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The Aiguillon Cove has been preserved as Natural Reserves since 1996 and 1999 for its international importance as wintering areas for waterbirds. The benthic communities of this a macrotidal bay were still little studied. In order to understand the spatial pattern and the dynamics of the main compartments of its trophic network, two cartographies were carried out at the time of the departure (March) and the arrival (October) of the waders. A monthly study was carried out too in three stations of the upper mudflat. The spatio-temporal homogeneity of the granulometry of the sediments and the strong seasonal variation of the salinity of pore water were highlighted. The molluscs' diversity is low, especially on the upper mudflat where abundance of Hydrobia ulvae and biomass of Scrobicularia plana dominate. Various facies of the "Macoma balthica ¿ community" are present according to hypsometry, the average diameter of the sediments and salinity. The total mollusc stock exceeds 11.000 tons of fresh mass with shell for the 37,45 km ² of the cove. Approximately 3% of this stock constitutes the available ash free dry mass, represented by 62 to 83% of S. plana. The ingestible and profitable ash free dry mass ash for short bill waders reached 48 tons in March and 105 tons in October. 27% of the bivalves' biomasses are accessible to short bill waders and 97% to long bill waders. The long-lived bivalves, S. plana and M. balthica have a turnover time from 1 to 5 years, while Abra tenuis renews its populations in 5 months. The recruitments spread out over the year for S. plana and over spring for M. balthica and A. tenuis. But bivalves' population undergone strong eliminations partly related to the waders predation. The waders wintering on the Aiguillon Cove reach 41.000 individuals, including 57% of Dunlins, which, with Black-tailed Godwits, Knots and Avocets, are more numerous than the international importance threshold. The phenology of their migrations is complex with successive or simultaneous movements of various subspecies. The spatial distribution of these 4 species during low tide is significantly correlated with the average diameter of the sediments and the salinity of pore water because of preferential food activity along the channels. It shows a high seasonal and interannual variability and a covering of niches between Avocets and Godwits and between Dunlins and all the other species. The total consumption of benthivorous waterbirds is estimated to 150-799 T.y-1, including 30 % by the Common Shelduck, 43 % by short bill waders and 27 % by long bill waders. To sustain this consumption, the molluscs must product 2-13 g.m-².an-1 that is lower than the secondary production of all bivalves. Moreover, the waders' feeding is much diversified. The carrying capacity of the study site is not reached in term of food resources. By stable isotope analysis of the contour feathers, rectrices and blood of waders, we confirmed their mainly benthivorous feeding both during the wintering and during the moult. The strong inter-individual variance of the δ13C and the δ15N of the various waders' species point out that food strategies are more individual than specific with a preference more or less marked for polychaetes or bivalves adults, whose flesh are enriched in 15N than those of the youthful ones. By inverse analysis, we estimate the seasonal carbon flows on an average 1 m ² of intertidal mudflat. The bentho-pelagic food-web is dominated by detrital activity. Flows are sensitive to the microphytobenthos or detritus resuspension and to the bivalves' productivity. The activity of waders is weak, contrary to that of fish, and seems to be not limited by the macrofauna biomass. Lastly, the indices of network analysis showed that the system is not very complex, little mast, very productive and net exporter of quality., L'anse de l'Aiguillon, mise en Réserves Naturelles en 1996 et 1999 pour son importance internationale pour l'accueil des oiseaux d'eau, est une baie macrotidale dont les peuplements benthiques étaient jusqu'à présent peu étudiés. Afin de comprendre la structure spatiale et la dynamique des principaux compartiments de son réseau trophique, deux cartographies au moment du départ (mars) et de l'arrivée (octobre) des limicoles, ainsi qu'un suivi mensuel en trois stations de la haute slikke ont été réalisés. L'homogénéité spatiale et temporelle de la granulométrie des sédiments et la forte saisonnalité de la salinité de l'eau interstitielle ont été mises en évidence. La diversité des mollusques est faible en moyenne, mais plus élevée sur la basse slikke et le chenal de Marans. La régularité est très faible sur la haute slikke où dominent Hydrobia ulvae en abondance et Scrobicularia plana en biomasse. Différents faciès du peuplement à Macoma balthica se distinguent selon l'hypsométrie, le diamètre moyen des sédiments et la salinité. Le stock total de mollusques dépasse 11 000 tonnes de masse fraîche avec coquille pour les 37,45 km² de l'anse. La biomasse sèche sans cendres disponible atteint 367 tonnes en mars et 331 tonnes en octobre, dont 62 à 83 % de S. plana. La biomasse sèche sans cendres ingestible et profitable aux limicoles à bec court atteint 48 tonnes en mars et 105 tonnes en octobre. 27 % des biomasses en bivalves sont accessibles aux limicoles à bec court et 97 % à ceux à bec long. Les bivalves longévifs, S. plana et M. balthica ont un temps de renouvellement de 1 à 5 ans, tandis qu'Abra tenuis renouvelle ses populations en 5 mois. Les recrutements, étalés sur l'année pour S. plana et sur le printemps pour M. balthica et A. tenuis, sont marqués par de fortes éliminations en partie liées à la prédation par les limicoles. Ceux-ci atteignent 41 000 individus en hivernage sur l'anse de l'Aiguillon, dont 57 % de Bécasseaux variables, qui, avec les Barges à queue noire, les Bécasseaux maubèches et les Avocettes élégantes, ont des effectifs très supérieurs au seuil d'importance internationale. La phénologie de leurs migrations est complexe avec des passages successifs ou simultanés de différentes sous-espèces. La répartition spatiale à marée basse de ces 4 espèces est significativement corrélée au diamètre moyen des sédiments et à la salinité de l'eau interstitielle du fait de l'activité alimentaire préférentielle le long des chenaux. Elle montre une variabilité saisonnière et interannuelle élevée, ainsi qu'un recouvrement de niches entre les Avocettes et les Barges et entre les Bécasseaux variables et toutes les autres espèces. La consommation totale des oiseaux benthivores est estimée entre 150 et 799 tonnes par an, dont 30 % par les Tadornes de Belon, 43 % par les limicoles à bec court et 27 % par les limicoles à bec moyen à long. Pour soutenir cette consommation, les mollusques doivent produire 2 à 13 g.m-².an-1, ce qui est inférieur à la production estimée cumulée des bivalves (4 à 27 g.m-².an-1). En outre, le régime alimentaire des limicoles est très diversifié. La capacité d'accueil du site n'est donc pas atteinte en terme de ressource en mollusques. Par une analyse isotopique des plumes (tectrices et rectrices) et du sang des limicoles, leur régime principalement benthivore a été confirmé à la fois pendant l'hivernage et pendant la mue. La forte variabilité inter-individuelle du δ13C et du δ15N des différentes espèces de limicoles traduit des stratégies alimentaires plus individuelles que spécifiques avec une préférence plus ou moins marquée pour les adultes polychètes ou bivalves, dont les chairs sont plus enrichies en 15N que celles des juvéniles. L'estimation, par analyse inverse, des flux saisonniers de carbone sur 1 m² moyen de vasière intertidale a révélé une activité détritique dominante au sein du réseau trophique bentho-pélagique. Les flux sont sensibles à la remise en suspension du microphytobenthos ou des détritus et à la productivité des bivalves. L'activité des limicoles est faible, contrairement à celle des poissons, et ne semble pas limitée par les biomasses en macrofaune. Enfin, les indices d'analyse de réseau ont montré un système peu complexe, peu mâture, très productif et exportateur net de qualité.

In order to better understand the functioning of the Brouage intertidal mudflat (Marennes- Oléron Basin, France), its carbon-based trophic web has been modelled and analyzed. The foodweb building is based on the 4 step method of Inverse Analysis: 1) conceive an a priori model as the graph of compartments (nodes) between which exist fluxes of material (vertices). These vertices are the unknowns for the problem; 2) gather all the existing knowledge about the ecosystem and translate it into linear equations and inequalities involving the fluxes; 3) complete this set of data by common knowledge on the behaviour of the compartments and translate it into inequalities, 4) solve the obtained linear system under the parsimony principle to find a unique solution vector. The food-web analysis is based on. The first purpose of this work was a methodological one: inverse analysis method has been adapted to consider the seasonal and spatial variability of the temperate ecosystem: two seasons have been coupled in the computation and the area has been divided into three geographical zones along a cross-shore gradient. Hence, two types of physical exchanges are involved: the benthicpelagic ones and the advection ones. Statistical results can also be obtained by coupling Monte Carlo methods to Inverse Analysis. To study the obtained networks, new indices based on Markov Chains take delay into account in describing integrative transfers of material between compartments. This lets emerge the systems' properties that are not obvious at first sight and emphasizes the role of peculiar components. The second purpose was to apply such methods to the Brouage mudflat ecosystem in order to better understand its functioning. As the knowledge and methods evolve, various food webs were computed and analyzed with the help such indices and existing ones. Sensitivity analyses allow to point at the most crucial lacks of knowledge, which can orientate future field research. New data would improve the quality of the model in two ways: one the one hand, they would validate or invalidate the outcomes and on the other hand, they would give useful information to better constrain some of the black boxes and most uncertain fluxes, especially the advection and vertical flows. The main results of the study show a strongly seasonal system in which benthic and pelagic components are linked with intensity. The system is driven by its high local benthic primary production, but also depends on imports from the basin. Each of the 3 geographic zones has a peculiar functioning. The central zone corresponds to the classical description of European intertidal mudflats: very productive, it can feed the other regions. It is a production zone. The upper part is less productive but is fed by the middle one via the water column and can be exploited by shorebirds. It is a degradation zone (material is transformed for less qualitative). The lower part strongly depends on the basin imports for its functioning, as the cultivated bivalves act as a pump for pelagic material of which a great part is deposited under the cultivation structures (oyster racks or mussels "bouchots"). It is a transformation zone., Un double objectif (méthodologique et appliqué) a été visé par une modélisation du réseau trophique de la vasière de Brouage (Bassin de Marennes Oléron, France) à l'aide de l'analyse inverse, et son étude à l'aide de l'analyse des réseaux. L'Analyse Inverse permet en effet de reconstruire l'ensemble du réseau à partir de données éparses, le problème du manque de données étant récurrent en Ecologie. Au plan méthodologique, l'analyse inverse a été adaptée à la prise en compte des caractères saisonnier et spatialement hétérogène d'un écosystème tempéré de zone intertidale : deux saisons ont ainsi été couplées et la vasière a été considérée le long d'un transect perpendiculaire au rivage et divisé en trois zones spatiales. Deux types de flux physiques interviennent donc : les flux verticaux de dépôt et remise en suspension, et les flux d'advection via la colonne d'eau. Des pistes d'amélioration et de nouvelles méthodes sont proposées. Un résultat sous forme statistique peut être obtenu en couplant l'utilisation de méthodes de Monte Carlo à l'analyse inverse pour la construction des réseaux trophiques. Les moyens d'étude des modèles ont été enrichis par la mise au point d'indices issus de la construction de chaînes de Markov et prenant en compte le caractère temporel des transferts de matière entre compartiments. Enfin, la transformation mathématique du modèle statique pour une étude dynamique de la stabilité de l'équilibre décrit est abordée. Plusieurs modèles ont été construits au cours de l'évolution des méthodes et de l'acquisition de connaissances sur le site. Des méthodes d'analyses existantes et d'autres mises au point dans le cadre de cet ouvrage ont été appliquées aux réseaux obtenus afin de faire émerger les propriétés du fonctionnement de la vasière et de souligner le rôle de certains compartiments. Des analyses de sensibilité permettent d'évaluer la robustesse des résultats et d'orienter les recherches futures en mettant en évidence les manques les plus cruciaux. Des données supplémentaires, notamment concernant les foraminifères benthiques, le zooplancton ou les mouvements verticaux du microphytobenthos permettront de fournir de meilleures contraintes et de valider (ou non) les résultats obtenus. Les principaux résultats montrent un système au fort caractère saisonnier dont les compartiments benthiques et pélagiques sont très liés. La production primaire benthique locale est un moteur important, mais qui ne suffirait pas à suppléer l'indispensable importation de matériel détritique. Le découpage de la vasière en trois zones fait apparaître les particularités de chacune. La zone centrale correspond à la description classique des « vasières intertidales européennes » : très productive, elle peut alimenter les autres régions. C'est une zone de production et d'exportation. La partie supérieure est moins productive et reçoit de la matière de la zone de milieu d'estran via la colonne d'eau. Sa production secondaire peut alors être exploitée par les limicoles, nombreux en hiver. C'est une zone de dégradation et d'exportation. Le bas d'estran dépend fortement des importations extérieures, « pompées » par les bivalves cultivés qui sont ainsi directement responsables d'une forte sédimentation sous les structures mytilicoles et ostréicoles. C'est une zone de transformation.