Search

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:22:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-21. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:28:27Z : No. of bitstreams: 1 000851764.pdf: 2050790 bytes, checksum: 7e9ce71e56aca3f8626c05f19a371268 (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) A arara-azul-grande (Anodorhynchus hyacinthinus) é uma espécie considerada vulnerável à extinção em consequência, especialmente, da perda do seu habitat e do intenso tráfico ilegal. O número estimado de indivíduos em vida livre no Brasil é de 6.500 animais, distribuídos em três regiões: no Pará, no nordeste do país e no Pantanal Matogrossense, onde se encontra a maioria dos exemplares de A. hyacinthinus. Informações sobre a biologia, ecologia e variabilidade genética dessa espécie são fundamentais para subsidiar e elaborar estratégias de conservação de suas populações naturais e cativas. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo principal avaliar a estrutura genética de diferentes populações de A. hyacinthinus e investigar a dinâmica populacional entre as áreas de distribuição da espécie. Amostras de DNA foram obtidas de 100 exemplares de diferentes localidades e análises genéticas associadas ao primeiro domínio da região controladora do DNA mitocondrial foram realizadas em todos os indivíduos. Um segmento de 498 pares de bases desta região de DNA mitocondrial foi utilizado para caracterizar a estrutura genética populacional dos espécimes de A. hyacinthinus amostrados. As análises evidenciaram a existência de diferenciação genética significativa entre amostras do Pantanal Norte e as demais regiões de distribuição da espécie. Menor grau de diferenciação genética, embora significativo, foi evidenciado entre Pantanal Sul e Pará, Pantanal Sul e Nordeste e entre Nordeste e Pará. O nível de diversidade genética encontrado para a espécie estudada se mostrou similar ao descrito em trabalhos anteriores para A. hyacinthinus e mais baixo do que valores reportados para outras espécies de psitacídeos não ameaçados. A rede haplotípica gerada, em formato de estrela, sugere que a espécie tem passado por expansão recente, cenário também apontado pela curva unimodal obtida para... Hyacinth macaw (Anodorhynchus hyacinthinus) is considered as a threatened species, classified as vulnerable, especially due to the habitat loss and intense illegal trade. The total estimated number of wild individuals in Brazil is around 6,500 animals, distributed in three regions: Pará State, Northeast Brazil, and Pantanal of Mato Grosso and Pantanal of Mato Grosso do Sul, where most of the hyacinth macaws can be found. Data about the biology, ecology, and genetic variability of this species are fundamental to support and develop conservation strategies of its natural populations. Therefore, the present study primarily aimed to analyze the genetic structure of different populations of A. hyacinthinus and examine the population dynamics among the distribution areas of the species. DNA samples were obtained from 100 individuals from distinct areas and genetic analyses associated to the first domain of the mitochondrial control region were performed for all samples. A segment of 498 base pairs of this mitochondrial DNA region was used to characterize the genetic population structure of the sampled hyacinth macaws. The analyses showed the existence of a significant genetic differentiation between samples of North Pantanal and the other distribution regions. A low differentiation level, although also significant, was evidenced between South Pantanal and Pará, between South Pantanal and Northeast, and between Northeast and Pará regions. The genetic diversity index for the studied species was similar to reported data in previous studies of hyacinth macaw and lower than those values described for other non-threatening species of parrots. The generated haplotype network, with a star shape, indicates a recent population expansion, a scenery that was also evidenced by the unimodal shape of the populations from Pará and Northeast. However, the obtained bimodal curve for the populations from North Pantanal and South Pantanal suggests that they ...

Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-26. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:16:43Z : No. of bitstreams: 1 000866312.pdf: 1513735 bytes, checksum: ebc1a9c4c91be977c085b13a32f3b8b4 (MD5) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) A crescente exploração pesqueira de diversas espécies de tubarões nas últimas décadas tem se tornado um assunto de preocupação internacional. Tal situação tem determinado a realização de levantamentos sobre o estado atual das populações, tornando urgente a disponibilização de informações que auxiliem no estabelecimento de planos de conservação. Dentre as espécies mais exploradas, o tubarão martelo Sphyrna zygaena está classificado mundialmente como Vulnerável, já tendo sido incluída na lista de restrições de comércio internacional da Comissão Internacional para o Comércio de Espécies Ameaçadas. Assim, dada a urgente necessidade da formulação de programas de controle sustentável da pesca, este estudo busca caracterizar a estrutura genética populacional da espécie S. zygaena no Oceano Atlântico utilizando marcadores moleculares do DNA mitocondrial. Neste trabalho apresentam-se os resultados sobre a estrutura genética populacional do tubarão-martelo, Sphyrna zygaena, utilizando sequências da região controladora do DNA mitocondrial de espécimes capturados em diversas regiões do Oceano Atlântico (191) e em pontos dos oceanos Índico (21) e Pacífico (39). A análise realizada em 733 nucleotídeos de 251 indivíduos resultou na identificação de nove haplótipos pela combinação de sete sítios polimórficos. Os índices de variabilidade genética da espécie, considerando a totalidade das amostras, foi de 0,00177 para diversidade nucleotídica e 0,519 para diversidade haplotípica. Na estimativa de diferenciação genética pelo método de Análise de Variância Molecular observa-se que há forte estruturação populacional (FST = 0.78149) e baixo fluxo gênico da espécie entre o Oceano Atlântico e a região do Indo-Pacífico, caracterizando estoques genéticos distintos. Entre os grupos amostrais do Atlântico, onde o maior número de amostras possibilitou análises em fina escala, não foram...

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-18Bitstream added on 2015-05-14T16:59:00Z : No. of bitstreams: 1 000822497.pdf: 618015 bytes, checksum: 10e49b7cf4610742761f400fa33c5d06 (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) A arara-azul-grande (Anodorhynchus hyacinthinus), maior psitacídeo do mundo, é uma espécie considerada em vulnerabilidade de extinção (IUCN) principalmente devido à perda de habitat e ao tráfico ilegal. Para estabelecer estratégias que visem a conservação da espécie considerar a composição genética de suas populações é muito importante. Comumente para o estudo da diversidade genética e estrutura genética populacional são utilizados marcadores moleculares que podem ser prospectados no genoma, dentre os quais destacam-se os locos microssatélites. Atualmente, entretanto, não há locos microssatélites polimórficos espécie-específícos identificados em A. hyacinthinus. Esta espécie pode ser encontrada em três regiões possivelmente isoladas, o que evidencia a necessidade de medidas de manejo integradas para a preservação do pool gênico da espécie. Assim, os objetivos principais desse trabalho foram: (i) desenvolver primers para locos microssatélites em A. hyacinthinus, e (ii) analisar a diversidade e a estrutura genética populacional da espécie. Como resultado seis locos espécie-específicos foram prospectados (AnH6, AnH10, AnH17, AnH33, AnH23 e AnH34), dos quais cinco mostraram-se polimórficos em A. hyacinthinus. Além disso, os seis pares de primers mostraram potencial aplicabilidade para estudos populacionais em outras sete espécies de psitacídeos neotropicais. Nas análises populacionais, A. hyacinthinus apresentou um baixo índice de variabilidade genética em comparação à reportada para outros psítacídeos. Esse resultado indica que a baixa variabilidade encontrada não deve ter relação com a utilização restrita de locos heterólogos em trabalhos anteriores, pois foram utilizados tanto locos espécie-específicos quanto locos heterólogos nas análises do presente estudo, sugerindo que esta é uma característica intrínseca da espécie. Além disso, considerando-se a análise de estruturação ... Hyacinth macaw (Anodorhynchus hyacinthinus), the largest parrot in the world, is considered vulnerable to extinction (IUCN) mainly due to habitat loss and illegal trade. To establish strategies for the conservation of the species must be regarded the genetic makeup of their populations. Commonly for the study of genetic diversity and population genetic structure are used molecular markers, highlighting specially the microsatellite loci, which in turn need to be isolated for population studies. However, currently there is no polymorphic microsatellite loci identified in A. hyacinthinus. Additionally, the species is distributed in three apparently isolated areas, thus requiring integrated management in order to preserve the gene pool of the species. Thus, the main objectives of this study were: (i) the development of primers for microsatellite loci in Anodorhyncus hyacinthinus, and (ii) the analysis of the diversity and population genetic structure of all areas of occurrence of the species. Six loci species-specific prospected were obtained (AnH6, AnH10, AnH17, AnH23, AnH33 and AnH34) and five of these primers proved to be polymorphic. In addition, these six pairs of primers showed potential applicability for population studies after they were tested in seven Neotropical parrot species. Regarding the population analyzes using both specific and heterologous loci, A. hyacinthinus presented a low level of genetic variability compared to other parrots, thereby indicating that the low variability found should not be related to the use of only heterologous loci in previous studies, suggesting that this is an intrinsic characteristic of this species. Moreover, considering in the analysis of genetic structure by Bayesian clustering of microsatellite data it could not be found genetic structure between subpopulations of four regions [North Pantanal (NP), South Pantanal (SP), Para (PA) and northeast (NE)]. In contrast, Rst indices indicated ...

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-25Bitstream added on 2015-03-03T12:07:17Z : No. of bitstreams: 1 000811896.pdf: 967104 bytes, checksum: 63037b124f0b61a187940925ad4979e2 (MD5) A pouco mais de uma década a bactéria Xylella fastidiosa passou de um organismo pouco conhecido a uns dos mais conhecidos, ao menos em termos de genômica. No Brasil esta bactéria afeta culturas de importância econômica como citros, causando a clorose variegada dos citros (CVC) e café, na qual causa a requeima da folha do cafeeiro (RFC), também conhecida como atrofia do ramo do cafeeiro (ARC). Em laranjeiras a bactéria acarreta os maiores danos econômicos, na ordem de 100 milhões de dólares anuais. Em relação às plantas de café, estudos demonstraram que a cada 1% de aumento na severidade da doença há perdas de rendimento de 1,22 a 1,34 sacos de 60kg por hectare. Ambas as culturas são afetadas pela Xylella fastidiosa subsp. pauca e transmitida pelos mesmo vetores, porém ainda são incertas as informações se o isolado que causa a CVC pode colonizar cafeeiros e causar doença e vice-versa. Além do mais, em contraste com os diversos estudos já realizados sobre populações de X. fastidiosa infectando laranjeiras, não se tinha informações sobre a diversidade genética e estrutura populacional deste patógeno quando infectando cafeeiros. Um total de 618 estirpes de X. fastidiosa foi isolado de laranjeiras e cafeeiros de quatro regiões geográficas distintas do estado de São Paulo. Esses isolados foram genotipados através de 14 marcadores microssatélites. A alta diversidade genotípica e genética, os altos índices de clonalidade, o forte desequilíbrio gamético e o elevado grau de subdivisão populacional encontrados nas populações de X. fastidiosa amostradas de cafeeiros são consistentes com predominância de um modo de reprodução clonal. Os níveis de subdivisão observados poderiam ser explicados pela migração histórica assimétrica encontrada entre as populações, indicando as populações da região Noroeste e Central como as prováveis fundadoras. Também realizamos ensaios de inoculações recíprocas ... A little over a decade the bacterium Xylella fastidiosa has gone from a little-known body to the most popular ones, at least in terms of genomics. In Brazil this bacterium affects economically important crops such as citrus, which causes citrus variegated chlorosis (CVC) and coffee, causing coffee leaf scorch (CLS), also known as coffee stem atrophy (CSA). In orange this bacteria causes major economic losses in the order of 100 million dollars annually. Regarding the coffee plants, studies have shown that every 1% increase in the severity of disease cause loss of 1.22 to 1.34 bags of 60kg per hectare. Both cultures are affected by subsp. pauca of X. fastidiosa and are transmitted by the same vectors, but informations are still uncertain if isolated causing CVC can colonize and cause disease in coffee plants and vice versa. Moreover, in contrast of many previous work on study about population of X. fastidiosa infecting orange, we had no information about genetic diversity and population structure of this pathogen infecting coffee plants. Thus a total of 618 strains of X. fastidiosa was isolated from orange and coffee in four distinct geographic regions (Central, Northwestern, Center-western and Eastern) of the São Paulo State. These isolates were typed by fourteen microsatellite markers. The high genotypic and genetic diversity, high levels of clonality, strong gametic disequilibrium, and the population subdivision found in X. fastidiosa population are consistent with the predominance of mode of clonal reproduction. The subdivision levels observed could be explained by the asymmetric historical migration between populations, indicating the populations of Central and Northwestern region as the probable founders. We also performed tests of reciprocal inoculations among isolates from orange and coffee plants under controlled conditions. The 99 isolates from orange and 127 isolates from coffee through Bayesian analysis, were grouped on ...

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2015-01-26T13:30:19Z : No. of bitstreams: 1 000799160.pdf: 880064 bytes, checksum: 14ae5d673f01845508368f93f576c2fa (MD5) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Níveis de diversidade e estruturação genética, assim como a investigação de eventos de hibridação interespecífica ou introgressiva em populações selvagens, estão entre as principais análises a serem consideradas em projetos de conservação. A hibridação entre espécies nativas de peixes, principalmente quando decorrente de ações humanas, tem levado a taxas crescentes de cruzamentos não naturais entre diferentes taxa, o que pode ocasionar impactos ecológicos e genéticos. As espécies de bagres Neotropicais, Pseudoplatystoma reticulatum e Pseudoplatystoma corruscans, têm sido afetadas pela produção induzida de híbridos na aquicultura e pelo contato destes híbridos com suas populações. Neste estudo foram desenvolvidos diferentes marcadores genéticos (genes e microssatélites) com o intuito de identificar a ocorrência de hibridação e introgressão em rios da América do Sul e para acessar a diversidade genética intra e interpopulacional destas espécies. Marcadores dos genes nucleares EF1 e 18S foram completamente diagnósticos na identificação das espécies e seus híbridos. Através de um pirosequenciamento Roche 454, foram desenvolvidos e caracterizados 16 microssatélites para P. reticulatum, os quais apresentaram 100% de transferabilidade em P. corruscans e alto polimorfismo para a maioria dos loci estudados. As análises populacionais utilizando estes microssatélites revelaram alta variabilidade para ambas espécies em todos os rios das bacias hidrográficas do Paraguai e Paraná. A diferenciação genética interpopulacional destas espécies dentro da bacia do Paraguai foi baixa ou inexistente, revelando um alto fluxo gênico e a possível existência de uma população panmítica resultante da migração e reprodução entre indivíduos de rios próximos. Porém, diferenças genéticas significativas foram observadas entre rios distantes geograficamente e entre bacias hidrográficas ... Levels of genetic diversity and structure, as well as the investigation of interspecific and introgressive hybridization events in wild populations, are amongst the major analyzes to be considered in conservation projects. Hybridization between native fish species, especially when caused by human actions, has led to increasing rates of non natural crosses between different taxa, which may cause ecological and genetic impacts. The Neotropical catfish species, Pseudoplatystoma reticulatum and Pseudoplatystoma corruscans, have been affected by the induced production of hybrids in aquaculture and by the contact of these hybrids with their populations. In this study, different genetic markers were developed (genes and microsatellites), in order to identify the occurrence of hybridization and introgression in South American rivers and to access the intra and inter populational genetic diversity of these species. EF1 and 18S nuclear gene markers were completely diagnostics in the identification of the species and their hybrids. Through a Roche 454 pyrosequencing, were developed and characterized 16 microsatellite loci for P. reticulatum, which presented 100% of transferability in P. corruscans and high polymorphism for the majority of the loci. Population analysis using these microsatellites revealed high variability for the both species in all rivers from Paraguay and Paraná hydrographic basins. The interpopulational genetic differentiation of these species within the Paraguay basin was low or absent, revealing a high gene flow and the possible existence of a panmitic population, resulting from the migration and reproduction of individuals from closely rivers. However, significant genetic differences were observed between geographically distant rivers and distinct hydrographic basins. In P. reticulatum, genetic differentiation was found between the Cuiabá and Miranda Rivers (Paraguai basin), and between Paraguay and Lower Paraná ... FAPESP: 09/18326-4

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-26. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:51Z : No. of bitstreams: 1 000823249_20160226.pdf: 321622 bytes, checksum: 13d4329bc1bf2a468d357433e7c47727 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-26T14:03:50Z: 000823249_20160226.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-26T14:04:47Z : No. of bitstreams: 1 000823249.pdf: 1158257 bytes, checksum: 26b0b4dbe3120dc0624caa0518cc7cfb (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) A intensificação do uso de recursos aquáticos tem produzido um grande impacto sobre as comunidades de peixes. Dentre as ações antrópicas mais impactantes destacamse a construção de barragens, a sobrepesca, o mau uso do solo na agricultura, o descarte de esgoto sem tratamento prévio nos rios, a construção de hidrovias e a introdução de espécies exóticas. O futuro das populações selvagens depende grandemente da variação genética das populações naturais. A variação genética dentro de uma espécie é um conceito fundamental para a genética aplicada à ecologia e diversos autores sugerem pelo menos três razões biológicas para a preservação da variabilidade genética das populações naturais como objetivos da biologia da conservação: a perda da variabilidade pode aumentar a probabilidade de extinção através de um declínio na fecundidade e viabilidade; populações com baixos níveis de variação genética, sobre as quais a seleção natural pode operar, podem ter oportunidades reduzidas para futuras adaptações frente a mudanças evolutivas; e a preservação da variabilidade genética pode ter papel chave na identificação de unidades evolutivas significativas para a formulação de programas de conservação. Assim, o estudo da variação genética é fundamental para o desenvolvimento de projetos de manejo sustentável. Um dos marcadores moleculares mais eficazes para o estudo populacional são os microssatélites e a região controladora da DNA mitocondrial (D-loop), que tem revelado diferenças significativas mesmo entre populações separadas por pequenas distâncias geográficas. Neste contexto, o presente estudo, teve como objetivo caracterizar a diversidade genética de populações de curimbatá coletados ao longo da Bacia do Prata (Prochilodus lineatus) e da Bacia Amazônica (Prochilodus nigricans) utilizando esses marcadores moleculares. Com base nos resultados obtidos, a ...

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-27Bitstream added on 2014-08-13T18:00:53Z : No. of bitstreams: 1 000750761.pdf: 697080 bytes, checksum: d41443497b35d1c9e1731e35f82b3583 (MD5) A ordem Characiformes reúne aproximadamente 1.670 espécies de água doce, das quais pelo menos 1.300 ocorrem no Brasil. Até o momento relativamente poucos estudos genéticos foram realizados com espécies desse grupo, particularmente na Amazônia. Uma questão importante para o momento atual é saber se há algum isolamento entre populações locais separadas por corredeiras ou rápidos na Amazônia, dado o potencial hidrelétrico estimado para esses ambientes. Nesse sentido, no presente estudo, conduzido no âmbito do Programa de Conservação da Ictiofauna da Santo Antônio Energia, foram avaliadas duas populações locais de duas espécies: Pygocentrus nattereri e Potamorhina latior. Empregamos sequências da região controle (D-loop) do DNA mitocondrial, pela maior taxa de mutação que esse gene apresenta em relação aos demais genes. As amostras foram tomadas a montante e a jusante da antiga cachoeira de Teotônio visando testar a hipótese de que essa cachoeira servia de barreira para essas espécies. Foram analisados 54 espécimes de P. nattereri (25 montante e 29 jusante) e 45 de P. latior (25 montante e 20 jusante). Os resultados mostraram que os espécimes da montante de P. nattereri apresentam maior variabilidade genética (haplótipos = 5, Hd = 0,607, π = 0,00105) que os da jusante (haplótipos = 2, Hd = 0,379, π = 0,00046), No caso de P. latior, esses valores foram similares tanto a montante (haplótipos = 23, Hd = 0,993, π = 0,01232) como a jusante (haplótipos = 17, Hd = 0,984, π = 0,01865). Ambas as espécies apresentaram haplótipos compartilhados nas duas localidades. A divergência genética entre as localidades de P. nattereri (0,1%) foi menor que em P. latior (1,9%). A análise de variância molecular revelou diferenças significativas entre as localidades de P. nattereri (Φst = 0,11448, P = 0,018) e P. latior (Φst = 0,16408, P = 0,000). Os resultados sugerem que entre as duas localidades amostradas existia uma ... The order Characiformes gathers approximately 1,670 freshwater species, of which at least 1,300 occur in Brazil. To date relatively few genetic studies have been conducted with species of this group, particularly in the Amazon. An important question for the moment is whether there is some isolation between local populations separated by rapids or fast in the Amazon, given the hydroelectric potential estimated for these environments. Accordingly, in this study, conducted under the Conservation Program Ichthyofauna of Santo Antônio Energia, were evaluated two local populations of two species: Pygocentrus nattereri and Potamorhina latior. We employ sequences of the control region (D-loop) of the mitochondrial DNA, the higher rate of this gene mutation present in relation to other genes. The samples were taken upstream and downstream of the old waterfall Teotônio to test the hypothesis that this waterfall served as a barrier for these species. Were examined 54 specimens of P. nattereri (25 upstream and 29 downstream) and 45 of P. latior (25 upstream and 20 downstream). The results showed that the amount of specimens of P. nattereri have greater genetic variability (Haplotypes = 5, Hd = 0607, π = 0.00105) that the downstream (Haplotypes = 2, Hd = 0379, π = 0.00046). In the case of P. latior, these values were similar both upstream (Haplotypes = 23, Hd = 0993, π = 0.01232) and downstream (Haplotypes = 17, Hd = 0.984, π = 0.01865). Both species have shared haplotypes in the two localities. The genetic divergence between the localities of P. nattereri (0.1%) was lower than in P. latior (1.9%). The analysis of molecular variance revealed significant differences between the localities of P. nattereri (Φst = 0.11448, P = 0.018) and P. latior (Φst = 0.16408, P = 0.000). The results suggest that a possible population structure existed between the two localities sampled both by differences in genetic variability as well as by allelic ...