciais de terceiros; - Este impacto refletiu-se também em perda de capacidade ou produtividade laboral e um absentismo laboral com a duração média de 2,5 dias; - Perante o evento de gripe ou constipação, houve necessidade de procurar cuidados médicos (66%), em especial no contexto dos cuidados de saúde primários e de tomar medicação, em particular, anti-inflamatórios e antibióticos (18% e 19%, respetivamente). info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Comparative Study Haemophilus influenzae is an opportunistic pathogen adapted to the human respiratory tract. Non-typeable H. influenzae are highly heterogeneous, but few studies have analysed the genomic variability of capsulated strains. This study aims to examine the genetic diversity of 37 serotype f isolates from the Netherlands, Portugal, and Spain, and to compare all capsulated genomes available on public databases. Serotype f isolates belonged to CC124 and shared few single nucleotide polymorphisms (SNPs) (n = 10,999), but a high core genome (> 80%). Three main clades were identified by the presence of 75, 60 and 41 exclusive genes for each clade, respectively. Multi-locus sequence type analysis of all capsulated genomes revealed a reduced number of clonal complexes associated with each serotype. Pangenome analysis showed a large pool of genes (n = 6360), many of which were accessory genome (n = 5323). Phylogenetic analysis revealed that serotypes a, b, and f had greater diversity. The total number of SNPs in serotype f was significantly lower than in serotypes a, b, and e (p < 0.0001), indicating low variability within the serotype f clonal complexes. Capsulated H. influenzae are genetically homogeneous, with few lineages in each serotype. Serotype f has high genetic stability regardless of time and country of isolation. Tis study was funded by Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) through the Projects from the Fondo de Investigaciones Sanitarias “PI16/00977” to SM, and CIBER de Enfermedades Respiratorias (CIBERES–CB06/06/0037), co-funded by the European Regional Development Fund/European Social Fund (ERDF/ESF, “Investing in your future”), and CERCA Programme/Generalitat de Catalunya for institutional support. Bioinformatic analysis was supported by an Amazon Web Services (AWS) research grant to SM. AC was supported by FPU grant “FPU16/02202” (Formación de Profesorado Universitario, Ministerio de Educación, Spain), and SM was supported by Miguel Servet contract “CP19/00096” (ISCIII). info:eu-repo/semantics/publishedVersion