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El cromosoma Y humano contiene marcadores altamente informativos para hacer inferencias históricas sobre el poblamiento precolombino de América. Sin embargo, la escasez de estos marcadores ha limitado su uso en la inferencia de ascendencia compartida y las migraciones pasadas pertinentes al origen de las diversidades cultural y biológica nativos americanos. Para identificar nuevos polimorfismos de nucleótido único (SNP) y aumentar la resolución filogenética del haplogrupo Q importante encontrado en las Américas, hemos realizado una búsqueda de nuevos polimorfismos basados en la secuenciación de los cromosomas Y divergentes identificados por análisis de haplotipos de microsatélites. Con este enfoque, un nuevo Y-SNP (SA01) ha sido identificado en las poblaciones andinas de América del Sur, lo que permite la detección de una nueva sublinaje de Q1a3a. Este sublinaje muestra una red filogeográfico menos complejo de microsatélites asociados y presencia geográfica más restringida, y se le da la designación Q1a3a4. Este resultado indica que nuestro enfoque puede ser utilizado con éxito para identificar sublinajes de interés en una región específica, que permiten la investigación de historias particulares de las poblaciones humanas. The human Y chromosome contains highly informative markers for making historical inferences about the pre-Columbian peopling of Americas. However, the scarcity of these markers has limited its use in the inference of shared ancestry and past migrations relevant to the origin of the culturally and biologically diverse Native Americans. To identify new single nucleotide polymorphisms (SNPs) and increase the phylogenetic resolution of the major haplogroup Q found in the Americas, we have performed a search for new polymorphisms based on sequencing divergent Y chromosomes identified by microsatellite haplotype analysis. Using this approach, a new Y-SNP (SA01) has been identified in the Andean populations of South America, allowing for the detection of a new sublineage of Q1a3a. This sublineage displays a less complex phylogeographic network of associated microsatellites and more restricted geographic occurrence, and is given the designation Q1a3a4. This result indicates that our approach can be successfully used to identify sublineages of interest in a specific region that allow the investigation of particular histories of human populations.