Search

MicroRNA (miRNA) deregulation is associated with various cancers. Among an expanding list of cancer-related miRNAs, deregulation of miR-125b has been well documented in many cancers including breast. Based on current knowledge, miR-125b is considered to be a tumor suppressor in breast cancers. While important messenger RNA (mRNA) targets have been defined for miR-125b, here, we aimed to further investigate direct/indirect consequences of miR-125b expression in breast cancer cells by using a transcriptome approach. Upon miR-125b expression, a total of 138 cancer-related genes were found to be differentially expressed in breast cancer cells. While only a few of these were predicted to be direct mRNA targets, majority of the gene expression changes were potentially downstream and indirect effects of miR-125b expression. Among these, activated leukocyte antigen molecule (ALCAM) mRNA and protein levels were found to be highly significantly increased upon miR-125b expression. Given the tumor suppressor role of miR-125b in our model system, upon silencing of ALCAM expression, cell proliferation rate re-increased in miR-125b-expressing cells. While ALCAM's possible context-dependent roles are not clear in breast cancer, a diverse expression pattern of ALCAM mRNA was detected in a panel of breast cancer patient samples. Differentially expressed/regulated cancer-related genes upon miR-125b expression along with the significant increase of ALCAM are of future interest to understand how deregulated expression of miR-125b may have a tumor suppressor role in breast and other cancers.

International audience; We describe a slowly progressive myopathy in 7 unrelated adult patients with storage of polyglucosan in muscle fibers. Genetic investigation revealed homozygous or compound heterozygous deleterious variants in the glycogenin-1 gene (GYG1). Most patients showed depletion of glycogenin-1 in skeletal muscle, whereas 1 showed presence of glycogenin-1 lacking the C-terminal that normally binds glycogen synthase. Our results indicate that either depletion of glycogenin-1 or impaired interaction with glycogen synthase underlies this new form of glycogen storage disease that differs from a previously reported patient with GYG1 mutations who showed profound glycogen depletion in skeletal muscle and accumulation of glycogenin-1. Ann Neurol 2014;76:891–898

Turkey was the fourth and third largest producer of tomato and pepper fromgreenhouses, respectively, according to FAO in 2012. The huge amount of agricultural wastesgenerated from the production of tomato and green pepper are served as renewable sources forenergy production via anaerobic digestion (AD) For efficiently biogas production, it is essential todetermine the operation conditions of AD such as solid loading rate (SLR) for target wastes.The aim of this study is to optimize SLR for optimum biogas production from tomato and greenpepper wastes. For this purpose, biochemical methane potential tests were carried out at 37 °Cwith 7% and 15% of SLRs. For supplying the nutritional requirements of AD process, cow manurewas also added as a 10% of the selected SLR. As the biogas production from tomato wastes wasnearly 75% increased with the increase in SLR from 15% to 7%., the optimum SLR wasdetermined as 7% for anaerobic digestion of tomato wastes. On the other hand, decreasing SLR ofpepper waste from 15% to 7% is resulted with only 11% decrease in biogas production. When theenergy revenue between the 7% and 15% SLRs is compared with disposal cost of nearly two-foldpepper wastes, suitable SLR for pepper wastes can be suggested as 15%. Consequently, theoptimum SLR for anaerobic digestion of tomato and pepper was determined as 7% and 15%,respectively.

Alternatif poliadenilasyon (APA) farklı fizyolojik ve/veya hastalık durumlarında mRNA 3'-UTR'lerinin (translasyon olmayan bölge) kısalmasına neden olabilir. Memeli genlerinin yaklaşık yarısı alternatif kesilme ve poliadenilasyon ile 3'-UTR boyları değişen çeşitli mRNA izoformları oluşturabilirler. Sonuç olarak, mRNA'ların 3'-UTR'lerinin kısalmasının gen ifadesi açısından önemli sonuçları vardır. APA'nın hızlı büyüyen hücrelerde ve kanser hücrelerinde kullanılan bir mekanizma olduğu yakın zamanda anlaşılmıştır. APA ve 3'-UTR kısalması olaylarının kanser hücrelerinde ortaya çıkan birtakım proto-onkogen aktivasyonlarını açıklayabileceği düşünülmektedir. Çalışmamızda, bazı hücrelerin translasyon hızlarını arttırmak amacıyla proksimal poly(A) sitelerini tercih ettiklerine dayanarak, östrojen reseptör pozitif (ER+) meme kanseri hücre hatlarına östrojene (E2) bağlı olarak hızlı büyümeye olanak sağlayacak proksimal poly(A) sitelerinin tercih edilebileceğini düşündük. Bağımsız ifade mikroçiplerinde yapılan öncül prob-tabanlı analizler DNA replikasyonunda önemli bir regülatör olan CDC6'nın (Cell Division Cycle 6) E2 muamelesi sonrası ifadesinde artış ve 3'-UTR'sinde kısalma olduğuna işaret etmiştir. Takip eden deneylerde, CDC6'nın E2 ve ER'ye bağlı ifade artışı ve 3'-UTR kısalması, buna bağlı olarak CDC6 protein seviyesindeki ve BrdU eklenmesindeki artış doğrulanmıştır. Daha sonra yapılan miRNA bağlanma tahminleri ve dual-lusiferaz sonuçları CDC6'nın 3'-UTR'sinin kısalmasının 3'-UTR'a bağlı negatif regülasyonlardan kaçınmak amacıyla olduğuna işaret etmiştir. Sonuç olarak, E2'nin ER+ hücrelerde bölünmeyi tetikleyen etkisinin CDC6 APA'sını da etkilediğini göstermiş, ve de APA'nın komplike regülasyonuna yeni bir bakış açısı sağlanmıştır. E2 ile tetiklenen APA, E2'ye duyarlı gen ifade mekanizmaları açısından daha önceden gözden kaçan ancak çok önemli bir mekanızma olması muhtemeldir. Alternative polyadenylation (APA) may cause mRNA 3?-UTR (untranslated region) shortening in different physiological conditions and/or disease states. About half of mammalian genes use alternative cleavage and polyadenylation to generate multiple mRNA isoforms differing in their 3?-UTRs. Consequently, 3?-UTR shortening of mRNAs via APA has important consequences for gene expression. Studies showed that, by preferential use of proximal APA sites and switching to shorter 3?-UTRs, proliferating cells can avoid 3?-UTR dependent negative post-transcriptional regulations. Hence, such APA and 3?-UTR shortening events may explain the basis of some of the proto-oncogene activation cases observed in cancer cells. Based on the fact that certain cell types switch to more proximal poly(A) sites to rapidly increase translation rates by escaping from miRNAs, we hypothesized that upon estradiol (E2) treatment in estrogen receptor positive (ER+) breast cancer cells, such proximal poly(A) sites may be preferred to provide a rapid growth pattern. Initial probe based screen of independent expression arrays suggested upregulation and 3?-UTR shortening of an essential regulator of DNA replication, CDC6 (Cell Division Cycle 6), upon E2 treatment. Further investigations confirmed the E2 and ER dependent upregulation and 3?-UTR shortening of CDC6, which lead to increased CDC6 protein levels and higher BrdU incorporation. Consequently, miRNA binding predictions and dual luciferase assays suggested that 3?-UTR shortening of CDC6 was a likely mechanism to avoid 3?-UTR dependent negative regulations. In summary, we demonstrated CDC6 APA induction by the proliferative effect of E2 in ER+ cells and provided new insights into the complex regulation of APA. E2 induced APA is likely to be an important but previously overlooked mechanism of E2 responsive gene expression. 102

Türkiye'den gerçekleşen yurt dışı işgücü göçünün Türkiye ekonomik büyümesine ve çeşitli ekonomik değişkenlerine döviz transferleri yoluyla etkisinin araştırılması bu çalışmanın ana konusudur. Yurt dışı göçten kaynaklanan döviz transferlerinin göç veren ülkelerin ekonomilerine etkileri üzerine literatür taraması mercek altına alınmıştır.Bu doğrultuda yurt dışı işgücü göçünün Türkiye'nin ekonomik büyümesini etkilediği kabul edilen bazı ekonomik değişkenlere etkisi, regresyon yöntemi ile analiz edilmiştir. Ampirik bulgulara dayalı ekonometrik analiz sonucu göçmen işgücü döviz girdisinin Türkiye'nin ekonomik büyümesi etkisinin istatistiksel olarak anlamsız ve önemsiz olduğu bulgusuna ulaşılmıştır. Buna göre bu tez yaygın olan algılamanın aksine Türkiye'den gerçekleşen göçün Türkiye'nin ekonomisi üzerinde önemli etkileri olmadığını ortaya koyarak halihazırdaki literatürü genişletmektedir.Yurt dışı işgücü göçünü döviz transferlerinin etkilediği çok sayıda ekonomik faktörler arasından (i) GSYİH, (ii) Cari İşlemler Açığı, (iii) Enflasyon, (iv) İşsizlik ve (v) Gini Katsayısı tanımlayıcı ve ekonometrik olarak incelenmiştir. Regresyon analizlerimizin güvenirliğini test etmek için değişkenler Augmented Dickey-Fuller birim kök testi ile sınanmıştır. Bu bağlamda bulduğumuz değerler çerçevesinde regresyon testlerimizin güvenilir olduğunu söyleyebiliriz. Tez çalışması bu hedef doğrultusunda özetle aşağıdaki dört bölümden oluşmaktadır.Tezin birinci bölümünde; öncelikle ekonomik büyümede yurt dışı işgücü göçü ile döviz transferleri faktörüne ve literatürüne genel bir bakıştan sonra, yurt dışı işgücü göçünün tanımı ve sınıflandırılması yapılmıştır. Ayrıca, yurt dışı işgücü göçü yaklaşımları, yurt dışı göç süreci ve tercih modelleri araştırılmıştır. Daha sonra, modelde kullanacağımız değişkenlerden eğitim ve gelir etkisi değişkeni incelenmiş; yurt dışı işgücü göçünün makro ve mikro belirleyicilerine yer verilmiştir.xiiiÇalışmanın ikinci bölümünde; yurt dışı işgücü göçü, işçi döviz transferleri ve ekonomik etkilerine, yurt dışı işgücü göçünün ekonomik büyümedeki rolüne, Türkiye'de yüksek öğretim öğrenci sayısı ve yurt dışı işgücü göçü arasında benzerlik gösteren ilişki ve işgücü göçünün döviz geri dönüşü fonksiyonu ile olduğu öngörülen negatif korelasyon incelenmiştir.Tezin üçüncü bölümünde; yurt dışı işgücü göçünün ekonomik ve ekonometrik analizi yapılmıştır. Bu çerçevede öncelikle işgücü arz ve talep dengesizliği, yurt dışı göç ve ticaret hacmi ilişkisi ve literatürdeki çalışmalar, yurt dışı işgücü döviz transferlerine yönelik yaklaşımların üzerinde durulmuştur. Daha sonra döviz havalelerini etkileyen faktörler olan; sosyo-ekonomik ve mali faktörler ve ayrıca bu ekonomik faktörlerin döviz transferleri ile olan ilişkisi ekonometrik olarak incelenmiştir. Bölümde son olarak; yurt dışı işgücü göçünü açıklayan kuramlara yer verilmiştir.Çalışmanın dördüncü bölümünde; yurt dışı işçi döviz transferlerinin Türkiye'nin çeşitli ekonomik değerlerine etkileri kurulan model ile regresyon yönteminden faydalanılarak analiz edilmiş, hipotezler test edilmiş, çıktılar değerlendirilmiş ve yorumlanmıştır.Çalışmanın ek kısmında, yüz yüze görüşme yöntemi ile üniversite öğrencileriyle yapılan yurt dışı işgücü göçü anketi değerlendirilmiş, çeşitli hipotezler sınanmış ve sonuçlar yorumlanmıştır. Bu çalışma Türkiye'den yurt dışına göçün, ülke ekonomisinin büyümesine doğrudan değil dolaylı olarak etkide bulunduğunu regresyon analizi yapan modelleri aracılığıyla ortaya koyarak literatüre güncel ve uygulamalı katkıda bulunmaktadır.Anahtar Kelimeler: Göç, İşçi Dövizleri, İtici-Çekici Güçler, Eğitim, İşsizlik, Enflasyon, Cari Açık, Gini Katsayısı, Regresyon Analizi The main subject of this study is to investigate the international labor migration and its impact on economic growth and selected economic variables of Turkey. The paper uses the time series regression analyses to determine the impact of remittances over the economic growth in Turkey while the sample survey tries to determine potential future out-migration.After an extensive literature screening, this study provides further insight into arguments relating to number of economic factors affecting international labor migration and remittances. The findings of the econometric analysis, which is based on empirical evidence, unveils that migrant labors remittances do not have any statistically significant effect on the economic growth of Turkey. Hence, in contrary to common consensus, this thesis expands the existing literature via revealing that there is not much impact of migration originating from Turkey on the Turkish economy.For Turkey this paper uses cross-section data for GDP, current account deficit, inflation, unemployment and the Gini coefficient which uses descriptive and econometric analyses to test between 1960-2009 data. In order to determine the reliability of our regression analyses this paper uses, unit root variables with time series and the Augmented Dickey-Fuller test. In this context, we find our test results very reliable. This thesis consists of four sections outlined below.The first part of the thesis is an overview of the literature, looking at the definition and classification of international migration. In this context, the paper investigates international labor migration, international migration process and the preferred economic model.xvThe second part of the study investigates the role of the international labor migration over the economic growth in Turkey, in relation to the number of students in higher education and the remittances with their economic impact on receiving countries.In the third section of the thesis; the time series regression findings with the help of the econometric model determines the impact of remittances over the economic growth of the Turkish economy.In the fourth section of the study; tapping into the Saat series regression method used in the model tells us the effects of overseas remittances over Turkish economic growth not to be significant. The time series regression findings show that remittance flow to Turkey have statistically meaningful but have no significant impact on growth.In the annex sample survey results are also assessed in connection with the regression analyses. Again, the time series regression findings show that remittance flow to Turkey have statistically meaningful but no significant impact on economic growth or potential future out-migration.Keywords: Workers Remittances, Immigration, Time Series Regression, Push and Pull Factors, Education, Unemployment, Inflation, Current Account Deficit, Gini Coefficient 192

17q23 amplikon bölgesi meme kanserinde amplifiye olan birçok bölgeden bir tanesidir.Bu tür amplikonlar gen amplifikasyonlarından dolayı aşırı ekspres edilen proto-onkogenleribarındırırlar. Meme kanseri hücre hatlarında ve meme tümörlerinde yapılmış olan kopya sayısıanalizleri amplikon içerisinde birçok birbirinden bağımsız bölgenin amplifiye olduğunubelirlemiştir, bu da bazı genlerin çoğalmak üzere seçilerek tümör oluşumu ve gelişiminekatkıda bulunduğunu göstermektedir.17q23 üzerindeki amplikonları karakterize etmek ve olası onkogenleri belirlemek içinçeşitli çalışmalar yapılmıştır. 17q23 amplikonunun çoğalmasının meme kanserinde rolünüanlamak amacıyla, bu amplikon üzerindeki belirlenmemiş genleri veya EST'leri (ExpressedSequence Tags-İfade edilen Dizi Etiketleri) karakterize etmek çok önemlidir. Bu çalışmada,insan (H.sapiens), şempanze (P.troglodytes) ve fare (M.musculus) genomlarının in silikoanalizleri diziler arsındaki homolijiyi araştırmak ve yeni genleri ortaya çıkarmak amacıylayapılmıştır.Bu çalışmanın amacı, TBX2 ve TBX4 genleri arasındaki 50 kb'lik bölgenin analiziedilmesi ve bu bölgede yeralan T02811 EST'sinin karakterizasyonudur. Bu üç memeliningenomlarının analizleri ve karşılaştırılması, 50 kb'lik genomik DNA dizisi ve bu bölgedeyeralan EST'ler kullanılarak çeşitli biyoinformatik araçlar (BLAST, Pipmaker, Vista,GENSCAN vs.) ile yapılmıştır. Elde edilen sonuçlar göstermektedir ki, 3 tür arasındahazırlanan homoloji haritasına ve EST'lerin pozisyonlarına göre bu bölgede henüztanımlanmamış çeşitli büyüklüklerde yeni genlerin olması mümkündür. Bu 50 kb'lik bölgede,henüz tanımlanmamış bir genin varlığına dair in siliko ve deneysel ipuçları belirledik. T02811transkriptini 313 bp'den 1423 bp'ye uzatmayı başardık.Bu yeni gen potensiyel bir onkogen adayı olup olmadığını bulmak için daha fazlakarakterizasyon çalışmaları yapılmalıdır. Amplikonlarda bulunan onkogen adaylarınınkarakterize edilmeleri, genomik amplikon bölgelerinin ve bu bölgelerin tümör oluşumundakirollerinin anlaşılması açısından önemlidir.Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, 17q23, EST, T02811, İnsan, Şempanze, Fare 17q23 amplicon is one of the many chromosomal regions that undergo amplification inbreast tumors. Such amplicons harbor proto-oncogenes that may be overexpressed due to geneamplifications. Copy number analysis in breast cancer cell lines and breast tumors identifiedseveral independently amplified regions within the 17q23 amplicon, suggesting that a numberof genes are selected for amplification as they may independently contribute to tumorformation and progression.To characterize distinct amplicons on 17q23 and localize putative oncogenes, variousstudies are done on this region. In order to better understand the role of 17q23 amplification inbreast cancer, characterizing unidentified genes or ESTs (Expressed Sequence Tags) on the17q23 amplicon is crucial. In this study, in silico analysis of human (H.sapiens), chimpanzee(P.troglodytes), and mouse (M.musculus) genomes were performed to examine sequencehomology between these 3 species for the purpose of identifying novel genes.The objective of this study was to analyze a 50 kb region between TBX2 and TBX4genes and characterize the EST T02811 located on that region. Analysis and comparisons ofthese three genomes were established based on genomic sequences and availability of ESTswith gene prediction programs (BLAST, Pipmaker, Vista, GENSCAN etc.). Based on ourresults, we prepared a homology map between these 3 species, including positions of ESTsthat may indicate novel genes. In this 50 kb region, we found in silico and experimantalevidence for the presence of an unidentified gene. We managed to extend the 313 bp ESTT02811 size to 1423 bp which we think is as of yet incomplete.Further studies are needed to characterize this novel gene as a potential oncogenecandidate. Characterizing the roles of such candidate oncogenes in amplicons will provide abetter understanding of genomic amplicon regions and their roles in tumorigenesis.Keywords: Breast cancer, 17q23, EST, T02811, Human, Chimpanzee, Mouse 126

Background Glycogen storage disease type IV (GSD-IV) is a rare autosomal recessive disorder due to mutations in the GBE1 gene causing deficiency of the glycogen branching enzyme (GBE). Prenatal diagnosis has occasionally been performed by the measurement of the GBE activity in cultured chorionic villi (CV) cells. Methods Two unrelated probands with severe hypotonia at birth and death during the neonatal period were diagnosed with GSD-IV on the basis of postmortem histological findings. DNA analysis revealed truncating GBE1 mutations in both families. Results Prenatal diagnosis was performed in subsequent pregnancies by determination of branching enzyme activity and DNA analysis of CV or cultured amniocytes. Detailed autopsies of the affected fetuses at 14 and 24 weeks of gestation demonstrated intracellular inclusions of abnormal glycogen characteristic of GSD-IV. Conclusion Prenatal diagnosis of GSD-IV by DNA analysis is highly accurate in genetically confirmed cases. Copyright (C) 2006 John Wiley & Sons, Ltd.

Lupus miliaris disseminatus faciei (acne agminata) a chronic papular eruption of the face is considered among the granulomatous diseases. This condition occurs in adults and adolescents of both sexes. It is rarely seen in elderly individuals. The cause and the pathogenesis are unknown., A 26 year old man with a history of facial papular eruption for 6 months duration is diagnosed as LMDF and treated with isotretinoin with a good clinical outcome.

Deficiency of glycogen branching enzyme is causative of Glycogen Storage Disease type IV (GSD-IV), a rare autosomal recessive disorder of the glycogen synthesis, characterized by the accumulation of amylopectin-like polysaccharide, also known as polyglucosan, in almost all tissues. Its clinical presentation is variable and involves the liver or the neuromuscular system and different mutations in the GBE1 gene, located on chromosome 3, have been identified in both phenotypes. This review will addresses the neuromuscular clinical variants, focusing on the molecular genetics aspects of this disorder.

Öz Yüzüncü Yıl Üniversitesinde lisans öğrenimi gören öğrencilerin ruhsal durumları ve ruhsal durumlarıyla gelecek beklentileri arasındaki ilişkiyi tespit etmek amacıyla gerçekleştirilen tanımlayıcı ve analitik yönleri olan epidemiyolojik araştırmaya toplam 739 öğrenci alınmıştır. Öğrencilere 32 sorudan oluşan sosyo kültürel özelliklerini belirlemeye yönelik bir anket ile 90 sorudan oluşan öğrencilerin ruhsal durumlarını tesbit etmeye yönelik S-C-L 90- R ölçeği uygulanmıştır. Araştırmada S-C-L 90-R ölçeğine göre öğrencilerin GSI puan ortalaması 1.05 (+0.027) olarak bulunmuş ve 739 öğrenciden 324 (%43.8) öğrencide psiko patoloji olabileceği tespit edilmiştir. Araştırmada öğrencilerin GSI>lhızı ve alt ölçek puanlarının cinsiyet, alkol ve sigara kullanma alışkanlıklarına göre anlamlı farklılık gösterdiği ve gelecekle ilgili beklenti ve kaygının ruh sağlıklarını önemli ölçüde etkilediği bulunmuştur. Anahtar Kelimeler: Üniversite öğrencileri, ruhsal durum, gelecek kaygısı II ABSTRACT A total of 739 students were included to an epidemiologic study that has descriptive and analytic aspects, performed in order to determine psychic status of the students attending to licance education at Yüzüncü Yıl University and to determine the relation between their psychic status and their hopes in future An inquiry that was formed from 32 questions was applied to the students in order to determine their socio-cultural properties and S-C-L 90-R scale was applied for determination of their psychic status. GSI point average in the studied students according to the S-C-L-90-R scale was found 1.05 and it was established that in 324 students (43.8%) of 739 students there may be a psychopathologic state. It was found that GSI>1 seed and subscale prints of the students in the stdy have shown significant difference in view of sex, alchol and smoking habits and that worries and hapes about the future have effected their psychic healts significantly. Key Words: University students, psychic satus, future worry. 99